Name: assessment of immunologically relevant dynamic tertiary structural features of the hiv-1 v3 loop crown r2 sequence by ab initio folding
Uploaded: 2010-09-15T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding at JoVE.com

DP2 OD004631 ve R01 AI084119 dahil olmak üzere, Bill ve Melinda Gates Vakfı (38.631) ve NIH hibe tarafından desteklenmiştir.

1. Metodoloji <ol><li> Protokol siliko kat isteyen V3 taç sırasını seçmek için ilk adım. R2 gerginlik için, bu parça için sıra KSIPMGPGRAFYT. </li><li> Bilgisayarın sanal uzayda bu sıra ilgili peptid 3D atomik yapı inşa edilmelidir. Bunun için ICM komut: buildpep &quot;KSIPMGPGRAFYT&quot; ya da Dosya: Yeni: Peptid aşağı çekme menüsü altında seçilebilir </li><li> Sonra arama adımları sayısı (arama süresi), simülasyon sıcaklığı, önyargı makul alanları, enerji açısınd...

<ol>
	<li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Zolla-Pazner, S. &. a. m. p. ;. a. m. p., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+characterization+of+the+V3+loop+crown.">Dynamic characterization of the V3 loop crown.</a> Antiviral Therapy. 12, 13-31 (2007).</li><li>Almond, D., Kimura, T., Kong, X., Swetnam, J., Zolla-Pazner, S., Cardozo, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+conservation+predominates+over+sequence+variability+in+the+crown+of+HIV+type+1's+V3+loop.">Structural conservation predominates over sequence variability in the crown of HIV type 1's V3 loop.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 26, (2010).</li><li>Abagyan, R., Totrov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biased+probability+Monte+Carlo+conformational+searches+and+electrostatic+calculations+for+peptides+and+proteins.">Biased probability Monte Carlo conformational searches and electrostatic calculations for peptides and proteins.</a> J Mol Biol. 235, 983-1002 (1994).</li><li>Quinnan, G. V., Zhang, P. F., Fu, D. W., Dong, M., Alter, H. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+and+characterization+of+HIV+type+1+envelope+protein+associated+with+a+broadly+reactive+neutralizing+antibody+response.">Expression and characterization of HIV type 1 envelope protein associated with a broadly reactive neutralizing antibody response.</a> AIDS Res Hum Retroviruses. 15, 561-5670 (1999).</li><li>Zhang, P. F., Bouma, P., Park, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+variable+region+3+(V3)+mutation+determines+a+global+neutralization+phenotype+and+CD4-independent+infectivity+of+a+human+immunodeficiency+virus+type+1+envelope+associated+with+a+broadly+cross-reactive,+primary+virus-neutralizing+antibody+response.">A variable region 3 (V3) mutation determines a global neutralization phenotype and CD4-independent infectivity of a human immunodeficiency virus type 1 envelope associated with a broadly cross-reactive, primary virus-neutralizing antibody response.</a> J Virol. 76, 644-655 (2002).</li></ol>

Ab initio katlama üçüncül yapısal özellikleri, bireysel amino asitler sırayla okuyan belirgin olmayabilir olan etkilerini ortaya koymaktadır. R2 V3 döngü taç önceden tanınmayan birçok yapısal özellikleri, katlama simülasyonu ile ortaya çıkar. Bu gözlenen yapısal tercihleri, yani R2 zorlanma, nötralizasyon ve hyperinfectivity 5 duyarlılık gözlenen fonksiyonel özellikleri ile ilişkili olabilir . İlk olarak, pozisyonları 12-14 R2 V3 taç N-termin...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>ICM-Pro</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molsoft LLC</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

assessment of immunologically relevant dynamic tertiary structural features of the hiv-1 v3 loop crown r2 sequence by ab initio folding

HIV-1 antijenik çeşitliliğinin uzun aşı tasarımı için bir engel olmuştur ve bu değişkenliği, özellikle virüs yüzey zarf glikoprotein V3 döngü içinde telaffuz edilir. Biz daha önce V3 döngü taç rağmen, dinamik ve sıra değişken, HIV-1 virüs immünolojik ilgili bir β-saç tokası üçüncül yapısı nüfus boyunca kısıtlı olduğunu önerdi. Önemlisi, farklı V3 döngü taç dizileri binlerce kristalografisi veya NMR ile zor veya imkansız virüslerin çeşitlilik trendleri 3D yapısal karakterizasyonu, HIV-1 virüsleri vardır. Bizim daha önceki başarılı çalışmaları V3 taç 1, 2, katlama, ICM-Pro moleküler modelleme yazılım paketi (Molsoft LLC, La Jolla, CA) erişilebilir ab initio algoritması 3 kullanılan ve önerilen V3 döngü taç , özellikle 10 ila 22 pozisyonları, esneklik ve serbestçe çözüm katlanır kısıtsız bir peptid sanki büyük ölçüde davranmaya, yan gövde uzunluğu yeterince yararlanıyor. + 60,000 herhangi bir bireysel suşu V3 döngü sadece bu bölümü, hızlı ab initio katlama gibi dolaşan HIV-1 suşlarının bilgilendirici olabilir. Burada, R2 suşu V3 döngü eşsiz özellikleri yapısal olarak içgörü kazanmak için katlanmış. R2, hasta serumu ve monoklonal antikorlar, 4, 5 bu zorlanma nötralizasyon için bu hassasiyeti sorumlu olduğu düşünülen nadir bir V3 döngü sırası taşımaktadır. Zorlanma, CD4-bağımsız enfeksiyon aracılık ve nötralize edici antikorlar ortaya çıkarmak için geniş görünür. Biz katlama sonuçlarının değerlendirilmesi katlama gözlenen yapılar R2 gözlenen immünolojik faaliyetleri ile ilişkilendirmek için ne kadar bilgilendirici olabilir göstermektedir.

Watch this Scientific Journal Video about Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding at JoVE.com

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

Taç bölgesi yüzeyinde HIV-1 zarf glikoprotein (gp120) farklı V3 döngü dizilerinin yapısal pozisyonları siliko katlama birçok durumda karakterize edilebilir bir state-of-the-art kullanarak döngü 10 ila 22<em&gt; Ab initio</em&gt; Katlanır algoritması. Burada, HIV-1 R2 gerilme, şaşırtıcı fonksiyonel özellikleri ile benzersiz bir nötralizasyon hassas gerginlik V3 döngü bu bölgenin katlama ve değerlendirme göstermektedir.

HIV-1 V3 döngü Taç R2 Sıra immünolojik İlgili Dinamik Tersiyer Yapısal Özellikler Değerlendirilmesi Ab initio Katlanır

The antigenic diversity of HIV-1 has long been an obstacle to vaccine design, and this variability is especially pronounced in the V3 loop of the virus' ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Assessment of Immunologically Relevant Dynamic Tertiary Structural Features of the HIV-1 V3 Loop Crown R2 Sequence by ab initio Folding

Genotypic Inference of HIV-1 Tropism Using Population-based Sequencing of V3

HIV-1 tropizm genotipik Çıkarım kullanarak Nüfus tabanlı Sıralama V3

Background: Prior to receiving a drug from CCR5-antagonist class in HIV therapy, a patient must undergo an HIV tropism test to confirm that his or her ...

Amplifying and Quantifying HIV-1 RNA in HIV Infected Individuals with Viral Loads Below the Limit of Detection by Standard Clinical Assays

Standart Klinik Tahliller Algılama Sınırı Aşağıda Viral Yükler HIV enfekte kişilerde kuvvetlendirme ve HIV-1 RNA miktarının

Amplifying viral genes and quantifying HIV-1 RNA in HIV-1 infected individuals with viral loads below the limit of detection by standard assays (below ...

Structure of HIV-1 Capsid Assemblies by Cryo-electron Microscopy and Iterative Helical Real-space Reconstruction

Cryo-Elektron Mikroskopi tarafından HIV-1 kapsid Meclisleri Yapısı ve iteratif Helisel Gerçek uzay İmar

Cryo-electron microscopy (cryo-EM), combined with image processing, is an increasingly powerful tool for structure determination of macromolecular protein ...

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage (Tropism) by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage Tropism by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Bir Genotipik Yöntemi&#39;ne Dizi Analizi ile HIV-1 coreceptor Kullanımı (tropizm) Tahmin

Maraviroc (MVC) is the first licensed antiretroviral drug from the class of coreceptor antagonists. It binds to the host coreceptor CCR5, which is used by ...

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

In vitro Uncoating of HIV-1 Cores

HIV-1 Çekirdek in vitro Uncoating

The genome of the retroviruses is encased in a capsid surrounded by a lipid envelope. For lentiviruses, such as HIV-1, the conical capsid shell is ...

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

Assessing the Innate Sensing of HIV-1 Infected CD4+ T Cells by Plasmacytoid Dendritic Cells Using an Ex vivo Co-culture System.

HIV-1 Enfekte CD4 Doğuştan Algılama Değerlendirilmesi<sup&gt; +</sup&gt; Bir kullanılması plazmositoid dendritik hücreler tarafından T Hücreleri<em&gt; Ex vivo</em&gt; Co-kültür sistemi.

HIV-1 innate sensing requires direct contact of infected CD4+ T cells with plasmacytoid dendritic cells (pDCs). In order to study this process, the ...

Conformational Evaluation of HIV-1 Trimeric Envelope Glycoproteins Using a Cell-based ELISA Assay

Bir Hücre temelli bir ELISA testi kullanarak, HIV-1 zarf trimerik Glikoproteinler konformasyonel Değerlendirilmesi

HIV-1 envelope glycoproteins (Env) mediate viral entry into target cells and are essential to the infectious cycle. Understanding how those glycoproteins ...

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis (NAME) Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

Nucleocapsid Annealing-Mediated Electrophoresis NAME Assay Allows the Rapid Identification of HIV-1 Nucleocapsid Inhibitors

Nucleocapsid Tavlama Dolayımlı Elektroforez (ADI) Testi HIV-1 Nükieokapsit inhibitörlerinin Hızlı tanımlanması sağlar

RNA or DNA folded in stable tridimensional folding are interesting targets in the development of antitumor or antiviral drugs. In the case of HIV-1, viral ...

Isolation of Exosomes from the Plasma of HIV-1 Positive Individuals

HIV-1 pozitif Bireylerin Plazma eksozomlann izolasyonu

Exosomes are small vesicles ranging in size from 30 nm to 100 nm that are released both constitutively and upon stimulation from a variety of cell types. ...

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle (GUV) Membranes

Visualization of HIV-1 Gag Binding to Giant Unilamellar Vesicle GUV Membranes

Dev ünilamellar vesikül (GUV) membranlanna bağlanan, HIV-1 Gag Görselleştirme

The structural protein of HIV-1, Pr55Gag (or Gag), binds to the plasma membrane in cells during the virus assembly process. Membrane binding of Gag is an ...