Name: tomato analyzer: a useful software application to collect accurate and detailed morphological and colorimetric data from two-dimensional objects
Uploaded: 2010-03-16T16:30:00
Duration: 15 min 25 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects at JoVE.com

Bu araştırma, Ulusal Bilim Vakfı (DBI 0.227.541) tarafından desteklenen oldu.

<ol>
	<li>Brewer, M. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+controlled+vocabulary+and+software+application+to+analyze+fruit+shape+variation+in+tomato+and+other+plant+species.">Development of a controlled vocabulary and software application to analyze fruit shape variation in tomato and other plant species.</a> Plant Physiol. 141 (1), 15-25 (2006).</li><li>Gonzalo, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tomato+Fruit+Shape+Analysis+Using+Morphometric+and+Morphology+Attributes+Implemented+in+Tomato+Analyzer+Software+Program.">Tomato Fruit Shape Analysis Using Morphometric and Morphology Attributes Implemented in Tomato Analyzer Software Program.</a> Journal of the American Society for Horticultural Science. 134 (1), 77-87 (2009).</li><li>Darrigues, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tomato+analyzer-color+test:+A+new+tool+for+efficient+digital+phenotyping.">Tomato analyzer-color test: A new tool for efficient digital phenotyping.</a> Journal of the American Society for Horticultural Science. 133 (4), 579-586 (2008).</li><li>Brewer, M. T., Moyseenko, J. B., Monforte, A. J., van der Knaap, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Morphological+variation+in+tomato:+a+comprehensive+study+of+quantitative+trait+loci+controlling+fruit+shape+and+development.">Morphological variation in tomato: a comprehensive study of quantitative trait loci controlling fruit shape and development.</a> J Exp Bot. 58 (6), 1339-1349 (2007).</li><li>Gonzalo, M. J., Knaap, E. v. a. n. d. e. r. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+comparative+analysis+into+the+genetic+bases+of+morphology+in+tomato+varieties+exhibiting+elongated+fruit+shape.">A comparative analysis into the genetic bases of morphology in tomato varieties exhibiting elongated fruit shape.</a> Theor Appl Genet. 116 (5), 647-656 (2008).</li><li>Rodr&#237;guez, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diversity+of+SUN,+OVATE+and+FAS+in+the+tomato+germplasm+and+their+effect+on+fruit+morphology+(in+preparation.">Diversity of SUN, OVATE and FAS in the tomato germplasm and their effect on fruit morphology (in preparation.</a> , .</li><li>Wu, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Masters Thesis. , (2009).</li><li>Orsi, C. H., Tanksley, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+variation+in+an+ABC+transporter+gene+associated+with+seed+size+evolution+in+tomato+species.">Natural variation in an ABC transporter gene associated with seed size evolution in tomato species.</a> PLoS Genet. 5 (1), e1000347-e1000347 (2009).</li><li>Yue, B., Cai, X., Yuan, W., Vick, B., Hu, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+quantitative+trait+loci+(QTL)+controlling+seed+morphology+and+disk+diameter+in+sunflower+(Helianthus+annuus+L).">Mapping quantitative trait loci (QTL) controlling seed morphology and disk diameter in sunflower (Helianthus annuus L).</a> Helia. 32, 17-35 (2009).</li><li>Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Theoretical+Basis+for+Separation+of+Multiple+Linked+Gene+Effects+in+Mapping+Quantitative+Trait+Loci.">Theoretical Basis for Separation of Multiple Linked Gene Effects in Mapping Quantitative Trait Loci.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 90 (23), 10972-10976 (1993).</li><li>Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Precision+Mapping+of+Quantitative+Trait+Loci.">Precision Mapping of Quantitative Trait Loci.</a> Genetics. 136 (4), 1457-1468 (1994).</li><li>Jiang, C. J., Zeng, Z. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiple-Trait+Analysis+of+Genetic-Mapping+for+Quantitative+Trait+Loci.">Multiple-Trait Analysis of Genetic-Mapping for Quantitative Trait Loci.</a> Genetics. 140 (3), 1111-1127 (1995).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> IPGRI Descriptors for Tomato (Lycopersicon spp.). , 47-47 (1996).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> UPOV Guidelines for the Conduct of Tests for Distinctness, Uniformity, and Stability. TOMATO (Lycopersicon Lycopersicum (L.) Karsten Ex Farw.). , 51-51 (2001).</li><li>Depypere, L., Chaerle, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stony+endocarp+dimension+and+shape+variation+in+Prunus+section+Prunus.">Stony endocarp dimension and shape variation in Prunus section Prunus.</a> Annals of Botany. 100 (7), 1585-1597 (2007).</li><li>Depypere, L., Chaerle, P., Breyne, P., Mijnsbrugge, K. V., Goetghebeur, P., P, . <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+combined+morphometric+and+AFLP+based+diversity+study+challenges+the+taxonomy+of+the+European+members+of+the+complex+Prunus+L.+section+Prunus.+.">A combined morphometric and AFLP based diversity study challenges the taxonomy of the European members of the complex Prunus L. section Prunus. .</a> Plant systematics and evolution. 279 (1-4), 219-231 (2009).</li><li>Xiao, H., Jiang, N., Schaffner, E., Stockinger, E. J., van der Knaap, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+retrotransposon-mediated+gene+duplication+underlies+morphological+variation+of+tomato+fruit.">A retrotransposon-mediated gene duplication underlies morphological variation of tomato fruit.</a> Science. 319 (5869), 1527-1530 (2008).</li></ol>

Bitki organ morfolojisi ve renk Yüksek verimlilik ve doğru değerlendirme, çünkü kantitatif doğa ve sık sık öznel kantifikasyon zordur. TA, yüksek verimlilik ve yarı-otomatik bir şekilde çeşitli meyve morfolojik ve kolorimetrik özelliklerinin objektif ve doğru ölçümler sağlar. TA yararlılığını 2,4,5 QTL domates meyve şeklinin belirlenmesi için başlatılan çalışmalar ile kanıtlanmıştır. Buna ek olarak, cultivars6 sınıflandırma ve türlerin bir grup taksonomi TA 15,16 çıkış kullanılarak değerlendirilmiştir. Domates meyve şekli uzatılmış meyve 17 gen SUN sonuçları Yüksek ifadesi. TA, yaprak ve kotiledon şeklini kullanarak, uygulamanın yanı sıra diğer bitki organlarının morfolojisi ölçmek için etkin bir şekilde kullanılabilir olduğunu gösteren, yüksek bir seviye 7 SUN ifade hatları belirlendi . Ayrıca, TA, domates ve ayçiçeği 8,9 tohum büyüklüğü genetik temeli belirlenmesinde son derece önemli olmuştur . Son olarak, TA uygulanan Renk Testi modülü domates meyve rengini analiz etmek için diğer yöntemlere göre daha hassas ve daha doğru, daha ucuz ve daha. Özet olarak, TA, objektif ve güvenilir bir değerlendirme bitki organlarının morfolojisi ve renk çeşitliliği için önemli bir araç haline gelmiştir.

tomato analyzer: a useful software application to collect accurate and detailed morphological and colorimetric data from two-dimensional objects

Ölçüm objektif ve tekrarlanabilir bir şekilde sebze ve meyve bitkileri meyve morfolojisi ve renk özellikleri, bu özelliklerin ayrıntılı fenotipik analizler için çok önemlidir. Domates Analyzer (TA), yarı otomatik ve tekrarlanabilir bir şekilde 1,2 iki boyutlu şekli ile ilgili 37 niteliklerini ölçen bir yazılım programıdır . Girinti ve meyve alanları distal ve proksimal ucunda açıları gibi, bu niteliklerin çoğu elle ölçmek için zor. Temel Ölçme, Meyve Şekli Endeksi, blokluluk, homojenlik, proksimal Meyve Sona Şekil, distal Meyve Sona Şekil, Asimetri, İç Eksantriklik, enlem Bölüm ve Morfometri: nitelikleri yazılım içinde on kategoride düzenlenmektedir. Son kategori, ön bilgi ne şekil nitelikleri önceden belirlenmiş kavramları ne gerektirir, bu nedenle morfometrik analiz öznitelik analizine göre daha yüksek verimlilik analizleri adapte olabilir tarafsız bir seçenek sunuyor. TA da, taranan görüntülerdeki toplamak ve renk ölçümleri, renk standartları 3 kullanılarak kalibre cihazları tarama izin vermek için tasarlanmıştır renk testi uygulaması sunmaktadır. TA, şekil niteliği, morfometrik ve renk verileri verme ve analiz için çeşitli seçenekler sağlar. Veri toplu modunda bir excel dosyası (bir defada 100 den fazla görüntü) ihraç ya da ayrı ayrı görüntü olarak ihraç edilebilir. Kullanıcı (standart sapma dahil) her bir görüntü, ya da görüntü üzerinde her nesne için özellik değerlerini görüntüleyen bir çıkış nesneleri için her öznitelik için ortalama görüntüler çıktı arasında seçim yapabilirsiniz. TA, domates, meyve şekli Kantitatif Sürekli Loci (QTL) yanı sıra derinlemesine analizler bitki morfolojisi üzerinde anahtar meyve şekli genlerin etkisi performans indentifying ve doğrulanması için değerli ve etkili bir araç olmuştur. Ayrıca, TA, nesnel olarak çeşitli şekil kategoriler halinde meyve sınıflandırmak için kullanılabilir. Son olarak, diğer bitki türlerinin yanı sıra diğer bitki, yaprak ve tohum gibi organlar meyve şekil ve renk özellikleri TA ile değerlendirilebilir.

Watch this Scientific Journal Video about Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects at JoVE.com

Tomato Analyzer: A Useful Software Application to Collect Accurate and Detailed Morphological and Colorimetric Data from Two-dimensional Objects

Domates Analyzer (TA), tekrarlanabilir ve doğru bir şekilde, iki boyutlu şekiller ve renk niteliklerini rakamlarla. Domates meyve, yüksek kaliteli dijitalleşen resimler, morfolojik ve renk analizleri bu yazılım aracılığıyla üretilen verileri kullanarak bu görüntüleri ve çeşitli uygulamalar elde etmek için bir adım-adım yordamı açıklanmıştır.

Domates Analyzer: İki boyutlu Objects Doğru ve detaylı Morfolojik ve Kolorimetrik Veri Toplama Faydalı Yazılım Uygulaması

Measuring fruit morphology and color traits of vegetable and fruit crops in an objective and reproducible way is important for detailed phenotypic ...

Research

JoVE Journal

Biology

Assessing Two-dimensional Crystallization Trials of Small Membrane Proteins for Structural Biology Studies by Electron Crystallography

Elektron Kristalografi Yapısal Biyoloji Araştırmaları Küçük Membran Proteinleri İki boyutlu Kristalizasyon Denemeler değerlendirilmesi

Electron crystallography has evolved as a method that can be used either alternatively or in combination with three-dimensional crystallization and X-ray ...

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Sıralanması<em&gt; Streptomyces</emKarmaşık bir nesne Parametrik Analiz ve Ayırıcı Kullanma&gt; Hücre Peletleri

Streptomycetes are filamentous soil bacteria that are used in industry for the production of enzymes and antibiotics. When grown in bioreactors, these ...

High-throughput Image Analysis of Tumor Spheroids: A User-friendly Software Application to Measure the Size of Spheroids Automatically and Accurately

Tümör sferoidlerin Yüksek throughput Görüntü Analizi: Otomatik ve Doğru küremsiler boyutunu ölçmek için kullanıcı-dostu Yazılım Uygulama

The increasing number of applications of three-dimensional (3D) tumor spheroids as an in vitro model for drug discovery requires their adaptation to ...

Workflow for High-content, Individual Cell Quantification of Fluorescent Markers from Universal Microscope Data, Supported by Open Source Software

Yüksek içerik, Open Source Software tarafından desteklenen Evrensel Mikroskop Verilerden Floresan Göstergeler, Bireysel Hücre Niceleme için iş akışı

Advances in understanding the control mechanisms governing the behavior of cells in adherent mammalian tissue culture models are becoming increasingly ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

Histon Ekstraksiyon Gönderen Data Analizi: Aşağıdan yukarıya Kütle Spektrometre kullanarak histon post-translasyonel modifikasyonlar Analizi için komple iş akışı

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...

Dry Root Rot Disease Assays in Chickpea: a Detailed Methodology

Nohutta Kuru Kök Çürüklüğü Hastalığı Tahlilleri: Detaylı Bir Metodoloji

Dry root rot (DRR) disease is an emerging biotic stress threat to chickpea cultivation around the world. It is caused by a soil-borne fungal pathogen, ...

Isolation of High Quality Murine Atrial and Ventricular Myocytes for Simultaneous Measurements of Ca2+ Transients and L-Type Calcium Current

Isolation of High Quality Murine Atrial and Ventricular Myocytes for Simultaneous Measurements of Ca2+ Transients and L-Type Calcium Current

Ca2+ geçici ve L-tipi kalsiyum akımının eşzamanlı ölçümleri için yüksek kaliteli murin atriyal ve ventriküler miyositlerin izolasyonu

Mouse models play a crucial role in arrhythmia research and allow studying key mechanisms of arrhythmogenesis including altered ion channel function and ...

Cryo-Structured Illumination Microscopic Data Collection from Cryogenically Preserved Cells

Kriyojenik Olarak Korunmuş Hücrelerden Kriyo-Yapılandırılmış Aydınlatma Mikroskobik Veri Toplama

Three-dimensional (3D) structured illumination microscopy (SIM) allows imaging of fluorescently labelled cellular structures at higher resolution than ...

Using Real-Time Cell Metabolic Flux Analyzer to Monitor Osteoblast Bioenergetics

Osteoblast Biyoenerjetik Teknolojilerini İzlemek için Gerçek Zamanlı Hücre Metabolik Akı Analizörünü Kullanma

Bone formation by osteoblasts is an essential process for proper bone acquisition and bone turnover to maintain skeletal homeostasis, and ultimately, ...

A Step-By-Step Method to Detect Neutralizing Antibodies Against AAV using a Colorimetric Cell-Based Assay

Kolorimetrik Hücre Tabanlı Bir Test Kullanarak AAV'ye Karşı Nötralize Edici Antikorları Tespit Etmek İçin Adım Adım Bir Yöntem

Recombinant adeno-associated viruses (rAAV) have proven to be a safe and successful vector for transferring genetic material to treat various health ...