Name: analysis of gene expression in emerald ash borer (agrilus planipennis) using quantitative real time-pcr
Uploaded: 2010-05-04T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR at JoVE.com

Vi erkänner den hjälp som Lourdes Delta Arrueta Antequera (Institutionen för entomologi, Ohio State University / OARDC, Wooster, OH) i installationen av experiment. Vi tackar Dr Therese Polen (USDA, Forest Services, NRS) för skicka EAB larver prover. Hjälp från Dr Luis En Canas och Nuris M Acosta med mikroskop setup är uppskattat. Finansieringen för detta projekt har tillhandahållits av statliga och federala medel anslås till Ohio jordbruksforskning och utveckling Center, Ohio State University.

Den kompletta protokoll med olika steg skildras i flödesschemat i figur 1. Enskilda steg som utgör dissektion, är RNA-extraktion, First Strand cDNA syntes och QRT-PCR nedan. I. Larvernas Dissection <ol><li> Inför starten av detta förfarande, placera Emerald aska borr, eller EAB, larver på fuktigt mjukpapper tills dissektioner utförs. Håll nyberedd 1X fosfatbuffrad saltlösning eller PBS, på is för att hålla bufferten kallt i hela dissekering. </li><li> Till att börja fixa EAB l...

<ol>
	<li>Lehane, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Peritrophic+matrix+structure+and+function.">Peritrophic matrix structure and function.</a> Annu Rev Entomol. 42, 525-550 (1997).</li><li>Mittapalli, O., Sardesai, N., Shukle, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=cDNA+cloning+and+transcriptional+expression+of+a+peritrophin-like+gene+in+the+Hessian+fly,+Mayetiola+destructor+[Say].">cDNA cloning and transcriptional expression of a peritrophin-like gene in the Hessian fly, Mayetiola destructor [Say].</a> Arc of Insect Bio. 64, 19-29 (2007).</li><li>Pauchet, Y., Wilkinson, P., van Munster, M., Augustin, S., Pauron, D., ffrench-Constant, R. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pyrosequencing+of+the+midgut+transcriptome+of+the+poplar+leaf+beetle+Chrysomela+tremulae+reveals+new+gene+families+in+Coleoptera.+Ins+Bio+and+Mol.">Pyrosequencing of the midgut transcriptome of the poplar leaf beetle Chrysomela tremulae reveals new gene families in Coleoptera. Ins Bio and Mol.</a> 39, 403-413 (2009).</li><li>Pfaffl, W. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+mathematical+model+for+relative+quantification+in+real-time+RT-PCR.">A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR.</a> Nucleic Acids Res. 29, 2002-2007 (2001).</li><li>Tellam, R. L., Lehane, M. J., Billingsley, P. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Biology of the Insect Midgut. , 86-114 (1996).</li></ol>

Tröskeln cykler (Ct) värde erhålls för varje prov i QRT-PCR-platta. För att göra standardkurvan, var Ct värde som erhålls för varje spädning plottad mot stocken av sin koncentration. Den Ct-värden för de experimentella späddes sedan ritas in på denna spädningsserie standardkurvan. Mål mängder har beräknats från olika standard kurvor genereras för varje experiment, dvs vävnad och utvecklande uttryck. Den relativa uttrycket värden (varv) var bestäms sedan genom att dividera mängden av målet sekven...

analysis of gene expression in emerald ash borer (agrilus planipennis) using quantitative real time-pcr

Emerald aska borr (EAB,<em&gt; Agrilus planipennis</em&gt;) Är en exotisk invasiv skadedjur, som har dödat miljontals aska träd (<em&gt; Fraxinus</em&gt; Spp.) i Nordamerika.<strong&gt;</strong&gt; EAB fortsätter att spridas snabbt och attacker aska träd i olika åldrar, från sly att mogna träd. Hittills har dock mycket liten eller ingen molekylära kunskapen finns för EAB. Vi är intresserade av att dechiffrera molekylär-baserade fysiologiska processer i vävnaden nivå som stödet EAB i en lyckad kolonisering av aska träd. I denna rapport visar vi en effektiv användning av kvantitativ realtids-PCR (QRT-PCR) att se till mRNA nivåer i olika larv vävnader (inklusive midgut, fett organ och nagelband) och olika utvecklingsstadier (inklusive en<sup&gt; St</sup&gt; -, 2<sup&gt; Nd</sup&gt; -, 3<sup&gt; RD</sup&gt; -, 4<sup&gt; Th</sup&gt;-Instars, prepupae och vuxna) i EAB. Som ett exempel, en peritrophin gen (häri namngivna,<em&gt; AP-PERI1</em&gt;) Exemplifieras som genen av intresse och en ribosomala protein (<em&gt; AP-RP1</em&gt;) Som den interna kontrollen. Peritrophins är viktiga komponenter i peritrophic membran / matris (PM), som är slemhinnan i insekt tarmen. PM har olika funktioner, inklusive matsmältning och mekaniskt skydd för midgut epitelet.

Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR at JoVE.com

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

Kvantitativa realtids-PCR (QRT-PCR) är ett effektivt verktyg för att diagnostisera mRNA nivåer i olika insekter vävnader och utvecklingsstadier. I denna rapport visar vi att använda QRT-PCR för att fastställa mRNA nivåer i olika larver vävnader och utvecklingsstadier av de invasiva insektsarter, smaragd aska borr.

Analys av genuttryck i Emerald Ash tillväxtborr ( Agrilus planipennis) Med kvantitativa realtid-PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Research

JoVE Journal

Biology

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (Agrilus planipennis) Using Quantitative Real Time-PCR

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Bakteriell Gene Expression Analysis Använda Microarrays

The Preparation of Primary Hematopoietic Cell Cultures From Murine Bone Marrow for Electroporation

Beredningen av primära hematopoietisk cell kulturer från Murine Bone Marrow för elektroporation

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Global Gene Expression Analysis Using a Zebrafish Oligonucleotide Microarray Platform

Global Gene Expression analys med en Zebrafish plattform Oligonucleotide microarray

Gene microarray technology permits quantitative measurement and gene expression profiling of transcript levels on a genome-wide basis. Gene microarray ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

Använda Gene Pulser MXcell elektroporation System till transfektera primärceller med hög verkningsgrad

Quantitative Real-Time PCR using the Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

Kvantitativa realtids-PCR med Thermo Scientific Solaris qPCR analys

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and ...

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

Hjälp av ett automatiserat celltalsräknare att förenkla Studier Gene Expression: siRNA Knockdown av IL-4 beroende genuttryck i Namalwa Cells

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

Profilering av Pre-mikro-RNA och mikroRNA hjälp av kvantitativ realtids-PCR (qPCR) Arrays

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Fastställande genuttryck profiler i C. elegans Använda Microarray och Real-time PCR

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Beredning av Active T. castaneum Telomeras

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualisering och analys av mRNA-molekyler användning av fluorescens<em&gt; In Situ</em&gt; Hybridisering i<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...