Name: determination of dna methylation of imprinted genes in arabidopsis endosperm
Uploaded: 2011-01-28T18:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm at JoVE.com

Die Autoren danken Frau Jennifer M. Lommel und Tara N. Rognan für die Wartung von Arabidopsis-Pflanzen. Diese Arbeit wurde durch eine Anschubfinanzierung von Saint Louis University und National Institutes of Health gewährt 1R15GM086846-01 und 3R15GM086846-01S1 zu W. Xiao unterstützt.

I. Genetische Crossing 1. Eine Schwächung des weiblichen Elternteils Um die mütterlichen und väterlichen Allele durch DNA-Sequenz-Polymorphismus, zwei verschiedene Ökotypen, zB Columbia-0 (Col-0) und Ler, wird als weiblich und männlich Eltern gewählt werden, zu unterscheiden. Die Pflanzen sollten jung und gesund. Man kann das weibliche Elternteil mit einem Binokular entmannen, Vergrößerungsspiegel Visier, oder mit bloßem Auge. Suchen Bühne-12 Blumen (Smyth <...

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	<li>Clark, S. J., Harrison, J., Paul, C. L., Frommer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+sensitivity+mapping+of+methylated+cytosines.">High sensitivity mapping of methylated cytosines.</a> Nucleic Acids Res. 22, 2990-2997 (1994).</li><li>Cokus, S. J., Feng, S., Zhang, X., Chen, Z., Merriman, B., Haudenschild, C. D., Sriharsa Pradhan, S., Nelson, S. F., Pellegrini, M., Jacobsen, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shotgun+bisulphite+sequencing+of+the+Arabidopsis+genome+reveals+DNA+methylation+patterning.">Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning.</a> Nature. 452, 215-219 (2008).</li><li>Frommer, M., McDonald, L. E., Millar, D. S., Collis, C. M., Watt, F., Grigg, G. 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M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+Flower+Development+in+Arab&#237;dopsis.">Early Flower Development in Arab&#237;dopsis.</a> Plant Cell. 2, 755-767 (1990).</li><li>Xiao, W., Gehring, M., Choi, Y., Margossian, L., Pu, H., Harada, J. J., Goldberg, R. B., Pennell, R. I., Fischer, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imprinting+of+the+MEA+Polycomb+gene+is+controlled+by+antagonism+between+MET1+methyltransferase+and+DME+glycosylase.">Imprinting of the MEA Polycomb gene is controlled by antagonism between MET1 methyltransferase and DME glycosylase.</a> Dev. Cell. 5, 891-901 (2003).</li></ol>

Es ist relativ leicht zu Embryo aus Endosperm und Samenschale getrennt, aber es ist mühsam, Endosperm von Samenschale trennen, vor allem für Saatgut auf Anfang oder Mitte-Torpedo Stadium der Embryogenese. Da Samenschale trägt nur eine sehr kleine Menge an Gewebe, für einige Gene, z. B., MEA und FWA, haben wir nicht zu Endosperm von Samenschale zu trennen. Das heißt, wir können RNAs aus einer Mischung von Endosperm und Samenschale Gewebe zu isolieren, zu überprüfen Ausdruck des mütterlichen und...

Vorräte <ul><li> Präpariermikroskop </li><li> Schere </li><li> Feine Spitze Pinzette </li><li> Schmuck Tag </li><li> Werk Stakes </li><li> String oder Twist-Ties </li><li> 4 &quot;X 2&quot; X 8 &quot;Polyethylen-Beutel </li><li> 3 &quot;X 1&quot; x 1,0 mm Mikropräparate </li><li> Flüssiger Stickstoff </li><li> Flüssigstickstoffbehältern </li><li> Heizblock </li><li> PCR Tubes </li><li> Thermocycler </li><li> Mikrozentrifugenröhrchen </li><li> Microcentrifuge </li><li> Gel-Elektrophorese-Anlage </li><li> Arabidopsis thaliana Columbia-0 Pflanzen </li><li> Arabidopsis thaliana Landsberg erecta Pflanzen </li></ul> Reagenzien <ul><li> 70% Ethanol </li><li> 95% Ethanol </li><li> 100% Ethanol </li><li> 0,3 M Sorbitol und 5 mM MES-pH 5,7 </li><li> Cetyltrimethylammoniumbromid (CTAB) </li><li> 100% Ethanol </li><li> Cholorform </li><li> Restriktionsenzyme </li><li> 3 M NaOH </li><li> 6.3 M NaOH </li><li> 6,24 m Urea / 4 M Natriumbisulfit </li><li> Sterilem destilliertem H 2 O </li><li> 10 mM Hydrochinon </li><li> Wizard DNA Clean-Up System (Promega) </li><li> 10 M NH 4 OAc </li><li> 20 ug / ul tRNA </li><li> TE-Puffer </li><li> Die TOPO TA Cloning Kit (Invitrogen) </li></ul>

determination of dna methylation of imprinted genes in arabidopsis endosperm

Arabidopsis thaliana ist ein hervorragendes Modell-Organismus für die Untersuchung epigenetischen Mechanismen. Einer der Gründe ist der Verlust-of-function Nullmutante von DNA-Methyltransferasen lebensfähig ist, so dass ein System zu untersuchen, wie Verlust von DNA-Methylierung in einem Genom beeinflusst Wachstum und Entwicklung. Imprinting bezeichnet differentielle Expression von mütterlichen und väterlichen Allelen und spielt eine wichtige Rolle bei der Fortpflanzung Entwicklung in beiden Säugetier-und Pflanzenarten. DNA-Methylierung ist entscheidend dafür, ob die mütterliche oder väterliche Allele eines aufgedruckten Gen exprimiert wird oder zum Schweigen gebracht. In Blütenpflanzen gibt es eine doppelte Befruchtung bei der Reproduktion: eine Samenzelle befruchtet die Eizelle zum Embryo und einem zweiten Spermien Sicherungen mit der zentralen Zelle zu steigen, um Endosperm Form geben. Endosperm ist das Gewebe, in dem Imprinting tritt in Pflanzen. MEDEA, ein SET-Domäne Polycomb Gruppe Gen und FWA, ein Transkriptionsfaktor Regulierung der Blüte sind die ersten beiden Gene gezeigt, dass in Endosperm und ihren Ausdruck geprägt wird durch DNA-Methylierung und Demethylierung in kontrollierten Pflanzen. Um Imprinting-Status eines Gens und Methylierungsmuster in Endosperm zu bestimmen, müssen wir in der Lage sein Endosperm zunächst zu isolieren. Da Samen ist winzig in Arabidopsis, bleibt es schwierig, Arabidopsis Endosperm isolieren und untersuchen ihre Methylierung. In diesem Video-Protokoll, berichten wir, wie man eine genetische Kreuz zu führen, um Endospermgewebe aus Samen zu isolieren und den Methylierungsstatus von Bisulfit-Sequenzierung zu ermitteln.

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Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

Imprinting ist ein Phänomen in Pflanzen-und Säugetier Reproduktion. DNA-Methylierung spielt eine wichtige Rolle in Mechanismen der Prägung. Isolating Endosperm und Bestimmung Methylierungsstatus von geprägten Genen in<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Kann schwierig sein. In diesem Protokoll, beschreiben wir, wie Endosperm isolieren und zu bestimmen Methylierung durch Bisulfit-Sequenzierung.

Bestimmung der DNA-Methylierung von geprägten Genen in Arabidopsis Endosperm

Arabidopsis thaliana is an excellent model organism for studying epigenetic mechanisms. One of the reasons is the loss-of-function null mutant of DNA ...

Research

JoVE Journal

Biology

Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

DNA Methylation: Bisulphite Modification and Analysis

DNA-Methylierung: Bisulfit Modifikation und Analyse

Epigenetics describes the heritable changes in gene function that occur independently to the DNA sequence. The molecular basis of epigenetic gene ...

Forschung

Biologie

Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay

Chromosomics: Erkennung von numerischen und strukturellen Veränderungen in alle 24 menschlichen Chromosomen gleichzeitig unter Verwendung eines neuartigen OctoChrome FISH-Test

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique that allows specific DNA sequences to be detected on metaphase or interphase chromosomes in cell ...

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

Ein Mantel Bettwäsche Seed-Test zur Genetisch erkunden<em&gt; In-vitro-</em&gt; Wie das Endosperm Kontrollen Keimung der Samen in<em&gt; Arabidopsis thaliana</em

The Arabidopsis endosperm consists of a single cell layer surrounding the mature embryo and playing an essential role to prevent the germination of ...

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

Echtzeit-Bildgebung von Einzel Engineered RNA-Transkripte in lebenden Zellen Mit Ratiometrische Bimolekulare Beacons

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

In-vitro-Test zur Methylierung Protein-Arginin-Methylierung Studieren

Protein arginine methylation is one of the most abundant post-translational modifications in the nucleus. Protein arginine methylation can be identified ...

Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing for Assessment of DNA Methylation at Base Pair Resolution

Verbesserte Reduzierte Darstellung Bisulfit-Sequenzierung für die Bewertung der DNA-Methylierung bei Basenpaar Auflösung

DNA methylation pattern mapping is heavily studied in normal and diseased tissues. A variety of methods have been established to interrogate the cytosine ...

Correlating Gene-specific DNA Methylation Changes with Expression and Transcriptional Activity of Astrocytic KCNJ10 (Kir4.1)

Correlating Gene-specific DNA Methylation Changes with Expression and Transcriptional Activity of Astrocytic KCNJ10 Kir4.1

Korrelieren von Gen-spezifischen DNA-Methylierungsänderungen mit Expression und Transkriptionsaktivität Astrozytäre<em&gt; KCNJ10</em&gt; (Kir4.1)

DNA methylation serves to regulate gene expression through the covalent attachment of a methyl group onto the C5 position of a cytosine in a ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

Gezielte DNA Methylierungsanalyse von Next-Generation-Sequencing

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatinimmunpräzipitation Assay zur Identifizierung von Arabidopsis-Protein-DNA-Wechselwirkungen<em&gt; In-vivo-</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

Hohe Auflösung Quantifizierung kristalliner Cellulose Akkumulation in<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Roots Gewebespezifische Zellwand Änderungen überwachen

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix ...