Name: determination of dna methylation of imprinted genes in arabidopsis endosperm
Uploaded: 2011-01-28T18:00:00
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著者らは、 シロイヌナズナ植物のメンテナンスのために氏ジェニファーM.ロンメルとタラN. Rognanに感謝。この作品は、健康補助1R15GM086846 - 01とW ·シャオに3R15GM086846 - 01S1のセントルイス大学と国立研究所からの起動資金によってサポートされていました。

I.遺伝クロッシング 1。女性の親をEmasculating DNA配列の多型を使用して母親と父親の対立遺伝子を区別するために、二つの異なる生態型、例えば、コロンビア- 0（COL - 0）とLERは、女性と男性の両親として選択されます。植物は、若くて健康でなければなりません。一つは、解剖顕微鏡、拡大鏡のバイザー、または肉眼を使用して女性の親を骨抜きにする?...

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	<li>Clark, S. J., Harrison, J., Paul, C. L., Frommer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+sensitivity+mapping+of+methylated+cytosines.">High sensitivity mapping of methylated cytosines.</a> Nucleic Acids Res. 22, 2990-2997 (1994).</li><li>Cokus, S. J., Feng, S., Zhang, X., Chen, Z., Merriman, B., Haudenschild, C. D., Sriharsa Pradhan, S., Nelson, S. F., Pellegrini, M., Jacobsen, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shotgun+bisulphite+sequencing+of+the+Arabidopsis+genome+reveals+DNA+methylation+patterning.">Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning.</a> Nature. 452, 215-219 (2008).</li><li>Frommer, M., McDonald, L. E., Millar, D. S., Collis, C. M., Watt, F., Grigg, G. 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それは、胚乳と種皮から胚を分離することは比較的容易ですが、それは胚発生の初期または中期魚雷の段階で、特に種子のために、種皮から胚乳を分離することは面倒です。種皮のみを組織のごく少量を寄与するため、いくつかの遺伝子については、例えば、MEAとFWAは 、我々は種皮から胚乳を分離する必要はありません。我々は胚乳と種皮の組織の混合物からRNAを分離できるこ...

電源<ul><li>解剖顕微鏡</li><li>はさみ</li><li>ファインチップ鉗子</li><li>ジュエリータグ</li><li>植物ステークス</li><li>文字列またはツイストネクタイ</li><li> 4&quot;X 2&quot;X 8&quot;ポリエチレン袋</li><li> 3&quot;X 1&quot;X 1.0 mmの顕微鏡用スライド</li><li>液体窒素</li><li>液体窒素容器</li><li>ヒートブロック</li><li> PCRチューブ</li><li>クラー</li><li>マイクロ遠心チューブ</li><li>マイクロ遠心機</li><li>ゲル電気泳動の施設</li><li> シロイヌナズナコロンビア- 0植物</li><li> シロイヌナズナ Landsbergのエレクタの植物</li></ul>試薬<ul><li> 70％エタノール</li><li> 95％エタノール</li><li> 100％エタノール</li><li>ソルビトール0.3 Mおよび5mM MES - pHは5.7 </li><li>セチルトリメチルアンモニウムブロマイド（CTAB） </li><li> 100％エタノール</li><li> Cholorform </li><li>制限酵素</li><li> 3 M NaOHを</li><li> 6.3 M NaOHを</li><li> 6.24 M尿素/ 4 Mの亜硫酸水素ナトリウム</li><li>滅菌蒸留H 2 O </li><li> 10mMのヒドロキノン</li><li>ウィザードDNAクリーンアップシステム（プロメガ） </li><li> 10 M NH 4 OAC </li><li>で20μg/μLのtRNA </li><li> TEバッファー</li><li> TOPO TAクローニングキット（Invitrogen社） </li></ul>

determination of dna methylation of imprinted genes in arabidopsis endosperm

シロイヌナズナでは、エピジェネティックなメカニズムを研究するための優れたモデル生物である。理由の一つは、DNAメチルトランスフェラーゼの機能喪失型のヌル変異体であるため、ゲノムのDNAメチル化の消失は、成長と発展にどのように影響するかを研究するシステムを提供し、実行可能です。刷り込みは、母親と父親の対立遺伝子の差次的発現を意味し、哺乳類や植物の両方で再生開発において重要な役割を果たしている。 DNAメチル化はインプリント遺伝子の母性や父性の対立遺伝子が発現したり、沈黙されているかどうかを決定するための非常に重要です。顕花植物では、生殖における重複受精のイベントがあります：一つ精子細胞は、胚乳を生じさせるために、中央細胞と胚と第二精子のヒューズを形成するために卵細胞を受精。胚乳は、刷り込みが植物に発生した組織です。MEDEA、SETドメインポリコーム群遺伝子、及びFWA、開花を調節する転写因子は、胚乳およびそれらの発現にプリントにして表示された最初の2つの遺伝子であるにDNAメチル化と脱メチル化によって制御される植物。胚乳の遺伝子とメチル化パターンの刷り込みの状態を決定するために、我々は最初の胚乳を分離できるようにする必要があります。シードは、 シロイヌナズナの小さななので、それはシロイヌナズナ胚乳を分離し、そのメチル化を調べることが困難なままである。このビデオプロトコルでは、我々は、遺伝的交雑を実施するために種子から胚乳組織を分離するために、そして、重亜硫酸塩シークエンシングによりメチル化状態を判別する方法を報告する。

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Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

刷り込みは、植物と哺乳類の生殖の現象です。 DNAメチル化はインプリンティングのメカニズムに重要な役割を果たしている。胚乳を分離し、でインプリント遺伝子のメチル化状態を決定する<em&gt;シロイヌナズナ</em&gt;困難になる可能性があります。このプロトコルでは、我々は、胚乳を分離し、バイサルファイトシークエンシングによってメチル化を決定する方法について説明します。

のインプリント遺伝子のDNAメチル化の定量シロイヌナズナ胚乳

Arabidopsis thaliana is an excellent model organism for studying epigenetic mechanisms. One of the reasons is the loss-of-function null mutant of DNA ...

Research

JoVE Journal

Biology

Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

DNA Methylation: Bisulphite Modification and Analysis

DNAメチル化：重亜硫酸修飾と分析

Epigenetics describes the heritable changes in gene function that occur independently to the DNA sequence. The molecular basis of epigenetic gene ...

Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay

Chromosomics：同時に新規OctoChrome FISHアッセイを使用した全24ヒト染色体における数値と構造変化の検出

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique that allows specific DNA sequences to be detected on metaphase or interphase chromosomes in cell ...

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

遺伝的に探索するために種皮寝具アッセイ<em&gt;体外</em&gt;どのように胚乳コントロール種子発芽<em&gt;シロイヌナズナ</em

The Arabidopsis endosperm consists of a single cell layer surrounding the mature embryo and playing an essential role to prevent the germination of ...

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

レシオメトリック二分子ビーコンを使用して、生細胞における単エンジニアのRNA転写物のリアルタイムイメージング

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

タンパク質アルギニンメチル化を研究するためのin vitroでメチル化アッセイで

Protein arginine methylation is one of the most abundant post-translational modifications in the nucleus. Protein arginine methylation can be identified ...

Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing for Assessment of DNA Methylation at Base Pair Resolution

塩基対解像度でDNAメチル化の評価のための強化されたの減少表現重亜硫酸塩シークエンシング

DNA methylation pattern mapping is heavily studied in normal and diseased tissues. A variety of methods have been established to interrogate the cytosine ...

Correlating Gene-specific DNA Methylation Changes with Expression and Transcriptional Activity of Astrocytic KCNJ10 (Kir4.1)

Correlating Gene-specific DNA Methylation Changes with Expression and Transcriptional Activity of Astrocytic KCNJ10 Kir4.1

アストロサイトの発現および転写活性を有する遺伝子特異的DNAメチル化の変化の相関<em&gt; KCNJ10</em&gt;（Kir4.1）

DNA methylation serves to regulate gene expression through the covalent attachment of a methyl group onto the C5 position of a cytosine in a ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

次世代シーケンシングによりDNAメチル化解析をターゲット

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

シロイヌナズナタンパク質-DNA相互作用の同定のための免疫沈降アッセイクロマチン<em&gt;インビボ</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

結晶セルロース蓄積中の高解像度の定量化<em&gt;シロイヌナズナ</em&gt;ルーツは、組織特異的な細胞壁の変更を監視します

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix ...