Name: genome-wide analysis using chip to identify isoform-specific gene targets
Uploaded: 2010-07-07T17:00:00
Duration: 11 min 19 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets at JoVE.com

وأيد هذا العمل من قبل 115347 - RSG - 08 271-01 - GMC - منحة من الرابطة ، وCA138631 من المعاهد الوطنية للصحة.

<ol>
	<li>Wang, G. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Haematopoietic+malignancies+caused+by+dysregulation+of+a+chromatin-binding+PHD+finger.">Haematopoietic malignancies caused by dysregulation of a chromatin-binding PHD finger.</a> Nature. 459 (7248), (2009).</li><li>Benevolenskaya, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Binding+of+pRB+to+the+PHD+protein+RBP2+promotes+cellular+differentiation.">Binding of pRB to the PHD protein RBP2 promotes cellular differentiation.</a> Mol Cell. 18 (6), 623-623 (2005).</li><li>Lopez-Bigas, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+analysis+of+the+H3K4+histone+demethylase+RBP2+reveals+a+transcriptional+program+controlling+differentiation.">Genome-wide analysis of the H3K4 histone demethylase RBP2 reveals a transcriptional program controlling differentiation.</a> Mol Cell. 31 (4), 520-520 (2008).</li><li>Benevolenskaya, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+H3K4+demethylases+are+essential+in+development+and+differentiation.">Histone H3K4 demethylases are essential in development and differentiation.</a> Biochem Cell Biol. 85 (4), 435-435 (2007).</li><li>Odom, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+pancreas+and+liver+gene+expression+by+HNF+transcription+factors.">Control of pancreas and liver gene expression by HNF transcription factors.</a> Science. 303 (5662), 1378-1378 (2004).</li><li>Guenther, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aberrant+chromatin+at+genes+encoding+stem+cell+regulators+in+human+mixed-lineage+leukemia.">Aberrant chromatin at genes encoding stem cell regulators in human mixed-lineage leukemia.</a> Genes Dev. 22 (24), 3403-3403 (2008).</li></ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

لم تكن الفروق الوظيفية بين الأشكال الإسوية RBP2 تحديدها. وقد استخدمنا منهج شامل لتحديد المناطق الجينومية ملزمة RBP2 الأشكال الإسوية وتحديد الفئات الوظيفية التي تمثل هذه المناطق. وقد تحقق ذلك من خلال تحليل تسلسل الرقائق تليها تحليل المعلومات البيولوجية التي تم الحصول عليها من تسلسل القراءات. RBP2 تعديل بقايا يسين ميثليته على الذيول هيستون. وجدنا أن RBP2 شكل الإسوي كبيرة تحتوي على وحدة تقديرا لميثليته شكل الإسوي هيستون يسين صغيرة وتفتقر هذه RBP2 ربط وحدة لمختلف المناطق في الجينوم البشري (الشكل 5A). الأهم من ذلك ، شكل الإسوي مناطق محددة ومناطق التداخل تنتمي إلى الجينات الجزيئية ذات وظائف مختلفة (الشكل 5B). على سبيل المثال ، يمكن أن يعزى &quot;لونين ملزمة&quot; و &quot;النسخ عامل ملزم&quot; وظائف الجينات إلى أهداف من RBP2 شكل الإسوي صغيرة ولكنها ليست من RBP2 شكل الإسوي كبيرة (الشكل 5B). بمقارنة الجينات الفعلية لجميع مجموعات توليد الأشكال الإسوية وRBP2 شكل الإسوي كبيرة (لا تظهر البيانات) ، فإننا يمكن أن تحدد أيضا إذا تم تعيينهم على وجه التحديد شكل الإسوي كبيرة لجينات معينة.

متواليات قليل النوكليوتيد 2006 البورشيد ، وشركة جميع الحقوق محفوظة. <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Sol_PCR_1 تسلسل 5&#39; - AAT GAT ACG فريق التنسيق العالمي GAG ACC ACC ATC TAC ACT CTT TCC CTA CAC CCG GAC GCT CTT ATC T - 3 &quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Sol_PCR_2 تسلسل 5&#39; - CAA GAA GCA GAC GGC ATA GCT CTT CGA CCG ATC T - 3 &quot; </li></ul>

genome-wide analysis using chip to identify isoform-specific gene targets

توظيف عوامل جينية والنسخي إلى أهدافهم هو خطوة رئيسية في تنظيمها. يحتل مكانة بارزة في مجالات التوظيف هي البروتينات التي تربط لتعديلات بسيطة محددة. مجال واحد من هذا القبيل هو homeodomain النبات (الدكتوراه) ، وجدت في بروتينات الكروماتين ملزمة عدة. وRBP2 عامل جينية متعددة المجالات والدكتوراه ، لكن لديهم وظائف مختلفة (الشكل 4). على وجه الخصوص ، C - محطة الدكتوراه المجال ، وجدت في التحام RBP2 أنكجنيك اللوكيميا في الإنسان ، وبربط trimethylated يسين 4 في H3 هيستون (H3K4me3) 1. نص المقابلة للشكل الإسوي RBP2 تحتوي على الدكتوراه محطة C - يتراكم خلال تمايز الخلايا promonocytic U937 ، المستمدة من سرطان الغدد الليمفاوية ، إلى حيدات 2. وأظهر تحليل الجينوم واسعة بما يتفق مع كل من مجموعات من البيانات ، وذلك في الخلايا U937 متباينة ، ويحصل على البروتين RBP2 المترجمة إلى مناطق الجينوم عالي التخصيب لH3K4me3 3. توطين RBP2 إلى أهدافها يرتبط مع انخفاض في H3K4me3 بسبب RBP2 demethylase هيستون النشاط وانخفاض في النشاط الترانسكربتي. في المقابل ، شهادتي دكتوراه أخرى من RBP2 غير قادر على ربط H3K4me3. تجدر الإشارة إلى أن محطة C - المجال الدكتوراه من RBP2 غائبة في شكل الإسوي أصغر RBP2 4. ومن المتصور أن شكل الإسوي صغيرة من RBP2 ، التي تفتقر إلى التفاعل مع H3K4me3 ، يختلف عن شكل الإسوي أكبر في الموقع الجيني. فإن الاختلاف الجيني في الموقع من الأشكال الإسوية RBP2 حساب التنوع الملحوظ في RBP2 الدالة. على وجه التحديد ، RBP2 لاعب حاسم في تمايز الخلايا بوساطة البروتين الشبكية (PRB). حددت والمتسقة مع هذه البيانات ، وتحليل الجينوم السابقة واسعة ، دون تمييز بين الأشكال الإسوية ، مجموعتين متميزتين من الجينات المستهدفة RBP2 : 1) الجينات ملزمة RBP2 بطريقة مستقلة عن التمايز ؛ 2) جينات ملزمة RBP2 في التمايز ، تعتمد الطريقة. لتحديد الاختلافات في الترجمة بين الأشكال الإسوية أجرينا تحليل الجينوم على نطاق الموقع بواسطة تسلسل رقاقة. باستخدام الأجسام المضادة التي تكشف عن كل من الأشكال الإسوية RBP2 دينا تقع جميع الأهداف RBP2. بالإضافة إلى ذلك لدينا فقط الأجسام المضادة التي تربط الكبيرة ، والصغيرة لا RBP2 شكل الإسوي (الشكل 4). بعد تحديد الأهداف شكل الإسوي كبيرة ، يمكن للمرء ثم طرح عليهم من كل الأهداف RBP2 لكشف أهداف شكل الإسوي الصغيرة. هذه البيانات تظهر مساهمة الكروماتين التفاعل المجال في التوظيف البروتين لمواقعها ملزمة في الجينوم.

Watch this Scientific Journal Video about Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets at JoVE.com

Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

نحن هنا تقديم مناعي لونين (CHIP) إجراء تحليل لموقع الجينوم واسعة من الأشكال الإسوية البروتين التي تختلف في مجال هيستون ملزم. نحن تطبيقه على رقاقة تسلسل تحليل لتحديد أهداف في demethylase هيستون KDM5A/JARID1A/RBP2.

الجينوم على نطاق التحليل باستخدام رقاقة لتحديد أهداف محددة الجينات شكل الإسوي

Recruitment of transcriptional and epigenetic factors to their targets is a key step in their regulation. Prominently featured in recruitment are the ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

التحليل الجرثومي التعبير الجيني عن طريق ميكروأرس]

Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

Genome-wide Analysis of Aminoacylation Charging Levels of tRNA Using Microarrays

الجينوم على نطاق تحليل المستويات (شحن) من الحمض الريبي النووي النقال باستخدام Aminoacylation ميكروأرس]

tRNA aminoacylation, or charging, levels can rapidly change within a cell in response to the environment[1]. Changes in tRNA charging levels in both ...

Genome-wide Screen for miRNA Targets Using the MISSION Target ID Library

الجينوم على نطاق الشاشة لأهداف ميرنا باستخدام معرف الهدف المكتبة MISSION

The Target ID Library is designed to assist in discovery and identification of microRNA (miRNA) targets. The Target ID Library is a plasmid-based, ...

Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans

Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans

الكمية والآلي عالية الإنتاجية الجينوم على نطاق شاشات رني في C. ايليجانس</em

RNA interference is a powerful method to understand gene function, especially when conducted at a whole-genome scale and in a quantitative context. In C. ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

عزلة البروتينية ريبوسوم الوليدة منضم<em&gt; في المختبر</em&gt; لتحديد المواقع وقفة بالحركة على طول مرنا

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

A Novel Bayesian Change-point Algorithm for Genome-wide Analysis of Diverse ChIPseq Data Types

رواية النظرية الافتراضية تغيير نقطة حسابي لتحليل الجينوم-اسعة من أنواع البيانات المتنوعة ChIPseq

ChIPseq is a widely used technique for investigating protein-DNA interactions. Read density profiles are generated by using next-sequencing of ...

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

حذوفات الجينات في الجينوم على نطاق<em&gt; العقدية الدم</em&gt; من جانب PCR إنتاجية عالية

Transposon  mutagenesis and single-gene deletion are two methods applied in genome-wide  gene knockout in bacteria 1,2. Although transposon mutagenesis is ...

Polysome Fractionation and Analysis of Mammalian Translatomes on a Genome-wide Scale

Polysome تجزئة وتحليل الثدييات Translatomes على مقياس الجينوم على نطاق

mRNA translation plays a central role in the regulation of gene expression and represents the most energy consuming process in mammalian cells. ...

DNA-affinity-purified Chip (DAP-chip) Method to Determine Gene Targets for Bacterial Two component Regulatory Systems

DNA-affinity-purified Chip DAP-chip Method to Determine Gene Targets for Bacterial Two component Regulatory Systems

تنقية الحمض النووي تقارب رقاقة (DAP رقاقة) طريقة لتحديد الأهداف الجيني للبكتيريا نظامان التنظيمية المكون

In vivo methods such as ChIP-chip are well-established techniques used to determine global gene targets for transcription factors. However, they are of ...

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC (Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin)

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin

على صعيد رسم الخرائط الجينوم من المخدرات-DNA التفاعلات في الخلايا مع COSMIC (يشابك من الجزيئات الصغيرة لعزل لونين)

The genome is the target of some of the most effective chemotherapeutics, but most of these drugs lack DNA sequence specificity, which leads to ...