Name: an improved method of rna isolation from loblolly pine (p. taeda l.) and other conifer species
Uploaded: 2010-02-22T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species at JoVE.com

Мы хотели бы поблагодарить следующих лиц без чьей помощи коллекции сосны ткани не было бы возможным: Доктор Джо Нэрн, Мэтт Брайман, Майкл Бордо, Ujwal Bagal, Huizhe Джин, и Аманда Буффье.

Часть 1: Дерево Harvest После дереве выбран и срубленные, важно работать аккуратно и как можно быстрее. Так как каждый другой тип ткани собирают, они должны располагаться непосредственно в свои жидкого азота суда, чтобы избежать перекрестного загрязнения образцов материал...

<ol>
	<li>Chang, S., Puryear, J., Cairney, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+and+efficient+method+for+extracting+RNA+from+pine+trees.">A simple and efficient method for extracting RNA from pine trees.</a> Plant Molecular Biology Reporter. 11 (2), 113-116 (1993).</li><li>Lorenz, W. W., Yu, Y. S., Sim&#369;es, M., Dean, J. F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+the+Loblolly+Pine+PtGen2+cDNA+Microarray.">Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray.</a> Journal of Visualized Experiments. 25, (2009).</li></ol>

Получение высококачественной РНК из хвойных пород может быть трудной задачей, учитывая высокий уровень фенольных соединений и полисахаридов найден в древесных тканях. Начиная с протокол, разработанный Chang и соавт. (1), мы обнаружили, что более строгий добыче и очистке ступени ведут к по?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>RNA Isolation Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>2% CTAB (hexadecyltrimethylammonium bromide), 2% PVP (polyvinyl pyrrolidinone; Mw 30-40,000), 100mM Tris-HCl (pH8.0), 25mM EDTA, 2.0M NaCl, 0.5g/L Spermidine</td>
</tr>
<tr>
<td>Chloroform</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>C298-4</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phenol, Ultrapure</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15509-037</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>10M LiCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Made with DEPC-treated water</td>
</tr>
<tr>
<td>SSTE Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>1M NaCl, 0.5% SDS, 10mM Tris-HCl (pH8.0), 1mM EDTA (pH8.0)</td>
</tr>
<tr>
<td>Sodium acetate (NaOAc) 3M pH4.8</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Made with DEPC-treated water</td>
</tr>
<tr>
<td>Phenol-chloroform (pH8.0)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>120mL phenol, 160mL chloroform titrated with multiple changes of 0.5M Tris-Cl pH 8.0</td>
</tr>
<tr>
<td>Oak Ridge High Speed Teflon Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#05-562-16B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Polypropylene 50mL High Speed Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#05-562-10K</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BD Falcon,sterile, capped 50mL conical disposable tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>#21008-939</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phase Lock Gel Heavy, 2mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#2302830</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ambion RNase-free Microfuge Tubes, 2mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion, Inc.</td>
<td>#AM12425</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

an improved method of rna isolation from loblolly pine (p. taeda l.) and other conifer species

Ткани изолированы от хвойных пород, особенно тех, кто принадлежит к семейству сосновых, таких как ладанной сосны (<em&gt; Pinus taeda</em&gt; L.), содержащих высокие концентрации фенольных соединений и полисахаридов, которые мешают очистке РНК. Выделение высококачественной РНК из этих видов требует строгих тканей процедуры сбора на местах и ​​применение протокола РНК изоляции состоит из нескольких органических шагов добычи для того, чтобы изолировать РНК достаточного качества для микрочипов и других геномных анализов. Изоляции высококачественной РНК из полевых проб ладанной сосны может быть сложным, но некоторые изменения в стандартной ткани и процедуры РНК изоляции значительно улучшить результаты. Степени деградации общей РНК увеличивается, если образцы не правильно собраны и перевезены из области, особенно во время крупномасштабных урожаев. Всего дает РНК может быть значительно увеличено путем измельчения образцов в жидком азоте мельница морозильнике до РНК изоляции, особенно, когда выборки взяты из древесной ткани. Это в первую очередь из-за присутствии окислителей, таких как фенольные соединения и полисахариды, которые являются одновременно присутствовать на высоком уровне в экстрактах из древесных тканях большинства видов хвойных пород. Если не удалить эти загрязнения могут перенести, ведущие к проблемам, таким как деградация РНК, которые приводят к низкой урожайности и плохого качества РНК образца. Перенос фенольных соединений, а также полисахариды, также могут уменьшить или даже полностью устранить активность обратной транскриптазы или других полимераз обычно используется для синтеза кДНК. В частности, РНК, предназначенных для использования в качестве шаблона для двухцепочечной кДНК синтеза в поколение библиотек кДНК, одноцепочечной кДНК синтеза для ПЦР или КПЦР, или для синтеза микрочипов материалы цель должна быть самого высокого качества, если исследователи ожидают для получения оптимальных результатов. РНК изоляции методы, обычно используемые для многих других видов растений часто недостаточно в их способности, чтобы удалить эти загрязнения из хвойных образцов и, следовательно, не дают общую образцов РНК подходящие для последующих манипуляций. В этом видео мы продемонстрируем методы коллекции полей в тканях хвойных, начиная с вырубки сорок летнего дерева, уборка флоэмы, ксилемы вторичных и ксилемы реакции древесины. Мы также продемонстрировать протокол РНК изоляции, которая последовательно дали высококачественные РНК для последующего ферментативного манипуляций.

Watch this Scientific Journal Video about An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species at JoVE.com

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species

Многие ткани растений, в том числе флоэмы и ксилемы от ладанной сосны (<em&gt; Pinus taeda</em&gt; L.), содержат высокие уровни фенолов и полисахариды, которые мешают очистке РНК. В данной презентации обсуждаются методы для сбора полевых выращенные ткани и выделения РНК достаточного качества для микрочипов и другие анализы генома.

Улучшенный метод выделения РНК из Лоблолли Пайн ( П. taeda L.) и других хвойных пород

Tissues isolated from conifer species, particularly those belonging to the Pinaceae family, such as loblolly pine (Pinus taeda L.), contain high ...

Research

JoVE Journal

Biology

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine (P. taeda L.) and Other Conifer Species

Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray

Обработка Лоблолли Пайн PtGen2 кДНК Microarray

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs.  The array is produced in our laboratory for use by researchers ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

РНК Изоляция от эмбриональных данио рерио и кДНК синтеза для анализа экспрессии генов

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

Профилирование метилтрансферазы и других S-Аденозил- L-Гомоцистеин-связывающих белков Захват соединения масс-спектрометрия (CCMS)

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

Неинвазивный метод отбора проб волос для получения высоких ДНК Качество от Неуловимый мелких млекопитающих

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

Выделение и очистка от кинезин Drosophila Эмбрионы

Motor proteins move cargos along microtubules, and transport them to specific sub-cellular locations. Because altered transport is suggested to underlie a ...

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Vampiric выделение внеклеточной жидкости из<em&gt; Caenorhabditis Элеганс</em

The genetically tractable model organism C. elegans has provided insights into a myriad of biological questions, enabled by its short generation time, ...

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

Усовершенствованный метод точного и быстрого Измерение Flight Performance в<em&gt; Дрозофилы</em

Drosophila has proven to be a useful model system for analysis of behavior, including flight. The initial flight tester involved dropping flies into an ...

RNA Isolation from Mouse Pancreas: A Ribonuclease-rich Tissue

Выделение РНК от мыши поджелудочной железы: Рибонуклеаза богатых тканей

Isolation of high-quality RNA from ribonuclease-rich tissue such as mouse pancreas presents a challenge.  As a primary function of the pancreas is to aid ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

Гибрид-Cut: улучшенный Секционирование Метод непокорных растительных образцов тканей

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

Stomata Tape-Peel: An Improved Method for Guard Cell Sample Preparation

Устьиц ленты пил: Усовершенствованный метод для пробоподготовки гвардии ячейки

The study of guard cells is essential to the knowledge of the specific contributions of this cell type to the overall function of plants. However, it is ...