Name: genome-wide analysis using chip to identify isoform-specific gene targets
Uploaded: 2010-07-07T17:00:00
Duration: 11 min 19 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets at JoVE.com

Эта работа была поддержана 115347-RSG-08-271-01-GMC от ACS, а также CA138631 грант NIH.

<ol>
	<li>Wang, G. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Haematopoietic+malignancies+caused+by+dysregulation+of+a+chromatin-binding+PHD+finger.">Haematopoietic malignancies caused by dysregulation of a chromatin-binding PHD finger.</a> Nature. 459 (7248), (2009).</li><li>Benevolenskaya, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Binding+of+pRB+to+the+PHD+protein+RBP2+promotes+cellular+differentiation.">Binding of pRB to the PHD protein RBP2 promotes cellular differentiation.</a> Mol Cell. 18 (6), 623-623 (2005).</li><li>Lopez-Bigas, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+analysis+of+the+H3K4+histone+demethylase+RBP2+reveals+a+transcriptional+program+controlling+differentiation.">Genome-wide analysis of the H3K4 histone demethylase RBP2 reveals a transcriptional program controlling differentiation.</a> Mol Cell. 31 (4), 520-520 (2008).</li><li>Benevolenskaya, E. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+H3K4+demethylases+are+essential+in+development+and+differentiation.">Histone H3K4 demethylases are essential in development and differentiation.</a> Biochem Cell Biol. 85 (4), 435-435 (2007).</li><li>Odom, D. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+pancreas+and+liver+gene+expression+by+HNF+transcription+factors.">Control of pancreas and liver gene expression by HNF transcription factors.</a> Science. 303 (5662), 1378-1378 (2004).</li><li>Guenther, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Aberrant+chromatin+at+genes+encoding+stem+cell+regulators+in+human+mixed-lineage+leukemia.">Aberrant chromatin at genes encoding stem cell regulators in human mixed-lineage leukemia.</a> Genes Dev. 22 (24), 3403-3403 (2008).</li></ol>

Нет конфликта интересов объявлены.

Функциональные различия между RBP2 изоформ не были определены. Мы использовали комплексный подход для выявления генома связаны RBP2 изоформ и определить функциональные категории, что эти области представляют. Это было достигнуто путем ChIP-Seq анализа следует биоинформатики анализ полученной последовательности чтения. RBP2 модифицирует метилированный остатков лизина на гистоновых хвостов. Мы обнаружили, что большая RBP2 изоформы содержащие признание модуль для метилированных гистонов лизина и RBP2 небольшой изоформы не хватает этого модуля связываются в различные регионы в геноме человека (рис. 5А). Важно отметить, что изоформы конкретные регионы и сопредельные регионы принадлежат генов с различной молекулярной функции (рис. 5B). Например, &quot;хроматина обязательные» и «связывания транскрипционных факторов» функции могут быть приписаны гена целями RBP2 небольшой изоформы но не RBP2 большой изоформы (рис. 5B). Сравнивая фактические гена наборами, сформированными для всех изоформ и RBP2 большой изоформы (данные не представлены), мы также можем определить, если большая изоформы специально нанят для определенных генов.

Олигонуклеотидных последовательностей 2006 Illumina, Inc Все права защищены. <ul><li> Sol_PCR_1 Последовательность 5&#39;-ААТ GAT ACG GCG ACC ACC GAG УВД TAC ACT СТТ TCC ГТС САЦ GAC GCT СТТ CCG УВД Т-3 &quot; </li><li> Sol_PCR_2 Последовательность 5&#39;-CAA GCA ГАА GAC GGC ATA CGA GCT СТТ CCG УВД Т-3 &quot; </li></ul>

genome-wide analysis using chip to identify isoform-specific gene targets

Набор транскрипции и эпигенетических факторов к своим целям является ключевым шагом в их регулировании. Видное место при приеме на работу являются белковых доменов, которые связываются с конкретной модификации гистонов. Один из таких областей завод homeodomain (PHD), найденный в нескольких хроматина белки. Эпигенетические RBP2 фактор состоит из нескольких доменов PHD, однако, они имеют разные функции (рис. 4). В частности, С-концевой домен PHD, найденный в RBP2 онкогенных синтеза в лейкемии человека, связывается с trimethylated лизина 4 в гистона H3 (H3K4me3) 1. Стенограмма соответствующие изоформы RBP2 содержащих С-концевой PHD накапливается при дифференциации promonocytic, лимфома происхождения, U937 клеток в моноциты 2. В соответствии с обоих наборов данных, генома анализ показал, что в дифференцированных клетках U937, белка RBP2 получает локализован в геномных регионов обогащенного для H3K4me3 3. Локализация RBP2 своей цели коррелирует с уменьшением H3K4me3 из-за RBP2 гистонов деятельности деметилазы и снижение транскрипционной активности. В отличие от двух других кандидатов наук из RBP2 не в состоянии связать H3K4me3. Примечательно, что С-концевой домен кандидат RBP2 отсутствует в меньшей RBP2 изоформы 4. Вполне возможно, что небольшие изоформы RBP2, которому не хватает взаимодействия с H3K4me3, отличается от большей изоформы в геномных месте. Разница в геномных расположение RBP2 изоформ может быть причиной наблюдаемого многообразия в RBP2 функции. В частности, RBP2 является важнейшим игроком в клеточной дифференцировки посредничестве белок ретинобластомы (PRB). В соответствии с этими данными, предыдущие генома анализа, без различия между изоформ, определены две различные группы RBP2 генов-мишеней: 1) гены связаны RBP2 в манере, которая не зависит от дифференциации, 2) гены связаны RBP2 в дифференциации- зависимым образом. Чтобы выявить различия в локализации между изоформ мы провели генома анализ местоположения, ChIP-Seq. Использование антител, которые обнаруживать как RBP2 изоформ мы расположены все RBP2 целей. Кроме того, мы антитела, которые связываются только большой, и не малые RBP2 изоформы (рис. 4). После выявления крупных целей изоформы, можно затем вычесть их из всех RBP2 цели выявить цели малых изоформ. Эти данные показывают, вклад хроматина взаимодействующих домена белка вербовки в свои сайты связывания в геноме.

Watch this Scientific Journal Video about Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets at JoVE.com

Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

Здесь мы представляем иммунопреципитации хроматина (чип) процедура генома расположение анализ изоформ белков, отличающихся по гистонов-связывающий домен. Мы применяем его к чипу-Seq анализ, чтобы определить цели KDM5A/JARID1A/RBP2 гистонов деметилазы.

Генома анализа с использованием чип-изоформы Определить конкретные цели Гена

Recruitment of transcriptional and epigenetic factors to their targets is a key step in their regulation. Prominently featured in recruitment are the ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Бактериальный анализ экспрессии генов Использование Microarrays

Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

Genome-wide Analysis of Aminoacylation Charging Levels of tRNA Using Microarrays

Генома Анализ аминоацилирования (зарядка) уровни тРНК Использование Microarrays

tRNA aminoacylation, or charging, levels can rapidly change within a cell in response to the environment[1]. Changes in tRNA charging levels in both ...

Genome-wide Screen for miRNA Targets Using the MISSION Target ID Library

Генома экран для микроРНК цели с помощью ID МИССИЯ целевой библиотеки

The Target ID Library is designed to assist in discovery and identification of microRNA (miRNA) targets. The Target ID Library is a plasmid-based, ...

Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans

Quantitative and Automated High-throughput Genome-wide RNAi Screens in C. elegans

Количественные и автоматизированных высокой пропускной генома RNAi экраны в С. Элеганс</em

RNA interference is a powerful method to understand gene function, especially when conducted at a whole-genome scale and in a quantitative context. In C. ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Выделение Рибосома связанных стадии становления Полипептиды<em&gt; В пробирке</em&gt;, Чтобы определить Поступательное сайтов Пауза Наряду мРНК

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

A Novel Bayesian Change-point Algorithm for Genome-wide Analysis of Diverse ChIPseq Data Types

Роман байесовского Изменение точки Алгоритм всему геному анализ различных типов данных ChIPseq

ChIPseq is a widely used technique for investigating protein-DNA interactions. Read density profiles are generated by using next-sequencing of ...

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

По всему геному Гена удаления в<em&gt; Streptococcus sanguinis</em&gt; По высокая пропускная способность ПЦР

Transposon  mutagenesis and single-gene deletion are two methods applied in genome-wide  gene knockout in bacteria 1,2. Although transposon mutagenesis is ...

Polysome Fractionation and Analysis of Mammalian Translatomes on a Genome-wide Scale

Полисом фракционирования и анализ млекопитающих Translatomes на генома масштабе

mRNA translation plays a central role in the regulation of gene expression and represents the most energy consuming process in mammalian cells. ...

DNA-affinity-purified Chip (DAP-chip) Method to Determine Gene Targets for Bacterial Two component Regulatory Systems

DNA-affinity-purified Chip DAP-chip Method to Determine Gene Targets for Bacterial Two component Regulatory Systems

ДНК-аффинно очищенного Чип (DAP-чип) Метод определения целей гена для бактериальных двухкомпонентный регуляторных систем

In vivo methods such as ChIP-chip are well-established techniques used to determine global gene targets for transcription factors. However, they are of ...

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC (Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin)

Genome-wide Mapping of Drug-DNA Interactions in Cells with COSMIC Crosslinking of Small Molecules to Isolate Chromatin

Генома Отображение лекарственно-ДНК взаимодействий в клетках с космическими (сшивание малых молекул изолировать хроматина)

The genome is the target of some of the most effective chemotherapeutics, but most of these drugs lack DNA sequence specificity, which leads to ...