Name: chromatin immunoprecipitation (chip) to assay dynamic histone modification in activated gene expression in human cells
Uploaded: 2010-07-29T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells at JoVE.com

ويؤيد هذا العمل من قبل جامعة فيرجينيا ، وجامعة فيرجينيا مركز سرطان وواو وكيت توماس ميلر Jeffress الاستئماني التذكارية. نشكر E. جيمس دارنيل مختبر (جامعة روكفلر) وروبرت روس مختبر (جامعة فوردهام) لخطوط الخلية.

التخطيط قبل يوم واحد يخطط لتجربة الشذرة ، ينبغي مثقف الخلايا بحيث يتوفر العدد الكافي. نفترض أن كل مقايسة الشذرة سيتطلب ~ 1-1،5 س 10 7 الخلايا. خطة دائما أن تفعل كل من الضوابط السلبية (مفتش) وإيجابية (الضد هيستون عموم) وتجارب مكررة. ...

<ol>
	<li>Levy, D., Darnell, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Signalling:+Stats:+transcriptional+control+and+biological+impact.">Signalling: Stats: transcriptional control and biological impact.</a> Nature Reviews Molecular Cell Biology. 3, 651-662 (2002).</li><li>Bromberg, J., Darnell, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+STATs+in+transcriptional+control+and+their+impact+on+cellular+function.">The role of STATs in transcriptional control and their impact on cellular function.</a> Oncogene. 19, 2468-2473 (2000).</li><li>Hu, X., Ivashkiv, L. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cross-regulation+of+signaling+pathways+by+interferon-gamma:+implications+for+immune+responses+and+autoimmune+diseases.">Cross-regulation of signaling pathways by interferon-gamma: implications for immune responses and autoimmune diseases.</a> Immunity. 31, 539-550 (2009).</li><li>Campos, E. I., Reinberg, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histones:+annotating+chromatin.">Histones: annotating chromatin.</a> Annu Rev Genet. 43, 559-599 (2009).</li><li>Kouzarides, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+Modifications+and+Their+Function.">Chromatin Modifications and Their Function.</a> Cell. 128, 693-705 (2007).</li><li>Jenuwein, T., Allis, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translating+the+histone+code.">Translating the histone code.</a> Science. 293, 1074-1080 (2001).</li><li>Wittwer, C. T., Herrmann, M. G., Moss, A. A., Rasmussen, R. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Continuous+fluorescence+monitoring+of+rapid+cycle+DNA+amplification.">Continuous fluorescence monitoring of rapid cycle DNA amplification.</a> Biotechniques. 22 (130-131), 134-138 (1997).</li><li>Higuchi, R., Dollinger, G., Walsh, P. S., Griffith, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+amplification+and+detection+of+specific+DNA+sequences.">Simultaneous amplification and detection of specific DNA sequences.</a> Biotechnology (N Y). 10, 413-417 (1992).</li><li>Kroger, A., Koster, M., Schroeder, K., Hauser, H., Mueller, P. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Activities+of+IRF-1.">Activities of IRF-1.</a> J Interferon Cytokine Res. 22, 5-14 (2002).</li><li>Ross, R. A., Spengler, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+neuroblastoma+stem+cells.">Human neuroblastoma stem cells.</a> Seminars in cancer biology. 17, 241-247 (2007).</li></ol>

وقد تم استخدام بروتوكول الشذرة المذكورة بنجاح في المختبر لفحص أكثر من عشرين تعديلات بسيطة مختلفة. بالإضافة إلى ذلك ، لدينا تتميز التغيرات في شغل عوامل النسخ ، هيستون ، بتعديل الانزيمات والبروتينات التي تقر تعديلات بسيطة وآلات النسخ RNA الثاني البلمرة ، في الجينات IFN - ...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>37% Formaldehyde</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>BP531-500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Chloroform/Isoamyl alcohol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Acros</td>
<td>AC32715-5000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Complete Mini Protease Inhibitors</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>1836153</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cosmic Calf Serum</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hyclone</td>
<td>SH30087.04N</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DMEM</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hyclone</td>
<td>SH30243</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DTT</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>D0632</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>EDTA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>BP118-500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ethanol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Pharmco</td>
<td>zp1110EP</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glycine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>100149</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glycogen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>901393</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HEPES</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>H3784</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>IFN-gamma</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>R&amp;D Systems</td>
<td>285-IF-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>IgG</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Jackson Immunoresearch</td>
<td> 109-005-003</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>KCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>MP Biologicals</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>LiCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>L4408</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MgCl2</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>M8266</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium Acetate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>BP333-500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Deoxycholic Acid Sodium Salt</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>BP349-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NaCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>7647-14-5</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NP40</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>US Biological</td>
<td>N3500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Anti-Histone H3, CT, pan</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>07-690</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phenol/chloroform/isoamyl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>108-95-2</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phosphate Buffered Saline</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>7647-14-5</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PMSF</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>EMD</td>
<td>50-230-0316</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Proteinase K</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>5-Prime</td>
<td>2500140</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNAse A</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>5-Prime</td>
<td>2500130</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Salmon Sperm DNA/Protein A Agarose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>16-157</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Salmon Sperm DNA/Protein G Agaorse</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>16-201</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>SDS</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>BP166-500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tris-Cl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>T5941</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Triton X-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Acros</td>
<td>327372500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Anti-K36me3</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Abcam</td>
<td>ab9050</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Anti-STAT1</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Santa Cruz</td>
<td>sc-345X</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Anti-RNA Polymerase II</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Santa Cruz</td>
<td>sc-899</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

chromatin immunoprecipitation (chip) to assay dynamic histone modification in activated gene expression in human cells

في استجابة لمجموعة متنوعة من يغاندس خارج الخلية ، وSTAT (محول الإشارات ومنشط من النسخ) ويتم تجنيد عوامل النسخ بسرعة من حالة كامنة في السيتوبلازم لمستقبلات سطح الخلية التي يتم تنشيطها من قبل الفسفرة في بقايا a التيروزين واحدة 1. انهم ثم نقل من مكان لآخر وdimerize إلى النواة لدفع النسخ من الجينات المستهدفة ، والتي تؤثر على النمو ، والتمايز ، والتوازن في الاستجابة المناعية. ليس من المستغرب ، نظرا لمشاركتها على نطاق واسع في عمليات الخلية الطبيعية ، التقلبات وظيفة STAT يسهم في الأمراض التي تصيب البشر ، وخاصة لأمراض السرطان وأمراض المناعة الذاتية 2 3. ومن الثابت أن النسخ التي تنظم تعديلات على قالب 4،5 لونين. هذه التعديلات تشمل أنشطة ATP التي تعتمد على المجمعات ، فضلا عن تعديلات بسيطة التساهمية والحامض النووي 6. لأن التنشيط STAT التعبير الجيني على حد سواء بسرعة وعابرة ، فإنه يتطلب آليات محددة لونين القالب تحوير الجينات في مواضع STAT - تعتمد. لتحديد هذه الآليات ، ونحن تميز تعديلات بسيطة والأنشطة الأنزيمية التي تولد لهم في مواضع الجينات التي تستجيب لإشارات STAT. يصف هذا البروتوكول مناعي لونين ، وهو الأسلوب الذي هو قيمة لدراسة STAT إشارة إلى لونين في التعبير الجيني تفعيلها.

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells at JoVE.com

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

هذا البروتوكول يصف كيفية استخدام لونين مناعي (رقاقة) لدراسة التغيرات الديناميكية لونين القالب التي تنظم النسخ التي تحدثها إشارة المسار تنبيغ.

مناعي لونين (CHIP) لتعديل هيستون الفحص الحيوي في التعبير الجيني في الخلايا البشرية المنشط

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Research

JoVE Journal

Biology

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

مناعي لونين من الخلايا الجذعية الجنينية البشرية

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

باستخدام الجينات Electroporation MXcell بولسير النظام لTransfect الخلايا الأولية ذات الكفاءة العالية

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Robotics and Dynamic Image Analysis for Studies of Gene Expression in Plant Tissues

الروبوتات والتحليل الديناميكي صورة للدراسات في التعبير الجيني في أنسجة النبات

Gene expression in plant tissues is typically studied by destructive extraction of compounds from plant tissues for in vitro analyses. The methods ...

Using an Automated Cell Counter to Simplify Gene Expression Studies: siRNA Knockdown of IL-4 Dependent Gene Expression in Namalwa Cells

باستخدام خلية مكافحة الآلي لتبسيط دراسات التعبير الجيني : ضربة قاضية سيرنا من IL - 4 التعبير الجيني في الخلايا التابعة Namalwa

The use of siRNA mediated gene knockdown is continuing to be an important tool in studies of gene expression.  siRNA studies are being conducted not only ...

An Allele-specific Gene Expression Assay to Test the Functional Basis of Genetic Associations

الأليل محددة التعبير الجيني الفحص لفحص الأسس الفنية للجمعيات الوراثية

The number of significant genetic associations with common complex traits is constantly increasing. However, most of these associations have not been ...

Clonogenic Assay: Adherent Cells

مولد الرمع الفحص : خلايا منتسب

The clonogenic (or colony forming) assay has been established for more than 50 years; the original paper describing the technique was published in 19561. ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for Tissue-specific Genes using Early-stage Mouse Embryos

مناعي لونين الفحص الجينات الأنسجة الخاصة باستخدام أجنة فئران في مرحلة مبكرة

Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a powerful tool to identify protein:chromatin interactions that occur in the context of living cells 1-3. This ...

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

In vitro Reconstitution of the Active T. castaneum Telomerase

إعادة إعماره في المختبر من أحدث T. castaneum تيلوميراز

Efforts to isolate the catalytic subunit of telomerase, TERT, in sufficient quantities for structural studies, have been met with limited success for more ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) using Drosophila tissue

Chromatin Immunoprecipitation ChIP using Drosophila tissue

لونين مناعي (رقاقة) باستخدام ذبابة الفاكهة الأنسجة

Epigenetics remains a rapidly developing field that studies how the chromatin state contributes to differential gene expression in distinct cell types at ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

باستخدام SecM تسلسل توقيف كأداة لعزل البروتينية منضم ريبوسوم

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...