Name: an improved method of rna isolation from loblolly pine (p. taeda l.) and other conifer species
Uploaded: 2010-02-22T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species at JoVE.com

Dr. Joe Naim, Matt Bryman Michael Bordo Ujwal Bagal, Huizhe Jin, ve Amanda Bouffier: Biz, yardım toplama çam dokuların mümkün olmazdı olmadan aşağıdaki kişilere teşekkür etmek istiyorum.

Bölüm 1: Ağaç Hasat Ağaç ve yıkılan sonra, dikkatli ve mümkün olduğunca hızlı çalışması için önemlidir. Her biri farklı bir doku tipi hasat edilir örnek malzemenin herhangi bir çapraz kontaminasyonu engellemek için, onlar hemen kendi sıvı azot kaplar içine yerleştirilmiş olmalıdır. Bu RNA izolasyonu protokol ölçeklenebilir. <ol><li> Yaklaşık 0.5-0.75 m uzunluğa ve testereli bir skor ile iki veya üç yerlerde kabuğu cıvata uzunlamasın...

<ol>
	<li>Chang, S., Puryear, J., Cairney, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+and+efficient+method+for+extracting+RNA+from+pine+trees.">A simple and efficient method for extracting RNA from pine trees.</a> Plant Molecular Biology Reporter. 11 (2), 113-116 (1993).</li><li>Lorenz, W. W., Yu, Y. S., Sim&#369;es, M., Dean, J. F. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Processing+the+Loblolly+Pine+PtGen2+cDNA+Microarray.">Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray.</a> Journal of Visualized Experiments. 25, (2009).</li></ol>

Kozalaklı ağaç türlerinin yüksek kaliteli bir RNA Alınması odunsu dokularında bulunan fenolik ve polisakkarit bileşiklerin yüksek düzeyde verilen zor bir görev olabilir. Chang ve arkadaşları tarafından geliştirilen protokol ile başlayarak. (1), biz daha titiz çıkarma bulundu ve tutarlı kozalaklı türlerin geniş bir yelpazede örneklenmiş çeşitli odunsu ve odunsu olmayan dokular çok yüksek kalitede toplam RNA izolasyonu yol adımları temizlemek gerekir. Bu video modifiye RNA izolasyon protokol...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>RNA Isolation Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>2% CTAB (hexadecyltrimethylammonium bromide), 2% PVP (polyvinyl pyrrolidinone; Mw 30-40,000), 100mM Tris-HCl (pH8.0), 25mM EDTA, 2.0M NaCl, 0.5g/L Spermidine</td>
</tr>
<tr>
<td>Chloroform</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>C298-4</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phenol, Ultrapure</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15509-037</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>10M LiCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Made with DEPC-treated water</td>
</tr>
<tr>
<td>SSTE Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>1M NaCl, 0.5% SDS, 10mM Tris-HCl (pH8.0), 1mM EDTA (pH8.0)</td>
</tr>
<tr>
<td>Sodium acetate (NaOAc) 3M pH4.8</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Made with DEPC-treated water</td>
</tr>
<tr>
<td>Phenol-chloroform (pH8.0)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>120mL phenol, 160mL chloroform titrated with multiple changes of 0.5M Tris-Cl pH 8.0</td>
</tr>
<tr>
<td>Oak Ridge High Speed Teflon Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#05-562-16B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Polypropylene 50mL High Speed Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#05-562-10K</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BD Falcon,sterile, capped 50mL conical disposable tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>#21008-939</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phase Lock Gel Heavy, 2mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo-Fisher</td>
<td>#2302830</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ambion RNase-free Microfuge Tubes, 2mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ambion, Inc.</td>
<td>#AM12425</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

an improved method of rna isolation from loblolly pine (p. taeda l.) and other conifer species

Dokular özellikle Loblolly çam gibi kozalaklı türler, Pinaceae ailesine mensup olanlar, (den izole<em&gt; Pinus taeda</em&gt; L.), yüksek konsantrasyonlarda RNA arıtma ile müdahale fenolik bileşikler ve polisakkaritler içerir. Bu türlerin yüksek kaliteli RNA izolasyonu mikroarray ve diğer genomik analizler için yeterli kalitede RNA izole etmek için birden fazla organik çıkarma adımları oluşan bir RNA izolasyonu protokolü ve istihdam alanında titiz doku toplama yöntemleri gerektirir. Alan toplanan Loblolly çam örnekleri zor olabilir, ama büyük ölçüde standart doku ve RNA izolasyonu işlemleri için çeşitli değişiklikler sonuçlarını iyileştirmek yüksek kaliteli RNA izolasyonu. Örnekleri, özellikle büyük ölçekli hasat sırasında, düzgün toplanan ve alandan taşınan eğer genel RNA bozulması ölçüde artırır. Toplam RNA verim örnekleri odunsu dokulara gelen özellikle, izolasyon RNA önce sıvı azot dondurucu değirmen ezerek örnekleri ile önemli ölçüde artış olabilir. Bu öncelikle, fenolik bileşikler, ve her ikisi de, en kozalaklı türlerin odunsu dokular alıntılar yüksek düzeyde mevcut polisakkaritler gibi oksitleyici ajanların varlığı nedeniyle. Kaldırılmaz, bu kirleticiler, RNA bozulması, bu sonucu düşük verim ve düşük kaliteli bir RNA örnek olarak sorunları, önde gelen üzerinde taşıyabilir. Bulaşma, fenolik bileşikler, polisakkaritler, yanı sıra da azaltmak veya cDNA sentezi için yaygın olarak kullanılan ters transkriptaz veya diğer polimerazları aktivite hatta tamamen ortadan kaldırabilir. Araştırmacılar bekliyoruz eğer Özellikle, RNA, cDNA kütüphaneleri nesil çift iplikli cDNA sentezi PCR veya qPCR Kullanıcı için tek iplikli cDNA sentezi, veya mikroarray hedef malzeme sentezi için Şablonu olarak kullanılmak üzere kaderinde en yüksek kalitede olması gerekir optimum sonuçlar elde etmek için. Diğer birçok bitki türünün yaygın istihdam RNA izolasyon teknikleri kozalaklı örneklerinden bu kirleri çıkarmak ve böylece aşağı manipülasyonlar için uygun toplam RNA örnekleri verim yok yeteneklerini genellikle yetersizdir. Bu videoda, floem hasadı, ikincil ksilem ve reaksiyon ahşap ksilem, kırk yaşındaki ağacın kesilmesi ile başlayan kozalaklı dokuların alan koleksiyon için yöntemler göstermektedir. Ayrıca, tutarlı bir sonraki enzimatik manipülasyonlar için yüksek kaliteli bir RNA vermiştir RNA izolasyonu protokol göstermektedir.

Watch this Scientific Journal Video about An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species at JoVE.com

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine P. taeda L. and Other Conifer Species

Loblolly çam ksilem ve floem de dahil olmak üzere birçok bitki dokularında, (<em&gt; Pinus taeda</em&gt; L.), fenolik ve RNA arıtma müdahale polisakkaritler yüksek düzeyde içerir. Bu sunum alanında yetişen doku ve mikroarray&#39;ler ve diğer genomik analizler için yeterli kalitede RNA izolasyonu hasat teknikleri tartışır.

RNA İzolasyonu Loblolly Çam Daha İyi Bir Yöntem ( S. taeda L.) ve Diğer Conifer Türler

Tissues isolated from conifer species, particularly those belonging to the Pinaceae family, such as loblolly pine (Pinus taeda L.), contain high ...

Research

JoVE Journal

Biology

An Improved Method of RNA Isolation from Loblolly Pine (P. taeda L.) and Other Conifer Species

Processing the Loblolly Pine PtGen2 cDNA Microarray

İşleme Loblolly Çam PtGen2 cDNA Mikroarray

PtGen2 is a 26,496 feature cDNA microarray containing amplified loblolly pine ESTs.  The array is produced in our laboratory for use by researchers ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

Gen İfadesi Analizi Embriyonik Zebra balığı ve cDNA Sentezi RNA İzolasyon

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

Methyltransferases, profilleme ve Diğer S Adenosil- L</subYakalama Bileşik Kütle Spektrometresi (CCMS)> homosistein bağlayıcı Proteinler

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

Elusive Küçük Memeliler Yüksek Kalite DNA Edinme Noninvaziv Saç Örnekleme Tekniği

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

Isolation and Purification of Kinesin from Drosophila Embryos

Kinesin İzolasyonu ve Saflaştırılması gelen Drosophila Embriyolar

Motor proteins move cargos along microtubules, and transport them to specific sub-cellular locations. Because altered transport is suggested to underlie a ...

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Vampiric Isolation of Extracellular Fluid from Caenorhabditis elegans

Dan Ekstrasellüler Akışkan Vampiric İzolasyonu<em&gt; Caenorhabditis elegans</em

The genetically tractable model organism C. elegans has provided insights into a myriad of biological questions, enabled by its short generation time, ...

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

An Improved Method for Accurate and Rapid Measurement of Flight Performance in Drosophila

Uçuş Performans Doğru ve hızlı ölçüm için geliştirilmiş Yöntemi<em&gt; Drosophila</em

Drosophila has proven to be a useful model system for analysis of behavior, including flight. The initial flight tester involved dropping flies into an ...

RNA Isolation from Mouse Pancreas: A Ribonuclease-rich Tissue

Fare pankreasından alınan RNA İzolasyonu: A Ribonuclease zengin Doku

Isolation of high-quality RNA from ribonuclease-rich tissue such as mouse pancreas presents a challenge.  As a primary function of the pancreas is to aid ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

Hibrid-Cut: Dirençli Bir Bitki Doku Örnekleri Bir Geliştirilmiş Kesit Yöntemi

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

Stomata Tape-Peel: An Improved Method for Guard Cell Sample Preparation

Stoma bantlı teyp-kabuğu: Guard hücre numune hazırlama için geliştirilmiş bir yöntem

The study of guard cells is essential to the knowledge of the specific contributions of this cell type to the overall function of plants. However, it is ...