Name: dna-based fish species identification protocol
Uploaded: 2010-04-28T17:00:00
Duration: 9 min 15 s
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アジレントストラタジーン製品部門 <ul><li> Hariniラヴィ</li><li>ナタリアNovorodovskaya </li><li>スコットBasehore </li><li>ジェフブラマン</li><li>レイチェルフォルモサ</li><li>ロンダアレン</li><li>ラジェッシュBagga </li><li>デレクホール</li><li>サラJandle </li><li>ダニエルハフマン</li></ul> アジレント研究所 <ul><li>ロバートキンケイド</li><li>メアリーマクブライド</li></ul> アジレント欧州 <ul><li>ナイジェルスキナー</li><li>ユルゲンシュナイダー</li><li>スティーブンミューラー</li><li>マーティンKratzmeier </li></ul> カムデンBRI <ul><li>スティーブギャレット</li></ul>

<ol>
	<li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+fish+species+identification+by+use+of+lab-on-a-chip+technology.">Improved fish species identification by use of lab-on-a-chip technology.</a> Food Control. 16 (7), 601-607 (2004).</li><li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Clarke, M. -. A. L., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fish+species+Identification+Using+PCR-RFLP+Analysis+and+Lab-on-a-Chip+Capillary+Electrophoresis:+Application+to+Detect+White+Fish+Species+in+Food+Products+and+an+Interlaboratory+Study.">Fish species Identification Using PCR-RFLP Analysis and Lab-on-a-Chip Capillary Electrophoresis: Application to Detect White Fish Species in Food Products and an Interlaboratory Study.</a> J. Agric. Food Chem. 53, 3348-3357 (2005).</li><li>Dooley, J., Garrett, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+PCR-RFLP+Profiles+for+Fish+Species+Using+the+Agilent+2100+Bioanalyzer.">Determination of PCR-RFLP Profiles for Fish Species Using the Agilent 2100 Bioanalyzer.</a> Agilent Technologies Application Note. , (2005).</li><li>Dooley, J. J., Clarke, M. L., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+a+chip-based+capillary+electrophoresis+system+to+enable+simple+PCR-RFLP+identification+of+fish+species.">Application of a chip-based capillary electrophoresis system to enable simple PCR-RFLP identification of fish species.</a> FSA Final Report Q01069. , (2004).</li></ol>

著者らは、この記事で使用する試薬や器具を生産するアジレントテクノロジーで採用されています。

我々は、魚介類製品の魚種の識別のための、シンプルで高速、かつ正確なDNAベースのスクリーニング方法を示しています。この強力な方法は、以下の複数の営業日で再現可能な、正確な結果を提供し、それが合理化されたプロトコルと簡単なセットアップのために商業テスト施設で実施することができる。それは実験的に誘導された魚種のプロファイルの拡張データベースとRFLPデコーダーソフトウェアを使用して分析される客観的なデータの生成によって特徴づけられる。 ルーチンの実装では、この試験方法は、水産物の偽装を防止し、政府の規制を遵守するのに適した正確な記録を維持するのに役立つ可能性を秘めています。

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<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Agilent 2100 Bioanalyzer (with chip priming station and IKA vortex mixer)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>G2939AA</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Agilent 2100 Bioanalyzer laptop &amp; Expert Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>G2953CA</td>
<td>G2950CA - desktop PC &amp; Expert Software</td>
</tr>
<tr>
<td>Agilent Bioanalyzer DNA 1000 Reagent Kit (part #5067-1504)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>5067-1504</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Thermal Cycler</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PCR Strip Tubes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>401428</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PCR Strip Caps</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>401425</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>96-Well Working Rack</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>410094</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fish Species Identification System DNA Isolation Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Fish Species Identification System PCR-RFLP Reagent Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RFLP Matcher Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent</td>
<td>Contact</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>100% ethanol, 200 proof (USP grade or equivalent)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sterile, nuclease-free water</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pipettors</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Incubator or water bath set to 65&deg;C</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sterile glass bottle or polypropylene tube (e.g. 14-ml BD Falcon polypropylene)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>round-bottom tubes or 50-ml BD Falcon polypropylene conical tubes)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Vortex mixer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcentrifuge</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microcentrifuge tubes 1.5ml</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tube rack 1.5ml</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pipette Tips</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Various</td>
<td>Various</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

dna-based fish species identification protocol

我々は、高速、シンプル、かつ正確なDNAベースの新鮮な、加工魚介類の試料中に存在する魚種を同定するためのスクリーニング手法を開発した。この多目的な方法では、Agilent 2100バイオアナライザで解決し、RFLPのパターンマッチングソフトウェアを使用して、正しい種に一致させることができますフラグメントパターンを生成する制限酵素断片長多型（RFLP）分析に続いての魚試料から抽出したゲノムDNAのPCR増幅を採用しています。 魚の同定方法は、魚のサンプルからDNAを単離するための簡単​​な、信頼性の高い、スピンカラムベースのプロトコルを使用しています。サンプルは、溶液中に核酸を放出するプロテイナーゼKで処理されています。 DNAを結合バッファーでサンプルを懸濁し、シリカベースの光ファイバのマトリックスを含むマイクロスピンカップの上にロードすることによって分離されています。ファイバーマトリックスにサンプルバインドで核酸。固定化核酸は、汚染物質を除去するために洗浄され、全DNAを100μlの最終容量で回収される。単離されたDNAは、すべての魚のゲノムに見られる配列に結合する提供プライマーによるPCR増幅のための準備ができています。 PCR産物は、3つの種類の制限酵素で消化し、Agilent 2100バイオアナライザで解決されます。消化の反応で生産された断片の長さは、商業的に関連魚種から実験的に誘導されたRFLPパターンのデータベースを含むソフトウェアに一致するRFLPパターンを使用して、DNAのサンプルが準備された魚の種を決定するために使用することができます。

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DNA-based Fish Species Identification Protocol

この出版物は、DNAを抽出し、PCRとRFLP解析を行うことにより、魚の種を識別するために、アジレントの魚種の識別システムを使用する方法について説明します。

DNAベースの魚種の識別プロトコル

We have developed a fast, simple, and accurate DNA-based screening method to identify the fish species present in fresh and processed seafood samples. ...

Research

JoVE Journal

Biology

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