Name: assessment of immunologically relevant dynamic tertiary structural features of the hiv-1 v3 loop crown r2 sequence by ab initio folding
Uploaded: 2010-09-15T17:00:00
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Le travail a été soutenu par des subventions de la Fondation Bill et Melinda Gates (# 38631) et le NIH, y compris OD004631 DP2 et R01 AI084119.

1. Méthodologie <ol><li> La première étape du protocole consiste à sélectionner la séquence couronne V3 vous voulez suivre in silico. Pour la souche R2, la séquence de ce fragment est KSIPMGPGRAFYT. </li><li> La structure 3D atomique du peptide correspondant à la séquence doit être construit dans l&#39;espace virtuel de l&#39;ordinateur. La commande ICM pour cela est: buildpep &quot;KSIPMGPGRAFYT&quot; ou Fichier: Nouveau: Peptide peut être sélectionné sous le menu déroulant </li><li> Plusi...

<ol>
	<li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Zolla-Pazner, S. &. a. m. p. ;. a. m. p., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+characterization+of+the+V3+loop+crown.">Dynamic characterization of the V3 loop crown.</a> Antiviral Therapy. 12, 13-31 (2007).</li><li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Swetnam, J., Zolla-Pazner, S., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+conservation+predominates+over+sequence+variability+in+the+crown+of+HIV+type+1's+V3+loop.">Structural conservation predominates over sequence variability in the crown of HIV type 1's V3 loop.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 26, (2010).</li><li>Abagyan, R., Totrov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biased+probability+Monte+Carlo+conformational+searches+and+electrostatic+calculations+for+peptides+and+proteins.">Biased probability Monte Carlo conformational searches and electrostatic calculations for peptides and proteins.</a> J Mol Biol. 235, 983-1002 (1994).</li><li>Quinnan, G. V., Zhang, P. F., Fu, D. W., Dong, M., Alter, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+characterization+of+HIV+type+1+envelope+protein+associated+with+a+broadly+reactive+neutralizing+antibody+response.">Expression and characterization of HIV type 1 envelope protein associated with a broadly reactive neutralizing antibody response.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 15, 561-5670 (1999).</li><li>Zhang, P. F., Bouma, P., Park, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+variable+region+3+(V3)+mutation+determines+a+global+neutralization+phenotype+and+CD4-independent+infectivity+of+a+human+immunodeficiency+virus+type+1+envelope+associated+with+a+broadly+cross-reactive,+primary+virus-neutralizing+antibody+response.">A variable region 3 (V3) mutation determines a global neutralization phenotype and CD4-independent infectivity of a human immunodeficiency virus type 1 envelope associated with a broadly cross-reactive, primary virus-neutralizing antibody response.</a> J Virol. 76, 644-655 (2002).</li></ol>

Pliage ab initio révèle tertiaires propriétés structurelles, dont les effets peuvent ne pas être évident d&#39;après l&#39;étude individuelle des acides aminés de manière séquentielle. Plusieurs précédemment obscures propriétés structurales de la couronne R2 boucle V3 sont révélées par la simulation de pliage. Ces préférences observées structurelles observées peut corréler avec les propriétés fonctionnelles de la souche R2, à savoir la sensibilité à la neutralisation et hyperinfectiv...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"><html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en"><div><table border="1"><thead><tr><th> Nom du produit </th><th> Type </th><th> Entreprise </th><th> Numéro de catalogue </th><th> Commenter </th></tr></thead><tbody><tr><td> ICM-Pro </td><td></td><td> Molsoft LLC </td><td></td><td></td></tbody></table></div>

assessment of immunologically relevant dynamic tertiary structural features of the hiv-1 v3 loop crown r2 sequence by ab initio folding

La diversité antigénique du VIH-1 a longtemps été un obstacle à la conception du vaccin, et cette variabilité est particulièrement prononcé dans la boucle V3 de la glycoprotéine du virus de surface de l&#39;enveloppe. Nous avons déjà proposé que le sommet de la boucle V3, bien que variable dynamique et de la séquence, est contraint toute la population de virus VIH-1 à une immunologiquement pertinente β-épingle structure tertiaire. Surtout, il ya des milliers de séquences V3 différents couronne de boucles en circulation virus VIH-1, faire du 3D, caractérisation structurale des tendances à travers la diversité des virus difficiles, voire impossible, par cristallographie ou RMN. Nos études antérieures réussies avec le pliage de la couronne V3 1, 2 utilisé l&#39;algorithme ab initio 3 accessibles à l&#39;ICM-Pro package logiciel de modélisation moléculaire (Molsoft LLC, La Jolla, CA) et a suggéré que le sommet de la boucle V3, plus précisément de positions 10 à 22, suffisamment avantages de la flexibility et la longueur de ses tiges d&#39;accompagnement de se comporter dans une large mesure comme s&#39;il s&#39;agissait d&#39;un peptide sans contrainte librement pliage en solution. En tant que tel, le pliage rapide ab initio d&#39;un peu de cette partie de la boucle V3 de toute souche individuelle des 60.000 + circulants souches VIH-1 peut être instructif. Ici, nous avons plié la boucle V3 de la souche R2 afin de mieux comprendre la base structurelle de ses propriétés uniques. R2 porte une séquence V3 rare boucle pensé pour être responsable de l&#39;exquise sensibilité de cette souche à la neutralisation par les sérums des patients et les anticorps monoclonaux 4, 5. Les contraintes de médiateur CD4-indépendants infection et semble induire des anticorps neutralisants à large spectre. Nous montrent comment l&#39;évaluation des résultats de pliage peut être informatif pour associer des structures observées dans le pliage des activités immunologiques observées pour R2.

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Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

La région de couronne de différentes séquences de la boucle V3 de la glycoprotéine d&#39;enveloppe de surface (gp120) du VIH-1 peut être structurellement caractérisé dans de nombreux cas dans le repliement in silico des positions 10 à 22 de la boucle à l&#39;aide d&#39;un état-of-the-art<em&gt; Ab initio</emAlgorithme&gt; pliage. Ici nous montrent le pliage et l&#39;évaluation de cette région de la boucle V3 de la souche R2 du VIH-1, d&#39;une souche sensible à la neutralisation de façon unique surprenantes propriétés fonctionnelles.

Évaluation des immunologiquement pertinents dynamiques tertiaires Caractéristiques structurelles de l&#39;épidémie de VIH-1 séquence de la boucle V3 de la Couronne par R2<em&gt; Ab initio</em&gt; Pliante

The antigenic diversity of HIV-1 has long been an obstacle to vaccine design, and this variability is especially pronounced in the V3 loop of the virus' ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

Inférence génotypique de tropisme du VIH-1 en utilisant la population basée séquençage du V3

Background: Prior to receiving a drug from CCR5-antagonist class in HIV therapy, a patient must undergo an HIV tropism test to confirm that his or her ...

Recherche

Immunologie et infection

Amplifying and Quantifying HIV-1 RNA in HIV Infected Individuals with Viral Loads Below the Limit of Detection by Standard Clinical Assays

Amplifier et quantifier l&#39;ARN VIH-1 chez les individus infectés par le VIH ayant une charge virale sous le seuil de détection par Standard tests cliniques

Amplifying viral genes and quantifying HIV-1 RNA in HIV-1 infected individuals with viral loads below the limit of detection by standard assays (below ...

Structure of HIV-1 Capsid Assemblies by Cryo-electron Microscopy and Iterative Helical Real-space Reconstruction

Structure du VIH-1 Assemblées capside par cryo-microscopie électronique et reconstruction itérative hélicoïdal espace réel

Cryo-electron microscopy (cryo-EM), combined with image processing, is an increasingly powerful tool for structure determination of macromolecular protein ...

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage (Tropism) by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage Tropism by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Prédiction du VIH-1 Utilisation corécepteur (tropisme) par analyse de séquence en utilisant une approche génotypique

Maraviroc (MVC) is the first licensed antiretroviral drug from the class of coreceptor antagonists. It binds to the host coreceptor CCR5, which is used by ...

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

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En décapsidation in vitro du VIH-1 Cores

The genome of the retroviruses is encased in a capsid surrounded by a lipid envelope. For lentiviruses, such as HIV-1, the conical capsid shell is ...

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

L&#39;évaluation de l&#39;Innate détection du VIH-1 CD4 infectés<sup&gt; +</sup&gt; Cellules T par les cellules dendritiques plasmacytoïdes Utilisation d&#39;un<em&gt; Ex vivo</em&gt; Système de co-culture.

HIV-1 innate sensing requires direct contact of infected CD4+ T cells with plasmacytoid dendritic cells (pDCs). In order to study this process, the ...

Conformational Evaluation of HIV-1 Trimeric Envelope Glycoproteins Using a Cell-based ELISA Assay

Évaluation de conformation du VIH-1 trimère glycoprotéines d&#39;enveloppe l&#39;aide d&#39;un base de cellules test ELISA

HIV-1 envelope glycoproteins (Env) mediate viral entry into target cells and are essential to the infectious cycle. Understanding how those glycoproteins ...

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis (NAME) Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis NAME Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

Nucléocapside recuit-Mediated électrophorèse (NOM) Assay permet l&#39;identification rapide des VIH-1 inhibiteurs Nucleocapsid

RNA or DNA folded in stable tridimensional folding are interesting targets in the development of antitumor or antiviral drugs. In the case of HIV-1, viral ...

Isolation of Exosomes from the Plasma of HIV-1 Positive Individuals

Isolement des exosomes dans le plasma du VIH-1 individus positifs

Exosomes are small vesicles ranging in size from 30 nm to 100 nm that are released both constitutively and upon stimulation from a variety of cell types. ...

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle GUV Membranes

Visualisation du VIH-1 Gag Reliure Giant unilamellaires vésiculaires (GUV) Membranes

The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an ...