Name: t-wave ion mobility-mass spectrometry: basic experimental procedures for protein complex analysis
Uploaded: 2010-07-31T17:00:00
Duration: 16 min 40 s
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저자는 자신의 중요한 검토하고, 원고들의 공헌에 대한 샤론 그룹 회원 주셔서 감사합니다. 우리는 Morasha과 Bikura 프로그램, 이스라엘 과학 재단 (부여 Nos. 1823년에서 1807년까지과 378/08), Biomembrane 연구 조셉 콘 미네르바 센터, 뉴 과학자 Chais 가족 펠로 프로그램, 아브라함의 지원 감사 그리고 소니아 Rochlin 재단, 울프슨 가족 자선 신탁, 헬렌과 Biomolecular 구조 및 조립에 밀튼 A. Kimmelman 센터, Shlomo와 사빈 Beirzwinsky의 부동산, Meil​​ 드 Botton 앤슬리, 그리고 카렌 심, 영국.

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	<li>Ruotolo, B. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ion+mobility-mass+spectrometry+analysis+of+large+proteincomplexes.">Ion mobility-mass spectrometry analysis of large proteincomplexes.</a> Nat Protoc. 3 (7), 1139-1152 (2008).</li><li>Scarff, C. A., Thalassinos, K., Hilton, G. R., Scrivens, J. 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관심 없음 충돌 선언하지 않습니다.

프로토콜 여기서 설명하는 것은 자신의 전반적인 모양, subunit 포장 및 토폴로지에 대한 정보를 제공하는 목적으로, 알 수없는 입체 구조 단백질 또는 단백질 단지의 충돌 크로스 섹션을 정의할 수 있습니다. 이를 위해 충돌 단면적 값이 일단은 구조 세부 사항이 값을 변환하는 데 필요한 그려져 있습니다. 이 과정은 추가적인 실험의 노력뿐만 아니라 간략하게 아래에 설명하는 전산 분석을 필요로합니다. 로 시작하기 위해, 그것은 알려진 구조 단백질 또는 단백질 단지를 분석하는 것이 좋습니다. 이러한 측정 방법의 유용 품질 관리를 제공할 수 있으며, 이론적 측정 Ω 값을 비교하여 인수 매개 변수의 정확성 평가를 활성화합니다. 이론 교차 단면 영역은 결정 구조에서 계산 수있는 연산자는 필요에 따라 코드 수정을 허용 오픈 소스 FORTRAN 기반 소프트웨어입니다 MOBCAL 15,16 소프트웨어를 사용하여 조정합니다. 이러한 계산을 실행하는 그것은 입력 구조마다 반복 수행 계산의 숫자가 증가하고 원자의 다수를 포함하는 조정 파일이 하나를 수락하는 것을 이러한 프로그램을 수정해야합니다. 복수 어셈블리 내에서 subunits의 topological 준비를 정의하는 IM - MS의 전략은 최근 4,6을 제안되었습니다. 방법은 더 작은 구성 요소를 단백질 분리 어셈블리 경로의 모니터링을 포함한다. 이 분리는 어셈블리의 &quot;빌딩 블록&quot;의 반사 subcomplexes의 배포에 상승을 제공 솔루션 위상 조건을 통제 조정을 통해 이루어진다. 손상 복잡하고 분해 제품의 Ω 값의 동시 측정 후 단백질 단지의 topological 모델을 계산에 사용되는 구조적 지지대를 생성합니다. 이 방법론을 기본의 기본 가정은 생성 subcomplexes들이 네이티브와 같은 주문 확인을 유지하고, 실제로 최근 연구 해체 제품의 솔루션 구조가 유지되는 증명하고 어느 솔루션 또는 가스 단계에 주요 다시 정리하기는 4,6 발생하지 않았는 점이다. 가스 상 단백질 복합 이온에 제사기 구조의 과제의 마지막 단계는 컴퓨터 생성 모델에 충돌 단면적 값을 피팅입니다. 모델링 접근 방식은 다른 가능한 topological subunits의 준비 및 silico Ω의 값을 계산하고 실험 것들에 비교를 탐험하기 위해 고용하고 있습니다. 현재 몇 전산 방법은 subunits 1,8의 직경을 대략 spheretype 결이 거친 방법처럼 사용됩니다. 전체에서이 필드는 초기에 아직 추가적인 개발이 접근법은 일반적인, 그리고 단지의 광범위한 적용하기 위해 필요합니다.

t-wave ion mobility-mass spectrometry: basic experimental procedures for protein complex analysis

이온 이동성 (IM)는 약한 전기장의 영향 하에서 압력 셀을 통과하는 이온을 위해 촬영 시간을 측정하는 방법입니다. 이온이 표류 영역을 통과하는 속도는 자신의 크기에 따라 달라집니다 큰 이온은 작은을 구성하는 이들 이온보다 배경 불활성 가스 (일반적으로 N 2)와 충돌이 더 많은 경험을하기 때문에 메신저 장치를 통해 더 천천히 여행을합니다 단면. 일반적으로 시간이 그것은 그들의 충돌 단면 (Ω)에 따르면, 치밀한 가스상 그들을 구분하지만 마이 그 레이션하는 이온에 대한 소요됩니다. 최근 IM 분광법은 질량 분광법과이 여행 - 웨이브 (T - 파) Synapt 이온 이동성 질량 분석계 (IM - MS)가 출시되었습니다와 결합했다. 이온의 이동성과 질량 분광법을 통합하는 것은 3 차원 스펙트럼을 (유료, 강도, 그리고 표류 시간 질량) 항복, 샘플 분리와 정의의 여분 차원을 수 있습니다. 이 분리 기술은 스펙트럼 중복 감소 수 있도록, 매우 유사한 질량, 또는 대량으로 충전 비율지만, 다른 드리프트 시간으로 이기종 단지의 해상도를 수 있습니다. Ω이 이온의 전반적인 모양과 토폴로지에 관련되어 같이 또한, 드리프트 시간 측정, 구조 정보의 중요한 계층을 제공합니다. 측정된 드리프트 시간 가치와 Ω 사이의 상관 관계가 정의 교차 섹션 1 calibrant 단백질에서 생성된 교정 곡선을 사용하여 계산됩니다. IM - MS 방식의 전원이 subunit의 포장 및 micromolar 농도에서 단백질 어셈블리의 전체 모양을 정의하는 능력에 달려있다, 그리고 거의 생리적 조건 1. 개별 단백질 2,3 및 비 공유 결합 단백질 단지 4-9 모두 몇 가지 최근의 메신저 연구는 성공적으로 단백질 제사기 구조는 가스 단계에서 유지되는 시연, 그리고 알 수없는 형상의 단백질 어셈블리의 연구에서이 방법의 가능성을 강조 . 10, 여기, 우리는 Synapt를 사용하여 단백질 단지의 IMS - MS 분석 (Quadrupole 이온 이동성 - 시간의 기내) HDMS 악기 (유일한 상용 IM - MS 장비 현재 워터스 주)에 대한 자세한 설명을 제공합니다. 우리는 기본적인 최적화 단계, 충돌 크로스 섹션의 교정, 데이터 처리 및 해석에 대한 방법을 설명합니다. 프로토콜의 마지막 단계는 이론적 Ω의 값을 계산하는 방법을 설명합니다. 전체 프로토콜 단백질 어셈블리 IM - MS 특성화의 모든 부분을 커버하려고 시도하지 않는다; 오히려, 그 목적은 현장에서 새로운 연구에 대한 방법의 실용적인 측면을 소개하는 것입니다.

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T-wave Ion Mobility-mass Spectrometry: Basic Experimental Procedures for Protein Complex Analysis

이온 이동성 - 질량 분광법는 충돌 단면 및 질량에 따라 이온을 분리 신흥 가스 상 기술입니다. 방법은 단백질 단지의 전체 토폴로지와 모양에 대한 입체적인 정보를 제공합니다. 여기, 우리는 악기 설정 및 최적화, 드리프트 시대의 교정 및 데이터 해석을위한 기본 절차를 설명합니다.

T - 파 이온 모빌리티 분석법 - 질량 : 단백질 복잡한 분석을위한 기본 실험 절차

Ion mobility (IM) is a method that measures the time taken for an ion to travel through a pressurized cell under the influence of a weak electric field. ...

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