Name: agar-block microcosms for controlled plant tissue decomposition by aerobic fungi
Uploaded: 2011-02-03T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Agar-Block Microcosms for Controlled Plant Tissue Decomposition by Aerobic Fungi at JoVE.com

Detta protokoll gäller för Woody och icke vedartade substrat, som beskrivs, liksom till ugnen-eller lufttorkad material. Läs igenom protokollet först, men innan uppsättning. Det finns flera punkter som kan gälla för dina studier, och dessa punkter (understruket) kräver planering. Observera också att det finns två publicerade agar-blocket metoder som ibland används, en British Standard 838 och en annan efter en internationell forskargrupp på Wood Protection (IRG-WP) papper som lämnats av Bravery (1978). Vår...

<ol>
	<li>ASTM D1413-07. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standard+test+method+for+testing+wood+preservatives+by+laboratory+soil-block+cultures.+.">Standard test method for testing wood preservatives by laboratory soil-block cultures. .</a> Annual Book of ASTM Standards. , 185-192 (2007).</li><li>Bravery, A. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> A miniaturized wood block for the rapid evaluation of wood preservative fungicides. , (1978).</li><li>Low, G. A., Young, M. E., Martin, P., Palfreyman, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+the+relationship+between+the+dry+rot+fungus+Serpula+lacrymans+and+selected+forms+of+masonry.">Assessing the relationship between the dry rot fungus Serpula lacrymans and selected forms of masonry.</a> Int. Biodeterior. Biodegrad. 46, 141-150 (2000).</li><li>Nicolas, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Volume+I+(One/1)+-+Degradation+and+Protection+of+Wood+(Syracuse+Wood+Science+Series+#5).">Volume I (One/1) - Degradation and Protection of Wood (Syracuse Wood Science Series #5).</a> Wood Deterioration and Its Prevention by Preservative Treatments. , (1973).</li><li>Schilling, J. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+calcium-based+materials+and+iron+impurities+on+wood+degradation+by+the+brown+rot+fungus+Serpula+lacrymans.">Effects of calcium-based materials and iron impurities on wood degradation by the brown rot fungus Serpula lacrymans.</a> Holzforschung. 64, 93-99 (2010).</li></ol>

Med vår agar-block set-up (Figur 1) Serpula lacrymans växte i direkt kontakt med gips ytor och i trä block (figur 2), vilket leder till mer än 60% viktminskning i kontrollgruppen bruna ruttnade-tall block (Figur 3 ). Detta uppfyller enkelt ASTM standard målet&gt; 50% förfall, och den genomsnittliga variationskoefficienten (C V) i förfall på var 0,055 vid vecka 16. Dessa data publiceras i Schilling 7. Återigen kommer andra svampar kräver längre inkubering i agar-block än i jord-...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Petri dishes</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Nunc</td>
<td>4014</td>
<td>25 x 150 mm</td>
</tr>
<tr>
<td>Agar, Type A</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A4550</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ammonium nitrate, NH4NO3</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Millinckrodt</td>
<td>3436-12</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Potassium phosphate, KH2PO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>J.T. Baker</td>
<td>3246-01</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Magnesium sulfate 7-hydrate, MgSO4&bull;7H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>230391</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>D-(+)-Glucose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>G8270</td>
<td>Dextrose</td>
</tr>
<tr>
<td>Boric acid, H3BO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Mallinckrodt</td>
<td>2549-04</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Zinc sulfate 7-hydrate, ZnSO4&bull;7H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Mallinckrodt</td>
<td>8880-12</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Manganous chloride 4-hydrate, MnCl2&bull;4H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>J.T. Baker</td>
<td>2540-04</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Copper(II) sulfate 5-hydrate, CuSO4&bull;5H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>209198</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ammonium heptamolybdate 4-hydrate, (NH4)6Mo7O24&bull;4H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-Aldrich</td>
<td>431346</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Calcium chloride dihydrate, CaCl2&bull;2H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Mallinckrodt</td>
<td>4160-12</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium chloride, NaCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Mallinckrodt</td>
<td>7581-12</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ferrous sulfate 7-hydrate, FeSO4&bull;7H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Mallinckrodt</td>
<td>5056-12</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pipet-aid</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Drummond</td>
<td>4-000-110</td>
<td>Cordless 
EtOH the surface</td>
</tr>
<tr>
<td>10 ml sterile polystyrene pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BD Biosciences</td>
<td>357551</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gutter Guard</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermwell Products Co.</td>
<td>VX620</td>
<td>Pre-scrubbed with soap 
Hardware store</td>
</tr>
<tr>
<td>Calcium sulfate hemihydrate, CaSO4&bull;0.5H2O</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Acros Organics</td>
<td>385355000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>#4 cork borer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Boekel</td>
<td>1601</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Parafilm "M"</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Pechiney</td>
<td>PM-996</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

agar-block microcosms for controlled plant tissue decomposition by aerobic fungi

De två huvudsakliga metoder för att studera svamp biologisk nedbrytning av lignocellulosa växtvävnad utvecklades för träskyddsmedel testning (jord-block, agar-block). Det är väl accepterat att jord-block mikrokosmos ge högre dämpfaktorer färre frågor fukt, lägre variationsrikedomen bland studier, och tröskelvärdena för konserveringsmedel toxicitet. Jord-block testning är därmed mer utnyttjad teknik och har standardiserats av American Society for Testing and Materials (ASTM) (metod D 1413-1407). Jorden-block design har nackdelar, men med hjälp av lokalt varierande jord källor och begränsa kontrollen av näringsämnen yttre (exogena) till ruttnande vävnader. Dessa nackdelar har uppstått som ett problem i denna metod till andra, allt populärare forskning mål. Dessa moderna syftar bland annat förnedrande lignocellulosa för bioenergi forskning, testning bioremediering av samarbete metaboliseras gifter, utvärdera oxidativa mekanismer och spårning flyttad element längs hyfernas nätverk. Jord-block lånar inte tillräcklig kontroll i dessa applikationer. En förfinad agar-blocket strategi är nödvändig. Här använder vi brunröta trä-nedbrytande svampar Serpula lacrymans att förnedra trä i agar-blocket mikrokosmos, med djupa petriskålar med låg kalcium agar. Vi testar roll exogena gips på förfall i en tid-serien, för att visa nyttan och förväntad variabilitet. Kvarter från en enda styrelse rip (längsgående snitt) är betingad, vägde, autoklaveras och introducerade aseptiskt ovanpå plasten mesh. Svamp vaccinationer är i varje block ansikte, med exogen gips läggas till gränssnitt. Skördarna aseptiska fram till sista destruktiva skörd. Dessa mikrokosmos är utformade för att undvika att blockera kontakt med agar eller Petri väggar maträtt. Kondens minimeras under plattan häller och under inkubationstiden. Slutligen är inokulat / gips / trä avstånd minimeras, men utan att kontakt. Dessa mindre tekniska aspekter av agar-block design är också de vanligaste orsakerna till misslyckandet och viktig källa till variationsrikedomen bland studier. Video Publiceringen är därför användbar i detta fall, och vi visar låg variabilitet, högkvalitativa resultat.

Watch this Scientific Journal Video about Agar-Block Microcosms for Controlled Plant Tissue Decomposition by Aerobic Fungi at JoVE.com

Agar-Block Microcosms for Controlled Plant Tissue Decomposition by Aerobic Fungi

Denna video visar en kontrollerad miljö tillvägagångssätt för att studera nedbrytning av lignocellulosa plantvävnader genom aeroba svampar. Förmågan att kontrollera näringskällor och fukt är en viktig fördel med agar-block mikrokosmos, men metoden ger ofta blandad framgång. Vi vänder kritiska fallgropar att ge reproducerbara, låg variabilitet resultat.

Agar-Block mikrokosmos för kontrollerad växtvävnad Nedbrytning av Aerobic Svampar

The two principal methods for studying fungal biodegradation of lignocellulosic plant tissues were developed for wood preservative testing (soil-block; ...

Research

JoVE Journal

Biology

Measuring Plant Cell Wall Extension (Creep) Induced by Acidic pH and by Alpha-Expansin

Measuring Plant Cell Wall Extension Creep Induced by Acidic pH and by Alpha-Expansin

Mätning Plant Cell Wall Extension (Creep) induceras av surt pH-värde och Alpha-Expansin

Growing plant cell walls characteristically exhibit a property known as 'acid growth', by which we mean they are more extensible at low pH (&lt; 5) 1. The ...

Virus-induced Gene Silencing (VIGS) in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-induced Gene Silencing VIGS in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-inducerad geners uttryck (VIGS) i Nicotiana benthamiana Och Tomat

RNA interference (RNAi) is a highly specific gene-silencing phenomenon triggered by dsRNA1. This silencing mechanism uses two major classes of RNA ...

Linking Predation Risk, Herbivore Physiological Stress and Microbial Decomposition of Plant Litter

Länka Predation Risk, växtätare fysiologisk stress och mikrobiell nedbrytning av växt kullen

The quantity and quality of detritus entering the soil  determines the rate of decomposition by microbial communities as well as  recycle rates of ...

Isolation of Viable Multicellular Glands from Tissue of the Carnivorous Plant, Nepenthes

Isolation of Viable Multicellular Glands from Tissue of the Carnivorous Plant, Nepenthes

Isolering av livskraftig flercelliga körtlar från Tissue av köttätande växt, Nepenthes</i

Many plants possess specialized structures that are involved in the production and secretion of specific low molecular weight compounds and proteins. ...

In Vivo 4-Dimensional Tracking of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells in Adult Mouse Calvarial Bone Marrow

In Vivo 4-Dimensional Tracking of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells in Adult Mouse Calvarial Bone Marrow

In Vivo 4-Dimensional Spårning av Hematopoietic Stem och stamceller i vuxen mus calvarial Benmärg

Through a delicate balance between quiescence and proliferation, self renewal and production of differentiated progeny, hematopoietic stem cells (HSCs) ...

High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots

Hög genomströmning crispr Vektorkonstruktion och karakterisering av DNA Ändringar av Generation tomat håriga Roots

Targeted DNA mutations generated by vectors with clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 technology have proven useful for ...

Hybrid-Cut: An Improved Sectioning Method for Recalcitrant Plant Tissue Samples

Hybrid-Cut: En förbättrad Sektione metod för Motsträviga växtvävnadsprover

Maintaining plant section integrity is essential for studying detailed anatomical structures at the cellular, tissue, or even organ level. However, some ...

Activating Autophagy by Aerobic Exercise in Mice

Aktivera Autophagy av aerob träning hos möss

Autophagy is a lysosomal degradation pathway essential for cell homeostasis, function and differentiation. Under stress conditions, autophagy is induced ...

Laser-Capture Microdissection RNA-Sequencing for Spatial and Temporal Tissue-Specific Gene Expression Analysis in Plants

Laser-Capture Microdissection RNA-sekvensering för rumsliga och temporala vävnadsspecifika genuttryck analys i växter

The development of a complex multicellular organism is governed by distinct cell types that have different transcriptional profiles. To identify ...

Determination of Tripartite Interaction between Two Monomers of a MADS-box Transcription Factor and a Calcium Sensor Protein by BiFC-FRET-FLIM Assay

Bestämning av trepartsinteraktion mellan två monomerer av en MADS-box transkriptionsfaktor och ett kalciumsensorprotein av BiFC-FRET-FLIM-analys

Protein-protein interactions are an integral part of all biological processes in the cells as they play a crucial role in regulating, maintaining, and ...