Name: determination of dna methylation of imprinted genes in arabidopsis endosperm
Uploaded: 2011-01-28T18:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm at JoVE.com

الكتاب أشكر السيدة جنيفر M. وميل وتارا Rognan N. لصيانة النباتات Arabidopsis. وأيد هذا العمل من جانب صناديق المبتدئة من جامعة سانت لويس والمعاهد الوطنية للصحة منح 1R15GM086846 - 01 - 01S1 و3R15GM086846 إلى شياو دبليو.

أولا معبر الوراثية 1. يضعف الأصل الإناث من أجل التمييز بين الأم والأب الأليلات باستخدام الحمض النووي تسلسل تعدد الأشكال ، وهما ecotypes مختلفة ، وسيتم اختيار مثل كولومبيا - 0 (العقيد - 0) ، ولير ، والآب?...

<ol>
	<li>Clark, S. J., Harrison, J., Paul, C. L., Frommer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+sensitivity+mapping+of+methylated+cytosines.">High sensitivity mapping of methylated cytosines.</a> Nucleic Acids Res. 22, 2990-2997 (1994).</li><li>Cokus, S. J., Feng, S., Zhang, X., Chen, Z., Merriman, B., Haudenschild, C. D., Sriharsa Pradhan, S., Nelson, S. F., Pellegrini, M., Jacobsen, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shotgun+bisulphite+sequencing+of+the+Arabidopsis+genome+reveals+DNA+methylation+patterning.">Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning.</a> Nature. 452, 215-219 (2008).</li><li>Frommer, M., McDonald, L. E., Millar, D. S., Collis, C. M., Watt, F., Grigg, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genomic+sequencing+protocol+that+yields+a+positive+display+of+5-methylcytosine+residues+in+individual+DNA+strands.">A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residues in individual DNA strands.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 89, 1827-1831 (1992).</li><li>Gehring, M., Huh, J. H., Hsieh, T. F., Penterman, J., Choi, Y., Harada, J. J., Goldberg, R. B., Fischer, R. L. D. E. M. E. T. E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+glycosylase+establishes+MEDEA+polycomb+gene+self-imprinting+by+allele-specific+demethylation.">DNA glycosylase establishes MEDEA polycomb gene self-imprinting by allele-specific demethylation.</a> Cell. 124, 495-506 (2006).</li><li>Henderson, I. R., Chan, S. R., Cao, X., Johnson, L., Jacobsen, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+sodium+bisulfite+sequencing+in+plants.">Accurate sodium bisulfite sequencing in plants.</a> Epigenetics. 5, 47-49 (2010).</li><li>Hsieh, T. F., Ibarra, C. A., Silva, P., Zemach, A., Eshed-Williams, L., Fischer, R. L., Zilberman, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+demethylation+of+Arabidopsis+endosperm.">Genome-wide demethylation of Arabidopsis endosperm.</a> Science. 324, 1451-1454 (2009).</li><li>Jacobsen, S. E., Sakai, H., Finnegan, E. J., Cao, X., Meyerowitz, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ectopic+hypermethylation+of+flower-specific+genes+in+Arabidopsis.">Ectopic hypermethylation of flower-specific genes in Arabidopsis.</a> Curr. Biol. 10, 179-186 (2000).</li><li>Kinoshita, T., Miura, A., Choi, Y., Kinoshita, Y., Cao, X., Jacobsen, S. E., Fischer, R. L., Kakutani, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One-way+control+of+FWA+imprinting+in+Arabidopsis+endosperm+by+DNA+methylation.">One-way control of FWA imprinting in Arabidopsis endosperm by DNA methylation.</a> Science. 303, 521-523 (2004).</li><li>Lister, R., O'Malley, R. C., Tonti-Filippini, J., Gregory, B. D., Berry, C. C., Millar, A. H., Ecker, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+integrated+single-base+resolution+maps+of+the+epigenome+in+Arabidopsis.">Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis.</a> Cell. 133, 523-536 (2008).</li><li>Lister, R., Pelizzola, M., Dowen, R. H., Hawkins, R. D., Hon, G., Tonti-Filippini, J., Nery, J. R., Lee, L., Ye, Z., Ngo, Q. -. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+DNA+methylomes+at+base+resolution+show+widespread+epigenomic+differences.">Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences.</a> Nature. 462, 315-322 (2009).</li><li>Paulin, R., Grigg, G. W., Davey, M. W., Piper, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Urea+improves+efficiency+of+bisulfite-mediated+sequencing+of+5'-+methylcytosine+in+genomic+DNA.">Urea improves efficiency of bisulfite-mediated sequencing of 5'- methylcytosine in genomic DNA.</a> Nucl. Acids Res. 26, 5009-5010 (1998).</li><li>Rogers, S. O., &amp;amp, B. e. n. d. i. c. h., J, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+DNA+from+plant+tissues.">Extraction of DNA from plant tissues.</a> Plant Molecular Biology Manual. A6, 1-10 (1988).</li><li>Smyth, D. R., Bowman, J. L., Elliot, M., Meyerowitz, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+Flower+Development+in+Arab&#237;dopsis.">Early Flower Development in Arab&#237;dopsis.</a> Plant Cell. 2, 755-767 (1990).</li><li>Xiao, W., Gehring, M., Choi, Y., Margossian, L., Pu, H., Harada, J. J., Goldberg, R. B., Pennell, R. I., Fischer, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imprinting+of+the+MEA+Polycomb+gene+is+controlled+by+antagonism+between+MET1+methyltransferase+and+DME+glycosylase.">Imprinting of the MEA Polycomb gene is controlled by antagonism between MET1 methyltransferase and DME glycosylase.</a> Dev. Cell. 5, 891-901 (2003).</li></ol>

فمن السهل نسبيا لفصل جنين من السويداء ، ومعطف البذور ، لكنها مملة لفصل السويداء من معطف البذور ، وخاصة بالنسبة للبذور في مرحلة مبكرة أو منتصف الطوربيد ، من مرحلة التطور الجنيني. منذ معطف البذور يساهم سوى كمية صغيرة جدا من الأنسجة ، وبالنسبة لبعض الجينات ، مثل الشرق ...

لوازم <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تشريح مجهر </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مقص </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الملقط تلميح غرامة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> العلامة الحلي </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مصنع ستيكس </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> السلسلة أو تويست ، ربطات عنق </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 4 &quot;X 2&quot; X 8 أكياس البولي ايثيلين &quot; </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 3 &quot;X 1&quot; X الشرائح مجهر 1.0 ملم </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> النتروجين السائل </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حاويات النتروجين السائل </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الحرارة بلوك </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> PCR أنابيب </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Thermocycler </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Microcentrifuge أنابيب </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Microcentrifuge </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> هلام إستشراد مرفق </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Arabidopsis thaliana كولومبيا - 0 النباتات </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Arabidopsis thaliana ندسبرغ النباتات عمودي </li></ul> الكواشف <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 70 ٪ إيثانول </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 95 ٪ إيثانول </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الإيثانول بنسبة 100 ٪ </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 0.3 م و 5 ملي سوربيتول MES - 5.7 درجة الحموضة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Cetyltrimethyl بروميد الأمونيوم (CTAB) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الإيثانول بنسبة 100 ٪ </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Cholorform </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تقييد الانزيمات </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 3 M هيدروكسيد الصوديوم </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> هيدروكسيد الصوديوم 6.3 M </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 6.24 M اليوريا / 4 بيسلفيت الصوديوم M </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مقطر معقم H 2 O </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 10 ملي هيدروكينون </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الحمض النووي المعالج تنظيف النظام (Promega) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 10 M NH 4 OAC </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 20 ميكروغرام / ميكرولتر الحمض الريبي النووي النقال </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> TE العازلة </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وTOPO TA الاستنساخ كيت (Invitrogen) </li></ul>

determination of dna methylation of imprinted genes in arabidopsis endosperm

thaliana Arabidopsis هو كائن نموذجا ممتازا لدراسة آليات جينية. أحد الأسباب هو متحولة خالية من خسارة وظيفة من methyltransferases الحمض النووي قابلة للحياة ، وبالتالي توفير نظام لدراسة كيفية فقدان الحامض النووي في الجينوم يؤثر على النمو والتنمية. يطبع التعبير يشير إلى الفرق الأليلات الأم والأب ، ويلعب دورا هاما في عملية التنمية في كل من استنساخ الثدييات والنباتات. الحامض النووي هو أمر حاسم لتحديد ما إذا كان يتم التعبير عن الأب أو الأم الأليلات لجينة مطبوع أو إسكاته. في النباتات المزهرة ، وهناك حدث الإخصاب مزدوجة في الاستنساخ : خلية واحدة يخصب الحيوان المنوي البويضة لتشكيل خلية الجنين والصمامات الحيوانات المنوية الثاني مع الخلية المركزية تثير السويداء. السويداء هو الأنسجة حيث يطبع يحدث في النباتات. MEDEA ، مجموعة مجموعة الجينات Polycomb المجال ، وFWA ، وهو عامل النسخ تنظيم المزهرة ، هم أول اثنين من الجينات أظهرت أن تكون مطبوعة في السويداء والتعبير عنها هي التي تسيطر عليها الحامض النووي ونزع الميثيل في النباتات. من أجل تحديد الوضع يطبع من الجينات ونمط مثيلة في السويداء ، ونحن بحاجة إلى أن تكون قادرة على عزل السويداء الأول. منذ البذور صغيرة في Arabidopsis ، فإنه لا يزال تحديا لعزل السويداء Arabidopsis ودراسة مثيلة لها. في هذا البروتوكول الفيديو ، فإننا تقرير كيفية إجراء عبر الجينية ، لعزل نسيج السويداء من البذور ، وتحديد حالة مثيلة بواسطة التسلسل بيسلفيت.

Watch this Scientific Journal Video about Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm at JoVE.com

Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

يطبع ظاهرة التكاثر في النباتات والثدييات. الحامض النووي يلعب دورا مهما في آليات يطبع. عزل وتحديد مركز السويداء مثيلة من الجينات في مطبوع<em&gt; Arabidopsis</em&gt; يمكن أن يكون صعبا. في هذا البروتوكول ، ونحن تصف كيفية عزل السويداء وتحديد التسلسل مثلأيشن بواسطة بيسلفيت.

تقرير من الحامض النووي من الجينات في مطبوع Arabidopsis السويداء

Arabidopsis thaliana is an excellent model organism for studying epigenetic mechanisms. One of the reasons is the loss-of-function null mutant of DNA ...

Research

JoVE Journal

Biology

Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

DNA Methylation: Bisulphite Modification and Analysis

الحامض النووي : Bisulphite تعديل وتحليل

Epigenetics describes the heritable changes in gene function that occur independently to the DNA sequence. The molecular basis of epigenetic gene ...

Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay

Chromosomics: الكشف عن التغيرات العددية والهيكلية في جميع الكروموسومات 24 الإنسان وقت واحد باستخدام رواية الفحص FISH OctoChrome

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique that allows specific DNA sequences to be detected on metaphase or interphase chromosomes in cell ...

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

معطفا البذور الفراش الفحص لاستكشاف وراثيا<em&gt; في المختبر</em&gt; كيف إنبات البذور في الضوابط السويداء<em&gt; نبات الأرابيدوبسيس thaliana</em

The Arabidopsis endosperm consists of a single cell layer surrounding the mature embryo and playing an essential role to prevent the germination of ...

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

التصوير في الوقت الحقيقي من واحدة المهندسة رنا النصوص في الخلايا الحية عن طريق Ratiometric ثنائي الجزيء منارات

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

في المختبر مثلأيشن الفحص لدراسة البروتين أرجينين مثلأيشن

Protein arginine methylation is one of the most abundant post-translational modifications in the nucleus. Protein arginine methylation can be identified ...

Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing for Assessment of DNA Methylation at Base Pair Resolution

المحسن انخفاض التمثيل بيسلفيت تسلسل لتقييم الحامض النووي في قرار قاعدة زوج

DNA methylation pattern mapping is heavily studied in normal and diseased tissues. A variety of methods have been established to interrogate the cytosine ...

Correlating Gene-specific DNA Methylation Changes with Expression and Transcriptional Activity of Astrocytic KCNJ10 (Kir4.1)

Correlating Gene-specific DNA Methylation Changes with Expression and Transcriptional Activity of Astrocytic KCNJ10 Kir4.1

ربط الجينات المحددة الحامض النووي التغييرات مع التعبير والترانسكربتي آخر من نجمي<em&gt; KCNJ10</em&gt; (Kir4.1)

DNA methylation serves to regulate gene expression through the covalent attachment of a methyl group onto the C5 position of a cytosine in a ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

استهدفت DNA تحليل مثلأيشن من قبل الجيل المقبل من التسلسل

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

مناعي لونين الفحص لتحديد نبات الأرابيدوبسيس التفاعلات-DNA البروتين<em&gt; في فيفو</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

قرار الكمي عال من بلوري السليلوز تراكم في<em&gt; نبات الأرابيدوبسيس</em&gt; جذور لرصد الأنسجة محددة جدار الخلية تعديلات

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix ...