まず、画像J2.1.0のタイムラプスミトコンドリア画像を開きます。視野に基づいて位置スタックを分離するには、メニューバーに移動して[画像]をクリックします。次に、「複製」、「スライスの入力」、または「フレーム番号」に移動し、「OK」をクリックします。次に、自由選択ツールを使用して、セルの周囲に関心領域を描画します。
マクロを実行するには、Image J を開き、メニューバーに移動して [Plugins]、[Macros]、[Run] の順にクリックします。次に、[背景をクリアして、画像のマクロを保存]を選択します。ピクセル サイズとボクセル深度を決定するには、イメージ J を開いて [イメージ] を選択します。
メニューバーにアクセスし、[画像]を選択して、[プロパティ]をクリックします。ピクセル サイズとボクセル深度を決定したら、[自由選択ツール] を使用してセル全体を囲む対象領域を描画し、15 フレームすべてにわたってセル全体を含めます。メニューバーに移動し、[Plugins]、[Macros]をクリックして、[Clear the Background]を選択し、画像のMACROを保存します。
目的の保存フォルダを選択し、[保存]をクリックしてファイルをTIFF形式で保存します。次に、「All Tracks」、「Perinuclear Tracks」、および「Telenuclear Tracks」というタイトルの 3 つのメイン フォルダーを作成します。各メインフォルダ内で処理する画像ごとに番号付きのサブフォルダを1つから作成します。
2 つのルーチン最適化補足ファイルのコピーを各イメージ フォルダーに追加します。デフォルトの mat ファイルのバージョンを特定または変更するには、[環境] セクションの [ホーム] タブに移動し、[設定] をクリックします。次に、MATLAB を選択します。
コンピューターでMATLABソフトウェアを開き、メニューバーに移動してアプリを選択し、Mitometerを開きます。[3D の開始] を選択し、ピクセル サイズを 0.1395089 マイクロメートルに、フレーム間の時間を 15 秒に、Z 平面の数を 8 に、Z 平面間の軸方向距離を 0.418809 マイクロメートルに設定します。入力する画像を選択します。
次に、Mitometerのサイドメニューに移動し、[画像]を選択して、[ハイライトの選択]をクリックします。Mitometerメニューバーに移動し、[Select Tracks]、[Track Views]の順に選択します。次に、All Tracks、Telenuclear、またはPerinuclear Optionsから選択します。
[txt に保存] を選択して結果をテキスト ファイルに保存し、作成したフォルダーに結果ファイルを抽出します。画像エンコードのキーを含むランダム化xlsxファイルを準備します。列 A に 1 から始まる連続する整数のシーケンスを挿入し、分析変数を構成する英数字を列 B に入力します。
実行可能ファイルmlxをダブルクリックし、フォルダの数を入力し、[フォルダのディレクトリを指定]をクリックして、[ディレクトリの保存]を選択します。出力ファイルでスプレッドシート名を選択し、「実行」をクリックします。これに続いて、必要な統計分析を実行します。
処理後のミトコンドリアの代表的な画像、それぞれの表面プロット、および自動セグメンテーションが提示されます。平均ミトコンドリア長の有意な減少は、AM580で処理された細胞で観察されました。ミトコンドリア表面積は、AM580およびBMS493で処理された細胞で有意に減少しました。
ミトコンドリア体積に対して正規化されたTMRM強度は、レチノイン酸とCH55で処理された細胞で有意な減少を示しました。
