Name: assessment of immunologically relevant dynamic tertiary structural features of the hiv-1 v3 loop crown r2 sequence by ab initio folding
Uploaded: 2010-09-15T17:00:00
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작품은 DP2 OD004631와 R01 AI084119 포함한 빌 앤드 멜린다 게이츠 재단 (# 38631)와 NIH에서 교부금에 의해 지원되었다.

1. 방법론 <ol><li> 프로토콜의 첫 번째 단계는 silico에 접어하고자하는 V3 왕관 시퀀스를 선택합니다. R2 스트레인 들어,이 조각에 대한 시퀀스 KSIPMGPGRAFYT입니다. </li><li> 이 순서에 해당하는 펩타이드의 3D 원자 구조는 컴퓨터의 가상 공간에 건설되어야합니다. 이에 대한 ICM 명령은 다음과 같습니다 : buildpep &quot;KSIPMGPGRAFYT&quot; 또는 파일 : 새 : 펩타이드는 풀다운 메뉴에 따라 선택할 수 있?...

<ol>
	<li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Zolla-Pazner, S. &. a. m. p. ;. a. m. p., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+characterization+of+the+V3+loop+crown.">Dynamic characterization of the V3 loop crown.</a> Antiviral Therapy. 12, 13-31 (2007).</li><li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Swetnam, J., Zolla-Pazner, S., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+conservation+predominates+over+sequence+variability+in+the+crown+of+HIV+type+1's+V3+loop.">Structural conservation predominates over sequence variability in the crown of HIV type 1's V3 loop.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 26, (2010).</li><li>Abagyan, R., Totrov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biased+probability+Monte+Carlo+conformational+searches+and+electrostatic+calculations+for+peptides+and+proteins.">Biased probability Monte Carlo conformational searches and electrostatic calculations for peptides and proteins.</a> J Mol Biol. 235, 983-1002 (1994).</li><li>Quinnan, G. V., Zhang, P. F., Fu, D. W., Dong, M., Alter, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+characterization+of+HIV+type+1+envelope+protein+associated+with+a+broadly+reactive+neutralizing+antibody+response.">Expression and characterization of HIV type 1 envelope protein associated with a broadly reactive neutralizing antibody response.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 15, 561-5670 (1999).</li><li>Zhang, P. F., Bouma, P., Park, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+variable+region+3+(V3)+mutation+determines+a+global+neutralization+phenotype+and+CD4-independent+infectivity+of+a+human+immunodeficiency+virus+type+1+envelope+associated+with+a+broadly+cross-reactive,+primary+virus-neutralizing+antibody+response.">A variable region 3 (V3) mutation determines a global neutralization phenotype and CD4-independent infectivity of a human immunodeficiency virus type 1 envelope associated with a broadly cross-reactive, primary virus-neutralizing antibody response.</a> J Virol. 76, 644-655 (2002).</li></ol>

순이 론적 접힘은 차 구조 특성, 순차적으로 각각의 아미노산을 공부에서 뚜렷하지 않을 수있는 효과를 나타낸다. R2 V3 루프 왕관 몇 가지 이전에 애매한 구조 특성은 접는 시뮬레이션에 의해 공개됩니다. 이러한 관찰 구조적 환경 즉 R2 스트레인, 중화 및 hyperinfectivity 5 감도의 관찰 기능 특성과 상관 관계 수 있습니다. 첫째, 위치 12-14에서 R2의 V3 크라운의 N - ?...

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<tr>
<td>ICM-Pro</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molsoft LLC</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

assessment of immunologically relevant dynamic tertiary structural features of the hiv-1 v3 loop crown r2 sequence by ab initio folding

HIV - 1의 antigenic 다양성 길이 백신 설계에 장애물을하고 있으며,이 변화는 특히 바이러스 &#39;표면 봉투 당단백질의 V3 루프의 발음입니다. 우리는 이전에 V3 루프의 왕관,하지만 역동적이고 순서 변수, immunologically 관련 β - 헤어핀 차 구조 HIV - 1 바이러스의 인구에 걸쳐 제약이 있다고 제안했습니다. 중요한 것은, 다른 V3 루프 왕관 시퀀스 수천 crystallography 나 NMR에 의해 어렵거나 불가능 바이러스의 다양성에 걸쳐 트렌드의 3D 구조 특성 만들기, HIV - 1 바이러스를 순환에 있습니다. V3 왕관 1, 2 접는과 함께 이전의 성공적인 연구 ICM - PRO 분자 모델링 소프트웨어 패키지 (Molsoft LLC, 라 호야, CA)에 접근 순이 론적 알고리즘 3 사용하고 제안하는 V3 루프의 왕관, 구체적으로부터 위치 10-22 충분한 유연성과 자유롭게 솔루션 접는 거리낌없는 펩타이드 것처럼 큰 정도로 동작하기 위해 측면 줄기의 길이에서 혜택을 제공합니다. 60000의 개별 변형의 V3 루프의 그냥이 부분 등, 빠른 순이 론적 접는로 + 순환 HIV - 1 계통 정보를 수 있습니다. 여기, 우리는 독특한 속성의 구조적 기초에 대한 통찰력을 얻으려면 R2 변형의 V3 루프를 접어. R2는 환자와 단클론 항체 세라 4 5 중화이 변형의 아름다운 감성에 대한 책임 것으로 생각 드문 V3 루프 시퀀스를 맺는다. 변형 CD4 독립 감염 mediates하고 널리 중화 항체를 이끌어내는 것으로 나타났습니다. 우리는 접는의 결과 평가가 R2에 대한 관찰 면역 활동과 접는에서 관찰 구조와 연결에 대한 정보를 수있는 방법을 보여줍니다.

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Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

HIV - 1의 표면 봉투 당단백질 (gp120)의 다른 V3 루프 시퀀스의 왕관 지역은 구조 위치의 silico 폴딩에 의해 대부분의 경우 특색 수있는 최첨단의를 사용하여 루프의 10-22<em&gt; 순이 론적</em&gt; 접는 알고리즘. 여기 우리는 HIV - 1의 R2 스트레인, 기괴 기능적 특성을 가진 독특한 중화 민감한 변형에서 V3 루프의이 지역의 접는 및 평가를 보여줍니다.

하여 HIV - 1 V3 루프 크라운 R2 시퀀스 Immunologically 관련 동적 차 구조 기능의 평가 순이 론적 접는

The antigenic diversity of HIV-1 has long been an obstacle to vaccine design, and this variability is especially pronounced in the V3 loop of the virus' ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

V3의 HIV - 1 Tropism의 Genotypic 추론 사용 인구를 기반 시퀀싱

Background: Prior to receiving a drug from CCR5-antagonist class in HIV therapy, a patient must undergo an HIV tropism test to confirm that his or her ...

연구

면역학 및 감염병학

Amplifying and Quantifying HIV-1 RNA in HIV Infected Individuals with Viral Loads Below the Limit of Detection by Standard Clinical Assays

표준 임상 Assays에 의해 탐지의 한도 이하 바이러스성로드와 HIV 감염된 개인의 확장 및 HIV - 1 RNA를 Quantifying

Amplifying viral genes and quantifying HIV-1 RNA in HIV-1 infected individuals with viral loads below the limit of detection by standard assays (below ...

Structure of HIV-1 Capsid Assemblies by Cryo-electron Microscopy and Iterative Helical Real-space Reconstruction

Cryo - 전자 현미경에 의해 HIV - 1 Capsid 어셈블리의 구조와 반복 나선형 실제 공간 재건

Cryo-electron microscopy (cryo-EM), combined with image processing, is an increasingly powerful tool for structure determination of macromolecular protein ...

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage (Tropism) by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage Tropism by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Genotypic 접근 방법을 사용하여 시퀀스 분석에 의한 HIV-1 Coreceptor 사용 (Tropism)의 예측

Maraviroc (MVC) is the first licensed antiretroviral drug from the class of coreceptor antagonists. It binds to the host coreceptor CCR5, which is used by ...

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

HIV - 1 코어의 시험 관내 Uncoating에서

The genome of the retroviruses is encased in a capsid surrounded by a lipid envelope. For lentiviruses, such as HIV-1, the conical capsid shell is ...

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

HIV-1 감염 CD4의 타고난 감지 평가<sup&gt; +</sup&gt;를 사용하여 형질 수지상 세포에 의한 T 세포<em&gt; 예 생체 내</em&gt; 공동 문화 시스템.

HIV-1 innate sensing requires direct contact of infected CD4+ T cells with plasmacytoid dendritic cells (pDCs). In order to study this process, the ...

Conformational Evaluation of HIV-1 Trimeric Envelope Glycoproteins Using a Cell-based ELISA Assay

셀 기반의 ELISA 분석을 사용하여 HIV-1 삼량 봉투 당 단백질의 구조적 평가

HIV-1 envelope glycoproteins (Env) mediate viral entry into target cells and are essential to the infectious cycle. Understanding how those glycoproteins ...

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis (NAME) Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis NAME Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

뉴 클레오 캡시드 소둔 매개 전기 영동 (NAME) 분석은 HIV-1 뉴 클레오 캡시드 억제제의 신속한 식별을 할 수 있습니다

RNA or DNA folded in stable tridimensional folding are interesting targets in the development of antitumor or antiviral drugs. In the case of HIV-1, viral ...

Isolation of Exosomes from the Plasma of HIV-1 Positive Individuals

HIV-1 양성 개인의 플라즈마에서 엑소 좀의 분리

Exosomes are small vesicles ranging in size from 30 nm to 100 nm that are released both constitutively and upon stimulation from a variety of cell types. ...

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle GUV Membranes

거대한 단일 층 소포 (GUV) 막 바인딩 HIV-1 개그의 시각화

The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an ...