Name: assessment of immunologically relevant dynamic tertiary structural features of the hiv-1 v3 loop crown r2 sequence by ab initio folding
Uploaded: 2010-09-15T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding at JoVE.com

העבודה נתמכה על ידי תרומות של ביל ומלינדה גייטס (# 38631) ו-NIH, כולל OD004631 DP2 ו R01 AI084119.

1. מתודולוגיה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> השלב הראשון של הפרוטוקול הוא לבחור את רצף כתר V3 אתה רוצה לקפל סיליקו. עבור המתח R2, רצף של שבר זה KSIPMGPGRAFYT. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> המבנה האטומי 3D של הפפטיד המתאים רצף זה צריך להיות בנוי המרחב הווירטואלי ש?...

<ol>
	<li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Zolla-Pazner, S. &. a. m. p. ;. a. m. p., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+characterization+of+the+V3+loop+crown.">Dynamic characterization of the V3 loop crown.</a> Antiviral Therapy. 12, 13-31 (2007).</li><li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Swetnam, J., Zolla-Pazner, S., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+conservation+predominates+over+sequence+variability+in+the+crown+of+HIV+type+1's+V3+loop.">Structural conservation predominates over sequence variability in the crown of HIV type 1's V3 loop.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 26, (2010).</li><li>Abagyan, R., Totrov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biased+probability+Monte+Carlo+conformational+searches+and+electrostatic+calculations+for+peptides+and+proteins.">Biased probability Monte Carlo conformational searches and electrostatic calculations for peptides and proteins.</a> J Mol Biol. 235, 983-1002 (1994).</li><li>Quinnan, G. V., Zhang, P. F., Fu, D. W., Dong, M., Alter, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+characterization+of+HIV+type+1+envelope+protein+associated+with+a+broadly+reactive+neutralizing+antibody+response.">Expression and characterization of HIV type 1 envelope protein associated with a broadly reactive neutralizing antibody response.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 15, 561-5670 (1999).</li><li>Zhang, P. F., Bouma, P., Park, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+variable+region+3+(V3)+mutation+determines+a+global+neutralization+phenotype+and+CD4-independent+infectivity+of+a+human+immunodeficiency+virus+type+1+envelope+associated+with+a+broadly+cross-reactive,+primary+virus-neutralizing+antibody+response.">A variable region 3 (V3) mutation determines a global neutralization phenotype and CD4-independent infectivity of a human immunodeficiency virus type 1 envelope associated with a broadly cross-reactive, primary virus-neutralizing antibody response.</a> J Virol. 76, 644-655 (2002).</li></ol>

קיפול מבראשית מגלה תכונות מבניות שלישוני, תופעות אשר לא יכול להיות ברור מלימוד חומצות אמינו בודדות ברצף. כמה מאפיינים מבניים לטשטש בעבר של V3 R2 לולאה הכתר מתגלים על ידי סימולציה המתקפל. אלו העדפות מבניים נצפתה להיות מתואמים עם מאפיינים פונקציונליים הנצפית של המת...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>ICM-Pro</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molsoft LLC</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

assessment of immunologically relevant dynamic tertiary structural features of the hiv-1 v3 loop crown r2 sequence by ab initio folding

המגוון antigenic של HIV-1 כבר זמן רב מכשול עיצוב חיסון, וזה השתנות בולטת במיוחד לולאה V3 של גליקופרוטאין של הנגיף פני המעטפה. הצענו בעבר כי הכתר של הלולאה V3, למרות רצף משתנה דינמי, מוגבל בכל האוכלוסייה של HIV-1 וירוסים למבנה β-מכבנה רלוונטי immunologically שלישוני. חשוב לציין, יש אלפי רצפים שונים לולאה V3 הכתר במחזור HIV-1 וירוסים, מה שהופך אפיון מבניים 3D של מגמות על פני מגוון של וירוסים קשה או בלתי אפשרי על ידי קריסטלוגרפיה או NMR. מחקרים קודמים מוצלחים שלנו עם מתקפלים של כתר V3 1, 2 ניצלו את אלגוריתם מלכתחילה 3 נגיש את החבילה ICM-Pro תוכנה מולקולרית דוגמנות (Molsoft LLC, La Jolla, CA) והציע את הכתר של הלולאה V3, במיוחד מן עמדות 10-22, הטבות מספיק מהגמישות ואורך נובעת איגוף שלה להתנהג במידה רבה כאילו הוא פפטיד מאולצת בחופשיות מתקפלים בתמיסה. ככזה מתקפלים, ab initio מהיר של חלק זה רק לעניינים V3 של זן כל יחיד של 60,000 + במחזור זני HIV-1 יכול להיות אינפורמטיבי. כאן, אנו קיפל את הלולאה V3 של המתח R2 לקבל תובנות לתוך הבסיס המבני של תכונותיו המיוחדות. R2 נושאת V3 נדיר לולאה רצף חשב להיות אחראי על הרגישות המופלאה של זן זה על ידי נטרול סרה החולה נוגדנים חד שבטיים 4, 5. מתווכת זן CD4 עצמאית זיהום מופיע לעורר נוגדנים מנטרלים רחב. אנו מדגימים כיצד הערכה של תוצאות מתקפלים יכול להיות אינפורמטיבי עבור שיוך מבנים שנצפתה מתקפל עם הפעילויות החיסוניות שנצפו עבור R2.

Watch this Scientific Journal Video about Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding at JoVE.com

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

האזור כתר לולאה רצפים שונים V3 של גליקופרוטאין את פני השטח המעטפה (gp120) של HIV-1 יכול להיות מאופיין מבנית במקרים רבים על ידי קיפול ב סיליקו תפקידים 10-22 של הלולאה באמצעות המדינה-of-the-art<em&gt; מבראשית</em&gt; מתקפלים אלגוריתם. כאן אנו מדגימים את קיפול והערכה של האזור הזה של הלולאה V3 מהלחץ R2 של HIV-1, זן ייחודי נטרול רגיש עם תכונות תפקודית תמוה.

הערכת Dynamic תכונות רלוונטיים Immunologically מבנית השלישון של HIV-1 רצף V3 קראון Loop R2 על ידי מבראשית מתקפל

The antigenic diversity of HIV-1 has long been an obstacle to vaccine design, and this variability is especially pronounced in the V3 loop of the virus' ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

הסקה Genotypic של כמיהות HIV-1 שימוש אוכלוסייה מבוססת רצף של V3

Background: Prior to receiving a drug from CCR5-antagonist class in HIV therapy, a patient must undergo an HIV tropism test to confirm that his or her ...

Amplifying and Quantifying HIV-1 RNA in HIV Infected Individuals with Viral Loads Below the Limit of Detection by Standard Clinical Assays

הגברה וכימות HIV-1 RNA אצל אנשים שנדבקו ב-HIV עם המון ויראלי מתחת לגבול של זיהוי על ידי מבחני קלינית רגילה

Amplifying viral genes and quantifying HIV-1 RNA in HIV-1 infected individuals with viral loads below the limit of detection by standard assays (below ...

Structure of HIV-1 Capsid Assemblies by Cryo-electron Microscopy and Iterative Helical Real-space Reconstruction

מבנה של HIV-1 הרכבות capsid על ידי מיקרוסקופית אלקטרונים cryo-ו איטרטיבי לשיקום שטח נדל סליל

Cryo-electron microscopy (cryo-EM), combined with image processing, is an increasingly powerful tool for structure determination of macromolecular protein ...

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage (Tropism) by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage Tropism by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

ניבוי של שימוש בנגיף HIV-1 Coreceptor (זיקה) על ידי ניתוח רצף באמצעות גישת genotypic

Maraviroc (MVC) is the first licensed antiretroviral drug from the class of coreceptor antagonists. It binds to the host coreceptor CCR5, which is used by ...

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

ב Uncoating במבחנה של HIV-1 ליבות

The genome of the retroviruses is encased in a capsid surrounded by a lipid envelope. For lentiviruses, such as HIV-1, the conical capsid shell is ...

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

הערכת חישה המולדת של CD4 הנגוע ב- HIV-1<sup&gt; +</sup&gt; T תאים על ידי תאים דנדריטים Plasmacytoid שימוש<em&gt; Ex vivo</em&gt; עמית תרבות מערכת.

HIV-1 innate sensing requires direct contact of infected CD4+ T cells with plasmacytoid dendritic cells (pDCs). In order to study this process, the ...

Conformational Evaluation of HIV-1 Trimeric Envelope Glycoproteins Using a Cell-based ELISA Assay

הערכת קונפורמציה של HIV-1 trimeric מעטפת גליקופרוטאינים שימוש ELISA Assay מבוסס Cell

HIV-1 envelope glycoproteins (Env) mediate viral entry into target cells and are essential to the infectious cycle. Understanding how those glycoproteins ...

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis (NAME) Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis NAME Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

חישול בתיווך Nucleocapsid אלקטרופורזה (NAME) Assay מאפשר זיהוי המהיר של HIV-1 Nucleocapsid המעכבים

RNA or DNA folded in stable tridimensional folding are interesting targets in the development of antitumor or antiviral drugs. In the case of HIV-1, viral ...

Isolation of Exosomes from the Plasma of HIV-1 Positive Individuals

בידוד של Exosomes מהפלזמה של HIV-1 אנשים חיוביים

Exosomes are small vesicles ranging in size from 30 nm to 100 nm that are released both constitutively and upon stimulation from a variety of cell types. ...

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle GUV Membranes

ויזואליזציה של HIV-1 Gag מחייב את הענק Unilamellar שלפוחיות (בוס) ממברנות

The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an ...