Name: dna-based fish species identification protocol
Uploaded: 2010-04-28T17:00:00
Duration: 9 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about DNA-based Fish Species Identification Protocol at JoVE.com

اجيلنت Stratagene قسم المنتجات <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> HARINI رافي </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ناتاليا Novorodovskaya </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> سكوت Basehore </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جيف Braman </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> راشيل فورموزا </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> روندا ألين </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> راجيش باغا </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ديريك هال </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> سارة Jandle </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> دانييل هوفمان </li></ul> اجيلنت مختبرات <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> روبرت كينكايد </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ماري ماكبرايد </li></ul> اجيلنت أوروبا <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نايجل سكينر </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يورجن شنايدر </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ستيفن مولر </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مارتن Kratzmeier </li></ul> BRI Campden <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ستيف غاريت </li></ul>

<ol>
	<li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+fish+species+identification+by+use+of+lab-on-a-chip+technology.">Improved fish species identification by use of lab-on-a-chip technology.</a> Food Control. 16 (7), 601-607 (2004).</li><li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Clarke, M. -. A. L., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fish+species+Identification+Using+PCR-RFLP+Analysis+and+Lab-on-a-Chip+Capillary+Electrophoresis:+Application+to+Detect+White+Fish+Species+in+Food+Products+and+an+Interlaboratory+Study.">Fish species Identification Using PCR-RFLP Analysis and Lab-on-a-Chip Capillary Electrophoresis: Application to Detect White Fish Species in Food Products and an Interlaboratory Study.</a> J. Agric. Food Chem. 53, 3348-3357 (2005).</li><li>Dooley, J., Garrett, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+PCR-RFLP+Profiles+for+Fish+Species+Using+the+Agilent+2100+Bioanalyzer.">Determination of PCR-RFLP Profiles for Fish Species Using the Agilent 2100 Bioanalyzer.</a> Agilent Technologies Application Note. , (2005).</li><li>Dooley, J. J., Clarke, M. L., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+a+chip-based+capillary+electrophoresis+system+to+enable+simple+PCR-RFLP+identification+of+fish+species.">Application of a chip-based capillary electrophoresis system to enable simple PCR-RFLP identification of fish species.</a> FSA Final Report Q01069. , (2004).</li></ol>

ويعمل المؤلفون من خلال تقنيات اجيلنت التي تنتج الكواشف والأدوات المستخدمة في هذه المقالة.

نظهر بسيطة وسريعة ودقيقة طريقة الفرز المعتمدة على الحمض النووي لتحديد الأنواع السمكية في منتجات المأكولات البحرية. يوفر هذا الأسلوب قوية استنساخه ، ونتائج دقيقة في أقل من يوم عمل واحد ، ويمكن تطبيقه في مرافق الاختبار بسبب البروتوكولات التجارية وتبسيط الإعداد بسيطة. ويتميز هذا الجيل من المعطيات الموضوعية التي يتم تحليلها باستخدام برامج فك RFLP مع قاعدة بيانات قابلة للتوسيع التجربة المستمدة من التشكيلات أنواع الأسماك. مع تنفيذ روتينية ، وهذه الطريقة اختبار لديه القدرة على منع mislabeling من منتجات المأكولات البحرية ، والمساعدة في الحفاظ على سجلات دقيقة مناسبة للامتثال للوائح الحكومية.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Agilent 2100 Bioanalyzer (with chip priming station and IKA vortex mixer)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>G2939AA</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Agilent 2100 Bioanalyzer laptop &amp; Expert Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>G2953CA</td>
<td>G2950CA - desktop PC &amp; Expert Software</td>
</tr>
<tr>
<td>Agilent Bioanalyzer DNA 1000 Reagent Kit (part #5067-1504)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>5067-1504</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Thermal Cycler</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PCR Strip Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>401428</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PCR Strip Caps</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>401425</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>96-Well Working Rack</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>410094</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fish Species Identification System DNA Isolation Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fish Species Identification System PCR-RFLP Reagent Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RFLP Matcher Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>100% ethanol, 200 proof (USP grade or equivalent)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sterile, nuclease-free water</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pipettors</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Incubator or water bath set to 65&deg;C</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sterile glass bottle or polypropylene tube (e.g. 14-ml BD Falcon polypropylene)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>round-bottom tubes or 50-ml BD Falcon polypropylene conical tubes)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Vortex mixer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcentrifuge</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcentrifuge tubes 1.5ml</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tube rack 1.5ml</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pipette Tips</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

dna-based fish species identification protocol

قمنا بتطوير سريع ، وبسيط ، ودقيق طريقة الفرز المعتمدة على الحمض النووي للتعرف على أنواع الأسماك الموجودة في عينات من المأكولات البحرية الطازجة والمصنعة. هذا الأسلوب تنوعا توظف PCR التضخيم من الحمض النووي المستخرج من عينات الجينومية الأسماك ، يليها تحليل تقييد طول القطعة (RFLP) تعدد الأشكال لتوليد أنماط جزء لا يمكن حلها على Bioanalyzer 2100 اجيلنت ومطابقة لهذا النوع الصحيح باستخدام البرمجيات RFLP نمط مطابقة. تحديد أسلوب يستخدم الأسماك وموثوق بها بسيطة ، وتدور العمود القائم على بروتوكول لعزل الحمض النووي من عينات الأسماك. تعامل مع عينات K بروتيناز للافراج عن الأحماض النووية في الحل. ثم يتم عزل الحمض النووي من خلال تعليق العينة في المخزن ملزمة وتحميلها على فنجان تدور الصغيرة المحتوية على الألياف مصفوفة السيليكا مقرا لها. والأحماض النووية في ربط نموذج لمصفوفة من الألياف. تغسل الأحماض النووية يجمد لإزالة الملوثات ، ويتم استرداد مجموع الحمض النووي في الحجم النهائي من 100 ميكرولتر. عزل الحمض النووي مستعدة لتضخيم PCR مع الاشعال شريطة ربط تسلسل الجينوم وجدت في جميع الأسماك. يتم هضمها ثم المنتجات PCR مع ثلاثة انزيمات تقييد مختلفة وحلها على Bioanalyzer اجيلنت 2100. ويمكن استخدام جزء أطوال المنتجة في التفاعلات الهضم لتحديد الأنواع من الأسماك التي أعدت عينة من الحمض النووي ، وذلك باستخدام برامج التصفح نمط RFLP قاعدة بيانات تحتوي على أنماط RFLP تجريبيا المستمدة من أنواع الأسماك ذات الصلة تجاريا.

Watch this Scientific Journal Video about DNA-based Fish Species Identification Protocol at JoVE.com

DNA-based Fish Species Identification Protocol

هذا المنشور يصف كيفية استخدام الأنواع السمكية اجيلنت نظام تحديد الهوية لتحديد الأنواع من السمك عن طريق استخراج الحمض النووي وتنفيذ وتحليل PCR RFLP.

الحمض النووي القائم على تحديد الأنواع السمكية البروتوكول

We have developed a fast, simple, and accurate DNA-based screening method to identify the fish species present in fresh and processed seafood samples. ...

Research

JoVE Journal

Biology

Non-radioactive in situ Hybridization Protocol Applicable for Norway Spruce and a Range of Plant Species

Non-radioactive in situ Hybridization Protocol Applicable for Norway Spruce and a Range of Plant Species

غير المشعة في الموقع تطبيق بروتوكول لتهجين شجرة التنوب النرويج ومجموعة من الأنواع النباتية

The high-throughput expression analysis technologies available today give scientists an overflow of expression profiles but their resolution in terms of ...

Fluorescence in situ hybridization (FISH) Protocol in Human Sperm

Fluorescence in situ hybridization FISH Protocol in Human Sperm

مضان في الموقع التهجين (FISH) البروتوكول في الحيوانات المنوية البشرية

Aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities in humans. Most of these abnormalities result from meiotic errors during the gametogenic ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

عينات الشعر نونينفاسيفي تقنيات الحمض النووي للحصول على ارتفاع الجودة من الثدييات الصغيرة المراوغ

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

الكشف عن الحمض النووي الريبي الفيروسي بواسطة الإسفار<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين (FISH)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

بروتوكول لتحديد البروتين البروتين التفاعلات على أساس<sup&gt; 15</sup&gt; N صفها الأيض، مناعي، الكمي والتحوير الطيف الكتلي الانجذاب

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

Generation, Purification, and Characterization of Cell-invasive DISC1 Protein Species

جيل وتنقية، وتوصيف الأنواع الغازية خلية البروتين DISC1

Protein aggregation is seen as a general hallmark of chronic, degenerative brain conditions like, for example, in the neurodegenerative diseases ...

Robust 3D DNA FISH Using Directly Labeled Probes

قوية FISH DNA 3D استخدام مجسات إعتبر مباشرة

3D DNA FISH has become a major tool for  analyzing three-dimensional organization of the nucleus, and several variations  of the technique have been ...

Assessing Species-specific Contributions To Craniofacial Development Using Quail-duck Chimeras

تقييم مساهمات أنواع محددة لتنمية الجمجمة عن طريق الوهم السمان بطة

The generation of chimeric embryos is a widespread and powerful approach to study cell fates, tissue interactions, and species-specific contributions to ...

Generation of Marked and Markerless Mutants in Model Cyanobacterial Species

جيل المحددة والمسوخ Markerless في أنواع السيانوبكتيريا نموذج

Cyanobacteria are ecologically important organisms and potential platforms for production of biofuels and useful industrial products. Genetic manipulation ...

Fish Sperm Assessment Using Software and Cooling Devices

تقييم الحيوانات المنوية الأسماك باستخدام برامج وأجهزة التبريد

For gamete quality evaluation, there are innovative, rapid, and quantitative techniques that can provide useful data for aquaculture. Computerized systems ...