Name: an improved method of rna isolation from loblolly pine (p. taeda l.) and other conifer species
Uploaded: 2010-02-22T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species at JoVE.com

ברצוננו להודות לאנשים הבאים שללא עזרתה אוסף של רקמות אורן לא היה אפשרי: ד&quot;ר ג&#39;ו נעים, מאט Bryman, מיכאל בורדו, Ujwal Bagal, Huizhe ג&#39;ין, ואמנדה Bouffier.

חלק 1: קציר עץ לאחר עץ נבחרה כרותים, חשוב לעבוד בזהירות במהירות האפשרית. כמו כל סוג רקמה שונה שנקטפו, הם צריכים להציב מיד לתוך כלי משלהם חנקן נוזלי, כדי למנוע זיהום לחצות החומר המדגם. זה פרוטוקול בידוד RNA הוא מדרגי. <ol style=";text-align...

<ol>
	<li>Chang, S., Puryear, J., Cairney, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+and+efficient+method+for+extracting+RNA+from+pine+trees.">A simple and efficient method for extracting RNA from pine trees.</a> Plant Molecular Biology Reporter. 11 (2), 113-116 (1993).</li><li>Lorenz, W. W., Yu, Y. S., Sim&#369;es, M., Dean, J. F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+the+Loblolly+Pine+PtGen2+cDNA+Microarray.">Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray.</a> Journal of Visualized Experiments. 25, (2009).</li></ol>

קבלת באיכות גבוהה RNA ממינים כוניפאר יכול להיות משימה קשה בהתחשב רמות גבוהות של תרכובות פנוליות וכן פוליסכריד נמצא ברקמות וודי. החל פרוטוקול שפותח על ידי Chang et al. (1), נמצא כי מיצוי קפדני יותר לנקות צעדים להוביל לבידוד עקבית של RNA מסך מאוד איכותי של וודי וודי שונים שאינם ר...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>RNA Isolation Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>2% CTAB (hexadecyltrimethylammonium bromide), 2% PVP (polyvinyl pyrrolidinone; Mw 30-40,000), 100mM Tris-HCl (pH8.0), 25mM EDTA, 2.0M NaCl, 0.5g/L Spermidine</td>
</tr>
<tr>
<td>Chloroform</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>C298-4</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phenol, Ultrapure</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15509-037</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>10M LiCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Made with DEPC-treated water</td>
</tr>
<tr>
<td>SSTE Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>1M NaCl, 0.5% SDS, 10mM Tris-HCl (pH8.0), 1mM EDTA (pH8.0)</td>
</tr>
<tr>
<td>Sodium acetate (NaOAc) 3M pH4.8</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Made with DEPC-treated water</td>
</tr>
<tr>
<td>Phenol-chloroform (pH8.0)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>120mL phenol, 160mL chloroform titrated with multiple changes of 0.5M Tris-Cl pH 8.0</td>
</tr>
<tr>
<td>Oak Ridge High Speed Teflon Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#05-562-16B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Polypropylene 50mL High Speed Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#05-562-10K</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BD Falcon,sterile, capped 50mL conical disposable tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>#21008-939</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phase Lock Gel Heavy, 2mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#2302830</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ambion RNase-free Microfuge Tubes, 2mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion, Inc.</td>
<td>#AM12425</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

an improved method of rna isolation from loblolly pine (p. taeda l.) and other conifer species

רקמות שבודד מינים כוניפאר, בעיקר אלה השייכים למשפחת Pinaceae, כגון אורן loblolly (<em&gt; Pinus taeda</em&gt; ל), מכילים ריכוז גבוה של תרכובות פנוליות ופוליסכרידים שמפריעים טיהור RNA. בידוד איכותיים RNA ממינים אלה מחייב איסוף קפדני רקמות נהלים בתחום וכן את העסקתם של פרוטוקול בידוד RNA מורכב מספר שלבים מיצוי אורגני כדי לבודד RNA באיכות מספקת microarray גנומי וניתוחים אחרים. הבידוד באיכות גבוהה RNA מן השדה שנאספו אורן loblolly דגימות יכול להיות מאתגר, אבל כמה שינויים ברקמת תקן ונהלים RNA בידוד לשפר באופן משמעותי את התוצאות. היקף השפלה RNA כללי מגדילה אם דגימות אינם נאספים כראוי והעבירו מהשדה, במיוחד במהלך רחב היקף היבול. סך התשואות RNA ניתן להגדיל באופן משמעותי טחנת במקפיא חנקן נוזלי לפני RNA בידוד על ידי דגימות כתישה, במיוחד כאשר מגיעים דגימות מרקמות וודי. זה בעיקר בשל נוכחותם של סוכני חמצון, כגון תרכובות פנוליות, ופוליסכרידים כי הן נוכח רמות גבוהות של תמציות מרקמות של מינים מעוצים כוניפאר ביותר. אם לא יוסר, מזהמים אלו יכולות לשאת מעל המובילים לבעיות, כגון רנ&quot;א השפלה, כי בעקבות התשואות נמוכות מדגם באיכות ירודה RNA. שריד של תרכובות פנוליות, כמו גם סוכרים, יכול גם להפחית או אפילו לבטל לחלוטין את הפעילות של transcriptase הפוכה או polymerases השני הנפוץ לסינתזה cDNA. בפרט, RNA נועד לשמש כתבנית לסינתזה פעמיים תקועים cDNA בדור של ספריות cDNA, חד גדילי סינתזה cDNA עבור PCR או qPCR של, או לסינתזה של חומרים היעד microarray חייב להיות באיכות הגבוהה ביותר אם החוקרים לצפות כדי להשיג תוצאות אופטימליות. טכניקות בידוד RNA מועסקים בדרך כלל על מיני צמחים רבים אחרים הם לעתים קרובות מספיק ביכולתם להסיר מזהמים אלה מדגימות כוניפאר ולכן לא התשואה הכולל דגימות RNA מתאים מניפולציות במורד הזרם. בסרטון הזה אנחנו מדגימים שיטות לאיסוף השדה של רקמות כוניפאר, החל כריתת עץ בן ארבעים, על קצירת של השיפה, העצה המשנית, ועץ העצה התגובה. אנחנו גם להדגים פרוטוקול בידוד RNA אשר הניב באופן עקבי באיכות גבוהה של רנ&quot;א מניפולציות האנזימטית הבאים.

Watch this Scientific Journal Video about An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species at JoVE.com

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species

הצמח וברקמות רבים, כולל השיפה ו העצה של אורן loblolly (<em&gt; Pinus taeda</em&gt; ל), מכילים רמות גבוהות של phenolics ופוליסכרידים שמפריעים טיהור RNA. מצגת זה דן טכניקות הקציר השדה גדל רקמות הבידוד של רנ&quot;א באיכות מספקת microarrays ומנתח גנומית אחרים.

שיטה משופרת של בידוד RNA מן אורן Loblolly ( פ &#39; taeda ל) ומינים אחרים Conifer

Tissues isolated from conifer species, particularly those belonging to the Pinaceae family, such as loblolly pine (Pinus taeda L.), contain high ...

Research

JoVE Journal

Biology

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine (P. taeda L.) and Other Conifer Species

Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray

עיבוד פיין Loblolly PtGen2 cDNA microarray

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs.  The array is produced in our laboratory for use by researchers ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

RNA סינתזה ניתוק מן דג הזברה cDNA עובריים עבור ניתוח ביטוי גנים

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

פרופיל של Methyltransferases ועל אחרים S-Adenosyl- L-הומוציסטאין מחייב חלבונים על ידי ספקטרומטריית מתחם המיסה לכידה (CCMS)

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

שיער פולשנית דגימה טכניקה לקבל DNA באיכות גבוהה מ יונקים קטנים החמקמק

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

בידוד וטיהור של kinesin מ תסיסנית עוברים

Motor proteins move cargos along microtubules, and transport them to specific sub-cellular locations. Because altered transport is suggested to underlie a ...

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

בידוד ערפדים של נוזלים מתאיים<em&gt; Elegans Caenorhabditis</em

The genetically tractable model organism C. elegans has provided insights into a myriad of biological questions, enabled by its short generation time, ...

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

שיטה משופרת למדידה מדויקת והמהירה של טיסה בביצועים<em&gt; דרוזופילה</em

Drosophila has proven to be a useful model system for analysis of behavior, including flight. The initial flight tester involved dropping flies into an ...

RNA Isolation from Mouse Pancreas: A Ribonuclease-rich Tissue

בידוד RNA מן העכבר לבלב: רקמות ribonuclease עשיר

Isolation of high-quality RNA from ribonuclease-rich tissue such as mouse pancreas presents a challenge.  As a primary function of the pancreas is to aid ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

-Cut ההיברידי: שיטת חתך משופרת עבור דוגמאות רקמות צמח סרבן

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

Stomata Tape-Peel: An Improved Method for Guard Cell Sample Preparation

הפיוניות הקלטת-פיל: שיטה משופרת עבור הכנת הדוגמא משמר תא

The study of guard cells is essential to the knowledge of the specific contributions of this cell type to the overall function of plants. However, it is ...