Name: an improved method of rna isolation from loblolly pine (p. taeda l.) and other conifer species
Uploaded: 2010-02-22T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species at JoVE.com

Vi vill tacka följande personer utan vars hjälp insamling av tall vävnader hade inte varit möjlig: Dr Joe Nairn, Matt Bryman, Michael Bordeaux, Ujwal Bagal, Huizhe Jin, och Amanda Bouffier.

Del 1: Träd Harvest När trädet är vald och avverkade är det viktigt att arbeta så noggrant och så fort som möjligt. Eftersom varje annan vävnadstyp avverkas, bör de placeras omedelbart till sin egen flytande kväve fartyg för att undvika korskontaminering av provmaterial. Detta RNA isolering protokoll är skalbar. <ol><li> Skär bultarna i längder på ca 0,5-0,75 m och med en motorsåg poäng barken i två eller tre ställen efter längdaxel bulten. </li><li> Använda ...

<ol>
	<li>Chang, S., Puryear, J., Cairney, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+and+efficient+method+for+extracting+RNA+from+pine+trees.">A simple and efficient method for extracting RNA from pine trees.</a> Plant Molecular Biology Reporter. 11 (2), 113-116 (1993).</li><li>Lorenz, W. W., Yu, Y. S., Sim&#369;es, M., Dean, J. F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+the+Loblolly+Pine+PtGen2+cDNA+Microarray.">Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray.</a> Journal of Visualized Experiments. 25, (2009).</li></ol>

Erhålla hög kvalitet RNA från barrträd arter kan vara en svår uppgift med tanke på de höga nivåer av fenoliska och polysackarid föreningar som finns i Woody vävnader. Från och med protokoll som utvecklats av Chang et al. (1), har vi funnit att strängare utvinning och städa upp trappsteg leder till en konsekvent isolering av mycket hög kvalitet totala RNA från olika Woody och icke vedartade vävnader plockats från en mängd olika barrträd arter. Denna video har visat inte bara vår modifierade RNA isoler...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>RNA Isolation Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>2% CTAB (hexadecyltrimethylammonium bromide), 2% PVP (polyvinyl pyrrolidinone; Mw 30-40,000), 100mM Tris-HCl (pH8.0), 25mM EDTA, 2.0M NaCl, 0.5g/L Spermidine</td>
</tr>
<tr>
<td>Chloroform</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>C298-4</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phenol, Ultrapure</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15509-037</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>10M LiCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Made with DEPC-treated water</td>
</tr>
<tr>
<td>SSTE Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>1M NaCl, 0.5% SDS, 10mM Tris-HCl (pH8.0), 1mM EDTA (pH8.0)</td>
</tr>
<tr>
<td>Sodium acetate (NaOAc) 3M pH4.8</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Made with DEPC-treated water</td>
</tr>
<tr>
<td>Phenol-chloroform (pH8.0)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>120mL phenol, 160mL chloroform titrated with multiple changes of 0.5M Tris-Cl pH 8.0</td>
</tr>
<tr>
<td>Oak Ridge High Speed Teflon Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#05-562-16B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Polypropylene 50mL High Speed Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#05-562-10K</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BD Falcon,sterile, capped 50mL conical disposable tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>#21008-939</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phase Lock Gel Heavy, 2mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#2302830</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ambion RNase-free Microfuge Tubes, 2mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion, Inc.</td>
<td>#AM12425</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

an improved method of rna isolation from loblolly pine (p. taeda l.) and other conifer species

Vävnader isolerade från barrträd arter, särskilt de som tillhör Pinaceae familj, till exempel Loblolly tall (<em&gt; Pinus taeda</em&gt; L.), innehåller höga halter av fenolföreningar och polysackarider som stör RNA rening. Isolering av hög kvalitet RNA från dessa arter kräver rigorösa rutiner vävnad på fältet och anställning av en RNA-isolering protokoll består av flera organiska utvinning åtgärder för att isolera RNA av tillräcklig kvalitet för microarray och andra genomiska analyser. Isolering av hög kvalitet RNA från fält-in Loblolly furu prover kan vara utmanande, men flera ändringar standard vävnad och RNA förfaranden isolering avsevärt förbättra resultaten. Omfattningen av allmänna RNA nedbrytning ökar om proverna inte är korrekt samlas in och transporteras från fältet, särskilt under stora skördar. Total RNA avkastningen kan ökas avsevärt genom pulverisering prover i flytande kväve frys kvarn innan RNA-isolering, speciellt när prover kommer från Woody vävnader. Detta beror främst på förekomsten av oxidationsmedel, såsom fenolföreningar, och polysackarider som är både närvarande vid höga nivåer i utdrag ur vedartade vävnader i de flesta barrträd arter. Om inte bort kan dessa föroreningar föra över vilket leder till problem, som RNA nedbrytning, som resulterar i låg avkastning och en dålig kvalitet RNA-prov. Överföring av fenolföreningar samt polysackarider, kan också minska eller helt eliminera aktiviteten hos omvänt transkriptas eller andra polymeraser som vanligen används för cDNA syntes. I synnerhet RNA avsedda att användas som mall för dubbel-strängat cDNA syntes i den generationen av cDNA bibliotek, enkelsträngade cDNA syntes för PCR eller realtids-PCR-talet, eller för syntes av microarray målet material måste vara av högsta kvalitet om forskarna räknar för att få optimalt resultat. RNA isolering tekniker som vanligen används för många andra arter är ofta otillräckliga i sin förmåga att ta bort dessa föroreningar från barrträd prover och därmed inte ger total RNA prover lämplig för nedströms manipulationer. I denna video visar vi metoder för fält samling av barrträd vävnader, med början i avverkningen av en fyrtio år gammal träd, till skörd av floem, sekundär xylem och reaktion trä xylem. Vi visar även ett RNA isolering protokoll som konsekvent har gett hög kvalitet RNA för senare enzymatisk manipulationer.

Watch this Scientific Journal Video about An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species at JoVE.com

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species

Många växt vävnader, inklusive floem och xylem från Loblolly tall (<em&gt; Pinus taeda</em&gt; L.), innehåller höga halter av fenoler och polysackarider som stör RNA rening. Denna presentation diskuterar tekniker för skörd av fältet odlade vävnader och isolering av RNA av tillräcklig kvalitet för microarrays och andra analyser genomiska.

En förbättrad metod av RNA Isolering från Loblolly Pine ( P. taeda L.) och andra arter av barrträd

Tissues isolated from conifer species, particularly those belonging to the Pinaceae family, such as loblolly pine (Pinus taeda L.), contain high ...

Research

JoVE Journal

Biology

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine (P. taeda L.) and Other Conifer Species

Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray

Bearbetning av Loblolly Pine PtGen2 cDNA microarray

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs.  The array is produced in our laboratory for use by researchers ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

RNA Isolering från embryonala Zebrafish och cDNA syntes för Gene Expression Analysis

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

Profilering av metyltransferaser och andra S-Adenosyl- L-Homocystein-bindande proteiner av Capture Compound masspektrometri (CCMS)

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

En icke-invasiv Hair provtagningsteknik för att med hög kvalitet DNA från Elusive små däggdjur

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

Isolering och rening av kinesin från Drosophila Embryon

Motor proteins move cargos along microtubules, and transport them to specific sub-cellular locations. Because altered transport is suggested to underlie a ...

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Vampyriska Isolering av extracellulär vätska från<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

The genetically tractable model organism C. elegans has provided insights into a myriad of biological questions, enabled by its short generation time, ...

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

En förbättrad metod för noggrann och snabb mätning av Flight Performance i<em&gt; Drosophila</em

Drosophila has proven to be a useful model system for analysis of behavior, including flight. The initial flight tester involved dropping flies into an ...

RNA Isolation from Mouse Pancreas: A Ribonuclease-rich Tissue

RNA Isolering från mus Pankreas: En Ribonuclease rika Tissue

Isolation of high-quality RNA from ribonuclease-rich tissue such as mouse pancreas presents a challenge.  As a primary function of the pancreas is to aid ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

Hybrid-Cut: En förbättrad Sektione metod för Motsträviga växtvävnadsprover

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

Stomata Tape-Peel: An Improved Method for Guard Cell Sample Preparation

Stomata Tape-Peel: En förbättrad metod för vakt Cell provberedning

The study of guard cells is essential to the knowledge of the specific contributions of this cell type to the overall function of plants. However, it is ...