Name: profiling of pre-micro rnas and micrornas using quantitative real-time pcr (qpcr) arrays
Uploaded: 2010-12-03T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays at JoVE.com

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> עבודה זו נתמכה על ידי NIH מענקים DE018304, R01DE018281. KT נתמך על ידי GM07092 T32-34 ו - ידי מענק של אוניברסיטת צפון קרוליינה בצ&#39;אפל היל של הווארד יוז רפואי במכון (HHMI) באמצעות מד גראד לתוך היוזמה. מחשב נתמך על ידי T32 CA009156. </p>

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> טרום מירנה מערכים qPCR פרופיל ניתן להגדיר בתור אוטומטי לחלוטין עם חופש לטקאן Evo רובוט (א) או על ידי ביד עם פיפטה מטריקס אלקטרוניקה רב (B). </p><p class="jove_title" style=";text-align:right;direction:rtl"> 1) מכינים את תערובת הורים, צלחות פריימר דגימות. </p><ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ...

<ol>
	<li>Bustin, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+MIQE+Guidelines:+Minimum+Information+for+Publication+of+Quantitative+Real-Time+PCR+Experiments.">The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments.</a> <em style='font-style: italic'>Clinical Chem</em>. <b>55</b> (4), 611-622 (2009).</li><li>Fr&#233;geau, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+Processing+of+Forensic+Casework+Samples+using+Robotic+Workstations+Equipped+with+Nondisposable+Tips+-+Contamination+Prevention.">Automated Processing of Forensic Casework Samples using Robotic Workstations Equipped with Nondisposable Tips - Contamination Prevention.</a> <em style='font-style: italic'>J. Forensic Sci</em>. <b>53</b> (3), 53-533 (2008).</li><li>O'hara, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pre-micro+RNA+Signatures+Delineate+Stages+of+Endothelial+Cell+Transformation+in+Kaposi+Sarcoma.">Pre-micro RNA Signatures Delineate Stages of Endothelial Cell Transformation in Kaposi Sarcoma.</a> <em style='font-style: italic'>PLoS Pathog</em>. <b>5</b> (4), e1000389-e1000389 (2009).</li></ol>

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> QPCR הוא assay רגישה מאוד, כי ניתן להשתמש כדי להשוות רמות ביטוי הגנים בין דגימות במחקר, כמו גם כדי לקבוע חיוביות במקרה של וירוסים. היתרון של שימוש במערכים qPCR הוא היכולת להריץ primers רבים (במקרה שלנו, 186 זוגות פריימר) עבור מדגם זה בתקופה קצרה של זמן. באמצעות רובוט pipetting כגון חופש...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Freedom Evo 150</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Tecan</td>
<td>30017587</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Matrix Electronic Multichannel Pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo Scientific</td>
<td>2001-MTX</td>
<td>(or any comparable Thermo Scientific multichannel that can pipette the volumes described above)</td>
</tr>
<tr>
<td>Matrix Integrity Filter Tips, Sterile</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo Scientific</td>
<td>7435</td>
<td>(or comparable tip for multichannel used)</td>
</tr>
<tr>
<td>Lightcycler 480 SYBR Green 1 Master</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>04 707 516 001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Lightcycler 480 Instrument II</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>05015243001</td>
<td>384-well version</td>
</tr>
<tr>
<td>Lightcycler 480 Multiwell Plate 384, white</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>04729749001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>LightCycler 480 Sealing Foil</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>04729757001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>LightCycler 480 Multiple Plate Analysis Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>05075122001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Eliminase Decontaminant</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Decon Laboratories</td>
<td>04-355-31</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

profiling of pre-micro rnas and micrornas using quantitative real-time pcr (qpcr) arrays

<p class="jove_content">כמותי בזמן אמת PCR (QPCR) התפתחה ככלי מדויק יקר פרופיל רמות ביטוי הגנים. אחד היתרונות הרבים גבול גילוי נמוכה בהשוואה לשיטות אחרות של פרופילי ביטוי גנים, תוך שימוש בכמויות קטנות של קלט עבור כל assay. התקנה אוטומטית qPCR השתפר בתחום הזה על ידי המאפשר שחזור יותר. ההתקנה נוחה ומהירה שלה מאפשר תפוקה גבוהה ניסויים, המאפשרת אפיון של גנים רבים ושונים בו זמנית בכל ניסוי. שיטה זו, יחד עם צלחת בקרות פנימיות גם מקטין את משתני הניסוי המשותף טכניקות אחרות. אנחנו לאחרונה פיתחה assay qPCR עבור פרופילים של טרום רנ&quot;א (טרום miRNAs) באמצעות סדרה של 186 זוגות פריימר. מיקרו RNA צמחו כמעמד של רומן קטן, ללא קידוד RNAs עם היכולת לווסת את מטרות mRNA רבים ברמה שלאחר תעתיק. RNAs אלה קטן מתועתקים הראשונה מירנה תעתיק הראשי (פרי, מירנה), אשר ביקע מכן לתוך מירנה המבשר (טרום מירנה) על ידי RNA פולימראז II. טרום miRNAs מיוצאים הציטופלסמה שבה דייסר cleaves את הלולאה מכבנה להניב miRNAs בוגרת. עליות ברמות מירנה ניתן לצפות ב מבשר והן רמות מירנה בוגרת פרופיל של שתי צורות אלה יכול להיות שימושי. ישנם מבחני זמינים מסחרית מספר miRNAs בוגרת, אך העלות הגבוהה שלהם עשוי להרתיע חוקרים טכניקה זו פרופיל. כאן, אנו דנים חסכונית, אמינות, SYBR מבוססי שיטה qPCR של אפיון מראש miRNAs. שינויים מירנה מראש רמות לעתים קרובות לשקף שינויים מירנה בוגרת יכולה להיות אינדיקציה שימושית הביטוי מירנה בוגרת. עם זאת, פרופיל סימולטני של שתי טרום miRNAs ו miRNAs בוגרת יכול להיות אופטימלי כפי שהם יכולים לתרום מידע nonredundant ולספק תובנות עיבוד microRNA. יתרה מכך, טכניקה המתואר כאן ניתן להרחיב להקיף את פרופיל של קבוצות אחרות ספריית המסלולים או פתוגנים ספציפיים.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays at JoVE.com

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

<p class="jove_content">נדגים את ההתקנה וניתוח של microRNA טרום 96-היטב עבור מערכים QPCR באמצעות רובוט, כמו גם על ידי ביד עם פיפטה מדעי רב מטריקס Thermo.</p>

פרופיל של טרום מיקרו RNAs ו רנ&quot;א באמצעות כמותי בזמן אמת PCR (qPCR) מערכים

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

Research

JoVE Journal

Biology

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Quantitative Real-Time PCR using the Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

כמותי Real-Time PCR באמצעות המדעית Thermo Solaris qPCR Assay

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and ...

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (<em>Agrilus planipennis</em>) Using Quantitative Real Time-PCR

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

ניתוח של ביטוי גנים בורר אש אמרלד (<em> Agrilus planipennis</em>) באמצעות Real Time-PCR כמותי

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Determining Genetic Expression Profiles in <em>C. elegans</em> Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

קביעת פרופילים ביטוי גנטיים<em> ג elegans</em> שימוש microarray בזמן אמת PCR

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

Quantitative, Real-time Analysis of Base Excision Repair Activity in Cell Lysates Utilizing Lesion-specific Molecular Beacons

כמותי, בזמן אמת, ניתוח של פעילות כריתת מאגר תיקון lysates סלולריים ניצול הנגע ספציפיים משואות מולקולרית

We describe a method for the quantitative, real-time measurement of DNA glycosylase and AP endonuclease activities in cell nuclear lysates using base ...

Profiling Individual Human Embryonic Stem Cells by Quantitative RT-PCR

אפיון תאי גזע עוברי האנושי על ידי הפרט כמותי RT-PCR

Heterogeneity of stem cell population hampers detailed understanding of stem cell biology, such as their differentiation propensity toward different ...

Real Time Measurements of Membrane Protein:Receptor Interactions Using Surface Plasmon Resonance (SPR)

Real Time Measurements of Membrane Protein:Receptor Interactions Using Surface Plasmon Resonance SPR

מדידות בזמן אמת של חלבון ממברנה: קולט אינטראקציות שימוש תהודה Plasmon Surface (SPR)

Protein-protein interactions are pivotal to most, if not all, physiological processes, and  understanding the nature of such interactions is a central ...

Probe-based Real-time PCR Approaches for Quantitative Measurement of microRNAs

בזמן אמת המבוסס על הבדיקה PCR גישות למדידת כמותית של מיקרו-רנ&quot;א

Probe-based quantitative PCR (qPCR) is a favoured method for measuring transcript abundance, since it is one of the most sensitive detection methods that ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

qPCRTag ניתוח - תפוקה גבוהה, בזמן אמת PCR Assay עבור Genotyping Sc2.0

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

Absolute Quantification of Plasma MicroRNA Levels in Cynomolgus Monkeys, Using Quantitative Real-time Reverse Transcription PCR

כימות מוחלטת של פלזמה רמות MicroRNA בקופים Cynomolgus, באמצעות שעתוק במהופך בזמן אמת PCR כמותי

RT-qPCR is one of the most common methods to assess individual target miRNAs. MiRNAs levels are generally measured relative to a reference sample. This ...

Real-Time Monitoring of Aurora kinase A Activation using Conformational FRET Biosensors in Live Cells

ניטור בזמן אמת של אורורה קינאז הפעלה באמצעות Biosensors FRET קונפורמציה בתאים חיים

Epithelial cancers are often hallmarked by the overexpression of the Ser/Thr kinase Aurora A/AURKA. AURKA is a multifunctional protein that activates upon ...