Name: analysis of gene expression in emerald ash borer (agrilus planipennis) using quantitative real time-pcr
Uploaded: 2010-05-04T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR at JoVE.com

Wij erkennen de hulp van Lourdes Delta Arrueta Antequera (afdeling Entomologie, Ohio State University / OARDC, Wooster, OH) in de setup van de experimenten. Wij danken dr. Therese Polen (USDA, Bos Services, NRS) voor het versturen EAB larven monsters. Hulp van dr. Luis A Canas en Nuris M Acosta met de microscoop setup wordt gewaardeerd. De financiering voor dit project werd verstrekt door de staat en federale fondsen toegerekend aan de Ohio Agricultural Research and Development Center, The Ohio State University.

Het complete protocol met verschillende stappen wordt afgebeeld in het stroomschema in figuur 1. Afzonderlijke stappen vormen dissectie, worden RNA-extractie, eerste streng cDNA-synthese en qRT-PCR hieronder beschreven. I. larvale Dissection <ol><li> Voorafgaand aan de start van deze procedure, plaats Emerald as boor, of EAB, larven op vochtig tissue papier tot dissecties worden uitgevoerd. Houd vers bereide 1X fosfaat gebufferde zoutoplossing, of PBS, op ijs om de buffer te koud te houden...

<ol>
	<li>Lehane, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peritrophic+matrix+structure+and+function.">Peritrophic matrix structure and function.</a> Annu Rev Entomol. 42, 525-550 (1997).</li><li>Mittapalli, O., Sardesai, N., Shukle, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=cDNA+cloning+and+transcriptional+expression+of+a+peritrophin-like+gene+in+the+Hessian+fly,+Mayetiola+destructor+[Say].">cDNA cloning and transcriptional expression of a peritrophin-like gene in the Hessian fly, Mayetiola destructor [Say].</a> Arc of Insect Bio. 64, 19-29 (2007).</li><li>Pauchet, Y., Wilkinson, P., van Munster, M., Augustin, S., Pauron, D., ffrench-Constant, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pyrosequencing+of+the+midgut+transcriptome+of+the+poplar+leaf+beetle+Chrysomela+tremulae+reveals+new+gene+families+in+Coleoptera.+Ins+Bio+and+Mol.">Pyrosequencing of the midgut transcriptome of the poplar leaf beetle Chrysomela tremulae reveals new gene families in Coleoptera. Ins Bio and Mol.</a> 39, 403-413 (2009).</li><li>Pfaffl, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+mathematical+model+for+relative+quantification+in+real-time+RT-PCR.">A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR.</a> Nucleic Acids Res. 29, 2002-2007 (2001).</li><li>Tellam, R. L., Lehane, M. J., Billingsley, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biology of the Insect Midgut. , 86-114 (1996).</li></ol>

De drempel cycli (Ct) waarde wordt verkregen voor elk monster in de qRT-PCR-plaat. Voor het maken van de standaard curve, is de Ct-waarde verkregen voor elke verdunning uitgezet tegen de log van de concentratie. De Ct-waarden voor de experimentele monsters werden vervolgens uitgezet op deze verdunningsreeks standaardcurve. Target hoeveelheden werden berekend op basis van aparte standaard curves gegenereerd voor elk experiment dat wil zeggen weefsel en ontwikkeling expressie. De relatieve expressie-waarden (toerental) we...

analysis of gene expression in emerald ash borer (agrilus planipennis) using quantitative real time-pcr

Emerald as boor (EAB,<em&gt; Agrilus planipennis</em&gt;) Is een exotische invasieve pest, die heeft gedood miljoenen essen (<em&gt; Fraxinus</em&gt; Spp) in Noord-Amerika.<strong&gt;</strong&gt; EAB blijft snel verspreiden en aanvallen essen bomen van verschillende leeftijden, van jonge boompjes tot volwassen bomen. Echter, tot op heden weinig of geen moleculaire kennis bestaat voor EAB. Wij zijn geïnteresseerd in het ontcijferen van de moleculaire basis van fysiologische processen in het weefsel niveau dat de steun EAB in succesvolle kolonisatie van essen. In dit rapport tonen we het effectieve gebruik van kwantitatieve real-time PCR (qRT-PCR) om na te gaan mRNA niveaus in de verschillende larvale weefsels (inclusief middendarm-, vet-instellingen en cuticula) en verschillende ontwikkelingsstadia (waarvan 1<sup&gt; St</sup&gt; -, 2<sup&gt; Nd</sup&gt; -, 3<sup&gt; Rd</sup&gt; -, 4<sup&gt; E</sup&gt;-Stadia, prepupae en volwassenen) van EAB. Als voorbeeld, een peritrophin gen (hierna genoemd,<em&gt; AP-PERI1</em&gt;) Is een voorbeeld als het gen van belang en een ribosomale eiwit (<em&gt; AP-RP1</em&gt;) Als de interne controle. Peritrophins zijn belangrijke componenten van de peritrophic membraan / matrix (PM), dat is de bekleding van het insect darm. De PM heeft diverse functies, waaronder de spijsvertering en mechanische bescherming aan de middendarm epitheel.

Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR at JoVE.com

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

Kwantitatieve real-time PCR (qRT-PCR) is een doeltreffend instrument om mRNA niveaus te diagnosticeren in verschillende insecten weefsels en ontwikkelingsstadia. In dit rapport tonen we het gebruik van de qRT-PCR na te gaan mRNA niveaus in de verschillende weefsels en larvale ontwikkelingsstadia van de invasieve soorten insecten, smaragd as boor.

Analyse van genexpressie in Emerald Ash Borer ( Agrilus planipennis) Met behulp van kwantitatieve Real Time-PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Research

JoVE Journal

Biology

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (Agrilus planipennis) Using Quantitative Real Time-PCR

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Bacteriële Gene Expression analyse met behulp van Microarrays

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

De vervaardiging van primaire hematopoietische cellen culturen uit Murine Bone Marrow voor Elektroporatie

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

Global analyse van genexpressie met behulp van een zebravis oligonucleotide microarray platform

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Met behulp van de Gene Puiser MXcell Elektroporatie systeem om primaire cellen transfecteren met een hoog rendement

Quantitative Real-Time PCR using the Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

Kwantitatieve real-time PCR met behulp van de Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and ...

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Met behulp van een geautomatiseerde cel Counter aan Gene Expression Studies Vereenvoudigen: siRNA Knockdown van IL-4 Afhankelijk van genexpressie in cellen Namalwa

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

Profilering van de Pre-micro-RNA&#39;s en microRNA&#39;s met behulp van kwantitatieve real-time PCR (qPCR) arrays

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Het bepalen van genetische expressie profielen in C. elegans Met behulp van microarray en real-time PCR

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro reconstitutie van de Active T. castaneum Telomerase

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualisatie en analyse van mRNA moleculen met behulp van fluorescentie<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisatie in<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...