Name: robotics and dynamic image analysis for studies of gene expression in plant tissues
Uploaded: 2010-05-05T17:00:00
Duration: 11 min 26 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Robotics and Dynamic Image Analysis for Studies of Gene Expression in Plant Tissues at JoVE.com

Löner och forskningsstöd lämnades av FN: sojabönor styrelsen, och genom statliga och federala medel som anslås till The Ohio State University / Ohio jordbruksforskning och utveckling Center. Denna forskning har också delvis av ett stipendium från CONACYT, Mexiko, till CMHG. Omnämnande av varumärke eller egna produkter utgör inte en garanti eller garanti av produkten OSU / OARDC och innebär inte godkännande med uteslutande av andra produkter som också kan vara lämpliga. Tidskrift Artikel nr HCS 09-17.

Följande metoder beskriver ett protokoll för bildanalys av genuttryck med hjälp av ett automatiserat system bildsamling. För att underlätta förklaring var den övergripande strategin delas upp i fyra steg: 1) frö förberedelse, 2) genen Inledning Använda partikel bombardemang, 3) robotliknande bildsamlingen, och 4) bildanalys. Även om denna allmänna metod kan användas för ett brett spektrum av andra applikationer, är de aktuella uppsättningar av protokoll som bygger på användning av det grönt fluorescerande protein (GFP) gen, vilket är en bra reporter gen för att spåra genuttryck i samma stycke av levande vävnad över tiden. I. Seed Förberedelser <ol><li> Lima bönor (. Phaseolus lunatus cv Henderson-Bush) frön kan köpas, eller helst skördas från växter som odlas i en tillväxt kammare (50% relativ luftfuktighet, 16 / 8 h ljus: mörk, 25/23 ° C dag / natt). Efter skörd utsädeskvalitet kan bibehållas genom att lagra frön vid -20 ° C. </li><li> Förbered Magenta GA7 behållare för groende frön. Vik filter eller pappershandduk för att passa i botten av Magenta lådor. Tillsätt ~ 25 ml avjoniserat vatten till varje container för att fukta hushållspapper och häll av icke-absorberat vatten. Autoklav fuktat papper som innehåller rutor för 20 min. </li><li> Med 50 ml engångs centrifugrör, sterilisera frön i en 10% kommersiellt blekmedel lösning (20 frön i 20-40 ml) i 20 min med att skaka på en spindelkross skak vid 60 rpm. Notera: Alla efterföljande steg ska utföras i ett laminärt flöde huva. </li><li> Skölj fröna 4-7 gånger med sterilt avjoniserat vatten under försiktig omrörning i 30 sekunder under varje sköljning. </li><li> Placera 5-6 sterila frön mellan lager av vikt papper som ligger i varje sterila Magenta låda. </li><li> Inkubera frön under 4 dagar enligt följande villkor: 25 ° C, 16 / 8 h ljus: mörkt och 40 μEm -2 s -1. </li></ol> II. Gene Inledning med Particle beskjutning <ol><li> Bygga gen konstruktioner med hjälp av din favorit uttryck vektor med en reporter gen som kan övervakas i levande vävnader. Vi har utvecklats ett högt antal kopior uttryck vektor användbar för promotor och promotor analyser element. Denna vektor innehåller GFP-genen som används för att visualisera promotor / promotor inslag funktion i förvandlas vävnader. </li><li> Runt 1-2 timmar före beskjutningen, punktskatter lima bönor hjärtbladen från att gro plantor och ta bort fröna rockar. Hjärtbladen lämplig för beskjutning ska vara gul till ljust grönt, platt och utan några skador som kan störa ytterligare bildanalys. </li><li> Placera hjärtbladen på OMS odlingsmedium innehållande MS salter 1, B5 vitaminer 2, 3% sackaros och 0,2% Gelrite (pH 5,7) omedelbart efter censurerade. </li><li> Fällning DNA bygga på M10 volfram partiklar (Sylvania, Towanda, PA, USA). I ett 0,6 ml mikrofugrör, tillsätt 25 l volfram partiklar (partiklar suspenderade i sterilt vatten, 100 mg ml -1, precis innan användning), 5 l-DNA (1 mikrogram l -1), 25 l 2,5 M kalciumklorid (Sigma -Aldrich Kat. C3881-500g) och 10 l 100 mM spermidine (Sigma Kat. S-2626). Vortex kort blanda alla komponenter. </li><li> Inkubera DNA-preparation på is i 5 min. Ta sedan bort och kasta 50 l supernatanten. </li><li> Resuspendera DNA-belagda partiklar genom att vortexa och omedelbart ta bort en 2 l delmängd. Upprepa detta vortexa steg varje gång en alikvot tas bort från röret. Belagda partiklar bör förvaras i is och användas inom 15 min. </li><li> Genom toppen av en spruta filter, placera 2 l belagda partiklar i mitten av filtret skärmen. Placera filtret enhet som innehåller den belagda partiklar i filtret hålla inuti partikeln pistol kammaren. </li><li> Placera en lima böna hjärtbladsnod adaxial uppåt på en baffel och placera baffeln i partikeln pistolen kammaren. Baffeln, som består av en skärm smält till botten av en bägare, används som en plattform för att stödja vävnader vid bombardemanget. </li><li> Bombard i vävnaderna med hjälp av en partikel Gun (i denna metod, använder vi en enkel och billig Gun partikelfysik Inflöde 3, gris, utformad i vårt laboratorium) enligt följande, a) öppna ventilen som leder till vakuum att evakuera kammaren, b) efter vakuum når 760 mm (30 in) Hg, aktivera magnetventilen och släpp helium för att driva partiklar, c) efter partikel bombardemang, stäng ventilen vakuum linjen och släpper vakuum med avgasventil. Helium tryck som används för att accelerera partiklarna är 50 PSI. </li><li> Efter vakuum släpps, öppnar luckan för att hämta bombarderade hjärtbladen och tillbaka hjärtbladsnod, adaxial uppåt till OMS odlingsmedium. Obs: För kvantifiering och uttryck profilering, vi brukar bombardera minst tre hjärtblad för varje DNA-konstruktion. En positiv kontroll, som vanligtvis är en DNA-konstruktion som ger en väl studerade profil genuttryck, ingår som en referens. </li></ol> III. Automatiserad bildsamling <ol><li> Slå på kvicksilverlampa och vänta 30 min för lampan att värmas upp. </li><li> Slå på strömmen källor för Spot-RT CCD-kamera (diagnostiska instrument Inc., Sterling Heights, MI, USA) och robotik plattformen motorns styrenhet, som driver rörelse Robotics plattform. </li><li> Ställ in filtret in för GFP detektion (GFP2 filter infattade;.. Ex 480/40 nm, EM 510 LP) på en MZFLIII dissekera mikroskop (Leica, Heerbrugg, Schweiz). </li><li> Sterilisera förtjockad polykarbonat petriskålen lock genom att spraya med 70% etanol. De specialiserade lock, används för att täcka petriskål basen förhindra kondens under bildsamling 4. </li><li> Placera plattorna innehåller bombarderade hjärtbladen på Robotics plattform (Arrick Robotics, Hurst, TX, USA) av automatiserade bilden insamlingssystemet. Den Robotics Plattformen drivs av en stegmotor set och består av en tabell för infästning av 8 petriskålar. Plattformen är tillverkad av polykarbonat, polypropylen och aluminium. Plattorna fästs på plats genom att dra åt en lateral plast set-skruven. </li><li> Öppna den anpassade program som styr både robotik plattform och bildtagning. Dessutom öppnar programmet vita byta ljus controller. </li><li> I &quot;motorn rörelse&quot; fliken, klicka på &quot;motorn på&quot; och &quot;husbil&quot;. När programvaran orienterar plattformen till utgångsläget, är vi redo att börja skriva in positioner för varje hjärtbladsnod. </li><li> I &quot;motorn rörelse&quot; fliken, välj den första plattan. Plattformen kommer att positionera i mitten av petriskålen under målet för mikroskop. Med hjälp av rörliga avståndet knappar, exakt position den första hjärtbladsnod för bildsamling. Med vitt ljus controller på, kan målregion följas via datorns bildskärm genom att slå på &quot;live-läget&quot; funktionen. </li><li> För första hjärtbladsnod, ställa in fokus och förstoring (1,6 x förstoring är att föredra) med den manuella rattarna på dissekera mikroskop. Fokus justeringar för återstående hjärtbladen på samma tallrik görs med tre lyftlänksväxlarna sitter under varje platta, på Robotics plattform. </li><li> När regionen av intresse har ställts in, klicka på &quot;Lägg till den här positionen&quot;-knappen. Programvaran kommer att lägga till koordinaterna för denna region till en position schema-fil och plattformen kommer att återvända till mitten av plattan. </li><li> Ställ positioner och fokusera på alla andra hjärtbladen på plåtar med hjälp av de rörliga avstånd knappar och manuell skruvar utjämning. Efter alla koordinater för alla hjärtbladen har matats in, spara koordinaterna positionen schemat. </li><li> Skriv in parametrarna bildsamling. I &quot;bilden inställningen&quot;-fliken väljer du vilken typ av ljus önskas, vit eller blå. För GFP upptäckt, bör endast den blå ljus användas. Ange också exponeringsinställningen. Även om vi kan ändra tiden för exponering självständigt för rött, blått och grönt, använder vi normalt samma inställningar för GFP foto-dokumentation (20, 14 och 14 sek för rött, grönt och blått kanaler, respektive) tillåter oss att göra direkt och konsekventa jämförelser mellan olika DNA-konstruktioner. </li><li> I samma &quot;bild inställning&quot; fliken anger en tom mapp där bilderna ska lagras. Varje serie bilder kommer att sparas i denna mästare mapp i fristående mappar, numrerade sekventiellt enligt den ordning Positionerna ingås för hjärtblad. </li><li> Gå till &quot;fånga tiden kontroll&quot;-fliken och ställ in bilden intervallet förvärvet tid och totalt antal cykler av bildsamling. Bilderna är oftast samlas varje timme för 100 timmar, vilket ger väldefinierade genuttrycksprofilerna. </li><li> Starta bild förvärv genom att klicka på &quot;Kör schemat!&quot; knappen i &quot;position schemat&quot;-fliken. </li><li> I slutet av 100 h bildsamlingen, överföra alla bilder från datorn som styr roboten till en stor kapacitet hårddisk eller dator för vidare bildanalys. Högupplösta bilder (1600 x 1200 pixlar) samlas som TIF-filer som mäter ~ 5 Mb vardera. </li></ol> IV. Bildanalys <ol><li> Montera 100 sekventiella bilder från varje mapp med hjälp av Adobe ImageReady. <ol><li> Öppna ImageReady och importera alla sekventiella bilder komponera en serie som ramar. </li><li> Ändra storlek på originalbilder till 800 x 600 pixlar. Insamlade bilderna är högupplösta, som genererar stora filer som kan göra bildbehandling långsamt. </li><li> Bläddra igenom bilderna och hitta en plats (er) synlig i de flesta bilder. </li><li> Zoom upp till 300% på den valda platsen (s). Uppriktning av bilder med högre förstoring ger en mer exakt registrering. </li><li> Sätt in ett lager ovanpå alla bilder och se är synlig i alla ramar. Markera plats (er) med hjälp av &quot;pensel&quot; verktyget. </li><li> Påbörja anpassningen av alla ramar med &quot;flytta&quot; verktyg och ta märken på lagret som referens. </li><li> När justeringen är klar, ta bort lagret används som referens och spara bilder som en enda &quot;PSD&quot; filen. Dessutom exporterar alla bildrutor som en enda &quot;mov&quot;-filen med den högsta upplösningen. Manuell anpassning av varje bild serien tar ~ 10 min. </li></ol></li><li> Utför kvantifiering av genuttryck med ImageJ. <ol><li> Öppna ImageJ programvara och öppna &quot;mov&quot;-fil som sparats tidigare i ImageReady. </li><li> Med hjälp av markeringsverktyget, välj en 400 x 300 pixel området och beskära bilden. Den nya filen ska sparas som en &quot;avi&quot;-fil. </li><li> Separera sekventiella bilder, som ligger i den nya &quot;avi&quot;-fil i rött, blått och grönt kanaler genom att klicka på &quot;bilden&quot;, &quot;färg&quot; och &quot;RGB split&quot; i ImageJ. </li><li> Subtrahera bakgrundsfluorescens från alla bilder i grönt och rött kanaler. Använda den gröna kanalen bildserie, välj en 20 x 20 pixlar område från en region med icke-innehållande celler och spela in sin plats i &quot;ROI Manager&quot; verktyg, så att samma område kommer att väljas i båda kanalerna. Med 20 x 20 pixlar kvadrat aktiv i den gröna kanalen, gå till &quot;plugins&quot; kommandot som ligger i aktivitetsfältet i ImageJ och klicka sedan på &quot;subtrahera mäts avkastningen för varje skiva&quot; plugin-verktyg. </li><li> I ImageJ, klicka på &quot;Image&quot;, &quot;Justera&quot; och sedan &quot;tröskel&quot; för att definiera eller segment GFP-uttryckande pixlar. Justera tröskelvärden genom att dra fältet i tröskeln fönstret för att uppnå ett genomsnitt strålpunkt på 20-30 pixlar. </li><li> Bestäm GFP uttryck med hjälp av en plugin som vi utformat för att mäta den genomsnittliga gråskala värde per pixel och det totala antalet GFP-uttryckande pixlar. </li><li> Kopiera den genomsnittliga produktionen gråskala värden i ImageJ och klistra in i Microsoft Office Excel. Beräkna GFP uttryck för varje kanal (röd och grön) genom att multiplicera den genomsnittliga gråskala värde per pixel med det totala antalet av GFP-uttryckande pixlar för varje kanal. Summan av uttrycket värden för båda kanalerna ger GFP uttryck. Värden kan användas för att illustrera genuttrycksprofilerna och göra direkta jämförelser. Time-lapse animationer kan också genereras med &quot;mov&quot; eller &quot;AVI&quot;-filer, vilket ger en unik och tydlig visualisering av genuttryck profil. </li></ol></li></ol> V. representativa resultat Den robotiserade bildsamlingen och analys (Fig. 1) redovisas här gör förvärv av en stor mängd kvantitativa data om genuttryck i en kort tidsperiod. För anläggning promotor karaktärisering med hjälp av GFP-genen är denna metod inte bara till nytta för att skapa övergående uttryck profiler (Fig. 2) men också för att spåra i detalj-sätt GFP uttryck i övergående och stabilt-transformerade plantvävnader 5,6. Kort tidsförlopp animationer genereras med de insamlade sekventiella bilderna är ett värdefullt verktyg för djupgående analyser av genuttryck över tiden i plantvävnader. Denna metod har också stor ansökan att värdera faktorer som direkt påverkar genuttrycket. Till exempel har övergående GFP uttryck i förekomsten av olika förtrycker tysta viralt ursprung framgångsrikt studerats med hjälp av vår automatiserade image insamling och analys av system för 7,8. <img src="/files/ftp_upload/1733/1733fig1.jpg" alt="Figur 1" /> Figur 1. Bildanalys förfarande består av fyra huvudsakliga steg. (A) Förvärv av bildserie med hjälp av robotsystem bildsamlingen, (B) uppdelning av bilder i rött, blått och grönt-kanaler, (C) segmentering av uttrycka pixlar genom att justera gränsvärden och (D) få ut resultat innehåller gråskala värderingar och GFP-uttryckande fokus räkna. <img src="/files/ftp_upload/1733/1733fig2.jpg" alt="Figur 2" /> Figur 2. Diagram som visar olika övergående uttryck profiler drivs av anläggningen initiativtagare smält till GFP. Data samlades in med hjälp av våra robotsystem bildsamlingen och analyseras med ImageReady och ImageJ programvara.

<ol>
	<li>Murashige, T., Skoog, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+revised+medium+for+rapid+growth+and+bioassays+with+tobacco+tissue+cultures.">A revised medium for rapid growth and bioassays with tobacco tissue cultures.</a> Physiol Plant. 15, 473-497 (1962).</li><li>Gamborg, O. L., Miller, R. A., Ojima, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nutrient+requirements+of+suspension+cultures+of+soybean+root+cells.">Nutrient requirements of suspension cultures of soybean root cells.</a> Exp Cell Res. 50, 150-158 (1968).</li><li>Finer, J. J., Vain, P., Jones, M. W., McMullen, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+the+particle+inflow+gun+for+DNA+delivery+to+plant+cells.">Development of the particle inflow gun for DNA delivery to plant cells.</a> Plant Cell Rep. 11, 232-238 (1992).</li><li>Finer, J. E., Finer, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+reducing+moisture+condensation+on+Petri+dish+lids.">A simple method for reducing moisture condensation on Petri dish lids.</a> Plant Cell Tiss Org. 91, 299-304 (2007).</li><li>Buenrostro-Nava, M. T., Ling, P. P., Finer, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+35S+and+Lectin+promoters+in+transgenic+soybean+tissue+using+an+automated+image+acquisition+system+and+image+analysis.">Comparative analysis of 35S and Lectin promoters in transgenic soybean tissue using an automated image acquisition system and image analysis.</a> Plant Cell Rep. 25, 290-296 (2006).</li><li>Chiera, J. M., Bouchard, R. A., Dorsey, S. L., Park, E. H., Buenrostro-Nava, M. T., Ling, P. P., Finer, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+two+highly+active+soybean+(Glycine+max+(L.)+Merr.)+promoters+and+their+characterization+using+a+new+automated+image+collection+and+analysis+system.">Isolation of two highly active soybean (Glycine max (L.) Merr.) promoters and their characterization using a new automated image collection and analysis system.</a> Plant Cell Rep. 26, 1501-1509 (2007).</li><li>Chiera, J. M., Lindbo, J. A., Finer, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+and+extension+of+transient+GFP+expression+by+the+co-introduction+of+a+suppressor+of+silencing.">Quantification and extension of transient GFP expression by the co-introduction of a suppressor of silencing.</a> Transgenic Res. 17, 1143-1154 (2008).</li><li>Dhillon, T., Chiera, J. M., Lindbo, J. A., Finer, J. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+evaluation+of+six+different+viral+suppressors+of+silencing+using+image+analysis+of+transient+GFP+expression.">Quantitative evaluation of six different viral suppressors of silencing using image analysis of transient GFP expression.</a> Plant Cell Rep. 28, 639-647 (2009).</li></ol>

Användningen av robotteknik har en enorm tillämpningar inom olika aspekter av mänskligt liv, specifikt har robotar som faktiskt används för att utföra aktiviteter i farliga miljöer, för att automatisera tråkiga och komplexa verksamheter, och att utföra uppgifter på ett mer exakt sätt. I molekylärbiologi, och specifikt gen analyser uttryck kan robotar hjälpa spåra inte bara drag av gener utan även vävnad tillväxt och utveckling över tiden. Många biologiska fenomen uppstår dynamiskt, vilket kan vara svårt att följa med enstaka observationer tidpunkt. Användningen av GFP genen för uttryck studier innebär ytterligare fördelar för att observera vävnad respons och tillväxt. För vår experimentella procedurer, låter GFP oss följa genuttryck i samma bit vävnad över tiden GFP upptäckt är ett icke-förstörande. Dessutom är vår version av GFP-proteinet tillräckligt stabil för att upptäcka men också visar några omsättning för att minimera ansamling i växtvävnad, tillåter oss att följa både uppgång och fall av genuttryck. Vi har redan utnyttjat våra robot bild insamling och analys för ett brett spektrum av applikationer. Vi ser stor potential för många biologiska applikationer där en dynamisk förståelse av ett fenomen önskas. Till exempel kan tillväxt och utveckling av växtvävnad spåras med hjälp av vårt system som ger värdefull kunskap / information om dessa processer. Även dynamiken i proteinet transporter med hjälp av reporter gener som GFP, kan enkelt visualiseras med time-lapse animationer. Den metod som beskrivs i denna rapport är tekniskt komplicerad, men konceptuellt enkel. Våra resultat är robusta och nya användningsområden ständigt upptäcks.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>ImageJ</td>
<td>Software</td>
<td>U. S. National Institutes of Health</td>
<td>&nbsp;</td>
<td><a href="http://www.rsb.info.nih.gov/ij/">http://rsbweb.nih.gov/ij/</a></td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>

robotics and dynamic image analysis for studies of gene expression in plant tissues

Genuttryck i plantvävnader är typiskt studeras genom destruktiva utvinning av ämnen från växt vävnader för<em&gt; In vitro</em&gt; Analyser. Metoderna som presenteras här utnyttjar det grönt fluorescerande protein (<em&gt; GFP</em&gt;) Genen för kontinuerlig uppföljning av genuttryck i samma bitar av vävnader över tiden. Den<em&gt; GFP</em&gt; Gen placeras under tillsyn över olika promotorer och förs in lima bönor cotyledonary vävnader via partikel bombardemanget. Hjärtbladen placerades därefter på en robotliknande bildsamling, som bestod av en fluorescens dissekera mikroskop med en digital kamera och en 2-dimensionell robotik plattform anpassade för att tillåta säker fastsättning av kultur rätter. Bilder togs från cotyledonary vävnader varje timme i 100 timmar för att generera uttryck profiler för varje projektansvarig. Varje samlat serie 100 bilder första gången utsatts för manuell bildjustering använda ImageReady för att kontrollera att GFP-uttryckande foci konsekvent behölls inom utvalda områden analys. Specifika regioner i serien mäter 300 x 400 pixlar, därefter valts ut för ytterligare analys för att ge mätningar GFP Intensitet med ImageJ programvara. Batch bilder skildes i den röda, gröna och blå kanaler och GFP-uttryckande områden identifierades med hjälp av tröskeln inslag i ImageJ. Efter avdrag bakgrunden fluorescens (subtraktion av gråa värden av icke-uttrycka pixlar från varje pixel) i respektive röda och gröna kanalerna var GFP intensiteten beräknas genom att multiplicera den genomsnittliga gråskala värde per pixel med det totala antalet av GFP-uttryckande bildpunkter i kanal, och sedan lägga dessa värden för både röda och gröna kanalerna. GFP Intensitet värden in för alla 100 tidpunkter för att ge uttryck profiler. Variationer i GFP uttryck profiler berodde på olikheter i faktorer som främjare styrka, närvaro av en tysta suppressor, eller arten av arrangören. Förutom kvantifiering av GFP intensitet var bildserie också användas för att generera tidsförlopp animeringar med hjälp av ImageReady. Time-lapse animationer visade att en klar majoritet av celler visas en relativt snabb ökning av GFP uttryck, följt av en långsam minskning. Vissa celler visas ibland en plötslig förlust av fluorescens, som kan vara förknippade med snabb celldöd. Skenbar transport av GFP över membranet och cellens vägg till angränsande celler observerades också. Tid förflutit animationer förutsatt ytterligare information som annars inte skulle uppnås med profiler GFP Stödnivå eller enstaka tidpunkt bildsamlingar.

Watch this Scientific Journal Video about Robotics and Dynamic Image Analysis for Studies of Gene Expression in Plant Tissues at JoVE.com

Robotics and Dynamic Image Analysis for Studies of Gene Expression in Plant Tissues

Vi rapporterar en metod för introduktion, spårning och kvantitativ analys av GFP uttryck i växtceller. Den här metoden använder ett skräddarsytt robotsystem för halvkontinuerlig bildsamling från ett stort antal prover, över tid. Vi visar också användningen av ImageJ och ImageReady för analys av bild-serien.

Robotics och Dynamic bildanalys för studier av genuttryck i plantvävnader

Gene expression in plant tissues is typically studied by destructive extraction of compounds from plant tissues for in vitro analyses. The methods ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Beredningen av primära hematopoietisk cell kulturer från Murine Bone Marrow för elektroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Virus-induced Gene Silencing (VIGS) in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-induced Gene Silencing VIGS in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-inducerad geners uttryck (VIGS) i Nicotiana benthamiana Och Tomat

RNA interference (RNAi) is a highly specific gene-silencing phenomenon triggered by dsRNA1. This silencing mechanism uses two major classes of RNA ...

Spinal Cord Electrophysiology

Ryggmärg Elektrofysiologi

The neonatal mouse spinal cord is a model for studying the development of neural circuitries and locomotor movement. We demonstrate the spinal cord ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Använda Gene Pulser MXcell elektroporation System till transfektera primärceller med hög verkningsgrad

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Hjälp av ett automatiserat celltalsräknare att förenkla Studier Gene Expression: siRNA Knockdown av IL-4 beroende genuttryck i Namalwa Cells

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Paraffin-Embedded and Frozen Sections of Drosophila Adult Muscles

Paraffin-Embedded and Frozen Sections of Drosophila Adult Muscles

Paraffininbäddade och frysta snitt av Drosophila Vuxen Muskler

The molecular characterization of muscular dystrophies and myopathies in humans has revealed the complexity of muscle disease and genetic analysis of ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Beredning av Active T. castaneum Telomeras

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Affinity-based Isolation of Tagged Nuclei from Drosophila Tissues for Gene Expression Analysis

Affinity-based Isolation of Tagged Nuclei from Drosophila Tissues for Gene Expression Analysis

Affinitetsbaserade Isolering av Tagged Kärnor från<em&gt; Drosophila</em&gt; Vävnader för Gene Expression Analysis

Drosophila melanogaster embryonic and larval tissues often contain a highly heterogeneous mixture of cell types, which can complicate the analysis of gene ...

Analysis of Global RNA Synthesis at the Single Cell Level following Hypoxia

Analys av global RNA syntes vid den inre cellnivå efter Hypoxi

Hypoxia or lowering of the oxygen availability is involved in many physiological and pathological processes. At the molecular level, cells initiate a ...

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

Automated Analysis of Dynamic Ca2+ Signals in Image Sequences

Automatiserad analys av dynamiska Ca<sup&gt; 2 +</sup&gt; Signaler i bildsekvenser

Intracellular Ca2+ signals are commonly studied with fluorescent Ca2+ indicator dyes and microscopy techniques. However, quantitative analysis of Ca2+ ...