Name: mosaic zebrafish transgenesis for evaluating enhancer sequences
Uploaded: 2010-07-16T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences at JoVE.com

<p class="jove_content"> Vi tackar Paula Roy för utmärkt fisk djurhållning, och Steve Ekker för slags gåva pDB600 plasmiden. Dessa studier har finansierats genom ett bidrag till SF från NHGRI. </p>

<p class="jove_title"> 1. Urval och kloning av bevarade sekvenser för testning </p><ol><li> Man måste först identifiera potentiella reglerande sekvenser för funktionella tester. Vi förlitar oss på evolutionära sekvensen bevarande som ett kriterium för att välja sekvenser, och oftast använder algoritmen PhastCons, som är tillgänglig som ett spår på UCSC Genome webbläsaren (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway). Men det finns många andra algoritmer som finns för att utvärdera sekvens bevarandet över arter. </li><li> När vi...

<ol>
	<li>Fisher, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+biological+relevance+of+putative+enhancers+using+Tol2+transposon-mediated+transgenesis+in+zebrafish.">Evaluating the biological relevance of putative enhancers using Tol2 transposon-mediated transgenesis in zebrafish.</a> <em style='font-style: italic'>Nat Protoc</em>. <b>1</b> (3), 1297-12 (2006).</li><li>Balciunas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Harnessing+a+high+cargo-capacity+transposon+for+genetic+applications+in+vertebrates.">Harnessing a high cargo-capacity transposon for genetic applications in vertebrates.</a> <em style='font-style: italic'>PLoS Genet</em>. <b>2</b> (11), e169-169 (2006).</li><li>Westerfield, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>The Zebrafish Book</em>. , (1995).</li></ol>

<p class="jove_content"> Vi har visat den metod som används i vårt laboratorium för effektiv analys av potentiella förstärkare med zebrafisk genmodifiering. Oftast använder vi denna metod för att leta efter vävnadsspecifika medel i samband med mänskliga gener. Trots bristen på självklara sekvenshomologi delen av tiden mellan människa och fisk icke-kodande sekvenser, finner vi att detta tillvägagångssätt är oftast framgångsrik i att identifiera medel för gener av intresse för oss. De kritiska faktorerna för framgång är att ...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Takara LA Taq</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Takara Bio Inc</td>
<td>RR02M</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>pCR8/GW/TOPO TA Cloning Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>K2500-20</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gateway LR Clonase II enzyme Mix</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11791-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Library efficiency competent cells DH5&alpha;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>12535-019</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Library efficiency competent cells DB3.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>11782-018</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>mMESSAGE mMACHINE Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion</td>
<td>AM1340</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HiSpeed Plasmid Midi Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>12643</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>QIAquick PCR Purification Kit </td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>28104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Flaming/Brown Micropipette Puller</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sutter Instrument</td>
<td>P-97</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pneumatic PicoPump</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>World Precision Instruments</td>
<td>SYS-PV820</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

mosaic zebrafish transgenesis for evaluating enhancer sequences

<p class="jove_content">Slutförandet av människans arvsmassa, tillsammans med många andra arter, har visat på utmaningen att tillskriva särskilda funktion för icke kodande sekvenser. En framträdande funktion utföras av den icke kodande delen av genomet är att reglera gentranskription, men det finns inga effektiva metoder för att i stort sett förutsäga cis-reglerande element från primär DNA-sekvens. Vi har utvecklat ett effektivt protokoll till funktionellt utvärdera potentiella cis-reglerande element genom zebrafisk genmodifiering. Vårt tillvägagångssätt har betydande fördelar framför cell-kultur baserad teknik för utvecklingsstörda viktiga gener, eftersom det ger information om tid och genreglering. Omvänt är det snabbare och billigare än liknande experiment i transgena möss, och vi rutinmässigt tillämpa den på sekvenser isolerad från det mänskliga genomet. Här kan vi visa vårt tillvägagångssätt för att välja element för testning baserad på sekvens bevarande och våra protokoll för kloning av sekvenser och microinjecting dem i zebrafisk embryon.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences at JoVE.com

Mosaic Zebrafish Transgenesis for Evaluating Enhancer Sequences

<p class="jove_content">Vi visar vårt sätt att hitta potentiella enhancer element från utvecklingsmässigt gener och utvärdera deras funktion genom mosaik zebrafisk genmodifiering.</p>

Mosaic Zebrafish genmodifiering för utvärdering Enhancer sekvenser

The completion of the human genome sequence, along with that of many other species, has highlighted the challenge of ascribing specific function to non ...

Research

JoVE Journal

Biology

Zebrafish Brain Ventricle Injection

Zebrafisk Brain kammare Injection

Proper brain ventricle formation during embryonic brain development is required for normal brain function.  Brain ventricles are the highly conserved ...

RNAi Mediated Gene Knockdown and Transgenesis by Microinjection in the Necromenic Nematode <em>Pristionchus pacificus</em>

RNAi Mediated Gene Knockdown and Transgenesis by Microinjection in the Necromenic Nematode Pristionchus pacificus

RNAi Medierad Gene Knockdown och genmodifiering genom mikroinjektion i Necromenic Nematode<em> Pristionchus pacificus</em

Although it is increasingly affordable for emerging model organisms to obtain completely sequenced genomes, further in-depth gene function and expression ...

<em>In vivo</em> Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Adult Zebrafish Retina

<em>In vivo</em> elektroporering av Morpholinos i Adult Zebrafish Retina

Many devastating inherited eye diseases result in progressive and irreversible blindness because humans cannot regenerate dying or diseased retinal ...

<em>In vivo</em> Electroporation of Morpholinos into the Regenerating Adult Zebrafish Tail Fin

In vivo Electroporation of Morpholinos into the Regenerating Adult Zebrafish Tail Fin

<em>In vivo</em> Elektroporering av Morpholinos i Regenerating Adult Zebrafish stjärtfenan

Certain species of urodeles and teleost fish can regenerate their tissues. Zebrafish have become a widely used model to study the spontaneous regeneration ...

Blood Collection for Biochemical Analysis in Adult Zebrafish

Blodinsamling för biokemisk analys i vuxen Zebrafish

The zebrafish has been used as an animal model for studies of several human diseases. It can serve as a powerful preclinical platform for studies of ...

Cell Tracking Using Photoconvertible Proteins During Zebrafish Development

Cell Spårning Med Photoconvertible proteiner under Zebrafish Utveckling

Embryogenesis is a dynamic process that is best studied by using techniques that allow the documentation of developmental changes in vivo. The use of ...

Laser-inflicted Injury of Zebrafish Embryonic Skeletal Muscle

Laser-vållad skada av Zebrafish embryonala skelettmuskulatur

Various experimental approaches have been used in mouse to induce muscle injury with the aim to study muscle regeneration, including myotoxin injections ...

The Tomato/GFP-FLP/FRT Method for Live Imaging of Mosaic Adult <em>Drosophila</em> Photoreceptor Cells

The Tomato/GFP-FLP/FRT Method for Live Imaging of Mosaic Adult Drosophila Photoreceptor Cells

Den Tomat / GFP-FLP / FRT Metod för Live avbildning av Mosaic vuxen<em&gt; Drosophila</em&gt; ljusmätare celler

The Drosophila eye is widely used as a model  for studies of development and neuronal degeneration. With the powerful mitotic  recombination technique, ...

Separation of Spermatogenic Cell Types Using STA-PUT Velocity Sedimentation

Separation av spermatogenesisk celltyper med STA-PUT Velocity Sedimente

Mammalian spermatogenesis is a complex  differentiation process that occurs in several stages in the seminiferous  tubules of the testes. Currently, there ...

Automated Analysis of Dynamic Ca<sup>2+</sup> Signals in Image Sequences

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

Automatiserad analys av dynamiska Ca<sup&gt; 2 +</sup&gt; Signaler i bildsekvenser

Intracellular Ca2+ signals are commonly studied with fluorescent Ca2+ indicator dyes and microscopy techniques. However, quantitative analysis of Ca2+ ...