Verwenden Sie zunächst einen Webbrowser, um die charmm-gui aufzurufen. org-Website. Erstellen und aktivieren Sie Ihr kostenloses Konto, bevor Sie Ihren ersten Satz von Dateien erstellen.
Gehen Sie zum oberen Menü, navigieren Sie zum Eingabegenerator und wählen Sie Membran-Builder aus den verfügbaren Optionen auf der linken Seite des Bildschirms aus. Wählen Sie den Doppelschicht-Builder aus, um eine Lipid-Doppelschicht zu konstruieren, wählen Sie dann das reine Membransystem aus und speichern Sie die generierte Auftrags-ID für den zukünftigen Zugriff. Visualisieren Sie die Systeme bei jedem Schritt des Bauprozesses, indem Sie oben auf der Seite auf die Ansichtsstruktur klicken.
Prüfen Sie konsequent auf fehlende Komponenten oder Fehler in der Patch-Größe. Wählen Sie die Option "Heterogenes Lipid" unabhängig davon, ob Sie eine Einkomponenten-Doppelschicht aufbauen möchten, und wählen Sie dann einen rechteckigen Kastentyp. Wählen Sie für die Hydratation 45 Wassermoleküle pro Lipid, was für eine vollständig hydratisierte Doppelschicht ausreichend ist.
Stellen Sie nun die Länge von XY basierend auf der Anzahl der Lipidkomponenten ein. Bestimmen Sie die Anzahl der Lipide, die für jede Lipidspezies benötigt werden, basierend auf dem vorgeplanten Modell. Um das endoplasmatische Retikulum und die eukaryotischen Zellen darzustellen, wurde im PIP-Modell eine Kombination aus 336 DOPC-, 132 DPPE-, 60 Cholesterin- und 72 POPI-Lipiden verwendet, während für das PIPS-Modell 330 DOPC-, 126 DPPE-, 54 Cholesterin-, 66 POPI- und 24 DOPS-Lipide verwendet wurden.
Geben Sie die gewünschte Anzahl von Molekülen für das obere und untere Segel in die beiden Felder neben dem Lipidnamen ein, um eine symmetrische Membranzusammensetzung zu erstellen. Navigieren Sie dann zum Anfang der Liste der Lipidspezies und starten Sie die Aktion, indem Sie auf die Schaltfläche "Systeminfo anzeigen" klicken. Validieren Sie mit CHARMM-GUI die Gesamtzahl der Lipide in jedem Segel in der symmetrischen Doppelschicht.
Klicken Sie weiter auf die nächsten Bildschirme, um die gewünschten Werte für Temperatur und Druck für die Simulation und die Syntax für die Simulationsdateien entsprechend der Molekulardynamik-Engine Ihrer Wahl festzulegen. Zum Beispiel GROMACS. Laden Sie die resultierenden Dateien herunter, und übertragen Sie sie auf den Computercluster.
Verwenden Sie ausgewählte Software, z. B. visuelle Molekulardynamik oder PyMOL, um das endgültige System zu visualisieren.
