Name: estimating virus production rates in aquatic systems
Uploaded: 2010-09-22T17:00:00
Duration: 10 min 49 s
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इस लेख के प्रकाशन के टेनेसी विश्वविद्यालय में अनुसंधान के कार्यालय से एक अनुदान द्वारा समर्थित किया गया. लेखकों छात्रों और शोधकर्ताओं है कि इन प्रक्रियाओं को निखारने के लिए काम किया है की पिछली पीढ़ी धन्यवाद. अनुसंधान के राष्ट्रीय विज्ञान फाउंडेशन (NSF-0,851,113, NSF 0,825,405 और NSF 0,550,485) से अनुदान द्वारा समर्थित किया गया.

<ol>
	<li>Higgins, J. L., Kudo, I., Nishioka, J., Tsuda, A., Wilhelm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+response+of+the+virus+community+to+a+mesoscale+iron+fertilization+in+the+sub-Arctic+Pacific+Ocean.">The response of the virus community to a mesoscale iron fertilization in the sub-Arctic Pacific Ocean.</a> Deep-Sea Res II. 56, 2788-2795 (2009).</li><li>Mioni, C. E., Poorvin, L., Wilhelm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virus+and+siderophore-mediated+transfer+of+available+Fe+between+heterotrophic+bacteria:+characterization+using+a+Fe-specific+bioreporter.">Virus and siderophore-mediated transfer of available Fe between heterotrophic bacteria: characterization using a Fe-specific bioreporter.</a> Aquat Microb Ecol. 41, 233-245 (2005).</li><li>Noble, R. T., Fuhrman, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+SYBR+Green+I+for+rapid+epifluorescence+counts+of+marine+viruses+and+bacteria.">Use of SYBR Green I for rapid epifluorescence counts of marine viruses and bacteria.</a> Aquat Microb Ecol. 14, 113-118 (1998).</li><li>Parada, V., Herndl, G., Weinbauer, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viral+burst+size+of+heterotrophic+prokaryotes+in+aquatic+systems.">Viral burst size of heterotrophic prokaryotes in aquatic systems.</a> J Mar Biol Assoc U K. 86, 613-621 (2006).</li><li>Poorvin, L., Rinta-Kanto, J. M., Hutchins, D. A., Wilhelm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viral+release+of+Fe+and+its+bioavailability+to+marine+plankton.">Viral release of Fe and its bioavailability to marine plankton.</a> Limnol Oceanogr. 49, 1734-1741 .</li><li>Rowe, J. M., Saxton, M. A., Cottrell, M. T., DeBruyn, J. M., Berg, G. M., Kirchman, D. L., Hutchins, D. A., Wilhelm, S. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Constraints+on+virus+production+in+the+Sargasso+Sea+and+North+Atlantic.">Constraints on virus production in the Sargasso Sea and North Atlantic.</a> Aquat Microb Ecol. 52, 233-244 (2008).</li><li>Weinbauer, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecology+of+prokaryotic+viruses.">Ecology of prokaryotic viruses.</a> FEMS Microbiol Rev. 28, 127-181 (2004).</li><li>Weinbauer, M. G., Peduzzi, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequency,+size+and+distribution+of+bacteriophages+in+different+marine+morphotypes.">Frequency, size and distribution of bacteriophages in different marine morphotypes.</a> Mar Ecol Prog Ser. 108, 11-20 (1994).</li><li>Weinbauer, M. G., Winter, C., H&amp;ouml, f. l. e., G, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reconsidering+transmission+electron+microscopy+based+estimates+of+viral+infection+of+bacterioplankton+using+conversion+factors+derived+from+natural+communities.">Reconsidering transmission electron microscopy based estimates of viral infection of bacterioplankton using conversion factors derived from natural communities.</a> Aquat Microb Ecol. 27, 103-110 (2002).</li><li>Wen, K., Ortmann, A. C., Suttle, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+estimation+of+viral+abundance+by+epifluorescence+microscopy.">Accurate estimation of viral abundance by epifluorescence microscopy.</a> Appl Environ Microbiol. 70, 3862-3867 (2004).</li><li>Wilhelm, S. W., Brigden, S. M., Suttle, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+dilution+technique+for+the+direct+measurement+of+viral+production:+a+comparison+in+stratified+and+tidally+mixed+coastal+waters.">A dilution technique for the direct measurement of viral production: a comparison in stratified and tidally mixed coastal waters.</a> Microb Ecol. 43, 168-173 (2002).</li><li>Wilhelm, S. W., Matteson, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Freshwater+and+marine+virioplankton:+a+brief+overview+of+commonalities+and+differences.">Freshwater and marine virioplankton: a brief overview of commonalities and differences.</a> Freshw Biol. 53, 1076-1089 (2008).</li><li>Wilhelm, S. W., Poorvin, L., Paul, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Quantification of algal viruses in marine samples. , 53-66 (2001).</li><li>Wilhelm, S. W., Suttle, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viruses+and+nutrient+cycles+in+the+sea.">Viruses and nutrient cycles in the sea.</a> Bioscience. 49, 781-788 (1999).</li><li>Wilhelm, S. W., Weinbauer, M. G., Suttle, C. A., Jeffrey, W. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+role+of+sunlight+in+the+removal+and+repair+of+viruses+in+the+sea.">The role of sunlight in the removal and repair of viruses in the sea.</a> Limnol Oceanogr. 43, 586-592 (1998).</li><li>Winget, D. M., Williamson, K. E., Helton, R. R., Wommack, K. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tangential+flow+diafiltration:+an+improved+technique+for+estimation+of+virioplankton+production.">Tangential flow diafiltration: an improved technique for estimation of virioplankton production.</a> Aquat Microb Ecol. 41, 221-232 (2005).</li></ol>

ब्याज की कोई संघर्ष की घोषणा की.

समझने में एक महत्वपूर्ण घटक है कैसे वायरस समुद्री माइक्रोबियल समुदायों को प्रभावित करने के लिए दर है जिस पर वायरस कण का उत्पादन कर रहे हैं निर्धारित है. देखते हुए कि abundances सबसे प्रणालियों में (कम या ज्यादा) स्थैतिक (विल्हेम और Suttle 1999, 2004 Weinbauer), और है कि वायरस को हटा रहे हैं या गैर संक्रामक गाया जलीय प्रणालियों में जल्दी (1998 विल्हेम एट अल.) है, तो उत्पादन दर होना चाहिए रिश्तेदार तेजी से खो कणों को प्रतिस्थापित करने के लिए. आकलन मृत्यु दर वायरस माइक्रोबियल समुदाय के कारण कई कैसे वायरस हर बार जब एक वायरस एक सेल (&quot;फट आकार&quot;) lyses उत्पादित कर रहे हैं के ज्ञान की आवश्यकता है. वायरस प्राकृतिक नमूनों में फट आकार बहुत भिन्न हो सकते हैं. फट आकार संचरण इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी (जैसे Weinbauer, और Peduzzi 1994) के द्वारा सीधे निर्धारित कर सकते हैं, लेकिन यह अक्सर एक भी प्रयोगशाला की क्षमताओं से परे है या व्यावहारिक नहीं हमेशा. स्थितियों जहाँ वे empirically निर्धारित नहीं किया जा सकता है, lytic घटना प्रति 24 वायरस के साहित्य मूल्यों समुद्री सिस्टम मीठे पानी के लिए प्रणाली और 34 के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है (Parada एट अल 2006). यदि वायरस उत्पादन की दर इस संख्या से विभाजित है, तो परिणाम एक दैनिक आधार पर वायरस के द्वारा नष्ट की मात्रा प्रति कोशिकाओं की बहुतायत है. मूल्य रोगाणुओं lysed तो बैक्टीरियल बहुतायत के प्रश्न में सिस्टम के लिए वायरस प्रेरित मृत्यु दर में जिसके परिणामस्वरूप खड़े स्टॉक द्वारा विभाजित किया जा सकता है: मौजूदा अनुमान रेंज कुछ प्रतिशत से लगभग पूरी आबादी के लिए कर रहे हैं और अक्सर प्रश्न में सिस्टम में अन्य कारकों पर निर्भर (विल्हेम और Matteson 2008). कुल मृत्यु दर का प्रतिशत निर्धारित करने के लिए इस संख्या अक्सर दो (धारणा से काम कर रहा है कि कोशिकाओं के 50% पर जाने के लिए पुन: पेश करने और कोशिकाओं के 50% खो दिया है, Weinbauer 2004) से गुणा है. देखते हुए कि पोषक तत्व और ट्रेस तत्व bioavailability (उदाहरण के लिए, एन, पी, Fe) प्राथमिक उत्पादकता की दर की सीमा है, और कर सकते हैं, जैसे कार्बन प्रवाह के रूप में जलीय प्रणालियों के माध्यम से, और इस प्रक्रिया में संचालित वायरस माइक्रोबियल मृत्यु दर की भूमिका की समझ बन गया है समुद्री geochemists के लिए ब्याज की. अब कई अनुमानों मौजूद सुझाव है कि वायरस पोषक तत्व तत्वों की एक महत्वपूर्ण सांद्रता वापस एक दैनिक आधार पर पानी स्तंभ रिहाई (Rowe एट अल 2008, हिगिंस एट अल. 2009) और माइक्रोबियल समुदाय द्वारा इन तत्वों को तेजी से आत्मसात कर रहे हैं कि (Poorvin एट अल 2004 Mioni, एट अल. 2005). पोषक तत्व प्रवाह की दर पर्यावरण के लिए पोषक तत्वों के प्रति सेल (चिह्नित &quot;कोटा&quot;) की राशि से नष्ट कोशिकाओं की संख्या को गुणा करके निर्धारित किया जा सकता है. यह जानकारी कैसे माइक्रोबियल खाद्य जाले जलीय प्रणालियों में समारोह के बारे में हमारी समझ के लिए एक महत्वपूर्ण घटक प्रदान कर सकते हैं. चल रहे घटनाक्रम: अनुसंधान समूहों की एक श्रृंखला द्वारा वर्तमान प्रयासों ऊपर करने के लिए समुदाय के भीतर विशिष्ट वायरस एन्यूमरेट रणनीति आदत डाल शामिल है और, जैसे, निर्धारित करने के लिए कैसे विशिष्ट जीवों वायरस गतिविधि से प्रभावित हैं. ऐसा करने के लिए शोधकर्ताओं ने मात्रात्मक पोलीमरेज़ चेन (qPCR) प्रतिक्रिया करने के लिए समानांतर में कुल वायरस समुदाय के अनुमानों के लिए विशिष्ट वायरस समूह या परिवारों की बहुतायत का अनुमान का उपयोग करें. परिणाम तो सीधे वायरस मृत्यु दर, पोषक तत्व कारोबार विशिष्ट प्लवक समूहों के लिए, आदि का अनुमान प्रदान करने के लिए लागू होता है. इस शक्तिशाली नए दृष्टिकोण आने वाले वर्षों में शोधकर्ताओं ने अधिक गहरा वायरस की पारिस्थितिकी के साथ जुड़े प्रक्रियाओं में खुदाई करने के लिए और, पहली बार के लिए, प्रयोगशाला प्रणाली की बाधाओं से परे विशिष्ट वायरस मेजबान समुदायों की बातचीत यों की अनुमति देगा.

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		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>2.5% p-phenylenediamine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Acros</td>
<td>130575000</td>
<td>Stock for Antifade</td>
</tr>
<tr>
<td>Amicon Proflux M12 system</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>N/A</td>
<td>Any ultrafiltration device may be used for this step</td>
</tr>
<tr>
<td>SYBR Green I nucleic acid gel stain</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>S-7563</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Helicon S10 30kDa Filter</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>CDUF010LT</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pelicon XL filters 0.22 &mu;m</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>PXGVPPC50</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GE 0.2 &mu;m PCTE membrane filters (47mm)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>09-732-35</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Millipore Labscale Tangential Flow Filtration System</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>XX42LSS11</td>
<td>Other TFF systems may be used for this step</td>
</tr>
<tr>
<td>0.45 &mu;m Micronstep, Cellulosic, white plain filters (25mm)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>E04WP02500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GE Whatman 0.02 &mu;m Anodisc filters (25mm)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>68-09-6002</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Leica DMRXA microscope</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Any epifluorescence microscope with a blue filter set may be used</td>
</tr>
<tr>
<td>20L polycarbonate carboys</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glycerol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>BP229-4</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PBS (0.05 M Na2HPO4, 0.85% NaCl, pH 7.5)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>BP329-500, S640-500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>50% Glutaraldehyde </td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>G151-1</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Corning 2 mL Cryovials-External Thread polypropylene</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>09-761-71</td>
<td>Any cryovials may be used</td>
</tr>
<tr>
<td>Corning 5 mL Cryovials-External Thread polypropylene</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>09-761-74</td>
<td>Any cryovials may be used</td>
</tr>
<tr>
<td> 85% H3PO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>A242-212</td>
<td>Spiral Membrane storage</td>
</tr>
<tr>
<td>NaOH pellets</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>S318-3</td>
<td>M12 cleaning</td>
</tr>
<tr>
<td>Graduated Cylinders</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Isopore 0.8-&mu;m pore-size membrane filter (142mm)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millipore</td>
<td>ATTP14250</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Millipore Stainless Steel Pressure Filter Holder (142mm)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>YY30 090 00</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

estimating virus production rates in aquatic systems

वायरस समुद्री और मीठे पानी प्रणालियों की व्यापक घटक हैं, और माइक्रोबियल मृत्यु का महत्वपूर्ण एजेंट हो जाता है. इस प्रक्रिया की मात्रात्मक अनुमान का विकास महत्वपूर्ण है के रूप में हम तो माइक्रोबियल समुदाय संरचना और समारोह के बेहतर मॉडल विकसित करने के रूप में के रूप में अच्छी तरह से कर सकते हैं कैसे वायरस के लिए जलीय biogeochemical चक्र बदल काम की हमारी समझ अग्रिम. वायरस कमी तकनीक शोधकर्ताओं दर है जिस पर वायरस कणों स्थानिकमारी वाले माइक्रोबियल समुदाय से जारी कर रहे हैं अनुमान करने के लिए अनुमति देता है. संक्षेप में, मुक्त वायरस (बाह्य) की बहुतायत एक नमूने में कम है जबकि माइक्रोबियल समुदाय के निकट परिवेश एकाग्रता में बनाए रखा है. माइक्रोबियल समुदाय तो मुक्त वायरस के अभाव और दर जिस पर वायरस के नमूने में reoccur (समुदाय के सदस्यों को पहले से ही संक्रमित के lysis के माध्यम से) epifluorescence माइक्रोस्कोपी द्वारा मात्रा निर्धारित किया जा सकता है या विशिष्ट वायरस के मामले में, मात्रात्मक में incubated है पीसीआर. इन दरों तो माइक्रोबियल वायरस की मध्यस्थता सेल lysis के कारण मृत्यु की दर का अनुमान किया जा सकता है.

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Estimating Virus Production Rates in Aquatic Systems

समुद्री और मीठे पानी प्रणालियों में वायरस के कारोबार की दर एक कमी और reoccurrence तकनीक से अनुमान लगाया जा सकता है. डेटा शोधकर्ताओं वायरस की मध्यस्थता जलीय प्रणालियों में माइक्रोबियल मृत्यु की दर अनुमान करने के लिए अनुमति देते हैं.

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