Name: assessment of immunologically relevant dynamic tertiary structural features of the hiv-1 v3 loop crown r2 sequence by ab initio folding
Uploaded: 2010-09-15T17:00:00
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Il lavoro è stato supportato anche da finanziamenti della Bill and Melinda Gates Foundation (# 38631) e l&#39;NIH, compresi OD004631 DP2 e R01 AI084119.

1. Metodologia <ol><li> Il primo passo del protocollo è quello di selezionare la sequenza V3 corona vuoi mischiare in silico. Per il ceppo R2, la sequenza di questo frammento è KSIPMGPGRAFYT. </li><li> Atomica la struttura 3D del peptide corrispondente a questa sequenza dovrebbe essere costruito in uno spazio virtuale del computer. Il comando ICM per questo è: buildpep &quot;KSIPMGPGRAFYT&quot; o File: Nuovo: peptidi può essere selezionato con il menu a discesa </li><li> Diversi parametri della proce...

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	<li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Zolla-Pazner, S. &. a. m. p. ;. a. m. p., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+characterization+of+the+V3+loop+crown.">Dynamic characterization of the V3 loop crown.</a> Antiviral Therapy. 12, 13-31 (2007).</li><li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Swetnam, J., Zolla-Pazner, S., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+conservation+predominates+over+sequence+variability+in+the+crown+of+HIV+type+1's+V3+loop.">Structural conservation predominates over sequence variability in the crown of HIV type 1's V3 loop.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 26, (2010).</li><li>Abagyan, R., Totrov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biased+probability+Monte+Carlo+conformational+searches+and+electrostatic+calculations+for+peptides+and+proteins.">Biased probability Monte Carlo conformational searches and electrostatic calculations for peptides and proteins.</a> J Mol Biol. 235, 983-1002 (1994).</li><li>Quinnan, G. V., Zhang, P. F., Fu, D. W., Dong, M., Alter, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+characterization+of+HIV+type+1+envelope+protein+associated+with+a+broadly+reactive+neutralizing+antibody+response.">Expression and characterization of HIV type 1 envelope protein associated with a broadly reactive neutralizing antibody response.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 15, 561-5670 (1999).</li><li>Zhang, P. F., Bouma, P., Park, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+variable+region+3+(V3)+mutation+determines+a+global+neutralization+phenotype+and+CD4-independent+infectivity+of+a+human+immunodeficiency+virus+type+1+envelope+associated+with+a+broadly+cross-reactive,+primary+virus-neutralizing+antibody+response.">A variable region 3 (V3) mutation determines a global neutralization phenotype and CD4-independent infectivity of a human immunodeficiency virus type 1 envelope associated with a broadly cross-reactive, primary virus-neutralizing antibody response.</a> J Virol. 76, 644-655 (2002).</li></ol>

Pieghevole ab initio rivela terziario proprietà strutturali, i cui effetti potrebbero non essere evidente dallo studio di singoli aminoacidi in sequenza. Diverse proprietà strutturali già oscura del V3 R2 ciclo corona sono rivelate dalla simulazione di piegatura. Queste preferenze osservato strutturali necessariamente correlato a quello osservato proprietà funzionali del ceppo R2, cioè sensibilità alla neutralizzazione e hyperinfectivity 5. In primo luogo, una chiar...

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<td>Molsoft LLC</td>
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assessment of immunologically relevant dynamic tertiary structural features of the hiv-1 v3 loop crown r2 sequence by ab initio folding

La diversità antigenica del virus HIV-1 è stato a lungo un ostacolo per la progettazione di vaccini, e questa variabilità è particolarmente pronunciata nel ciclo V3 della glicoproteina di superficie del virus &#39;busta. Abbiamo già proposto che la corona del ciclo V3, anche se variabile dinamica e la sequenza, è vincolata per tutta la popolazione del virus HIV-1 ad un immunologicamente rilevanti β-tornante struttura terziaria. Importante, ci sono migliaia di diverse sequenze V3 anello corona in circolazione virus HIV-1, rendendo 3D caratterizzazione strutturale di tendenza attraverso la diversità dei virus difficili o impossibili da cristallografia e NMR. I nostri studi precedenti di successo con la piegatura della corona V3 1, 2 utilizzato l&#39;algoritmo ab initio 3 accessibile nel ICM-Pro pacchetto software di modellazione molecolare (Molsoft LLC, La Jolla, CA) e ha suggerito che la corona del ciclo V3, in particolare da posizioni 10 a 22, i benefici a sufficienza dalla flessibilità e della durata di steli di accompagnamento a comportarsi in larga misura, come se si trattasse di un peptide liberamente senza vincoli pieghevole in soluzione. Come tale, rapido ripiegamento ab initio di appena questa parte del ciclo V3 di qualsiasi sforzo individuale di 60.000 + circolanti ceppi HIV-1 può essere informativo. Qui, abbiamo piegato il loop V3 del ceppo R2 al fine di conoscere la base strutturale delle sue proprietà uniche. R2 ha una rara sequenza ciclo V3 ritenuti responsabili per la squisita sensibilità di questo ceppo di neutralizzazione con sieri dei pazienti e gli anticorpi monoclonali 4, 5. La media tensione CD4 indipendente infezione e sembra suscitare anticorpi ampiamente neutralizzanti. Noi dimostrare come la valutazione dei risultati del pieghevole informativo può essere per l&#39;associazione di strutture osservate nel pieghevole con le attività immunologiche osservate per R2.

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Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

La regione corona di diverse sequenze ciclo V3 della glicoproteina busta superficie (gp120) del virus HIV-1 può essere strutturalmente caratterizzata in molti casi in ripiegamento silico di posizioni 10 a 22 del circuito con un state-of-the-art<em&gt; Ab initio</em&gt; Algoritmo pieghevole. Qui mostriamo la piegatura e la valutazione di questa regione del ciclo V3 R2 dal ceppo di HIV-1, un unico ceppo neutralizzazione sensibili con sconcertante proprietà funzionali.

Valutazione della immunologicamente rilevanti dinamiche Caratteristiche strutturali del terziario di HIV-1 sequenza R2 Loop Corona V3 da Ab initio Pieghevole

The antigenic diversity of HIV-1 has long been an obstacle to vaccine design, and this variability is especially pronounced in the V3 loop of the virus' ...

Research

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Immunology and Infection

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

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Inferenza genotipica del virus HIV-1 Tropismo utilizzo basati sulla popolazione sequenziamento del V3

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Immunologia e infezioni

Amplifying and Quantifying HIV-1 RNA in HIV Infected Individuals with Viral Loads Below the Limit of Detection by Standard Clinical Assays

Amplificazione e quantificazione di HIV-1 RNA in soggetti affetti da HIV con una carica virale inferiore il limite di rilevamento da parte di Standard saggi clinici

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Cryo-electron microscopy (cryo-EM), combined with image processing, is an increasingly powerful tool for structure determination of macromolecular protein ...

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Pronostico di HIV-1 Uso corecettore (tropismo) mediante analisi della sequenza utilizzando un approccio genotipica

Maraviroc (MVC) is the first licensed antiretroviral drug from the class of coreceptor antagonists. It binds to the host coreceptor CCR5, which is used by ...

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The genome of the retroviruses is encased in a capsid surrounded by a lipid envelope. For lentiviruses, such as HIV-1, the conical capsid shell is ...

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Valutare l&#39;innato rilevamento dell&#39;infezione da HIV-1 CD4 infetti<sup&gt; +</sup&gt; Cellule T dalle cellule dendritiche plasmacitoidi Utilizzando un<em&gt; Ex vivo</em&gt; Sistema di co-coltura.

HIV-1 innate sensing requires direct contact of infected CD4+ T cells with plasmacytoid dendritic cells (pDCs). In order to study this process, the ...

Conformational Evaluation of HIV-1 Trimeric Envelope Glycoproteins Using a Cell-based ELISA Assay

Valutazione conformazionale di HIV-1 trimeric busta glicoproteine ​​Utilizzando una base di Cell-ELISA Saggio

HIV-1 envelope glycoproteins (Env) mediate viral entry into target cells and are essential to the infectious cycle. Understanding how those glycoproteins ...

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Nucleocapside Ricottura-Mediated elettroforesi (NAME) Assay permette la rapida identificazione del virus HIV-1 nucleocapside Inibitori

RNA or DNA folded in stable tridimensional folding are interesting targets in the development of antitumor or antiviral drugs. In the case of HIV-1, viral ...

Isolation of Exosomes from the Plasma of HIV-1 Positive Individuals

Isolamento di esosomi dal plasma di HIV-1 individui positivi

Exosomes are small vesicles ranging in size from 30 nm to 100 nm that are released both constitutively and upon stimulation from a variety of cell types. ...

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle GUV Membranes

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The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an ...