Name: an improved method of rna isolation from loblolly pine (p. taeda l.) and other conifer species
Uploaded: 2010-02-22T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species at JoVE.com

نود أن نشكر الأشخاص الذين التالي دون مساعدة مجموعة من الأنسجة الصنوبر لن يكون ممكنا : الدكتور جو نيرن ، Bryman مات ، مايكل بوردو ، Bagal Ujwal ، جين Huizhe ، وأماندا بوفييه.

الجزء 1 : حصاد شجرة بعد اختيار الأشجار وقطعها ، فإنه من المهم أن تعمل بدقة وبأسرع وقت ممكن. كما هو حصاد كل نوع من أنواع الأنسجة المختلفة ، ينبغي وضعها على الفور في السفن الخاصة النيتروجين السائل لتفادي أي تلوث المواد عبر العينة. هذ...

<ol>
	<li>Chang, S., Puryear, J., Cairney, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+and+efficient+method+for+extracting+RNA+from+pine+trees.">A simple and efficient method for extracting RNA from pine trees.</a> Plant Molecular Biology Reporter. 11 (2), 113-116 (1993).</li><li>Lorenz, W. W., Yu, Y. S., Sim&#369;es, M., Dean, J. F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+the+Loblolly+Pine+PtGen2+cDNA+Microarray.">Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray.</a> Journal of Visualized Experiments. 25, (2009).</li></ol>

يمكن الحصول على نوعية عالية من الحمض النووي الريبي الأنواع الصنوبرية يكون مهمة صعبة نظرا لمستويات عالية من مركبات الفينول والسكاريد موجودة في الأنسجة الخشبية. بدءا من البروتوكول التي وضعتها تشانغ وآخرون. (1) ، وجدنا أن استخراج أكثر صرامة وتنظيف خطوات تؤدي إلى العزلة ...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>RNA Isolation Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>2% CTAB (hexadecyltrimethylammonium bromide), 2% PVP (polyvinyl pyrrolidinone; Mw 30-40,000), 100mM Tris-HCl (pH8.0), 25mM EDTA, 2.0M NaCl, 0.5g/L Spermidine</td>
</tr>
<tr>
<td>Chloroform</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>C298-4</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phenol, Ultrapure</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15509-037</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>10M LiCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Made with DEPC-treated water</td>
</tr>
<tr>
<td>SSTE Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>1M NaCl, 0.5% SDS, 10mM Tris-HCl (pH8.0), 1mM EDTA (pH8.0)</td>
</tr>
<tr>
<td>Sodium acetate (NaOAc) 3M pH4.8</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Made with DEPC-treated water</td>
</tr>
<tr>
<td>Phenol-chloroform (pH8.0)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>120mL phenol, 160mL chloroform titrated with multiple changes of 0.5M Tris-Cl pH 8.0</td>
</tr>
<tr>
<td>Oak Ridge High Speed Teflon Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#05-562-16B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Polypropylene 50mL High Speed Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#05-562-10K</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BD Falcon,sterile, capped 50mL conical disposable tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>#21008-939</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phase Lock Gel Heavy, 2mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#2302830</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ambion RNase-free Microfuge Tubes, 2mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion, Inc.</td>
<td>#AM12425</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

an improved method of rna isolation from loblolly pine (p. taeda l.) and other conifer species

الأنسجة المعزولة من الأنواع الصنوبرية ، وبخاصة أولئك الذين ينتمون إلى عائلة Pinaceae ، مثل الصنوبر loblolly (<em&gt; صنوبر taeda</em&gt; L.) ، تحتوي على تركيزات عالية من مركبات الفينول والسكريات التي تتداخل مع تنقية الحمض النووي الريبي. العزلة ذات جودة عالية من الحمض النووي الريبي هذه الأنواع تتطلب إجراءات صارمة لجمع الأنسجة في هذا المجال والعمل على وضع بروتوكول عزل الحمض النووي الريبي يتألف من عدة خطوات استخراج العضوية من أجل عزل الحمض النووي الريبي ذات نوعية كافية لميكروأري الجينومية والتحليلات الأخرى. عزل ذات جودة عالية من الحمض النووي الريبي الميداني بجمع عينات من الصنوبر loblolly صعبة يمكن ان يكون ، ولكن تعديلات عدة على مستوى الأنسجة وإجراءات عزل الحمض النووي الريبي تحسن كثيرا من النتائج. مدى تدهور RNA زيادات عامة إذا لم يتم بشكل صحيح العينات التي تم جمعها ونقلها من الميدان ، ولا سيما خلال مواسم الحصاد على نطاق واسع. ويمكن زيادة غلة مجموع عينات الحمض النووي الريبي بشكل ملحوظ في تحطيم مصنع النيتروجين السائل المجمد قبل RNA العزلة ، وخصوصا عندما تأتي من عينات الأنسجة الخشبية. هذا يرجع أساسا إلى وجود عوامل المؤكسدة ، مثل مركبات الفينول ، والسكريات التي هي على حد سواء الحالية على مستويات عالية في مقتطفات من الأنسجة الخشبية لمعظم الأنواع الصنوبرية. إن لم يكن إزالة ، ويمكن لهذه الملوثات تحمل أكثر مما يؤدي إلى مشاكل ، مثل تدهور RNA ، التي تؤدي إلى انخفاض غلة والفقراء عينة الحمض النووي الريبي الجودة. يمكن المرحل من المركبات الفينولية ، فضلا عن السكريات ، وخفض أيضا أو حتى القضاء تماما على نشاط أو الناسخ العكسي polymerases الأخرى المستخدمة عادة لتخليق [كدنا]. ويجب على وجه الخصوص ، RNA الموجهة لاستخدامه كقالب لالمزدوج تقطعت بهم السبل التوليف [كدنا] في توليد مكتبات [كدنا] ، واحد الذين تقطعت بهم السبل التوليف [كدنا] لPCR أو في qPCR ، أو لتجميع المواد المستهدفة ميكروأري تكون من أعلى مستوى من الجودة إذا ما توصل الباحثون يتوقعون للحصول على النتائج المثلى. تقنيات عزل الحمض النووي الريبي استخداما بالنسبة للعديد من الأنواع النباتية الأخرى وغالبا ما تكون غير كافية من حيث قدرتها على إزالة هذه الملوثات من عينات الصنوبرية ، وبالتالي لم تسفر مجموع عينات الحمض النووي الريبي مناسبة للتلاعب المصب. في هذا الفيديو نظهر أساليب الجمع الميداني للأنسجة الصنوبرية ، بدءا من قطع شجرة عمرها الأربعين ، إلى حصاد اللحاء ، الخشب الثانوي ، وتفاعل الخشب الخشب. نظهر ايضا بروتوكولا العزلة الحمض النووي الريبي التي أسفرت باستمرار عالية الجودة الحمض النووي الريبي للتلاعب الأنزيمية لاحقة.

Watch this Scientific Journal Video about An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species at JoVE.com

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species

العديد من الأنسجة النباتية ، بما في ذلك اللحاء والخشب من الصنوبر loblolly (<em&gt; صنوبر taeda</em&gt; L.) ، تحتوي على مستويات عالية من السكريات والفينولات التي تتداخل مع تنقية الحمض النووي الريبي. يناقش هذا العرض التقديمي تقنيات حصاد الميداني نمت الأنسجة وعزل الحمض النووي الريبي ذات نوعية كافية لميكروأرس الجينومية والتحليلات الأخرى.

طريقة محسنة لعزل الحمض النووي الريبي من الصنوبر Loblolly ( P. taeda L.) والأنواع الأخرى الصنوبرية

Tissues isolated from conifer species, particularly those belonging to the Pinaceae family, such as loblolly pine (Pinus taeda L.), contain high ...

Research

JoVE Journal

Biology

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine (P. taeda L.) and Other Conifer Species

Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray

معالجة Loblolly باين PtGen2 ميكروأري [كدنا]

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs.  The array is produced in our laboratory for use by researchers ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

عزل الحمض النووي الريبي من الجنينية التجميعي واسماك الزرد [كدنا] لتحليل الجينات

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

التنميط وغيره من Methyltransferases S - adenosyl - L - الهموسيستين ملزم البروتينات المركبة من قبل التقاط الطيف الكتلي (CCMS)

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

عينات الشعر نونينفاسيفي تقنيات الحمض النووي للحصول على ارتفاع الجودة من الثدييات الصغيرة المراوغ

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

العزلة وتنقية كينيسين من ذبابة الفاكهة الأجنة

Motor proteins move cargos along microtubules, and transport them to specific sub-cellular locations. Because altered transport is suggested to underlie a ...

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

مصاصة للدماء العزل من السائل خارج الخلية من<em&gt; Caenorhabditis ايليجانس</em

The genetically tractable model organism C. elegans has provided insights into a myriad of biological questions, enabled by its short generation time, ...

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

لتحسين طريقة لقياس دقة وسرعة الأداء في الطيران<em&gt; ذبابة الفاكهة</em

Drosophila has proven to be a useful model system for analysis of behavior, including flight. The initial flight tester involved dropping flies into an ...

RNA Isolation from Mouse Pancreas: A Ribonuclease-rich Tissue

عزل الحمض النووي الريبي من بنكرياس الفأر: A-ريبونوكلياز الأنسجة الغنية

Isolation of high-quality RNA from ribonuclease-rich tissue such as mouse pancreas presents a challenge.  As a primary function of the pancreas is to aid ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

الهجين قطع: طريقة محسنة باجتزاء لعينات الأنسجة النباتية المتمردة

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

Stomata Tape-Peel: An Improved Method for Guard Cell Sample Preparation

الشريط الثغور-التقشير: طريقة محسنة لإعداد نموذج خلية الحرس

The study of guard cells is essential to the knowledge of the specific contributions of this cell type to the overall function of plants. However, it is ...