Name: protein crystallization for x-ray crystallography
Uploaded: 2011-01-16T16:03:00
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यह काम एक Burroughs Wellcome अन्वेषक YM पुरस्कार और एक ब्राउन Coxe येल विश्वविद्यालय से Postdoctoral एमडी फैलोशिप द्वारा समर्थित किया गया.

सामग्री: <ul><li> प्रोटीन नमूना - Lysozyme (50 मिलीग्राम / एमएल) </li><li> 24 अच्छी तरह से ड्रॉप ट्रे फांसी </li><li> 24 अच्छी तरह से ट्रे ड्रॉप बैठे </li><li> Microbatch crystallization 96 अच्छी तरह से ट्रे </li><li> Crystallization समाधान (या तो उपलब्ध वाणिज्यिक या घर बना...

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	<li>Bergfors, T. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Protein crystallization : techniques, strategies, and tips : a laboratory manual. , (1999).</li><li>Carter, C. W., Carter, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein+crystallization+using+incomplete+factorial+experiments.">Protein crystallization using incomplete factorial experiments.</a> J Biol Chem. 254, 12219-12223 (1979).</li><li>Cudney, R., Patel, S., Weisgraber, K., Newhouse, Y., McPherson, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Screening+and+optimization+strategies+for+macromolecular+crystal+growth.">Screening and optimization strategies for macromolecular crystal growth.</a> Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 50, 414-423 (1994).</li><li>Dessau, M., Chamovitz, D. A., Hirsch, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression,+purification+and+crystallization+of+a+PCI+domain+from+the+COP9+signalosome+subunit+7+(CSN7).">Expression, purification and crystallization of a PCI domain from the COP9 signalosome subunit 7 (CSN7).</a> Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 62, 1138-1140 (2006).</li><li>Gilliland, G. L., Tung, M., Blakeslee, D. M., Ladner, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biological+Macromolecule+Crystallization+Database,+Version+3.0:+new+features,+data+and+the+NASA+archive+for+protein+crystal+growth+data.">Biological Macromolecule Crystallization Database, Version 3.0: new features, data and the NASA archive for protein crystal growth data.</a> Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 50, 408-413 (1994).</li><li>Jancarik, J., Kim, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sparse+matrix+sampling:+a+screening+method+for+crystallization+of+proteins.">Sparse matrix sampling: a screening method for crystallization of proteins.</a> J Appl Cryst. 23, 409-411 (1991).</li><li>Jancarik, J., Scott, W. G., Milligan, D. L., Koshland, D. E., Kim, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crystallization+and+preliminary+X-ray+diffraction+study+of+the+ligand-binding+domain+of+the+bacterial+chemotaxis-mediating+aspartate+receptor+of+Salmonella+typhimurium.">Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of the ligand-binding domain of the bacterial chemotaxis-mediating aspartate receptor of Salmonella typhimurium.</a> J Mol Biol. 221, 31-34 (1991).</li><li>Kimber, M. S., Vallee, F., Houston, S., Necakov, A., Skarina, T., Evdokimova, E., Beasley, S., Christendat, D., Savchenko, A., Arrowsmith, C. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Data+mining+crystallization+databases:+knowledge-based+approaches+to+optimize+protein+crystal+screens.">Data mining crystallization databases: knowledge-based approaches to optimize protein crystal screens.</a> Proteins. 51, 562-568 (2003).</li><li>Lorber, B., Sauter, C., Theobald-Dietrich, A., Moreno, A., Schellenberger, P., Robert, M. C., Capelle, B., Sanglier, S., Potier, N., Giege, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Crystal+growth+of+proteins,+nucleic+acids,+and+viruses+in+gels.">Crystal growth of proteins, nucleic acids, and viruses in gels.</a> Prog Biophys Mol Biol. 101, 13-25 (2009).</li><li>McPherson, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Crystallization of biological macromolecules. , (1999).</li><li>McPherson, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Introduction+to+protein+crystallization.">Introduction to protein crystallization.</a> Methods. 34, 254-265 (2004).</li><li>Page, R., Grzechnik, S. K., Canaves, J. M., Spraggon, G., Kreusch, A., Kuhn, P., Stevens, R. C., Lesley, S. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shotgun+crystallization+strategy+for+structural+genomics:+an+optimized+two-tiered+crystallization+screen+against+the+Thermotoga+maritima+proteome.">Shotgun crystallization strategy for structural genomics: an optimized two-tiered crystallization screen against the Thermotoga maritima proteome.</a> Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 59, 1028-1037 (2003).</li></ol>

हम इस लेख में वर्णन है और प्रोटीन crystallization के लिए सामान्य वर्तमान प्रोटोकॉल का प्रदर्शन. यह एक बहु कदम प्रक्रिया के बाद से वहाँ कुछ विचार कर रहे हैं एक की जरूरत के बारे में पता हो. जब बहुत छोटी मात्रा (0.5-2 μL), वा...

<table border="1">
		<tbody>
<tr>
<td>New Item</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>Lysozyme</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma-aldrich</td>
<td>L6876-1G</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>24 well VDX Plate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hampton research</td>
<td>HR3-142</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>24 well Cryschem Plate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hampton research</td>
<td>HR3-158</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>Dow Corning Vacuum Grease</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hampton research</td>
<td>HR3-510</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>Siliconized glass circle coverslides</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hampton research</td>
<td>HR3-231</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>100% paraffin oil</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hampton research</td>
<td>HR3-411</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>1.88 inch wide Crystal Clear Sealing Tape</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hampton research</td>
<td>HR3-511</td>
<td>&nbsp;</td>
</tr>
<tr>
<td>96 Well Imp@ct Plate (Microbatch plate)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Hampton research</td>
<td>HR3-098</td>
<td>&nbsp;</td>	</tr>	</tbody>
		</table>

protein crystallization for x-ray crystallography

जैविक अणुओं की तीन आयामी संरचना का उपयोग करने के लिए अनुमान है कि वे कैसे समारोह के आधुनिक जीव विज्ञान की सबसे महत्वपूर्ण क्षेत्रों में से एक है. परमाणु संकल्प संरचनाओं की उपलब्धता प्रोटीन समारोह के एक गहरी और अद्वितीय समझ प्रदान करता है, और जीवित कोशिका की अंदरूनी कामकाज को जानने में मदद करता है. तिथि करने के लिए, प्रोटीन डाटा बैंक (rcsb PDB) प्रविष्टियों के 86% macromolecular संरचनाओं कि एक्स - रे क्रि का उपयोग निर्धारित किया गया है. Crystallographic अध्ययन के लिए उपयुक्त क्रिस्टल प्राप्त करने के लिए, macromolecule (जैसे प्रोटीन, न्यूक्लिक एसिड, प्रोटीन, प्रोटीन जटिल या प्रोटीन न्यूक्लिक एसिड परिसर) एकरूपता शुद्ध होना चाहिए, या के रूप में एकरूपता के लिए करीब संभव है. तैयारी की एकरूपता क्रिस्टल है कि उच्च संकल्प के लिए टुकड़े (; McPherson, 1999, Bergfors, 1999) को प्राप्त करने में एक महत्वपूर्ण कारक है. Crystallization supersaturation के लिए macromolecule लाने की आवश्यकता है. नमूना इसलिए एकत्रीकरण या macromolecule (आमतौर पर 2-50 मिलीग्राम / एमएल) की तेज़ी के कारण के बिना उच्चतम संभव एकाग्रता के लिए ध्यान केंद्रित किया जाना चाहिए. Precipitating एजेंट नमूना परिचय समाधान है, जो बड़े तीन आयामी समाधान से बढ़ क्रिस्टल में परिणाम कर सकते हैं में प्रोटीन क्रिस्टल की nucleation को बढ़ावा कर सकते हैं. वाष्प प्रसार और बैच crystallization: वहाँ दो मुख्य तकनीकों क्रिस्टल प्राप्त कर रहे हैं. वाष्प प्रसार, एक तेज़ और प्रोटीन समाधान के एक मिश्रण युक्त ड्रॉप में शुद्ध तेज़ के साथ एक कक्ष में बंद है. जल वाष्प तो बूंद के बाहर diffuses जब तक ड्रॉप और तेज़ की osmolarity बराबर (चित्रा 1 ए) कर रहे हैं. ड्रॉप की निर्जलीकरण दोनों प्रोटीन और तेज़ की एक धीमी गति से एकाग्रता का कारण बनता है जब तक संतुलन हासिल की है चरण आरेख के क्रिस्टल nucleation के क्षेत्र में आदर्श,. बैच विधि सीधे nucleation क्षेत्र में तेज़ (चित्रा 1B) की उचित राशि के साथ मिश्रण का प्रोटीन से प्रोटीन लाने पर निर्भर करता है है. आमतौर पर इस विधि / आयल खनिज तेल मिश्रण करने के लिए ड्रॉप से ​​बाहर पानी के प्रसार को रोकने के तहत किया जाता है. यहाँ हम वाष्प प्रसार के लिए प्रयोगात्मक स्थापना के दो प्रकार का प्रदर्शन, ड्रॉप और ड्रॉप बैठे बैच crystallization के तहत तेल के अलावा, फांसी जाएगा.

Crystallization is usually referred to as the bottleneck of X-ray crystallography. A sparse matrix incomplete factorial screen of precipitating conditions typically produces many different types of protein aggregation and precipitation, among them large single crystals. If the protein or precipitant concentrations are too high one can see brown matter with no distinct shape and size (amorphous precipitation). When the solution is undersaturated, the drop will often be completely clear and devoid of any kind of precipitat...

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Protein Crystallization for X-ray Crystallography

एक अणु के 3-D संरचना कैसे अणु कार्यों का एक अनूठा समझ प्रदान करता है. पास परमाणु संकल्प संरचना निर्धारण के लिए प्रमुख विधि एक्स - रे क्रि है. यहाँ, हम किसी भी macromolecule के तीन आयामी क्रिस्टल है कि एक्स - रे क्रि द्वारा संरचना निर्धारण के लिए उपयुक्त हैं प्राप्त करने के लिए मौजूदा तरीकों को प्रदर्शित करता है.

एक्स - रे क्रि के लिए प्रोटीन Crystallization

Using the three-dimensional structure of biological macromolecules to infer how they function is one of the most important fields of modern biology. The ...

Research

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Biology

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Three-dimensional printing allows for the production of highly detailed objects through a process known as additive manufacturing.  Traditional, ...

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