Name: tomato analyzer: a useful software application to collect accurate and detailed morphological and colorimetric data from two-dimensional objects
Uploaded: 2010-03-16T16:30:00
Duration: 15 min 25 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects at JoVE.com

وأيد هذا البحث من قبل مؤسسة العلوم الوطنية (DBI 0227541).

<ol>
	<li>Brewer, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+controlled+vocabulary+and+software+application+to+analyze+fruit+shape+variation+in+tomato+and+other+plant+species.">Development of a controlled vocabulary and software application to analyze fruit shape variation in tomato and other plant species.</a> Plant Physiol. 141 (1), 15-25 (2006).</li><li>Gonzalo, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tomato+Fruit+Shape+Analysis+Using+Morphometric+and+Morphology+Attributes+Implemented+in+Tomato+Analyzer+Software+Program.">Tomato Fruit Shape Analysis Using Morphometric and Morphology Attributes Implemented in Tomato Analyzer Software Program.</a> Journal of the American Society for Horticultural Science. 134 (1), 77-87 (2009).</li><li>Darrigues, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tomato+analyzer-color+test:+A+new+tool+for+efficient+digital+phenotyping.">Tomato analyzer-color test: A new tool for efficient digital phenotyping.</a> Journal of the American Society for Horticultural Science. 133 (4), 579-586 (2008).</li><li>Brewer, M. T., Moyseenko, J. B., Monforte, A. J., van der Knaap, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Morphological+variation+in+tomato:+a+comprehensive+study+of+quantitative+trait+loci+controlling+fruit+shape+and+development.">Morphological variation in tomato: a comprehensive study of quantitative trait loci controlling fruit shape and development.</a> J Exp Bot. 58 (6), 1339-1349 (2007).</li><li>Gonzalo, M. J., Knaap, E. v. a. n. d. e. r. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparative+analysis+into+the+genetic+bases+of+morphology+in+tomato+varieties+exhibiting+elongated+fruit+shape.">A comparative analysis into the genetic bases of morphology in tomato varieties exhibiting elongated fruit shape.</a> Theor Appl Genet. 116 (5), 647-656 (2008).</li><li>Rodr&#237;guez, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+of+SUN,+OVATE+and+FAS+in+the+tomato+germplasm+and+their+effect+on+fruit+morphology+(in+preparation.">Diversity of SUN, OVATE and FAS in the tomato germplasm and their effect on fruit morphology (in preparation.</a> , .</li><li>Wu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Masters Thesis. , (2009).</li><li>Orsi, C. H., Tanksley, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+variation+in+an+ABC+transporter+gene+associated+with+seed+size+evolution+in+tomato+species.">Natural variation in an ABC transporter gene associated with seed size evolution in tomato species.</a> PLoS Genet. 5 (1), e1000347-e1000347 (2009).</li><li>Yue, B., Cai, X., Yuan, W., Vick, B., Hu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+quantitative+trait+loci+(QTL)+controlling+seed+morphology+and+disk+diameter+in+sunflower+(Helianthus+annuus+L).">Mapping quantitative trait loci (QTL) controlling seed morphology and disk diameter in sunflower (Helianthus annuus L).</a> Helia. 32, 17-35 (2009).</li><li>Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Theoretical+Basis+for+Separation+of+Multiple+Linked+Gene+Effects+in+Mapping+Quantitative+Trait+Loci.">Theoretical Basis for Separation of Multiple Linked Gene Effects in Mapping Quantitative Trait Loci.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 90 (23), 10972-10976 (1993).</li><li>Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+Mapping+of+Quantitative+Trait+Loci.">Precision Mapping of Quantitative Trait Loci.</a> Genetics. 136 (4), 1457-1468 (1994).</li><li>Jiang, C. J., Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-Trait+Analysis+of+Genetic-Mapping+for+Quantitative+Trait+Loci.">Multiple-Trait Analysis of Genetic-Mapping for Quantitative Trait Loci.</a> Genetics. 140 (3), 1111-1127 (1995).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> IPGRI Descriptors for Tomato (Lycopersicon spp.). , 47-47 (1996).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> UPOV Guidelines for the Conduct of Tests for Distinctness, Uniformity, and Stability. TOMATO (Lycopersicon Lycopersicum (L.) Karsten Ex Farw.). , 51-51 (2001).</li><li>Depypere, L., Chaerle, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stony+endocarp+dimension+and+shape+variation+in+Prunus+section+Prunus.">Stony endocarp dimension and shape variation in Prunus section Prunus.</a> Annals of Botany. 100 (7), 1585-1597 (2007).</li><li>Depypere, L., Chaerle, P., Breyne, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P., P, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+combined+morphometric+and+AFLP+based+diversity+study+challenges+the+taxonomy+of+the+European+members+of+the+complex+Prunus+L.+section+Prunus.+.">A combined morphometric and AFLP based diversity study challenges the taxonomy of the European members of the complex Prunus L. section Prunus. .</a> Plant systematics and evolution. 279 (1-4), 219-231 (2009).</li><li>Xiao, H., Jiang, N., Schaffner, E., Stockinger, E. J., van der Knaap, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+retrotransposon-mediated+gene+duplication+underlies+morphological+variation+of+tomato+fruit.">A retrotransposon-mediated gene duplication underlies morphological variation of tomato fruit.</a> Science. 319 (5869), 1527-1530 (2008).</li></ol>

تقييم الإنتاجية العالية ودقة الجهاز مورفولوجيا النبات ولون صعب بسبب طبيعته الكمية وتقدير ذاتي في كثير من الأحيان. TA توفر قياسات موضوعية ودقيقة من الصفات المورفولوجية وعدة أنواع من الفاكهة اللونية بطريقة عالية الإنتاجية وشبه التلقائي. وقد برهنت على جدوى TA في الدراسات التي أدت إلى التعرف على شكل فاكهة الطماطم QTL 2،4،5. بالإضافة إلى ذلك ، تم تقييم وتصنيف cultivars6 وتصنيف مجموعة من الأنواع باستخدام إخراج TA 15،16. عالية تعبيرا عن النتائج شكل ثمرة الطماطم أحد الجينات في 17 الفاكهة ممدود. TA به ، ونبات فلقة تم تحديد شكل خطوط في التعبير عن أحد إلى مستوى عال 7 ، مما يدل على أنه يمكن استخدام التطبيق الفعال لقياس مورفولوجيا النبات الأجهزة الأخرى كذلك. وعلاوة على ذلك ، فقد تم TA أهمية حاسمة في تحديد الأساس الجيني لحجم البذور في الطماطم وعباد الشمس 8،9. أخيرا ، وحدة اختبار اللون تنفيذها في TA هو أكثر دقة ودقة ، وأقل كلفة من الأساليب الأخرى لتحليل اللون الفاكهة في الطماطم. باختصار ، لقد أصبح TA أداة رئيسية لتقييم موضوعية وموثوقة من التشكل وتباين الألوان لأجهزة المحطة.

tomato analyzer: a useful software application to collect accurate and detailed morphological and colorimetric data from two-dimensional objects

قياس الفواكه وصفات مورفولوجية لون محاصيل الخضر والفاكهة بطريقة موضوعية وقابلة للتكرار من المهم لتحاليل مفصلة المظهري من هذه الصفات. محلل الطماطم (TA) هو برنامج 37 الذي يقيس سمات المتصلة ثنائية الأبعاد في شكل 1،2 بطريقة شبه آلية واستنساخه. كثير من هذه الصفات ، مثل الزوايا في نهايات القاصي والداني من الفاكهة ومناطق المسافة البادئة ، يصعب تحديدها يدويا. ويتم تنظيم السمات في عشر فئات في داخل البرنامج : القياس الأساسية ، أثمر مؤشر الشكل ، Blockiness ، والتجانس ، الدانية الشكل الأخير فواكه ، البعيدة الشكل الأخير فواكه ، اتناظر ، انحراف المركز الداخلي ، وقسم خطوط العرض وMorphometrics. والفئة الأخيرة لا يتطلب معرفة مسبقة أو أفكار محددة سلفا من سمات الشكل ، وتحليل العروض morphometric ذلك خيارا غير المنحازة التي يمكن تكييفها لأفضل التحليلات عالية الإنتاجية من تحليل السمة. TA يقدم أيضا تطبيق اختبار اللون الذي تم تصميمه لجمع القياسات لون من الصور الممسوحة ضوئيا وتسمح أجهزة المسح الضوئي التي يمكن معايرتها باستخدام معايير اللون 3. TA يوفر خيارات عديدة لتصدير وتحليل السمة الشكل ، morphometric وبيانات اللون. ويمكن تصدير البيانات إلى ملف Excel في الوضع الدفعي (أكثر من 100 من الصور في وقت واحد) أو تصديرها كصور فردية. يمكن للمستخدم الاختيار بين الإخراج الذي يعرض المتوسط ​​لكل سمة للكائنات في كل صورة (بما في ذلك الانحراف المعياري) ، أو الإخراج الذي يعرض القيم سمة لكل كائن في الصورة. وقد TA أداة قيمة وفعالة لفيمكنه الطماطم والفواكه مؤكدا الامكنه شكل سمة الكمية (QTL) ، فضلا عن أداء تحليلات متعمقة لتأثير الجينات شكل المفتاح الفاكهة على مورفولوجيا النبات. أيضا ، يمكن أن تستخدم لتصنيف موضوعي TA الفاكهة في شكل مختلف الفئات. أخيرا ، يمكن تقييمها شكل الفاكهة وصفات اللون في الأنواع النباتية الأخرى فضلا عن الأجهزة النباتية الأخرى مثل أوراق الشجر والبذور مع TA.

Watch this Scientific Journal Video about Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects at JoVE.com

Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects

محلل الطماطم (TA) الكمي سمات شكلين الأبعاد والألوان بطريقة متكررة ودقيقة. ووصف الإجراء خطوة بخطوة للحصول على صور رقمية عالية الجودة من الفواكه الطماطم والتحليلات المورفولوجية ولون هذه الصور والعديد من التطبيقات باستخدام البيانات التي تم إنشاؤها من خلال هذا البرنامج.

محلل الطماطم : تطبيق برامج مفيدة لجمع بيانات دقيقة ومفصلة المورفولوجية واللونية من ثنائي الأبعاد كائنات

Measuring fruit morphology and color traits of vegetable and fruit crops in an objective and reproducible way is important for detailed phenotypic ...

Research

JoVE Journal

Biology

Assessing Two-dimensional Crystallization Trials of Small Membrane Proteins for Structural Biology Studies by Electron Crystallography

تقييم المحاكمات تبلور ثنائي الأبعاد للبروتينات غشاء الصغيرة للدراسات البيولوجيا الهيكلية التي البلوريات الكترون

Electron crystallography has evolved as a method that can be used either alternatively or in combination with three-dimensional crystallization and X-ray ...

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

فرز<em&gt; المتسلسلة</em&gt; الكريات الخلية باستخدام كائن مجمع حدودي محلل وفارز

Streptomycetes are filamentous soil bacteria that are used in industry for the production of enzymes and antibiotics. When grown in bioreactors, these ...

High-throughput Image Analysis of Tumor Spheroids: A User-friendly Software Application to Measure the Size of Spheroids Automatically and Accurately

عالية الإنتاجية تحليل صورة الأجسام الشبه الكروية ورم: A برمجيات صديقة للمستخدم التطبيق لقياس حجم الأجسام الشبه الكروية تلقائيا وبدقة

The increasing number of applications of three-dimensional (3D) tumor spheroids as an in vitro model for drug discovery requires their adaptation to ...

Workflow for High-content, Individual Cell Quantification of Fluorescent Markers from Universal Microscope Data, Supported by Open Source Software

سير العمل عالية المحتوى، الكمي خلية فردية من نيون علامات من المجاهر البيانات العالمي، بدعم من برمجيات المصدر المفتوح

Advances in understanding the control mechanisms governing the behavior of cells in adherent mammalian tissue culture models are becoming increasingly ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

سير العمل كاملا لتحليل هيستون التعديلات بعد متعدية عن طريق أسفل إلى أعلى الطيف الكتلي: من هيستون استخراج لتحليل البيانات

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...

Dry Root Rot Disease Assays in Chickpea: a Detailed Methodology

التعفن الجاف تعفن التعفن في الحمص: منهجية مفصلة

Dry root rot (DRR) disease is an emerging biotic stress threat to chickpea cultivation around the world. It is caused by a soil-borne fungal pathogen, ...

Isolation of High Quality Murine Atrial and Ventricular Myocytes for Simultaneous Measurements of Ca2+ Transients and L-Type Calcium Current

Isolation of High Quality Murine Atrial and Ventricular Myocytes for Simultaneous Measurements of Ca2+ Transients and L-Type Calcium Current

عزل الخلايا العضلية الأذينية والبطينية عالية الجودة للقياسات المتزامنة لتيار الكالسيوم2+ العابر وتيار الكالسيوم من النوع L

Mouse models play a crucial role in arrhythmia research and allow studying key mechanisms of arrhythmogenesis including altered ion channel function and ...

Cryo-Structured Illumination Microscopic Data Collection from Cryogenically Preserved Cells

جمع البيانات المجهرية للإضاءة المهيكلة بالتبريد من الخلايا المحفوظة بالتبريد

Three-dimensional (3D) structured illumination microscopy (SIM) allows imaging of fluorescently labelled cellular structures at higher resolution than ...

Using Real-Time Cell Metabolic Flux Analyzer to Monitor Osteoblast Bioenergetics

استخدام محلل التدفق الأيضي للخلايا في الوقت الفعلي لمراقبة الطاقة الحيوية لمنطقة العظام

Bone formation by osteoblasts is an essential process for proper bone acquisition and bone turnover to maintain skeletal homeostasis, and ultimately, ...

A Step-By-Step Method to Detect Neutralizing Antibodies Against AAV using a Colorimetric Cell-Based Assay

طريقة خطوة بخطوة للكشف عن الأجسام المضادة المحايدة ضد AAV باستخدام فحص قائم على الخلايا اللونية

Recombinant adeno-associated viruses (rAAV) have proven to be a safe and successful vector for transferring genetic material to treat various health ...