Pour commencer, utilisez un navigateur Web pour visiter le charmm-gui. site web de l’organisation. Créez et activez votre compte gratuit avant de créer votre premier ensemble de fichiers.
Allez dans le menu supérieur, accédez au générateur d’entrée et sélectionnez Membrane builder parmi les options disponibles sur le côté gauche de l’écran. Sélectionnez le générateur de bicouches pour construire une bicouche lipidique, puis sélectionnez le système à membrane uniquement et stockez l’ID de tâche généré pour un accès ultérieur. Visualisez les systèmes à chaque étape du processus de construction en cliquant sur Afficher la structure située en haut de la page.
Inspectez systématiquement les composants manquants ou les erreurs dans la taille des patchs. Sélectionnez l’option lipide hétérogène, que vous souhaitiez ou non construire une bicouche à un seul composant, puis choisissez un type de boîte rectangulaire. Pour l’hydratation, sélectionnez 45 molécules d’eau par lipide, ce qui est suffisant pour une bicouche entièrement hydratée.
Définissez maintenant la longueur de XY en fonction du nombre de composants lipidiques. Déterminez le nombre de lipides nécessaires pour chaque espèce lipidique en fonction du modèle pré-planifié. Pour représenter le réticulum endoplasmique et les cellules eucaryotes, une combinaison de 336 lipides DOPC, 132 DPPE, 60 cholestérol et 72 lipides POPI a été utilisée dans le modèle PI tandis que 330 lipides DOPC, 126 DPPE, 54 cholestérol, 66 POPI et 24 DOPS ont été utilisés pour le modèle PIPS.
Entrez le nombre souhaité de molécules pour les folioles supérieures et inférieures dans les deux cases à côté du nom du lipide pour créer une composition membranaire symétrique. Naviguez ensuite vers le haut de la liste des espèces lipidiques et lancez l’action en cliquant sur le bouton Afficher les informations système. À l’aide de CHARMM-GUI, validez le nombre total de lipides dans chaque feuillet de la bicouche symétrique.
Continuez à cliquer sur les écrans suivants pour définir les valeurs souhaitées pour la température et la pression pour la simulation et la syntaxe des fichiers de simulation en fonction du moteur de dynamique moléculaire choisi. Par exemple, GROMACS. Téléchargez les fichiers résultants et transférez-les sur le cluster d’ordinateurs.
Utilisez les logiciels sélectionnés, par exemple la dynamique moléculaire visuelle ou PyMOL pour visualiser le système final.
