Name: determination of dna methylation of imprinted genes in arabidopsis endosperm
Uploaded: 2011-01-28T18:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm at JoVE.com

המחברים מודים לגב &#39;ג&#39;ניפר מ Lommel וטרה נ Rognan לצורך תחזוקה של צמחי ארבידופסיס. עבודה זו נתמכה על ידי סטארט כספים אוניברסיטת סנט לואיס ו - National Institutes of Health מענקים 1R15GM086846-01 ו-01S1 3R15GM086846 אל שיאו וו.

I. גנטיות מעבר 1. מסרס ההורה הנקבי כדי להבחין בין אללים אימהי ואבהי באמצעות רצף ה-DNA פולימורפיזם, שני ecotypes שונים, כגון קולומביה-0 (Col-0) ו הימלר, ייבחרו כהורים הנשית והגברית. הצמחים צריכים להיות צעירי?...

<ol>
	<li>Clark, S. J., Harrison, J., Paul, C. L., Frommer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+sensitivity+mapping+of+methylated+cytosines.">High sensitivity mapping of methylated cytosines.</a> Nucleic Acids Res. 22, 2990-2997 (1994).</li><li>Cokus, S. J., Feng, S., Zhang, X., Chen, Z., Merriman, B., Haudenschild, C. D., Sriharsa Pradhan, S., Nelson, S. F., Pellegrini, M., Jacobsen, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shotgun+bisulphite+sequencing+of+the+Arabidopsis+genome+reveals+DNA+methylation+patterning.">Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning.</a> Nature. 452, 215-219 (2008).</li><li>Frommer, M., McDonald, L. E., Millar, D. S., Collis, C. M., Watt, F., Grigg, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genomic+sequencing+protocol+that+yields+a+positive+display+of+5-methylcytosine+residues+in+individual+DNA+strands.">A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residues in individual DNA strands.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 89, 1827-1831 (1992).</li><li>Gehring, M., Huh, J. H., Hsieh, T. F., Penterman, J., Choi, Y., Harada, J. J., Goldberg, R. B., Fischer, R. L. D. E. M. E. T. E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+glycosylase+establishes+MEDEA+polycomb+gene+self-imprinting+by+allele-specific+demethylation.">DNA glycosylase establishes MEDEA polycomb gene self-imprinting by allele-specific demethylation.</a> Cell. 124, 495-506 (2006).</li><li>Henderson, I. R., Chan, S. R., Cao, X., Johnson, L., Jacobsen, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accurate+sodium+bisulfite+sequencing+in+plants.">Accurate sodium bisulfite sequencing in plants.</a> Epigenetics. 5, 47-49 (2010).</li><li>Hsieh, T. F., Ibarra, C. A., Silva, P., Zemach, A., Eshed-Williams, L., Fischer, R. L., Zilberman, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+demethylation+of+Arabidopsis+endosperm.">Genome-wide demethylation of Arabidopsis endosperm.</a> Science. 324, 1451-1454 (2009).</li><li>Jacobsen, S. E., Sakai, H., Finnegan, E. J., Cao, X., Meyerowitz, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ectopic+hypermethylation+of+flower-specific+genes+in+Arabidopsis.">Ectopic hypermethylation of flower-specific genes in Arabidopsis.</a> Curr. Biol. 10, 179-186 (2000).</li><li>Kinoshita, T., Miura, A., Choi, Y., Kinoshita, Y., Cao, X., Jacobsen, S. E., Fischer, R. L., Kakutani, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One-way+control+of+FWA+imprinting+in+Arabidopsis+endosperm+by+DNA+methylation.">One-way control of FWA imprinting in Arabidopsis endosperm by DNA methylation.</a> Science. 303, 521-523 (2004).</li><li>Lister, R., O'Malley, R. C., Tonti-Filippini, J., Gregory, B. D., Berry, C. C., Millar, A. H., Ecker, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Highly+integrated+single-base+resolution+maps+of+the+epigenome+in+Arabidopsis.">Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis.</a> Cell. 133, 523-536 (2008).</li><li>Lister, R., Pelizzola, M., Dowen, R. H., Hawkins, R. D., Hon, G., Tonti-Filippini, J., Nery, J. R., Lee, L., Ye, Z., Ngo, Q. -. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+DNA+methylomes+at+base+resolution+show+widespread+epigenomic+differences.">Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences.</a> Nature. 462, 315-322 (2009).</li><li>Paulin, R., Grigg, G. W., Davey, M. W., Piper, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Urea+improves+efficiency+of+bisulfite-mediated+sequencing+of+5'-+methylcytosine+in+genomic+DNA.">Urea improves efficiency of bisulfite-mediated sequencing of 5'- methylcytosine in genomic DNA.</a> Nucl. Acids Res. 26, 5009-5010 (1998).</li><li>Rogers, S. O., &amp;amp, B. e. n. d. i. c. h., J, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+DNA+from+plant+tissues.">Extraction of DNA from plant tissues.</a> Plant Molecular Biology Manual. A6, 1-10 (1988).</li><li>Smyth, D. R., Bowman, J. L., Elliot, M., Meyerowitz, E. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Early+Flower+Development+in+Arab&#237;dopsis.">Early Flower Development in Arab&#237;dopsis.</a> Plant Cell. 2, 755-767 (1990).</li><li>Xiao, W., Gehring, M., Choi, Y., Margossian, L., Pu, H., Harada, J. J., Goldberg, R. B., Pennell, R. I., Fischer, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imprinting+of+the+MEA+Polycomb+gene+is+controlled+by+antagonism+between+MET1+methyltransferase+and+DME+glycosylase.">Imprinting of the MEA Polycomb gene is controlled by antagonism between MET1 methyltransferase and DME glycosylase.</a> Dev. Cell. 5, 891-901 (2003).</li></ol>

קל יחסית להפריד העובר מן האנדוספרם ואת המעיל זרע, אבל זה משעמם להפריד האנדוספרם מן המעיל זרע, במיוחד עבור זרע בשלב מוקדם או אמצע לטרפד של העובר. מאז מעיל הזרע רק תורם כמות קטנה מאוד של רקמה, עבור גנים מסוימים, למשל, MEA ו FWA, אין לנו להפריד את האנדוספרם מן המעיל ז?...

ספקי <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הביתור מיקרוסקופ </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מספרים </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עצה מלקחיים פיין </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> תכשיטים תגית </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הצמח תחרות </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מחרוזת או טוויסט-Ties </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 4 &quot;X 2&quot; X 8 &quot;שקיות פוליאתילן </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 3 &quot;X 1&quot; X מיקרוסקופ שקופיות 1.0 מ&quot;מ </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חנקן נוזלי </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מיכלי חנקן נוזלי </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מחממים חסום </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מנורות ה-PCR </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Thermocycler </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Microcentrifuge צינורות </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Microcentrifuge </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ג&#39;ל אלקטרופורזה מתקן </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ארבידופסיס thaliana קולומביה-0 צמחים </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ארבידופסיס thaliana לנדסברג erecta צמחים </li></ul> ריאגנטים <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 70% אתנול </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 95% אתנול </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 100% אתנול </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 0.3 מ סורביטול ו 5 מ&quot;מ MES-pH 5.7 </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אמוניום ברומיד Cetyltrimethyl (CTAB) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 100% אתנול </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Cholorform </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הגבלת אנזימים </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 3 M NaOH </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 6.3 M NaOH </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 6.24 מ &#39;דשן / 4 bisulfite M נתרן </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סטרילי מזוקקים H 2 O </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 10 mM הידרוקינון </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אשף ה-DNA לנקות מערכת (Promega) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 10 מ NH 4 OAc </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 20 מיקרוגרם / tRNA μL </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> TE חיץ </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מדד ת&quot;א Topo שיבוט Kit (Invitrogen) </li></ul>

determination of dna methylation of imprinted genes in arabidopsis endosperm

Thaliana ארבידופסיס הוא אורגניזם מודל מצוין לחקר מנגנוני epigenetic. אחת הסיבות היא מוטציה הפסד-of-null פונקציה של methyltransferases DNA היא בת קיימא, ובכך לספק מערכת ללמוד איך הפסד של מתילציה DNA בגנום משפיע על הגדילה וההתפתחות. החתמה מתייחס הביטוי ההפרש של אללים אימהי ואבהי ובעל תפקיד חשוב בהתפתחות רבייה הן יונקים וצמחים. מתילציה DNA הוא קריטי לקביעת אם אללים אימהי או אבהי של הגן המוטבע מבוטא או מושתק. בשנת צמחים פורחים, יש אירוע הפריה כפולה רפרודוקציה: תא הזרע מפרה את הביצית ליצירת העובר ואת הנתיכים הזרע השני עם תא מרכזי להצמיח האנדוספרם. האנדוספרם היא הרקמה בה החתמה מתרחשת בצמחים. MEDEA, תחום SET גן Polycomb הקבוצה, FWA, גורם שעתוק ויסות פריחה, הם הראשונים שני גנים הראו להיות טבועה האנדוספרם והביטוי שלהם נשלטת על ידי מתילציה של דנ&quot;א demethylation צמחים. על מנת לקבוע את מעמדם החתמה של גן דפוס המתילציה של האנדוספרם, אנחנו צריכים להיות מסוגלים לבודד את האנדוספרם הראשון. מאז הוא זרע זעיר ארבידופסיס, הוא נותר מאתגר לבודד את האנדוספרם ארבידופסיס ולבחון מתילציה שלה. בפרוטוקול זה וידאו, אנו מדווחים איך לנהל את צלב גנטית, לבודד רקמת האנדוספרם מזרעים, כדי לקבוע את מצב המתילציה על ידי רצף bisulfite.

Watch this Scientific Journal Video about Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm at JoVE.com

Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

החתמה היא תופעה במפעל ורבייה יונק. מתילציה DNA ממלא תפקיד חשוב במנגנוני של הטבעה. האנדוספרם בידוד וקביעת מעמד מתילציה של גנים מוטבעים<em&gt; ארבידופסיס</em&gt; יכול להיות קשה. בפרוטוקול זה, אנו מתארים כיצד לבודד את האנדוספרם ולקבוע מתילציה של רצפי bisulfite.

קביעת מתילציה DNA של גנים מוטבעים ארבידופסיס האנדוספרם

Arabidopsis thaliana is an excellent model organism for studying epigenetic mechanisms. One of the reasons is the loss-of-function null mutant of DNA ...

Research

JoVE Journal

Biology

Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

DNA Methylation: Bisulphite Modification and Analysis

מתילציה DNA: Bisulphite שינוי וניתוח

Epigenetics describes the heritable changes in gene function that occur independently to the DNA sequence. The molecular basis of epigenetic gene ...

Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay

Chromosomics: איתור של שינוי המספרי מבני 24 כרומוזומים כל אדם בו זמנית באמצעות Assay רומן דגים OctoChrome

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique that allows specific DNA sequences to be detected on metaphase or interphase chromosomes in cell ...

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

מעיל זרע מצעים Assay לחקור גנטי<em&gt; במבחנה</em&gt; כיצד נביטת זרעי בקרת האנדוספרם ב<em&gt; Thaliana ארבידופסיס</em

The Arabidopsis endosperm consists of a single cell layer surrounding the mature embryo and playing an essential role to prevent the germination of ...

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

הדמיה בזמן אמת של יחיד תכנון הנדסי RNA תמלילים בתאים חיים באמצעות משואות bimolecular רציומטרי

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

במבחנה מתילציה Assay ללמוד מתילציה ארגינין חלבון

Protein arginine methylation is one of the most abundant post-translational modifications in the nucleus. Protein arginine methylation can be identified ...

Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing for Assessment of DNA Methylation at Base Pair Resolution

משופר מופחת ייצוג Bisulfite רצף להערכה של DNA מתילציה ברזולוציה בסיסי זוג

DNA methylation pattern mapping is heavily studied in normal and diseased tissues. A variety of methods have been established to interrogate the cytosine ...

Correlating Gene-specific DNA Methylation Changes with Expression and Transcriptional Activity of Astrocytic KCNJ10 (Kir4.1)

Correlating Gene-specific DNA Methylation Changes with Expression and Transcriptional Activity of Astrocytic KCNJ10 Kir4.1

התאמת שינויים גנטיים ספציפי DNA מתילציה עם ביטוי ותעתיק פעילות של astrocytic<em&gt; KCNJ10</em&gt; (Kir4.1)

DNA methylation serves to regulate gene expression through the covalent attachment of a methyl group onto the C5 position of a cytosine in a ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

ממוקד DNA מתילציה ניתוח על ידי רצף של הדור הבא

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

הכרומטין immunoprecipitation Assay עבור זיהוי של אינטראקציות החלבון-דנ&quot;א ארבידופסיס<em&gt; In vivo</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

כימות רזולוציה גבוהות של הצטברות צלולוזת גבישים ב<em&gt; ארבידופסיס</em&gt; שורשי לפקח סלולארי רקמות ספציפיות קיר שינויים

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix ...