Name: agar-block microcosms for controlled plant tissue decomposition by aerobic fungi
Uploaded: 2011-02-03T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Agar-Block Microcosms for Controlled Plant Tissue Decomposition by Aerobic Fungi at JoVE.com

Dit protocol is van toepassing op houtige en niet-houtachtige ondergronden, zoals geschetst, alsmede op de oven-of lucht gedroogd materiaal. Lees eerst door het protocol, maar voor de set-up. Er zijn verschillende punten die van toepassing kunnen zijn op je studie, en deze punten (onderstreept) vereisen planning. Merk ook op dat er twee gepubliceerd agar-block methoden die nu worden gebruikt, een van de British Standard 838 en een ander na een International Research Group on Wood Protection (IRG-WP) papier ingediend doo...

<ol>
	<li>ASTM D1413-07. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standard+test+method+for+testing+wood+preservatives+by+laboratory+soil-block+cultures.+.">Standard test method for testing wood preservatives by laboratory soil-block cultures. .</a> Annual Book of ASTM Standards. , 185-192 (2007).</li><li>Bravery, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> A miniaturized wood block for the rapid evaluation of wood preservative fungicides. , (1978).</li><li>Low, G. A., Young, M. E., Martin, P., Palfreyman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+the+relationship+between+the+dry+rot+fungus+Serpula+lacrymans+and+selected+forms+of+masonry.">Assessing the relationship between the dry rot fungus Serpula lacrymans and selected forms of masonry.</a> Int. Biodeterior. Biodegrad. 46, 141-150 (2000).</li><li>Nicolas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volume+I+(One/1)+-+Degradation+and+Protection+of+Wood+(Syracuse+Wood+Science+Series+#5).">Volume I (One/1) - Degradation and Protection of Wood (Syracuse Wood Science Series #5).</a> Wood Deterioration and Its Prevention by Preservative Treatments. , (1973).</li><li>Schilling, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+calcium-based+materials+and+iron+impurities+on+wood+degradation+by+the+brown+rot+fungus+Serpula+lacrymans.">Effects of calcium-based materials and iron impurities on wood degradation by the brown rot fungus Serpula lacrymans.</a> Holzforschung. 64, 93-99 (2010).</li></ol>

Met behulp van onze agar-blok set-up (figuur 1) Serpula lacrymans groeide in direct contact met het gips oppervlakken en in hout blokken (figuur 2), wat leidt tot meer dan 60% gewichtsverlies in de controlegroep bruin-verteerde grenen blokken (zie figuur 3 ). Dit voldoet aan gemakkelijk de ASTM-norm doel van&gt; 50% verval, en de gemiddelde variatiecoëfficiënt (C V) in verval was op 0,055 in week 16. Deze gegevens zijn gepubliceerd in Schilling 7. Nogmaals, andere schimmels een langere i...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Petri dishes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Nunc</td>
<td>4014</td>
<td>25 x 150 mm</td>
</tr>
<tr>
<td>Agar, Type A</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A4550</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ammonium nitrate, NH4NO3</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millinckrodt</td>
<td>3436-12</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Potassium phosphate, KH2PO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>J.T. Baker</td>
<td>3246-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Magnesium sulfate 7-hydrate, MgSO4&bull;7H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>230391</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>D-(+)-Glucose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>G8270</td>
<td>Dextrose</td>
</tr>
<tr>
<td>Boric acid, H3BO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Mallinckrodt</td>
<td>2549-04</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Zinc sulfate 7-hydrate, ZnSO4&bull;7H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Mallinckrodt</td>
<td>8880-12</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Manganous chloride 4-hydrate, MnCl2&bull;4H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>J.T. Baker</td>
<td>2540-04</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Copper(II) sulfate 5-hydrate, CuSO4&bull;5H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>209198</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ammonium heptamolybdate 4-hydrate, (NH4)6Mo7O24&bull;4H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>431346</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Calcium chloride dihydrate, CaCl2&bull;2H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Mallinckrodt</td>
<td>4160-12</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium chloride, NaCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Mallinckrodt</td>
<td>7581-12</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ferrous sulfate 7-hydrate, FeSO4&bull;7H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Mallinckrodt</td>
<td>5056-12</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pipet-aid</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Drummond</td>
<td>4-000-110</td>
<td>Cordless 
EtOH the surface</td>
</tr>
<tr>
<td>10 ml sterile polystyrene pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Biosciences</td>
<td>357551</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gutter Guard</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermwell Products Co.</td>
<td>VX620</td>
<td>Pre-scrubbed with soap 
Hardware store</td>
</tr>
<tr>
<td>Calcium sulfate hemihydrate, CaSO4&bull;0.5H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Acros Organics</td>
<td>385355000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>#4 cork borer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Boekel</td>
<td>1601</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Parafilm "M"</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Pechiney</td>
<td>PM-996</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

agar-block microcosms for controlled plant tissue decomposition by aerobic fungi

De twee belangrijkste methoden voor het bestuderen van schimmel afbraak van lignocellulose plantenweefsels werden ontwikkeld voor het testen van de verduurzaming van hout (bodem-block; agar-blok). Het is goed geaccepteerd dat de bodem-block microkosmos een hogere decay rates, minder vochtproblemen, minder variatie tussen studies, en te hoge drempels voor conserveermiddel toxiciteit opleveren. Bodem-block testen is dus de meer gebruikte techniek en is gestandaardiseerd door American Society for Testing and Materials (ASTM) (methode D 1413-07). De grond-block ontwerp heeft nadelen, echter, met behulp van lokaal variabele bodem bronnen en bij het beperken van de controle van voedingsstoffen externe (exogene) om de rottende weefsels. Deze bezwaren naar voren zijn gekomen als een probleem bij de toepassing van deze methode om andere, steeds populairder onderzoek wil. Deze moderne doelen zijn onder meer vernederend lignocellulose voor bio-energie onderzoek, testen bioremediatie van co-gemetaboliseerd giftige stoffen, het evalueren van oxidatieve mechanismen, en het bijhouden van getransloceerd elementen langs hyfen netwerken. Bodem-blokken te weinig controle niet te lenen in deze toepassingen. Een verfijnde agar-blok aanpak noodzakelijk. Hier gebruiken we de bruine rot hout-afbrekende schimmel Serpula lacrymans om hout af te breken in de agar-block microkosmos, met behulp van diepe petrischalen met een laag-calcium agar. We testen de rol van exogene gips op verval in een time-serie, het nut en de verwachte variabiliteit te tonen. Blokken van een single board rip (lengte gesneden) zijn geconditioneerd, gewogen, geautoclaveerd, en introduceerde aseptisch bovenop kunststof mesh. Schimmel inentingen zijn op elk blok gezicht, met exogeen gips toegevoegd aan interfaces. Oogsten zijn aseptisch tot de laatste vernietigende oogst. Deze microkosmossen zijn ontworpen om te blokkeren contact te vermijden met agar of een petrischaal muren. Condensatie wordt geminimaliseerd tijdens de plaat uitstort en tijdens de incubatie. Tot slot wordt inoculum / gips / hout afstand tot een minimum beperkt, maar zonder dat contact. Deze minder technische aspecten van agar-block design zijn ook de meest voorkomende oorzaken van falen en de belangrijkste bron van variatie tussen studies. Video publicatie is dan ook nuttig in dit geval, en we zien een lage variabiliteit, resultaten van hoge kwaliteit.

Watch this Scientific Journal Video about Agar-Block Microcosms for Controlled Plant Tissue Decomposition by Aerobic Fungi at JoVE.com

Agar-Block Microcosms for Controlled Plant Tissue Decomposition by Aerobic Fungi

Deze video toont een gecontroleerde omgeving benadering van de afbraak van lignocellulose plantenweefsels studie door aërobe schimmels. De mogelijkheid om bronnen van nutriënten en vocht controle is een belangrijk voordeel van agar-block microkosmos, maar de aanpak levert vaak gemengd succes. Wij richten kritische valkuilen aan reproduceerbare, lage variabiliteit resultaten opleveren.

Agar-Block microkosmos voor de gecontroleerde Plant Tissue Ontleding door Aerobic Fungi

The two principal methods for studying fungal biodegradation of lignocellulosic plant tissues were developed for wood preservative testing (soil-block; ...

Research

JoVE Journal

Biology

Measuring Plant Cell Wall Extension (Creep) Induced by Acidic pH and by Alpha-Expansin

Measuring Plant Cell Wall Extension Creep Induced by Acidic pH and by Alpha-Expansin

Het meten van Plant Cell muur Extension (Creep) geïnduceerd door zure pH en door Alpha-Expansin

Growing plant cell walls characteristically exhibit a property known as 'acid growth', by which we mean they are more extensible at low pH (&lt; 5) 1. The ...

Virus-induced Gene Silencing (VIGS) in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-induced Gene Silencing VIGS in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-geïnduceerde gen silencing (VIGS) in Nicotiana benthamiana En Tomaat

RNA interference (RNAi) is a highly specific gene-silencing phenomenon triggered by dsRNA1. This silencing mechanism uses two major classes of RNA ...

Linking Predation Risk, Herbivore Physiological Stress and Microbial Decomposition of Plant Litter

Linking predatierisico, Herbivore fysiologische stress-en Microbiële afbraak van Plant Litter

The quantity and quality of detritus entering the soil  determines the rate of decomposition by microbial communities as well as  recycle rates of ...

Isolation of Viable Multicellular Glands from Tissue of the Carnivorous Plant, Nepenthes

Isolation of Viable Multicellular Glands from Tissue of the Carnivorous Plant, Nepenthes

Many plants possess specialized structures that are involved in the production and secretion of specific low molecular weight compounds and proteins. ...

In Vivo 4-Dimensional Tracking of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells in Adult Mouse Calvarial Bone Marrow

In Vivo 4-Dimensional Tracking of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells in Adult Mouse Calvarial Bone Marrow

In Vivo 4-dimensionale Tracking van hematopoietische stamcellen en progenitorcellen in volwassen muis calvarial Bone Marrow

Through a delicate balance between quiescence and proliferation, self renewal and production of differentiated progeny, hematopoietic stem cells (HSCs) ...

High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots

High-throughput CRISPR Vector Constructie en karakterisering van DNA Wijzigingen van Generation van Tomato Hairy Roots

Targeted DNA mutations generated by vectors with clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 technology have proven useful for ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

Hybride-Cut: een verbeterde Sectioning Methode voor Recalcitrante plantenweefsel Samples

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

Activating Autophagy by Aerobic Exercise in Mice

Het activeren van Autofagie door Aerobic Oefening in Muizen

Autophagy is a lysosomal degradation pathway essential for cell homeostasis, function and differentiation. Under stress conditions, autophagy is induced ...

Laser-Capture Microdissection RNA-Sequencing for Spatial and Temporal Tissue-Specific Gene Expression Analysis in Plants

Laser-Capture Microdissection RNA-Sequencing voor ruimtelijke en temporale weefsel-specifieke genexpressie analyse in planten

The development of a complex multicellular organism is governed by distinct cell types that have different transcriptional profiles. To identify ...

Determination of Tripartite Interaction between Two Monomers of a MADS-box Transcription Factor and a Calcium Sensor Protein by BiFC-FRET-FLIM Assay

Bepaling van de tripartiete interactie tussen twee monomeren van een MADS-box transcriptiefactor en een calciumsensoreiwit door BiFC-FRET-FLIM-assay

Protein-protein interactions are an integral part of all biological processes in the cells as they play a crucial role in regulating, maintaining, and ...