Name: analysis of gene expression in emerald ash borer (agrilus planipennis) using quantitative real time-pcr
Uploaded: 2010-05-04T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR at JoVE.com

Riconosciamo l&#39;aiuto fornito da Lourdes Delta Arrueta Antequera (Dipartimento di Entomologia, Ohio State University / OARDC, Wooster, OH) nella configurazione degli esperimenti. Ringraziamo il Dott. Teresa Polonia (USDA, Servizi forestali, NRS) per inviare i campioni EAB larvale. Aiuto fornito dal Dr. Luis A Canas e Nuris M Acosta con la configurazione microscopio è apprezzato. Il finanziamento per questo progetto è stato fornito da fondi statali e federali assegnare alle agricola dell&#39;Ohio Centro Ricerca e Sviluppo, The Ohio State University.

Il protocollo completo di diversi passaggi è raffigurato nel diagramma di flusso nella Figura 1. Singole fasi che costituiscono la dissezione, l&#39;estrazione di RNA, la sintesi Strand Prima cDNA e qRT-PCR sono descritti di seguito. I. larvali Dissection <ol><li> Prima dell&#39;inizio di questa procedura, posto piralide cenere Smeraldo, o EAB, larve su una carta assorbente umida fino dissezioni vengono eseguite. Mantenere fresco preparato 1X tampone fosfato salino, o PBS, sul ghiaccio pe...

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	<li>Lehane, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peritrophic+matrix+structure+and+function.">Peritrophic matrix structure and function.</a> Annu Rev Entomol. 42, 525-550 (1997).</li><li>Mittapalli, O., Sardesai, N., Shukle, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=cDNA+cloning+and+transcriptional+expression+of+a+peritrophin-like+gene+in+the+Hessian+fly,+Mayetiola+destructor+[Say].">cDNA cloning and transcriptional expression of a peritrophin-like gene in the Hessian fly, Mayetiola destructor [Say].</a> Arc of Insect Bio. 64, 19-29 (2007).</li><li>Pauchet, Y., Wilkinson, P., van Munster, M., Augustin, S., Pauron, D., ffrench-Constant, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pyrosequencing+of+the+midgut+transcriptome+of+the+poplar+leaf+beetle+Chrysomela+tremulae+reveals+new+gene+families+in+Coleoptera.+Ins+Bio+and+Mol.">Pyrosequencing of the midgut transcriptome of the poplar leaf beetle Chrysomela tremulae reveals new gene families in Coleoptera. Ins Bio and Mol.</a> 39, 403-413 (2009).</li><li>Pfaffl, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+mathematical+model+for+relative+quantification+in+real-time+RT-PCR.">A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR.</a> Nucleic Acids Res. 29, 2002-2007 (2001).</li><li>Tellam, R. L., Lehane, M. J., Billingsley, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biology of the Insect Midgut. , 86-114 (1996).</li></ol>

I cicli soglia (Ct) il valore si ottiene per ogni campione in qRT-PCR piatto. Per fare la curva standard, il valore Ct ottenuti per ogni diluizione è stato in funzione del log della sua concentrazione. I valori Ct per i campioni sperimentali sono stati poi riportati su questa curva standard di diluizione della serie. Quantità obiettivo sono stati calcolati da separare le curve standard generato per ogni tessuto cioè esperimento e l&#39;espressione dello sviluppo. I valori di espressione relativa (giri) sono stati poi...

analysis of gene expression in emerald ash borer (agrilus planipennis) using quantitative real time-pcr

Emerald cenere piralide (EAB,<em&gt; Agrilus planipennis</em&gt;) È un parassita esotico invasiva, che ha ucciso milioni di alberi di frassino (<em&gt; Fraxinus</em&gt; Spp) in Nord America.<strong&gt;</strong&gt; EAB continua a diffondersi rapidamente e attacchi cenere alberi di diverse età, da alberelli di alberi maturi. Tuttavia, ad oggi poco o nessuna conoscenza molecolare esiste per EAB. Siamo interessati a decifrare i processi fisiologici molecolari basati a livello di tessuto che EAB aiuto nella colonizzazione di successo di frassini. In questo rapporto si mostra l&#39;uso efficace delle quantitativa real-time PCR (QRT-PCR) per accertare i livelli di mRNA in diversi tessuti larvali (compresi midgut, grasso corpi e cuticola) e varie fasi di sviluppo (di cui 1<sup&gt; St</sup&gt; -, 2<sup&gt; Nd</sup&gt; -, 3<sup&gt; Rd</sup&gt; -, 4<sup&gt; °</sup&gt;-Stadi, prepupae e adulti) di EAB. A titolo di esempio, un gene peritrophin (di seguito chiamato,<em&gt; AP-PERI1</em&gt;) È esemplificata come il gene di interesse e una proteina ribosomiale (<em&gt; AP-RP1</em&gt;) Come controllo interno. Peritrophins sono componenti importanti della membrana peritrophic / matrice (PM), che è il rivestimento dell&#39;intestino degli insetti. Il PM ha diverse funzioni tra cui la digestione e la protezione meccanica per l&#39;epitelio midgut.

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Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

Quantitativa real-time PCR (QRT-PCR) è un efficace strumento per diagnosticare i livelli di mRNA nei tessuti degli insetti diversi e fasi di sviluppo. In questo rapporto si mostra l&#39;uso di qRT-PCR per accertare i livelli di mRNA in diversi tessuti larvali e gli stadi di sviluppo delle specie di insetti invasivi, smeraldo piralide cenere.

Analisi dell&#39;espressione genica in Borer Emerald Ash ( Agrilus planipennis) Utilizzando quantitativa Real Time-PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Research

JoVE Journal

Biology

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (Agrilus planipennis) Using Quantitative Real Time-PCR

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Batterica analisi di espressione genica mediante microarray

Ricerca

Biologia

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

La preparazione di colture primarie di cellule emopoietiche dal midollo osseo murino per elettroporazione

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

Analisi di espressione genica globale Utilizzando un Zebrafish piattaforma Microarray oligonucleotidi

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Utilizzando il sistema di elettroporazione Gene Pulser MXcell per trasfettare cellule primarie con alta efficienza

Quantitative Real-Time PCR using the Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

Quantitativa Real-Time PCR utilizzando il Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and ...

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

L&#39;utilizzo di un contatore automatico cella per semplificare gli studi sull&#39;espressione genica: Knockdown siRNA di IL-4 genica dipendente nelle celle Namalwa

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

Profilatura di pre-micro-RNA e microRNA con Quantitative Real-time PCR (qPCR) Array

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Determinare profili di espressione genetica in C. elegans Utilizzo Microarray e Real-time PCR

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

Ricostituzione in vitro di Active T. castaneum telomerasi

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualizzazione e l&#39;analisi di molecole di mRNA mediante fluorescenza<em&gt; In Situ</em&gt; Ibridazione in<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...