Name: analysis of gene expression in emerald ash borer (agrilus planipennis) using quantitative real time-pcr
Uploaded: 2010-05-04T17:00:00
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Wir erkennen die Hilfe von Lourdes Delta Arrueta Antequera (Abteilung Entomologie, Ohio State University / OARDC, Wooster, OH) in den Aufbau der Experimente zur Verfügung gestellt. Wir danken Dr. Therese Polen (USDA, Forest Services, NRS) für Sende-EAB Larven Proben. Hilfe zur Verfügung gestellt von Dr. Luis A Canas und Nuris M Acosta mit dem Mikroskop Setup geschätzt wird. Die Finanzierung für dieses Projekt wurde von Staats-und Bundesmittel angeeignet, die Ohio Agricultural Research and Development Center, The Ohio State University zur Verfügung gestellt.

Die vollständige Protokoll mit den unterschiedlichen Schritten in dem Flussdiagramm in Abbildung 1 dargestellt. Einzelne Schritte bilden Dissektion, sind RNA-Extraktion, First Strand cDNA-Synthese und qRT-PCR weiter unten beschrieben. I. Larven Dissection <ol><li> Vor Beginn des Verfahrens, Ort Smaragd Asche borer oder EAB, Larven auf feuchten Papiertüchern bis Dissektionen durchgeführt werden. Halten Sie frisch zubereiteten 1X Phosphat-gepufferter Kochsalzlösung oder PBS, auf Eis, um ...

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	<li>Lehane, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peritrophic+matrix+structure+and+function.">Peritrophic matrix structure and function.</a> Annu Rev Entomol. 42, 525-550 (1997).</li><li>Mittapalli, O., Sardesai, N., Shukle, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=cDNA+cloning+and+transcriptional+expression+of+a+peritrophin-like+gene+in+the+Hessian+fly,+Mayetiola+destructor+[Say].">cDNA cloning and transcriptional expression of a peritrophin-like gene in the Hessian fly, Mayetiola destructor [Say].</a> Arc of Insect Bio. 64, 19-29 (2007).</li><li>Pauchet, Y., Wilkinson, P., van Munster, M., Augustin, S., Pauron, D., ffrench-Constant, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pyrosequencing+of+the+midgut+transcriptome+of+the+poplar+leaf+beetle+Chrysomela+tremulae+reveals+new+gene+families+in+Coleoptera.+Ins+Bio+and+Mol.">Pyrosequencing of the midgut transcriptome of the poplar leaf beetle Chrysomela tremulae reveals new gene families in Coleoptera. Ins Bio and Mol.</a> 39, 403-413 (2009).</li><li>Pfaffl, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+mathematical+model+for+relative+quantification+in+real-time+RT-PCR.">A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR.</a> Nucleic Acids Res. 29, 2002-2007 (2001).</li><li>Tellam, R. L., Lehane, M. J., Billingsley, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biology of the Insect Midgut. , 86-114 (1996).</li></ol>

Der Schwellenwert-Zyklen (Ct)-Wert für jede Probe in der qRT-PCR-Platte erhalten. Zur Herstellung der Standardkurve wurde die Ct-Wert für jede Verdünnung erhalten gegen den log der Konzentration aufgetragen. Die Ct-Werte für die experimentellen Proben wurden dann auf dieser Verdünnungsreihe Standardkurve aufgetragen. Ziel Mengen wurden aus separaten Standard-Kurven für jedes Experiment dh Gewebe-und Entwicklungs-Ausdruck erzeugt werden berechnet. Die relative Expression Werte (Umdrehungen) wurden dann durch Divisi...

analysis of gene expression in emerald ash borer (agrilus planipennis) using quantitative real time-pcr

Smaragd Asche borer (EAB,<em&gt; Agrilus planipennis</em&gt;) Ist eine exotische invasive Schädlinge, die Millionen von Eschen getötet hat (<em&gt; Fraxinus</em&gt; Spp) in Nordamerika.<strong&gt;</strong&gt; EAB weiterhin rasant verbreitet und Angriffe Eschen unterschiedlichen Alters, von Bäumchen zu Bäumen. Doch bis heute sehr wenig oder gar keine molekulare Wissen existiert für EAB. Wir sind in der Entschlüsselung der molekularen Basis physiologischer Prozesse im Gewebe interessiert, dass die Beihilfen EAB in eine erfolgreiche Kolonisation von Eschen. In diesem Bericht zeigen wir die effektive Nutzung der quantitativen real-time PCR (qRT-PCR) zu prüfen, mRNA-Spiegel in verschiedenen Larvenstadien Gewebe (einschließlich Mitteldarm Fettkörper und Kutikula) und verschiedene Entwicklungsstadien (davon 1<sup&gt; St</sup&gt; -, 2<sup&gt; Nd</sup&gt; -, 3<sup&gt; Rd</sup&gt; -, 4<sup&gt; Th</sup&gt;-Instars, prepupae und Erwachsene) von EAB. Als Beispiel, ein peritrophin Gen (hier benannt,<em&gt; AP-PERI1</em&gt;) Wird als das Gen von Interesse und einem ribosomalen Protein Beispiel (<em&gt; AP-RP1</em&gt;) Als interne Kontrolle. Peritrophins sind wichtige Bestandteile des peritrophic Membran / Matrix (PM), die die Auskleidung der Insektendarm ist. Der PM hat diverse Funktionen wie Verdauung und mechanischen Schutz der Mitteldarm Epithel.

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Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) ist ein wirksames Instrument zur mRNA-Spiegel in verschiedenen Insekten-Geweben und Entwicklungsstadien zu diagnostizieren. In diesem Bericht zeigen wir die Verwendung von qRT-PCR, um festzustellen mRNA-Spiegel in verschiedenen Larvenstadien Geweben und Entwicklungsstadien der invasiven Insektenarten, Smaragd Asche borer.

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer ( Agrilus planipennis) Mittels quantitativer Real Time-PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Research

JoVE Journal

Biology

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (Agrilus planipennis) Using Quantitative Real Time-PCR

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Bakterielle Gene Expression Analysis Using Microarrays

Forschung

Biologie

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Die Herstellung von primären hämatopoetischen Zellkulturen aus Knochenmark der Maus für die Elektroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

Globale Genexpressionsanalyse Mit einem Zebrafisch Oligonukleotid-Microarray-Plattform

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Mit dem Gene Pulser MXcell Elektroporation System zur Primary Cells mit hohem Wirkungsgrad zu transfizieren

Quantitative Real-Time PCR using the Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

Quantitative Real-Time PCR unter Verwendung der Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and ...

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Verwendung eines automatisierten Cell Counter zu Genexpressionsstudien Simplify: siRNA Knockdown von IL-4 abhängige Genexpression in Namalwalzellen

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

Profiling von Pre-micro RNAs und microRNAs mittels quantitativer real-time PCR (qPCR) Arrays

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Bestimmung genetischer Expressionsprofile in C. elegans Verwenden Microarray-und Real-time PCR

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Rekonstitution der Active T. castaneum Telomerase

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualisierung und Analyse von mRNA Moleküle mittels Fluoreszenz<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisierung in<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...