Name: analysis of gene expression in emerald ash borer (agrilus planipennis) using quantitative real time-pcr
Uploaded: 2010-05-04T17:00:00
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Reconocemos la ayuda proporcionada por Lourdes Delta Arrueta Antequera (Departamento de Entomología, Universidad Estatal de Ohio / OARDC, Wooster, OH) en la configuración de los experimentos. Agradecemos a la Dra. Teresa Polonia (USDA, Servicios Forestales, NRS) para enviar muestras de larvas de EAB. Ayuda proporcionada por el Dr. Luis A. Cañas y Nuris M Acosta con la configuración de microscopio se aprecia. La financiación de este proyecto fue proporcionado por fondos estatales y federales asignados a la Ohio Investigación y Desarrollo Agrícola del Centro, The Ohio State University.

El protocolo completo con las diferentes etapas se ilustra en el diagrama de flujo en la Figura 1. Medidas individuales que constituyen la disección, extracción de ARN, la síntesis de cDNA primer lugar y QRT-PCR se detallan a continuación. I. La disección de larvas <ol><li> Antes del inicio de este procedimiento, el lugar barrenador esmeralda del fresno, o BEF, las larvas de un pañuelo de papel húmedo hasta que se llevan a cabo disecciones. Mantenga fresco fosfato preparado 1X soluc...

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	<li>Lehane, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peritrophic+matrix+structure+and+function.">Peritrophic matrix structure and function.</a> Annu Rev Entomol. 42, 525-550 (1997).</li><li>Mittapalli, O., Sardesai, N., Shukle, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=cDNA+cloning+and+transcriptional+expression+of+a+peritrophin-like+gene+in+the+Hessian+fly,+Mayetiola+destructor+[Say].">cDNA cloning and transcriptional expression of a peritrophin-like gene in the Hessian fly, Mayetiola destructor [Say].</a> Arc of Insect Bio. 64, 19-29 (2007).</li><li>Pauchet, Y., Wilkinson, P., van Munster, M., Augustin, S., Pauron, D., ffrench-Constant, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pyrosequencing+of+the+midgut+transcriptome+of+the+poplar+leaf+beetle+Chrysomela+tremulae+reveals+new+gene+families+in+Coleoptera.+Ins+Bio+and+Mol.">Pyrosequencing of the midgut transcriptome of the poplar leaf beetle Chrysomela tremulae reveals new gene families in Coleoptera. Ins Bio and Mol.</a> 39, 403-413 (2009).</li><li>Pfaffl, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+mathematical+model+for+relative+quantification+in+real-time+RT-PCR.">A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR.</a> Nucleic Acids Res. 29, 2002-2007 (2001).</li><li>Tellam, R. L., Lehane, M. J., Billingsley, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biology of the Insect Midgut. , 86-114 (1996).</li></ol>

Los ciclos de umbral (Ct) se obtiene el valor de cada muestra en la placa de QRT-PCR. Para la toma de la curva estándar, el valor de Ct obtenidos para cada dilución se traza contra el registro de su concentración. Los valores de Ct de las muestras experimentales se trazaron en esta curva de dilución estándar de la serie. Cantidades de destino se calcula a partir de separar las curvas de calibración generadas para cada tejido es decir, la experimentación y expresión del desarrollo. Los valores relativos de expres...

analysis of gene expression in emerald ash borer (agrilus planipennis) using quantitative real time-pcr

Barrenador esmeralda del fresno (EAB,<em&gt; Agrilus planipennis</em&gt;) Es una plaga exótica invasiva, que ha matado millones de fresnos (<em&gt; Fraxinus</em&gt; Spp) en América del Norte.<strong&gt;</strong&gt; EAB continúa propagándose con rapidez y los ataques de cenizas árboles de diferentes edades, a partir de árboles jóvenes de los árboles maduros. Sin embargo, hasta la fecha muy poco o ningún conocimiento molecular existe para EAB. Estamos interesados ​​en descifrar los procesos fisiológicos de base molecular a nivel de tejido que ayuda EAB en la colonización exitosa de los fresnos. En este informe se muestra el uso eficaz de indicadores cuantitativos PCR en tiempo real (QRT-PCR) para determinar los niveles de ARNm en diferentes tejidos larvarios (incluido el intestino medio cuerpo, la grasa y la cutícula) y las diferentes etapas de desarrollo (incluido un<sup&gt; St</sup&gt; -, 2<sup&gt; Nd</sup&gt; -, 3<sup&gt; Rd</sup&gt; -, 4<sup&gt; °</sup&gt;-Estadios, prepupas y adultos) de esta plaga. A modo de ejemplo, un gen peritrophin (aquí nombrados,<em&gt; AP-PERI1</em&gt;) Se ejemplifica como el gen de interés y una proteína ribosomal (<em&gt; AP-RP1</em&gt;) Como el control interno. Peritrophins son componentes importantes de la membrana peritrófica / matriz (PM), que es el revestimiento del intestino del insecto. La PM tiene diversas funciones como la digestión y la protección mecánica del epitelio del intestino medio.

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Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

Cuantitativa en tiempo real PCR (QRT-PCR) es una herramienta eficaz para el diagnóstico de los niveles de mRNA en tejidos de insectos y diferentes etapas de desarrollo. En este informe se muestra el uso de QRT-PCR para determinar los niveles de ARNm en diferentes tejidos y estadios de desarrollo larvario de las especies de insectos invasores, el barrenador esmeralda del fresno.

Análisis de la expresión génica en el barrenador esmeralda del fresno ( Agrilus planipennis) Utilizando Real-PCR cuantitativa en tiempo

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Research

JoVE Journal

Biology

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (Agrilus planipennis) Using Quantitative Real Time-PCR

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Gen bacteriano y Análisis de Expresión El uso de microarrays

Investigación

Biología

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

La preparación de cultivos primarios de células hematopoyéticas de la médula ósea murina por electroporación

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

Gene mundial y Análisis de Expresión utilizando una plataforma de microarrays de oligonucleótidos de pez cebra

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Utilizando el sistema de electroporación Gene Emisores MXcell para transfectar células primarias con alta eficiencia

Quantitative Real-Time PCR using the Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

Cuantitativas PCR en tiempo real utilizando el Thermo Scientific Solaris qPCR ensayo

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and ...

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

El uso de un contador de células automatizado para simplificar estudios de expresión génica: siRNA Derribo de IL-4 la expresión génica en células dependientes Namalwa

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

Perfiles de Pre-micro ARN y microRNAs utilizando cuantitativa en tiempo real PCR (qPCR) Arrays

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

La determinación de perfiles genéticos de expresión en C. elegans Utilización de microarrays y PCR en tiempo real

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

En la reconstitución in vitro de los activos T. castaneum telomerasa

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualización y Análisis de las moléculas de ARNm mediante fluorescencia<em&gt; In Situ</em&gt; La hibridación en<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...