Name: profiling of pre-micro rnas and micrornas using quantitative real-time pcr (qpcr) arrays
Uploaded: 2010-12-03T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays at JoVE.com

<p class="jove_content">この作品は、NIHの助成金DE018304、R01DE018281によってサポートされていました。 KTは、メッドを通じて、ハワードヒューズ医学研究所（HHMI）からグラッドイニシアティブにノースカロライナ大学チャペルヒル校にT32 GM07092 - 34でと助成金によってサポートされています。 PCはT32 CA009156によってサポートされています。 </p>

<p class="jove_content">完全にテカン自由エボロボット（A）、またはマトリックス電子マルチチャンネルピペット（B）と手で自動化さとして定量PCRプレmiRNAプロファイリングアレイを設定することができます。 </p><p class="jove_title"> 1）マスターミックス、プライマープレートやサンプルを準備します。 </p><ol><li> 0.5pMで96ウェルフォーマット（2枚の合計）は186のプライマーペアを含むプライマープレートを-80℃で保存...

<ol>
	<li>Bustin, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+MIQE+Guidelines:+Minimum+Information+for+Publication+of+Quantitative+Real-Time+PCR+Experiments.">The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments.</a> <em style='font-style: italic'>Clinical Chem</em>. <b>55</b> (4), 611-622 (2009).</li><li>Fr&#233;geau, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+Processing+of+Forensic+Casework+Samples+using+Robotic+Workstations+Equipped+with+Nondisposable+Tips+-+Contamination+Prevention.">Automated Processing of Forensic Casework Samples using Robotic Workstations Equipped with Nondisposable Tips - Contamination Prevention.</a> <em style='font-style: italic'>J. Forensic Sci</em>. <b>53</b> (3), 53-533 (2008).</li><li>O'hara, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pre-micro+RNA+Signatures+Delineate+Stages+of+Endothelial+Cell+Transformation+in+Kaposi+Sarcoma.">Pre-micro RNA Signatures Delineate Stages of Endothelial Cell Transformation in Kaposi Sarcoma.</a> <em style='font-style: italic'>PLoS Pathog</em>. <b>5</b> (4), e1000389-e1000389 (2009).</li></ol>

<p class="jove_content"> QPCRが研究にサンプル間の遺伝子発現レベルを比較するだけでなく、ウイルスの場合に陽性を判断するために使用できる高感度のアッセイである。定量PCRアレイを用いての利点は、短期間で各サンプルのために多くのプライマーを（私たちの場合は、186プライマーペア）を実行する機能です。このようなテカン自由エボとしてピペッティングロボットを使用して、追加テストを設定するため?...

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<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Freedom Evo 150</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Tecan</td>
<td>30017587</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Matrix Electronic Multichannel Pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo Scientific</td>
<td>2001-MTX</td>
<td>(or any comparable Thermo Scientific multichannel that can pipette the volumes described above)</td>
</tr>
<tr>
<td>Matrix Integrity Filter Tips, Sterile</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo Scientific</td>
<td>7435</td>
<td>(or comparable tip for multichannel used)</td>
</tr>
<tr>
<td>Lightcycler 480 SYBR Green 1 Master</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>04 707 516 001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Lightcycler 480 Instrument II</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>05015243001</td>
<td>384-well version</td>
</tr>
<tr>
<td>Lightcycler 480 Multiwell Plate 384, white</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>04729749001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>LightCycler 480 Sealing Foil</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>04729757001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>LightCycler 480 Multiple Plate Analysis Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>05075122001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Eliminase Decontaminant</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Decon Laboratories</td>
<td>04-355-31</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

profiling of pre-micro rnas and micrornas using quantitative real-time pcr (qpcr) arrays

<p class="jove_content">定量リアルタイムPCR（QPCR）は、遺伝子発現レベルのプロファイリングで、正確かつ有用なツールとして浮上している。その多くの利点の一つは、各アッセイのために入力の少量を使用しながら、遺伝子発現プロファイリングの他の方法に比べて検出下限値です。自動化された定量PCRのセットアップは、より再現性を可能にすることで、このフィールドを改善しました。その便利で迅速なセットアップは、各実験で同時に多くの異なる遺伝子のプロファイリングを有効にする、ハイスループットの実験が可能になります。内部プレートのコントロールと共にこのメソッドは、他の技法に共通する実験変数を減らすことができます。我々は最近、186プライマーペアのセットを使用して事前にマイクロRNA（プレmiRNA）のプロファイリングのための定量PCRアッセイを開発した。マイクロRNAは、転写後レベルで多くの標的mRNAを調節する能力を持つ小型の、非コードRNAの新たなクラスとして浮上している。これらの小さなRNAは、まず前駆体のmiRNA（プレmiRNAの）に切断されている主なmiRNA（PRI - miRNA）の転写産物として、RNAポリメラーゼIIによって転写される。プリmiRNAはダイサーは成熟miRNAを生成するヘアピンループを切断する細胞質にエクスポートされます。 miRNAレベルの増加は、前駆体および成熟miRNAレベルの両方で観察することができ、これらのフォームの両方のプロファイリングに便利です。成熟miRNAのいくつかの市販のアッセイがありますが、しかし、彼らの高いコストは、このプロファイリング手法から研究者を阻止することができる。ここで、我々は、プレmiRNAをプロファイリングの費用対効果の高い、信頼性、SYBRベースの定量PCR法を説明します。プリmiRNAレベルの変化はしばしば成熟したmiRNAの変化を反映し、成熟したmiRNA発現の有用な指標となることができます。彼らは非冗長情報を貢献し、マイクロRNAプロセシングへの洞察を提供することができますしかし、プレmiRNAのと成熟miRNAの両方の同時プロファイリングは最適かもしれません。さらに、ここで説明する手法は、特定の経路や病原体の他のライブラリのセットのプロファイルを含むように拡張することができます。</p>

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Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

<p class="jove_content">我々は、事前にマイクロRNAの設定と分析サーモ科学マトリックスマルチチャンネルピペットで手でだけでなく、ロボットを使用してQPCR用96穴の配列のデモンストレーションを行います。</p>

定量リアルタイムPCR（定量PCR）アレイを用いたプレマイクロRNAとマイクロRNAのプロファイリング

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

Research

JoVE Journal

Biology

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Quantitative Real-Time PCR using the Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

サーモサイエンティフィックのSolaris定量PCRアッセイを用いて定量的リアルタイムPCR

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and ...

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (<em>Agrilus planipennis</em>) Using Quantitative Real Time-PCR

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

エメラルドアッシュボーラーの遺伝子発現の解析（<em> Agrilus planipennis</em>）を使用して定量的リアルタイム- PCR

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Determining Genetic Expression Profiles in <em>C. elegans</em> Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

で遺伝子発現プロファイルを決定<em> C.エレガンス</em>マイクロアレイとリアルタイムPCRを用いて

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

Quantitative, Real-time Analysis of Base Excision Repair Activity in Cell Lysates Utilizing Lesion-specific Molecular Beacons

病変の特異的分子ビーコンを活用した細胞ライセート中の塩基除去修復活性の定量、リアルタイム分析

We describe a method for the quantitative, real-time measurement of DNA glycosylase and AP endonuclease activities in cell nuclear lysates using base ...

Profiling Individual Human Embryonic Stem Cells by Quantitative RT-PCR

定量的RT-PCRによって個々のヒト胚性幹細胞のプロファイリング

Heterogeneity of stem cell population hampers detailed understanding of stem cell biology, such as their differentiation propensity toward different ...

Real Time Measurements of Membrane Protein:Receptor Interactions Using Surface Plasmon Resonance (SPR)

Real Time Measurements of Membrane Protein:Receptor Interactions Using Surface Plasmon Resonance SPR

膜タンパク質のリアルタイム測定：受容体相互作用は、表面プラズモン共鳴を使用した（SPR）

Protein-protein interactions are pivotal to most, if not all, physiological processes, and  understanding the nature of such interactions is a central ...

Probe-based Real-time PCR Approaches for Quantitative Measurement of microRNAs

プローブベースのリアルタイムPCRは、マイクロRNAの定量的測定のためのアプローチ

Probe-based quantitative PCR (qPCR) is a favoured method for measuring transcript abundance, since it is one of the most sensitive detection methods that ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

qPCRTag分析 - 高スループット、Sc2.0ジェノタイピングのためのリアルタイムPCRアッセイ

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

Absolute Quantification of Plasma MicroRNA Levels in Cynomolgus Monkeys, Using Quantitative Real-time Reverse Transcription PCR

定量的リアルタイム逆転写 PCR を用いたカニクイザルにおける血中マイクロ Rna の絶対定量

RT-qPCR is one of the most common methods to assess individual target miRNAs. MiRNAs levels are generally measured relative to a reference sample. This ...

Real-Time Monitoring of Aurora kinase A Activation using Conformational FRET Biosensors in Live Cells

ライブ細胞におけるコンソジショナルフレットバイオセンサーを用いたオーロラキナーゼ活性化のリアルタイムモニタリング

Epithelial cancers are often hallmarked by the overexpression of the Ser/Thr kinase Aurora A/AURKA. AURKA is a multifunctional protein that activates upon ...