Name: microdissection of zebrafish embryonic eye tissues
Uploaded: 2010-06-27T23:34:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Microdissection of Zebrafish Embryonic Eye Tissues at JoVE.com

Detta arbete stöds av en start fond från institutionen för biologiska vetenskaper vid Purdue University.

Del 1: Förberedelser innan microdissection <ol><li> Lösningar <ol class="lalpha"><li> E3 medelstora 4 (5 mM NaCl, 0,17 mM KCl, 0,33 mM CaCl 2 och 0,33 mm MgSO 4). </li><li> Ringers lösning 1, 5 (116 mM NaCl, 2,9 mM KCl, 1,8 mM CaCl 2, 5 mm HEPES, pH7.2), filter steriliserat. </li><li> 5N NaOH. </li></ol></li><li> Kemisk etsning av volfram nålar <ol class="lalpha"><li> Säkert en liten bägare med 5 N NaOH på en petriskål med lera. </li><li> Fäst ett gem på...

<ol>
	<li>Leung, Y. F., Dowling, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+expression+profiling+of+zebrafish+embryonic+retina.">Gene expression profiling of zebrafish embryonic retina.</a> Zebrafish. 2, 269-283 (2005).</li><li>Leung, Y. F., Ma, P., Link, B. A., Dowling, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Factorial+microarray+analysis+of+zebrafish+retinal+development.">Factorial microarray analysis of zebrafish retinal development.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105, 12909-12914 (2008).</li><li>Leung, Y. F., Ma, P., Dowling, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+expression+profiling+of+zebrafish+embryonic+retinal+pigment+epithelium+in+vivo.">Gene expression profiling of zebrafish embryonic retinal pigment epithelium in vivo.</a> Invest Ophthalmol Vis Sci. 48, 881-890 (2007).</li><li>Nusslein-Volhard, C., Dahm, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Zebrafish : a practical approach. , (2002).</li><li>Westerfield, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+zebrafish+book+:+a+guide+for+the+laboratory+use+of+zebrafish+(Danio+rerio).">The zebrafish book : a guide for the laboratory use of zebrafish (Danio rerio).</a> , (2000).</li><li>Kimmel, C. B., Ballard, W. W., Kimmel, S. R., Ullmann, B., Schilling, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stages+of+embryonic+development+of+the+zebrafish.">Stages of embryonic development of the zebrafish.</a> Dev Dyn. 203, 253-310 (1995).</li><li>Fadool, J. M., Dowling, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zebrafish:+a+model+system+for+the+study+of+eye+genetics.">Zebrafish: a model system for the study of eye genetics.</a> Prog Retin Eye Res. 27, 89-110 (2008).</li></ol>

Microdissection av zebrafisk ögats vävnader effektivt kan få intakt näthinnor och RPE-anslutna näthinnor. Detta hjälper väsentligt uttryck studier som rör en viss ögat vävnad (dvs näthinnan eller RPE). I själva verket har vi använt framgångsrikt dessa förfaranden för att erhålla RNA-uttryck profiler av hela näthinnan 1 och RPE 3. Nyttan av dessa profiler får starkt stöd av våra senaste identifiering av vägar och familjer gen som är störs i en näthinnan differentiering mutan...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Cordless pestle motor</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>47747-370</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DC power supply</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Lascar</td>
<td>PSU130</td>
<td>Any DC supply would work. The specific voltage of a different machine will need further optimization.</td>
</tr>
<tr>
<td>Disposable pestle &amp; microtube, 1.5 mL (DNase, RNase and pyrogen-free)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>VWR</td>
<td>47747-366</td>
<td>These are used for tissue collection in TRIzol for expression analysis.</td>
</tr>
<tr>
<td>Dumont #5 forceps, Tips: 0.05 x 0.01mm, Inox</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>World Precision Instruments</td>
<td>500341</td>
<td>Fine tip dimension is desirable but is not inflexible, as one may need to sharpen the tip from time to time.</td>
</tr>
<tr>
<td>Dumont #5SF forceps, Tips: 0.025 x 0.005mm, Inox</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fine Science Tools</td>
<td>11252-00</td>
<td>Fine tip dimension is desirable but is not inflexible, as one may need to sharpen the tip from time to time.</td>
</tr>
<tr>
<td>Falcon polystyrene culture plates, 60 X 15 mm</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Biosciences</td>
<td>351007</td>
<td>These plates are used as dissection plates.</td>
</tr>
<tr>
<td>Olympus SZX16 Stereomicroscope</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Olympus</td>
<td>SZX16</td>
<td>Any stereomicroscope would work. We used Leica stereomicroscope in previous studies1-3 without any issues. We also use the 1X objective exclusively for the dissection even though we have a 2X objective installed. </td>
</tr>
<tr>
<td>Sharpening stone</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fine Science Tools</td>
<td>29008-01</td>
<td>Use this to sharpen the tip of the forceps if necessary</td>
</tr>
<tr>
<td>Thermo plate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Tokai Hit</td>
<td>MATS-U55SZX2B</td>
<td>This is used to maintain the temperature of the tissue throughout dissection and minimize the influence of temperature fluctuation on gene expression. We also put the whole microscope in an environmentally controlled room at 28&deg;C during dissection in previous studies1-3 with good success.</td>
</tr>
<tr>
<td>Trizol, 100 mL</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15596-026</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>tungsten wire, 0.015 inch diameter</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>World Precision Instruments</td>
<td>TGW1510</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Wooden Applicator</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Puritan</td>
<td>807</td>
<td>This is used for holding the chemically-etched tungsten needle.</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>

microdissection of zebrafish embryonic eye tissues

Zebrafisk är en populär djurmodell för forskning om ögats utveckling på grund av dess snabba<em&gt; Ex utero</em&gt; Utveckling och god fruktsamhet. Genom tre dagar efter befruktningen (DPF), kommer larverna visa de första visuella svar. Många gener har identifierats för att styra en riktig öga utveckling, men vi är långt ifrån en fullständig förståelse av de bakomliggande genetiska arkitekturen. Hela genomet genuttryck profilering är ett användbart verktyg för att belysa genetiska reglerande nätverk för ögat utveckling. Men gör den lilla storleken på embryonala ögat i zebrafisk det svårt att få intakt och ren blick vävnader för uttryck analys. Till exempel är den främre-bakre längd ögat mellan dag 2 och 3 endast ca 200-300 ìm, medan diametern på objektivet är minus 100 ìm. Dessutom är pigmentepitelet (RPE) som ligger bakom näthinnan bara ett lager epitel. Medan genuttryck profiler kan erhållas från hela embryot de inte korrekt representerar ett uttryck för dessa vävnader. Därför ren vävnad måste inhämtas för en lyckad profilering av genuttryck för ögonens utveckling. För att lösa detta har vi utvecklat ett förhållningssätt till microdissect intakt näthinnan och näthinnan med RPE bifogade 1-3 DPF, som täcker viktigaste stegen i ögats morfogenes. Alla förfaranden som kan göras med fin pincett och allmänna förnödenheter laboratorier under standardiserade stereomikroskop. För näthinnan dissektion är enkla lager RPE bort och skalas av genom att borsta åtgärder och förmånliga anslutning av RPE resterna till ytan av den kultur plåt för dissekering. För RPE-anslutna näthinnan dissektion, är anslutning av RPE till dissekering plattan bort innan dissektionen så att RPE helt kan bevaras med näthinnan. En noggrann lyftet av denna vävnad kan effektivt separera presumtiva åderhinnan och sklera. Linsen kan tas bort i båda fallen med ett kemiskt etsat volfram nål. I korthet kan vår inställning få intakt öga vävnader och har framgångsrikt använts för att studera vävnadsspecifika uttryck profiler av zebrafisk näthinnan<sup&gt; 1, 2</sup&gt; Och pigmentepitelet<sup&gt; 3</sup&gt;.

Watch this Scientific Journal Video about Microdissection of Zebrafish Embryonic Eye Tissues at JoVE.com

Microdissection of Zebrafish Embryonic Eye Tissues

I artikeln beskrivs en metod för microdissect zebrafisk näthinnor med och utan pigmentepitelet bifogade, från en till tre dagar postfertilization embryon.

Microdissection av Zebrafish Embryonala Eye vävnader

Zebrafish is a popular animal model for research on eye development because of its rapid ex utero development and good fecundity. By 3 days post ...

Research

JoVE Journal

Biology

Laser Capture Microdissection of Mammalian Tissue

Laser Capture Microdissection av däggdjur

Laser capture microscopy, also known as laser microdissection (LMD), enables the user to isolate small numbers of cells or tissues from frozen or ...

Live Imaging of the Zebrafish Embryonic Brain by Confocal Microscopy

Live avbildning av Zebrafish embryonal hjärna av konfokalmikroskopi

In this video, we demonstrate the method our lab has developed to analyze the cell shape changes and rearrangements required to bend and fold the ...

Lens Transplantation in Zebrafish and its Application in the Analysis of Eye Mutants

Lens Transplantation i Zebrafish och dess tillämpning i analysen av Eye Mutanter

The lens plays an important role in the development of the optic cup[1,2]. Using the zebrafish as a model organism, questions regarding lens development ...

Tissue Targeted Embryonic Chimeras: Zebrafish Gastrula Cell Transplantation

Tissue Riktade Embryonala chimärer: Zebrafish gastrula Cell Transplantation

Certain fundamental questions in the field of developmental biology can only be answered when cells are placed in novel environments or when small groups ...

RNA Isolation from Embryonic Zebrafish and cDNA Synthesis for Gene Expression Analysis

RNA Isolering från embryonala Zebrafish och cDNA syntes för Gene Expression Analysis

Many important and complex laboratory procedures require an input of high quality, intact RNA.  A degraded sample or the presence of impurities can lead ...

Microdissection of Black Widow Spider Silk-producing Glands

Microdissection av Black Widow Spider Silk-körtlar

Modern spiders spin high-performance silk fibers with a broad range of biological functions, including locomotion, prey capture and protection of ...

Immunostaining of Dissected Zebrafish Embryonic Heart

Immunfärgning av dissekerade Zebrafish Embryonala hjärta

Zebrafish embryo becomes a popular in vivo vertebrate model for studying cardiac development and human heart diseases due to its advantageous embryology ...

A System for ex vivo Culturing of Embryonic Pancreas

A System for ex vivo Culturing of Embryonic Pancreas

Ett system för<em&gt; Ex vivo</em&gt; Odling av embryonala Pancreas

The pancreas controls vital functions of our body,  including the production of digestive enzymes and regulation of blood sugar  levels1. Although in the ...

Laser-inflicted Injury of Zebrafish Embryonic Skeletal Muscle

Laser-vållad skada av Zebrafish embryonala skelettmuskulatur

Various experimental approaches have been used in mouse to induce muscle injury with the aim to study muscle regeneration, including myotoxin injections ...

Analysis of Embryonic and Larval Zebrafish Skeletal Myofibers from Dissociated Preparations

Analys av embryonala och Larvernas Zebrafish Skelett myofibers från Dissocierade Förberedelser

The zebrafish has  proven to be a valuable model system for exploring skeletal muscle function and  for studying human muscle diseases. Despite  the many ...