Name: dna-based fish species identification protocol
Uploaded: 2010-04-28T17:00:00
Duration: 9 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about DNA-based Fish Species Identification Protocol at JoVE.com

Agilent produits de Stratagene Division <ul><li> Ravi Harini </li><li> Natalia Novorodovskaya </li><li> Scott Basehore </li><li> Jeff Braman </li><li> Rachel Formosa </li><li> Ronda Allen </li><li> Rajesh Bagga </li><li> Derek Hall </li><li> Sarah Jandle </li><li> Danielle Huffman </li></ul> Laboratoires Agilent <ul><li> Robert Kincaid </li><li> Mary McBride </li></ul> Agilent en Europe <ul><li> Nigel Skinner </li><li> Juergen Schneider </li><li> Stephen Mueller </li><li> Martin Kratzmeier </li></ul> Campden BRI <ul><li> Steve Garrett </li></ul>

<ol>
	<li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+fish+species+identification+by+use+of+lab-on-a-chip+technology.">Improved fish species identification by use of lab-on-a-chip technology.</a> Food Control. 16 (7), 601-607 (2004).</li><li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Clarke, M. -. A. L., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fish+species+Identification+Using+PCR-RFLP+Analysis+and+Lab-on-a-Chip+Capillary+Electrophoresis:+Application+to+Detect+White+Fish+Species+in+Food+Products+and+an+Interlaboratory+Study.">Fish species Identification Using PCR-RFLP Analysis and Lab-on-a-Chip Capillary Electrophoresis: Application to Detect White Fish Species in Food Products and an Interlaboratory Study.</a> J. Agric. Food Chem. 53, 3348-3357 (2005).</li><li>Dooley, J., Garrett, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+PCR-RFLP+Profiles+for+Fish+Species+Using+the+Agilent+2100+Bioanalyzer.">Determination of PCR-RFLP Profiles for Fish Species Using the Agilent 2100 Bioanalyzer.</a> Agilent Technologies Application Note. , (2005).</li><li>Dooley, J. J., Clarke, M. L., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+a+chip-based+capillary+electrophoresis+system+to+enable+simple+PCR-RFLP+identification+of+fish+species.">Application of a chip-based capillary electrophoresis system to enable simple PCR-RFLP identification of fish species.</a> FSA Final Report Q01069. , (2004).</li></ol>

Les auteurs sont employés par Agilent Technologies, qui produit les réactifs et les instruments utilisés dans cet article.

Nous démontrons une méthode de dépistage simple, rapide et précis à base d&#39;ADN pour l&#39;identification des espèces de poissons dans des produits marins. Cette méthode puissante fournit reproductibles, des résultats précis en moins d&#39;une journée de travail et il peut être mis en œuvre dans les installations d&#39;essais commerciaux en raison de protocoles rationalisée et une configuration simple. Elle est caractérisée par la production de données objectives qui est analysée par RFLP décodeur logiciel avec une base de données extensible de façon expérimentale dérivée des profils des espèces de poissons. Avec la mise en œuvre de routine, cette méthode d&#39;essai a le potentiel de prévenir mauvais étiquetage des produits de la mer et les aider à maintenir des dossiers précis adapté à la conformité aux réglementations gouvernementales.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Agilent 2100 Bioanalyzer (with chip priming station and IKA vortex mixer)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>G2939AA</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Agilent 2100 Bioanalyzer laptop &amp; Expert Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>G2953CA</td>
<td>G2950CA - desktop PC &amp; Expert Software</td>
</tr>
<tr>
<td>Agilent Bioanalyzer DNA 1000 Reagent Kit (part #5067-1504)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>5067-1504</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Thermal Cycler</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PCR Strip Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>401428</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PCR Strip Caps</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>401425</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>96-Well Working Rack</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>410094</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fish Species Identification System DNA Isolation Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fish Species Identification System PCR-RFLP Reagent Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RFLP Matcher Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>100% ethanol, 200 proof (USP grade or equivalent)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sterile, nuclease-free water</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pipettors</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Incubator or water bath set to 65&deg;C</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sterile glass bottle or polypropylene tube (e.g. 14-ml BD Falcon polypropylene)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>round-bottom tubes or 50-ml BD Falcon polypropylene conical tubes)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Vortex mixer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcentrifuge</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcentrifuge tubes 1.5ml</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tube rack 1.5ml</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pipette Tips</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

dna-based fish species identification protocol

Nous avons développé une méthode de dépistage rapide, simple et précis basé sur l&#39;ADN pour identifier les espèces de poissons présentes dans les échantillons de fruits de mer frais et transformés. Cette méthode polyvalente emploie amplification par PCR de l&#39;ADN génomique extrait à partir d&#39;échantillons de poisson, suivie par la longueur des fragments de restriction du polymorphisme (RFLP) pour générer des motifs fragment qui peut être résolu sur le bioanalyseur Agilent 2100 et appariés pour l&#39;espèce correcte en utilisant le logiciel correspondant motif de RFLP. La méthode d&#39;identification des poissons utilise un simple, fiable, spin colonne basée sur le protocole pour isoler l&#39;ADN d&#39;échantillons de poissons. Les échantillons sont traités à la protéinase K pour libérer les acides nucléiques en solution. L&#39;ADN est ensuite isolé par la suspension de l&#39;échantillon dans un tampon de liaison et le chargement sur une tasse de micro-tour contenant une matrice de fibres à base de silice. Les acides nucléiques dans l&#39;échantillon se lient à la matrice de fibres. Les acides nucléiques immobilisés sont lavés pour éliminer les contaminants, et l&#39;ADN total est récupéré dans un volume final de 100 pl. L&#39;ADN isolé est prêt pour l&#39;amplification par PCR avec les amorces fournies qui se lient à des séquences trouvées dans tous les génomes de poisson. Les produits de PCR sont ensuite digéré par trois enzymes de restriction différentes et résolues sur le bioanalyseur Agilent 2100. Les longueurs fragment produits dans les réactions de digestion peuvent être utilisées pour déterminer les espèces de poissons à partir de laquelle l&#39;échantillon d&#39;ADN a été préparé en utilisant le modèle RFLP logiciels de correspondance contenant une base de données des profils RFLP expérimentalement provenant d&#39;espèces de poissons commercialement pertinents.

Watch this Scientific Journal Video about DNA-based Fish Species Identification Protocol at JoVE.com

DNA-based Fish Species Identification Protocol

Cette publication décrit comment utiliser le poisson Espèces d&#39;Agilent Système d&#39;identification d&#39;identifier les espèces de poisson en extrayant de l&#39;ADN et la PCR et effectuer l&#39;analyse RFLP.

Basées sur l&#39;ADN des espèces de poissons protocole d&#39;identification

We have developed a fast, simple, and accurate DNA-based screening method to identify the fish species present in fresh and processed seafood samples. ...

Research

JoVE Journal

Biology

Non-radioactive in situ Hybridization Protocol Applicable for Norway Spruce and a Range of Plant Species

Non-radioactive in situ Hybridization Protocol Applicable for Norway Spruce and a Range of Plant Species

Non radioactifs In situ</emProtocole d&#39;hybridation> Applicable pour l&#39;épinette de Norvège et d&#39;un éventail d&#39;espèces végétales

The high-throughput expression analysis technologies available today give scientists an overflow of expression profiles but their resolution in terms of ...

Recherche

Biologie

Fluorescence in situ hybridization (FISH) Protocol in Human Sperm

Fluorescence in situ hybridization FISH Protocol in Human Sperm

Fluorescence In situ</emL&#39;hybridation> (FISH) du Protocole dans le sperme humain

Aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities in humans. Most of these abnormalities result from meiotic errors during the gametogenic ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

Une technique non invasive cheveux d&#39;échantillonnage pour obtenir l&#39;ADN de haute qualité provenant Elusive petits mammifères

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

La détection de l&#39;ARN viral par fluorescence<em&gt; In situ</emHybridation&gt; (FISH)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

Un protocole pour l&#39;identification des interactions protéine-protéine Basé sur<sup&gt; 15</sup&gt; N marquage métabolique, immunoprécipitation, la spectrométrie de masse quantitative et d&#39;affinité de modulation

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

Generation, Purification, and Characterization of Cell-invasive DISC1 Protein Species

Production, de conditionnement, et la caractérisation des cellules invasives Espèces protéine DISC1

Protein aggregation is seen as a general hallmark of chronic, degenerative brain conditions like, for example, in the neurodegenerative diseases ...

Robust 3D DNA FISH Using Directly Labeled Probes

Robuste FISH 3D DNA Utilisation des sondes directement marquées

3D DNA FISH has become a major tool for  analyzing three-dimensional organization of the nucleus, and several variations  of the technique have been ...

Assessing Species-specific Contributions To Craniofacial Development Using Quail-duck Chimeras

Évaluation des contributions spécifiques aux espèces Vers développement cranio-facial Utilisation chimères caille-canard

The generation of chimeric embryos is a widespread and powerful approach to study cell fates, tissue interactions, and species-specific contributions to ...

Generation of Marked and Markerless Mutants in Model Cyanobacterial Species

Génération de signalisés et Mutants dans Modèle sans marqueurs cyanobactérielles espèces

Cyanobacteria are ecologically important organisms and potential platforms for production of biofuels and useful industrial products. Genetic manipulation ...

Fish Sperm Assessment Using Software and Cooling Devices

Évaluation de sperme de poissons à l’aide de logiciels et de dispositifs de refroidissement

For gamete quality evaluation, there are innovative, rapid, and quantitative techniques that can provide useful data for aquaculture. Computerized systems ...