Name: Filigree: A Bioinformatics Tool for Building Differential Network Clustering and Enrichment Analysis (Video) | JoVE
Uploaded: 2023-11-10T14:20:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Filigree: A Bioinformatics Tool for Building Differential Network Clustering and Enrichment Analysis at JoVE.com

filigree: a bioinformatics tool for building differential network clustering and enrichment analysis

CorrelationCalculator and Filigree: Tools for Data-Driven Network Analysis of Metabolomics Data

Watch this Scientific Journal Video about Filigree: A Bioinformatics Tool for Building Differential Network Clustering and Enrichment Analysis at JoVE.com

Filigree: A Bioinformatics Tool for Building Differential Network Clustering and Enrichment Analysis (Video) | JoVE 

Telkari: Diferansiyel Ağ Kümeleme ve Zenginleştirme Analizi Oluşturmak için Bir Biyoinformatik Aracı

Başlamak için, metabolit ölçümlerini içeren örnek bir virgülle ayrılmış giriş dosyası indirin. İndirilen örnek dosyayı açmak için üzerine çift tıklayın ve birinci sütunda örnek adlar ve ikinci sütunda grup atamaları içerdiğinden emin olun. Kalan sütunlar metabolitler içerir ve her satır bir örneği temsil eder.Ardından, Telkari Java uygulamasını indirin ve indirilenlere çift tıklayın. Uygulamayı başlatmak için jar dosyası. Veri sekmesinde, giriş dosyasını yüklemek için Araştır düğmesine tıklayın.Sütunları veya Satırları Belirtin altında, giriş dosyasından ilgili sütun veya satır adını seçmek için örnek kimliğinin yanındaki açılan oka tıklayın. Ardından Örnek'i seçin. Ardından, giriş dosyasından ilgili sütunu veya satırı seçmek için Grup'un yanındaki açılır oka tıklayın ve Grup'u seçin.Örnek Grupları Belirtin altında, giriş dosyasından ilgili grup sütununu seçmek için her grubun yanındaki açılan okları tıklatın. Özellik Gruplaması'nın altında, istediğiniz yöntemin yanındaki özellik gruplarını hesapla kutusunu işaretleyin. Isı haritasını görüntülemek ve istenen azaltma yüzdesini belirlemek için ısı haritalarını görüntüle'ye tıklayın.Ardından, özellik azaltma kaydırıcısını kullanarak, özelliklerin istenen yüzde azaltma yüzdesini seçin ve yüzde azaltma özelliği 1,25'lik bir özellik-örnek oranı gösterene kadar küçük daireyi kaydırın. Analiz sekmesine gitmek için sonraki düğmeye tıklayın. Çıktı dizinini seç altında, gözat düğmesine tıklayın ve oluşturulan çıktı dosyalarını depolamak için istediğiniz dizin konumunu seçin.Analizi Çalıştır düğmesine tıklayın. Analiz başarıyla tamamlandı mesajını görüntüledikten sonra, tamam açılır penceredeki düğmesine basın. Ardından, Analiz sekmesinde, etkileşimli filigran alt ağlarını bir tarayıcı sekmesinde açmak için Ağlara Gözat düğmesine tıklayın.Alt ağ adı sütununun altında, Alt Ağ 1 bağlantısına tıklayın. Ardından, artı düğmesine tıklayarak etkileşimli alt ağı keşfedin ve ağın bir kısmını yakınlaştırın ve uzaklaştırmak için eksi düğmesine tıklayın. Bir grup düğümüne tıklayın ve alt ağ içinde yeniden konumlandırmak için sürükleyin.Ardından, tüm grup düğümlerini genişletmek ve grup düğümlerini oluşturan belirli bileşikleri gözden geçirmek için Özellikleri Genişlet düğmesine tıklayın. Ardından, yakın zamanda genişletilen grup düğümlerini daraltmak için Özellikleri Daralt düğmesine tıklayın. Ardından, Örnek Gruba Göre Görünümü tek bir alt ağdan bir gruba bölünmüş birden çok alt ağa değiştirmek için düğmesine basın.Ardından alt ağların görünümünü kullanarak grupları keşfedin ve karşılaştırın. Tek alt ağ görünümüne geri dönmek için Tüm Örnekler düğmesine tıklayın ve sonraki alt ağı görüntülemek için İleri düğmesine tıklayın. Tip 1 diyabet ve diyabetik olmayan farelerden alınan plazma metabolit ölçümleri kullanılarak oluşturulan diferansiyel ağ, diyabetik olmayan grupta daha yüksek derecede ağ bağlantısı ortaya çıkardı.Zenginleştirme analizi sonuçları, tanımlanan 12 metabolik modülden dokuzunun Tip 1 diyabet ve diyabetik olmayan fareler arasında önemli ölçüde farklı olduğunu gösterdi.

Research

JoVE Journal

Biology

Filigree: A Bioinformatics Tool for Building Differential Network Clustering and Enrichment Analysis

Addressing Metabolomics Data Analysis Using Advanced Bioinformatics Tools

Emerging Technologies and Advanced Tools for Decoding Metabolomics Data Analysis (Video) | JoVE

CorrelationCalculator ve Telkari: Metabolomik Verilerin Veriye Dayalı Ağ Analizi için Araçlar

A significant challenge in the analysis of omics data is extracting actionable biological knowledge. Metabolomics is no exception. The general problem of ...

CorrelationCalculator: A Bioinformatics Tool for Building Single Interaction Metabolites Network Based on Expression Data

CorrelationCalculator: A Bioinformatics Tool for Building Single Interaction Metabolites Network Based on Expression Data (Video) | JoVE 

CorrelationCalculator: İfade Verilerine Dayalı Tek Etkileşim Metabolitleri Ağı Oluşturmak için Bir Biyoinformatik Aracı