Name: dna-based fish species identification protocol
Uploaded: 2010-04-28T17:00:00
Duration: 9 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about DNA-based Fish Species Identification Protocol at JoVE.com

Agilent Stratagene חטיבת מוצרים <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Harini ראבי </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> נטליה Novorodovskaya </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סקוט Basehore </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ג&#39;ף Braman </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רחל פורמוזה </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רונדה אלן </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Rajesh Bagga </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דרק הול </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שרה Jandle </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דניאל האפמן </li></ul> Agilent מעבדות <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רוברט קינקייד </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מרי מקברייד </li></ul> Agilent באירופה <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> נייג&#39;ל סקינר </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יורגן שניידר </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סטיבן מילר </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מרטין Kratzmeier </li></ul> Campden BRI <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סטיב גארט </li></ul>

<ol>
	<li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+fish+species+identification+by+use+of+lab-on-a-chip+technology.">Improved fish species identification by use of lab-on-a-chip technology.</a> Food Control. 16 (7), 601-607 (2004).</li><li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Clarke, M. -. A. L., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fish+species+Identification+Using+PCR-RFLP+Analysis+and+Lab-on-a-Chip+Capillary+Electrophoresis:+Application+to+Detect+White+Fish+Species+in+Food+Products+and+an+Interlaboratory+Study.">Fish species Identification Using PCR-RFLP Analysis and Lab-on-a-Chip Capillary Electrophoresis: Application to Detect White Fish Species in Food Products and an Interlaboratory Study.</a> J. Agric. Food Chem. 53, 3348-3357 (2005).</li><li>Dooley, J., Garrett, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+PCR-RFLP+Profiles+for+Fish+Species+Using+the+Agilent+2100+Bioanalyzer.">Determination of PCR-RFLP Profiles for Fish Species Using the Agilent 2100 Bioanalyzer.</a> Agilent Technologies Application Note. , (2005).</li><li>Dooley, J. J., Clarke, M. L., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+a+chip-based+capillary+electrophoresis+system+to+enable+simple+PCR-RFLP+identification+of+fish+species.">Application of a chip-based capillary electrophoresis system to enable simple PCR-RFLP identification of fish species.</a> FSA Final Report Q01069. , (2004).</li></ol>

המחברים הם מועסקים על ידי Agilent Technologies המייצרת ריאגנטים ומכשירים המשמשים במאמר זה.

אנו מדגימים פשוט, מהיר, מדויק DNA מבוססת שיטת ההקרנה לזיהוי מינים של דגים ומאכלי ים. שיטה זו עוצמה מספקת לשחזור, תוצאות מדויקות תוך יום עבודה אחד פחות וזה יכול להיות מיושם מתקני בדיקה מסחרית עקב פרוטוקולים יעיל ההתקנה פשוטה. הוא מאופיין על ידי הדור של נתונים אובייקטיביים אשר נותחו באמצעות תוכנה RFLP מפענח עם מסד נתונים להרחבה פרופילים בניסוי מינים שמקורם בדגים. עם יישום שגרתי, זו שיטת הבדיקה יש את הפוטנציאל למנוע ואבחון לא נכון של מוצרי פירות ים ולסייע בשמירה רישומים מדויקים מתאים תאימות עם תקנות ממשלתיות.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Agilent 2100 Bioanalyzer (with chip priming station and IKA vortex mixer)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>G2939AA</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Agilent 2100 Bioanalyzer laptop &amp; Expert Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>G2953CA</td>
<td>G2950CA - desktop PC &amp; Expert Software</td>
</tr>
<tr>
<td>Agilent Bioanalyzer DNA 1000 Reagent Kit (part #5067-1504)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>5067-1504</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Thermal Cycler</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PCR Strip Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>401428</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PCR Strip Caps</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>401425</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>96-Well Working Rack</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>410094</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fish Species Identification System DNA Isolation Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fish Species Identification System PCR-RFLP Reagent Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RFLP Matcher Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>100% ethanol, 200 proof (USP grade or equivalent)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sterile, nuclease-free water</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pipettors</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Incubator or water bath set to 65&deg;C</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sterile glass bottle or polypropylene tube (e.g. 14-ml BD Falcon polypropylene)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>round-bottom tubes or 50-ml BD Falcon polypropylene conical tubes)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Vortex mixer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcentrifuge</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcentrifuge tubes 1.5ml</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tube rack 1.5ml</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pipette Tips</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

dna-based fish species identification protocol

פיתחנו מהיר, פשוט, מדויק DNA מבוססת שיטת ההקרנה לזהות את מיני דגים הנמצאים דגימות פירות ים טריים ומעובדים. שיטה זו המגוונת מעסיקה הגברה PCR של הדנ&quot;א הגנומי המופקים דגימות דגים, ואחריו ניתוח שבר הגבלת אורך (RFLP) פולימורפיזם ליצור דפוסים קטע זה ניתן לפתור על 2100 Agilent Bioanalyzer ו מתאימים למין הנכון באמצעות תוכנת RFLP התאמת דפוסים. שיטת זיהוי דגים משתמש פשוט, אמין, טור מבוססי פרוטוקול ספין לבודד דנ&quot;א מדגימות הדגים. הדגימות מטופלים proteinase K לשחרר את חומצות גרעין לתוך פתרון. DNA הוא מבודד אז על ידי השעיית מדגם במאגר מחייב העמסה על כוס מיקרו ספין המכיל סיליקה מטריצה ​​מבוססי סיבים. חומצות גרעין ב לאגד את המדגם כדי המטריצה ​​סיבים. חומצות גרעין משותקת נשטפים להסרת מזהמים, ו-DNA הכולל הוא התאושש בנפח סופי של μl 100. ה-DNA מבודד מוכן הגברה PCR עם פריימרים ובלבד להיקשר רצפי נמצא כל הגנום דגים. המוצרים PCR מתעכלים אז עם שלושה אנזימי הגבלה שונים החליט על 2100 Agilent Bioanalyzer. אורך קטע מיוצר התגובות העיכול ניתן להשתמש כדי לקבוע את מינים של דגים שממנו דגימת DNA הוכן באמצעות דפוס RFLP התאמת תוכנה המכילה מסד נתונים של ניסויי הנגזרות דפוסי RFLP דגים ממינים רלוונטי מסחרית.

Watch this Scientific Journal Video about DNA-based Fish Species Identification Protocol at JoVE.com

DNA-based Fish Species Identification Protocol

פרסום זה מתאר כיצד להשתמש מיני דגים Agilent מערכת זיהוי כדי לזהות את המין של דג על ידי הפקת DNA וביצוע PCR וניתוח RFLP.

ה-DNA מבוססי פרוטוקול זיהוי דגים המינים

We have developed a fast, simple, and accurate DNA-based screening method to identify the fish species present in fresh and processed seafood samples. ...

Research

JoVE Journal

Biology

Non-radioactive in situ Hybridization Protocol Applicable for Norway Spruce and a Range of Plant Species

Non-radioactive in situ Hybridization Protocol Applicable for Norway Spruce and a Range of Plant Species

Non-רדיואקטיבי באתרו הכלאה פרוטוקול ישים עבור נורווגיה Spruce ומגוון של מיני צמחים

The high-throughput expression analysis technologies available today give scientists an overflow of expression profiles but their resolution in terms of ...

Fluorescence in situ hybridization (FISH) Protocol in Human Sperm

Fluorescence in situ hybridization FISH Protocol in Human Sperm

פלואורסצנציה באתרו הכלאה (FISH) פרוטוקול של זרע אדם

Aneuploidies are the most frequent chromosomal abnormalities in humans. Most of these abnormalities result from meiotic errors during the gametogenic ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

שיער פולשנית דגימה טכניקה לקבל DNA באיכות גבוהה מ יונקים קטנים החמקמק

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization (FISH)

Detection of Viral RNA by Fluorescence in situ Hybridization FISH

זיהוי של רנ&quot;א נגיפי על ידי הקרינה<em&gt; באתרו</em&gt; הכלאה (דגים)

Viruses  that infect cells elicit specific changes to normal cell functions which serve  to divert energy and resources for viral replication. Many ...

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

A Protocol for the Identification of Protein-protein Interactions Based on 15N Metabolic Labeling, Immunoprecipitation, Quantitative Mass Spectrometry and Affinity Modulation

פרוטוקול לזיהוי של אינטראקציות בין חלבונים על הסמך<sup&gt; 15</sup&gt; תיוג N מטבולית, immunoprecipitation, כמותית המונית ספקטרומטריית וזיקת ​​אפנון

Protein-protein interactions are fundamental for many biological processes in the cell. Therefore, their characterization plays an important role in ...

Generation, Purification, and Characterization of Cell-invasive DISC1 Protein Species

דור, טיהור, ואפיון של מיני חלבון DISC1 הסלולריים פולשניים

Protein aggregation is seen as a general hallmark of chronic, degenerative brain conditions like, for example, in the neurodegenerative diseases ...

Robust 3D DNA FISH Using Directly Labeled Probes

דגי ה-DNA 3D חזקים באמצעות בדיקות שכותרתו ישירות

3D DNA FISH has become a major tool for  analyzing three-dimensional organization of the nucleus, and several variations  of the technique have been ...

Assessing Species-specific Contributions To Craniofacial Development Using Quail-duck Chimeras

הערכת תרומות מינים ספציפיות כדי Craniofacial פיתוח באמצעות מפלצות שליו-ברווז

The generation of chimeric embryos is a widespread and powerful approach to study cell fates, tissue interactions, and species-specific contributions to ...

Generation of Marked and Markerless Mutants in Model Cyanobacterial Species

הדור של מסומנים מוטאנטים Markerless במודל כחוליות המינים

Cyanobacteria are ecologically important organisms and potential platforms for production of biofuels and useful industrial products. Genetic manipulation ...

Fish Sperm Assessment Using Software and Cooling Devices

הערכת זרע דגים באמצעות תוכנה, התקני קירור

For gamete quality evaluation, there are innovative, rapid, and quantitative techniques that can provide useful data for aquaculture. Computerized systems ...