Name: profiling of pre-micro rnas and micrornas using quantitative real-time pcr (qpcr) arrays
Uploaded: 2010-12-03T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays at JoVE.com

<p class="jove_content"> Эта работа была поддержана грантами NIH DE018304, R01DE018281. KT поддерживается T32 GM07092-34 и грантом в Университете Северной Каролины в Чапел-Хилл из Медицинского института Говарда Хьюза (HHMI) через Med в Град инициативы. ПК поддерживает T32 CA009156. </p>

<p class="jove_content"> КПЦР предварительно микроРНК массивы профилирование может быть установлен как полностью автоматизированный с Tecan Свобода Эво робота () или вручную с помощью матрицы электронные пипетки многоканальный (B). </p><p class="jove_title"> 1) подготовить мастер смеси, грунтовки пластин и образцов. </p><ol><li> Г...

<ol>
	<li>Bustin, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+MIQE+Guidelines:+Minimum+Information+for+Publication+of+Quantitative+Real-Time+PCR+Experiments.">The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments.</a> <em style='font-style: italic'>Clinical Chem</em>. <b>55</b> (4), 611-622 (2009).</li><li>Fr&#233;geau, C. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+Processing+of+Forensic+Casework+Samples+using+Robotic+Workstations+Equipped+with+Nondisposable+Tips+-+Contamination+Prevention.">Automated Processing of Forensic Casework Samples using Robotic Workstations Equipped with Nondisposable Tips - Contamination Prevention.</a> <em style='font-style: italic'>J. Forensic Sci</em>. <b>53</b> (3), 53-533 (2008).</li><li>O'hara, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pre-micro+RNA+Signatures+Delineate+Stages+of+Endothelial+Cell+Transformation+in+Kaposi+Sarcoma.">Pre-micro RNA Signatures Delineate Stages of Endothelial Cell Transformation in Kaposi Sarcoma.</a> <em style='font-style: italic'>PLoS Pathog</em>. <b>5</b> (4), e1000389-e1000389 (2009).</li></ol>

<p class="jove_content"> КПЦР является высокочувствительным анализа, который может быть использован для сравнения уровней экспрессии генов между образцами в исследовании, а также для определения положительности в случае вирусов. Преимущество использования КПЦР массивов возможность запуска многих праймеро...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Freedom Evo 150</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Tecan</td>
<td>30017587</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Matrix Electronic Multichannel Pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo Scientific</td>
<td>2001-MTX</td>
<td>(or any comparable Thermo Scientific multichannel that can pipette the volumes described above)</td>
</tr>
<tr>
<td>Matrix Integrity Filter Tips, Sterile</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo Scientific</td>
<td>7435</td>
<td>(or comparable tip for multichannel used)</td>
</tr>
<tr>
<td>Lightcycler 480 SYBR Green 1 Master</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>04 707 516 001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Lightcycler 480 Instrument II</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>05015243001</td>
<td>384-well version</td>
</tr>
<tr>
<td>Lightcycler 480 Multiwell Plate 384, white</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>04729749001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>LightCycler 480 Sealing Foil</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>04729757001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>LightCycler 480 Multiple Plate Analysis Software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche</td>
<td>05075122001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Eliminase Decontaminant</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Decon Laboratories</td>
<td>04-355-31</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

profiling of pre-micro rnas and micrornas using quantitative real-time pcr (qpcr) arrays

<p class="jove_content">Количественный ПЦР в реальном времени (КПЦР) стал точным и ценным инструментом в профилирования уровни экспрессии генов. Один из его многочисленных достоинств является нижний предел обнаружения по сравнению с другими методами генной профилирования выражения при использовании меньшего количества входа для каждого теста. Автоматизированные установки КПЦР улучшилась этой области, позволяя большей воспроизводимости. Его удобно и быстро и эффективно настроить обеспечивает высокую пропускную способность эксперименты, позволяя профилирования из многих различных генов одновременно в каждом эксперименте. Этот метод наряду с внутреннего контроля пластины также снижает экспериментальных переменных, общих для других методов. Недавно мы разработали КПЦР тест для профилирования предварительно микроРНК (предварительно микроРНК), используя набор из 186 пар праймеров. Микро РНК появились как новый класс малых, некодирующих РНК с возможностью регулировать многие цели мРНК на пост-уровне транскрипции. Эти небольшие РНК транскрибируется первой РНК-полимеразой II в качестве основного микроРНК (PRI-микроРНК) транскрипт, который затем расщепляется на предшественников микроРНК (предварительно микроРНК). Предварительно микроРНК экспортируется в цитоплазму, где Dicer расщепляет петли шпильки для получения зрелых микроРНК. Повышение уровней микроРНК можно наблюдать как на предшественников и зрелых уровни микроРНК и профилирование обе эти формы могут быть полезны. Есть несколько коммерчески доступных тестов для зрелых микроРНК, однако их высокая стоимость может отпугнуть исследователей из этого профилирования технику. Здесь мы рассмотрим экономически эффективных, надежных, SYBR основе КПЦР метод профилирования предварительно микроРНК. Изменения в предварительно микроРНК уровней часто отражают изменения зрелых миРНК и может быть полезным индикатором зрелого выражения микроРНК. Тем не менее, одновременное профилирование как до, так и зрелые микроРНК микроРНК может быть оптимальным, так как они могут способствовать неизбыточной информации и обеспечить понимание микроРНК обработки. Кроме того, техника, описанная здесь, может быть расширена, чтобы охватить профилирования других наборов библиотеки для конкретных путей или патогенов.</p>

Watch this Scientific Journal Video about Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays at JoVE.com

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR qPCR Arrays

<p class="jove_content">Мы продемонстрируем, настройки и анализа предварительного микроРНК 96-луночного массивы для КПЦР использованием роботов, а также вручную с помощью пипетки Thermo Scientific многоканальный Matrix.</p>

Профилирование Предварительно микро-РНК и микроРНК с использованием количественных ПЦР в реальном времени (КПЦР) Массивы

Quantitative real-time PCR (QPCR) has emerged as an accurate and valuable tool in profiling gene expression levels.  One of its many advantages is a lower ...

Research

JoVE Journal

Biology

Profiling of Pre-micro RNAs and microRNAs using Quantitative Real-time PCR (qPCR) Arrays

Quantitative Real-Time PCR using the Thermo Scientific Solaris qPCR Assay

Количественный ПЦР в реальном времени использованием Thermo Scientific Solaris КПЦР Пробирной

The Solaris qPCR Gene Expression Assay is a novel type of primer/probe set, designed to simplify the qPCR process while maintaining the sensitivity and ...

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer (<em>Agrilus planipennis</em>) Using Quantitative Real Time-PCR

Analysis of Gene Expression in Emerald Ash Borer Agrilus planipennis Using Quantitative Real Time-PCR

Анализ экспрессии генов в Борер Изумрудный Эш (<em> Agrilus planipennis</em>) С использованием количественных Real Time PCR-

Emerald ash borer (EAB, Agrilus planipennis) is an exotic invasive pest, which has killed millions of ash trees (Fraxinus spp) in North America. EAB ...

Determining Genetic Expression Profiles in <em>C. elegans</em> Using Microarray and Real-time PCR

Determining Genetic Expression Profiles in C. elegans Using Microarray and Real-time PCR

Определение генетических профилей выражения в<em> С. Элеганс</em> Использование Microarray и ПЦР в реальном времени

Synapses are composed of a presynaptic active zone in the signaling cell and a postsynaptic terminal in the target cell. In the case of chemical synapses, ...

Quantitative, Real-time Analysis of Base Excision Repair Activity in Cell Lysates Utilizing Lesion-specific Molecular Beacons

Количественные, в режиме реального времени анализ базы активность репарации в клеточных лизатов Использование Поражение конкретные молекулярные маяки

We describe a method for the quantitative, real-time measurement of DNA glycosylase and AP endonuclease activities in cell nuclear lysates using base ...

Profiling Individual Human Embryonic Stem Cells by Quantitative RT-PCR

Профилирования Индивидуальный человеческих эмбриональных стволовых клеток путем количественного RT-PCR

Heterogeneity of stem cell population hampers detailed understanding of stem cell biology, such as their differentiation propensity toward different ...

Real Time Measurements of Membrane Protein:Receptor Interactions Using Surface Plasmon Resonance (SPR)

Real Time Measurements of Membrane Protein:Receptor Interactions Using Surface Plasmon Resonance SPR

В режиме реального времени измерения мембранного белка: рецептор взаимодействий с использованием поверхностного плазмонного резонанса (SPR)

Protein-protein interactions are pivotal to most, if not all, physiological processes, and  understanding the nature of such interactions is a central ...

Probe-based Real-time PCR Approaches for Quantitative Measurement of microRNAs

Зонд на основе ПЦР в реальном времени подходов к количественному измерению микроРНК

Probe-based quantitative PCR (qPCR) is a favoured method for measuring transcript abundance, since it is one of the most sensitive detection methods that ...

qPCRTag Analysis - A High Throughput, Real Time PCR Assay for Sc2.0 Genotyping

qPCRTag анализ - Высокая пропускная способность, ПЦР в реальном времени Анализ на Sc2.0 Генотипирование

The Synthetic Yeast Genome Project (Sc2.0) aims to build 16 designer yeast chromosomes and combine them into a single yeast cell. To date one synthetic ...

Absolute Quantification of Plasma MicroRNA Levels in Cynomolgus Monkeys, Using Quantitative Real-time Reverse Transcription PCR

Абсолютная количественная оценка уровня микроРНК в плазме у обезьян Cynomolgus, используя количественные реального времени обратной транскрипции PCR

RT-qPCR is one of the most common methods to assess individual target miRNAs. MiRNAs levels are generally measured relative to a reference sample. This ...

Real-Time Monitoring of Aurora kinase A Activation using Conformational FRET Biosensors in Live Cells

Мониторинг активации А аврора-киназы в режиме реального времени с использованием конформационных биосенсоров FRET в живых клетках

Epithelial cancers are often hallmarked by the overexpression of the Ser/Thr kinase Aurora A/AURKA. AURKA is a multifunctional protein that activates upon ...