Name: determination of dna methylation of imprinted genes in arabidopsis endosperm
Uploaded: 2011-01-28T18:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm at JoVE.com

저자는 Arabidopsis 식물의 유지 보수를 위해 양 제니퍼 M. Lommel와 타라 N. Rognan 감사합니다. 이 작품은 건강 보조금 1R15GM086846 - 01와 W. 샤오에 3R15GM086846 - 01S1의 세인트 루이스 대학과 국립 연구소에서 시작 기금에 의해 지원되었다.

I. 유전자 크로싱 1. 여성 부모 Emasculating DNA 시퀀스 다형성, 두 개의 다른 ecotypes 예 : 콜럼비아 - 0 (콜 - 0) 및 Ler가, 여성과 남성의 부모로 선택됩니다를 사용하여 모자 아버지 대립 유전자를 식별하기 위해. 식물 젊고 건강해야합니다. 하나는 바이저, 또는 육안을 확대, 해부 현미경을 사용하여 여성의 부모를 거세된 수 있습니다. 무대 - 12 꽃을 찾아 (스미스 <...

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	<li>Clark, S. J., Harrison, J., Paul, C. L., Frommer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+sensitivity+mapping+of+methylated+cytosines.">High sensitivity mapping of methylated cytosines.</a> Nucleic Acids Res. 22, 2990-2997 (1994).</li><li>Cokus, S. J., Feng, S., Zhang, X., Chen, Z., Merriman, B., Haudenschild, C. D., Sriharsa Pradhan, S., Nelson, S. F., Pellegrini, M., Jacobsen, S. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Shotgun+bisulphite+sequencing+of+the+Arabidopsis+genome+reveals+DNA+methylation+patterning.">Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning.</a> Nature. 452, 215-219 (2008).</li><li>Frommer, M., McDonald, L. E., Millar, D. S., Collis, C. M., Watt, F., Grigg, G. 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그것은 배젖 및 종자 코트에서 배아를 분리하는 것이 비교적 쉽기는하지만 embryogenesis의 초기 또는 중간 단계에서 어뢰 특히 씨앗을 위해, 종자 코트에서 배젖를 구분 지루합니다. 종자 코팅은 일부 유전자에 대한 조직의 매우 작은 금액을 기여 때문에, 예를 들어, MEA와 FWA, 우리는 종자 코트에서 배젖를 구분하지 않아도됩니다. 우리가 배젖 및 종자 코트 조직의 혼합물에서 RNAS을 분리할 수?...

용품 <ul><li> 해부 현미경 </li><li> 가위 </li><li> 파인 팁 집게 </li><li> 쥬얼리 태그 </li><li> 플랜트 스테이크스 </li><li> 문자열이나 트위스트 - 넥타이 </li><li> 4 &quot;X 2&quot;X 8 &quot;폴리에틸렌 가방 </li><li> 3 &quot;X 1&quot;X 1.0 mm의 현미경 슬라이드 </li><li> 액체 질소 </li><li> 액체 질소 용기 </li><li> 열 차단 </li><li> PCR 튜브 </li><li> Thermocycler </li><li> Microcentrifuge 튜브 </li><li> Microcentrifuge </li><li> 겔 전기 영동 시설 </li><li> Arabidopsis thaliana 콜럼비아 - 0 식물 </li><li> Arabidopsis thaliana 랜즈 erecta 식물 </li></ul> 시약 <ul><li> 70 % 에탄올 </li><li> 95 % 에탄올 </li><li> 100 % 에탄올 </li><li> Sorbitol 0.3 M 5 MM MES - 산도 5.7 </li><li> Cetyltrimethyl 질산 브로마이드 (CTAB) </li><li> 100 % 에탄올 </li><li> Cholorform </li><li> 제한 효소 </li><li> 3 M NaOH </li><li> 6.3 M NaOH </li><li> 6.24 M 요소 / 4 M 나트륨 Bisulfite </li><li> 멸균 증류수 H 2 O </li><li> 10 MM의 히드로퀴논 </li><li> 마법사 DNA 청소 시스템 (Promega) </li><li> 10 M NH 4 OAc </li><li> 20 μg / μL tRNA </li><li> TE 버퍼 </li><li> 토포 TA 복제 키트 (Invitrogen) </li></ul>

determination of dna methylation of imprinted genes in arabidopsis endosperm

Arabidopsis thaliana은 epigenetic 메커니즘을 연구를위한 훌륭한 모델 생물이다. 그 이유 중 하나는 DNA의 methyltransferases의 손실 함수 NULL의 돌연변이가 따라서 게놈에있는 DNA의 methylation의 손실이 성장과 발전에 미치는 영향 연구하는 시스템을 제공하고, 실용적입니다. 각인은 모자 아버지의 대립 유전자의 미분 표현을 나타냅니다과 포유 동물과 식물 모두에서 복제 개발에 중요한 역할을합니다. DNA의 methylation은 각인 유전자의 모자 또는 아버지 대립 유전자가 표현하거나 침묵 여부를 결정하는 것이 중요합니다. 꽃 식물에서, 복제에서 더블 수정 이벤트가있다 : 한 정자 세포는 배젖을 일으키다 수있는 중앙 세포와 배아 그리고 두 번째 정자 퓨즈를 형성하기 위해 난자를 fertilizes. 배젖은 각인이 공장에서 발생하는 조직입니다. 메데아, SET 도메인 Polycomb 그룹 유전자 및 FWA, 꽃을 조절 전사 인자는 배젖 및 표현에 인쇄되는 표시된 처음 두 유전자 아르의 DNA의 methylation과 demethylation에 의해 제어됩니다 식물. 유전자와 배젖의 methylation 패턴의 각인 상태를 결정하기 위해, 먼저 배젖를 분리 수 있어야합니다. 씨앗 Arabidopsis에서 작은 있기 때문에, 그것은 Arabidopsis 배젖를 분리하고 methylation을 확인하기 위해 도전 남아 있습니다. 이 비디오 프로토콜에서는, 우리는 씨앗에서 배젖 조직을 분리, 유전자 십자가를 실시하고, bisulfite의 시퀀싱에 의해 methylation 상태를 확인하는 방법을보고합니다.

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Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

각인은 식물과 동물의 복제에 현상입니다. DNA의 methylation은 각인의 메커니즘에서 중요한 역할을합니다. 배젖를 분리 및 각인 유전자의 methylation 상태를 결정<em&gt; Arabidopsis</em&gt;는 어려울 수 있습니다. 이 프로토콜에서는, 우리는 배젖를 분리하고 bisulfite의 시퀀싱에 의해 methylation을 결정하는 방법에 대해 설명합니다.

에 각인 유전자의 DNA Methylation의 결정 Arabidopsis 배젖

Arabidopsis thaliana is an excellent model organism for studying epigenetic mechanisms. One of the reasons is the loss-of-function null mutant of DNA ...

Research

JoVE Journal

Biology

Determination of DNA Methylation of Imprinted Genes in Arabidopsis Endosperm

DNA Methylation: Bisulphite Modification and Analysis

의 DNA Methylation : Bisulphite의 변경 및 분석

Epigenetics describes the heritable changes in gene function that occur independently to the DNA sequence. The molecular basis of epigenetic gene ...

연구

생물학

Chromosomics: Detection of Numerical and Structural Alterations in All 24 Human Chromosomes Simultaneously Using a Novel OctoChrome FISH Assay

Chromosomics : 수치과 구조 변경의 탐지는 모두 24 인간의 염색체로 동시에 소설 OctoChrome 생선 분석을 사용

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a technique that allows specific DNA sequences to be detected on metaphase or interphase chromosomes in cell ...

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

A Seed Coat Bedding Assay to Genetically Explore In Vitro How the Endosperm Controls Seed Germination in Arabidopsis thaliana

유전자 탐구하는 종피 침구 분석<em&gt; 체외</em&gt; 어떻게 배젖 컨트롤 종자 발아에<em&gt; 애기 장대</em

The Arabidopsis endosperm consists of a single cell layer surrounding the mature embryo and playing an essential role to prevent the germination of ...

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

비례 생체 분자 비콘을 사용하여 살아있는 세포의 단일 엔지니어링 RNA 성적 증명서의 실시간 영상

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

In vitro Methylation Assay to Study Protein Arginine Methylation

체외 메틸화 분석에서 단백질 아르기닌 메틸화를 공부합니다

Protein arginine methylation is one of the most abundant post-translational modifications in the nucleus. Protein arginine methylation can be identified ...

Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing for Assessment of DNA Methylation at Base Pair Resolution

자료 쌍 해상도에서 DNA 메틸화의 평가에 대한 표현 바이 설 파이트 시퀀싱을 감소 향상

DNA methylation pattern mapping is heavily studied in normal and diseased tissues. A variety of methods have been established to interrogate the cytosine ...

Correlating Gene-specific DNA Methylation Changes with Expression and Transcriptional Activity of Astrocytic KCNJ10 (Kir4.1)

Correlating Gene-specific DNA Methylation Changes with Expression and Transcriptional Activity of Astrocytic KCNJ10 Kir4.1

유전자 특이 발현과 DNA 메틸화 변화와 성상 세포의 전사 활동의 상관 관계<em&gt; KCNJ10</em&gt; (Kir4.1)

DNA methylation serves to regulate gene expression through the covalent attachment of a methyl group onto the C5 position of a cytosine in a ...

Targeted DNA Methylation Analysis by Next-generation Sequencing

DNA 메틸화 분석 차세대 시퀀싱 대상

The role of epigenetic processes in the control of gene expression has been known for a number of years. DNA methylation at cytosine residues is of ...

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

Chromatin Immunoprecipitation Assay for the Identification of Arabidopsis Protein-DNA Interactions In Vivo

애기 장대 단백질 DNA 상호 작용의 식별을위한 염색질 면역 침전 분석<em&gt; 생체</em

Intricate gene regulatory networks orchestrate biological processes and developmental transitions in plants. Selective transcriptional activation and ...

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

에서 결정 셀룰로오스 축적의 높은 해상도 정량<em&gt; 애기 장대</em&gt; 뿌리 조직 특이 세포 벽 수정을 모니터링하는

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix ...