Name: the production of c. elegans transgenes via recombineering with the galk selectable marker
Uploaded: 2011-01-11T23:58:00
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Die Autoren bedanken sich bei Lindsey Nash für die Hilfe bei der Entwicklung der Technik zu danken. Diese Arbeit wurde vom NIH AG028977 zu ALF, ein Pilotprojekt Zuschuss von der University of Pittsburgh OAIC (AG024827), und Anschubfinanzierung von der University of Pittsburgh finanziert.

Überblick Viele Transgene in der Erzeugung transgener C eingesetzt elegans besteht aus Promotorsequenzen und vielleicht auch ein Gen-cDNA in einer der Vektoren, die durch das Labor von Dr. Andy Fire 1 erzeugt geklont. Während diese Transgene oft erfolgreich mit Bezug auf die Herstellung eines GFP Reportergen oder Ausdruck einer cDNA in einem gewünschten Muster können diese Transgene Mangel der alternativen Promotoren, Enhancer-Elemente, und 3 &#39;untranslatier...

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	<li>Mello, C., Fire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+transformation.">DNA transformation.</a> Methods Cell Biol. 48, 451-482 (1995).</li><li>Zhang, Y., Nash, L., Fisher, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simplified,+robust,+and+streamlined+procedure+for+the+production+of+C.+elegans+transgenes+via+recombineering.">A simplified, robust, and streamlined procedure for the production of C. elegans transgenes via recombineering.</a> BMC Dev Biol. 8, 119-119 (2008).</li><li>Antebi, A., Yeh, W. H., Tait, D., Hedgecock, E. M., Riddle, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=daf-12+encodes+a+nuclear+receptor+that+regulates+the+dauer+diapause+and+developmental+age+in+C.+elegans.">daf-12 encodes a nuclear receptor that regulates the dauer diapause and developmental age in C. elegans.</a> Genes and Development. 14, 1512-1527 (2000).</li><li>Snow, M. I., Larsen, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+and+expression+of+daf-12:+a+nuclear+hormone+receptor+with+three+isoforms+that+are+involved+in+development+and+aging+in+Caenorhabditis+elegans.">Structure and expression of daf-12: a nuclear hormone receptor with three isoforms that are involved in development and aging in Caenorhabditis elegans.</a> Biochim. Biophys. Acta. 1494, 104-116 (2000).</li><li>Fisher, A. L., Page, K. E., Lithgow, G. J., Nash, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Caenorhabditis+elegans+K10C2.4+Gene+Encodes+a+Member+of+the+Fumarylacetoacetate+Hydrolase+Family.+A+CAENORHABDITIS+ELEGANS+MODEL+OF+TYPE+I+TYROSINEMIA.">The Caenorhabditis elegans K10C2.4 Gene Encodes a Member of the Fumarylacetoacetate Hydrolase Family. A CAENORHABDITIS ELEGANS MODEL OF TYPE I TYROSINEMIA.</a> J Biol.Chem. 283, 9127-9135 (2008).</li><li>Wightman, B., Ha, I., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Posttranscriptional+regulation+of+the+heterochronic+gene+lin-14+by+lin-4+mediates+temporal+pattern+formation+in+C.+elegans.">Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans.</a> Cell. 75, 855-862 (1993).</li><li>Lehrbach, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LIN-28+and+the+poly(U)+polymerase+PUP-2+regulate+let-7+microRNA+processing+in+Caenorhabditis+elegans.">LIN-28 and the poly(U) polymerase PUP-2 regulate let-7 microRNA processing in Caenorhabditis elegans.</a> Nat Struct Mol Biol. 16, 1016-1020 (2009).</li><li>Tursun, B., Cochella, L., Carrera, I., Hobert, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+toolkit+and+robust+pipeline+for+the+generation+of+fosmid-based+reporter+genes+in+C.+elegans.">A toolkit and robust pipeline for the generation of fosmid-based reporter genes in C. elegans.</a> PLoS One. 4, e4625-e4625 (2009).</li><li>Bamps, S., Hope, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+gene+expression+pattern+analysis,+in+situ,+in+Caenorhabditis+elegans.">Large-scale gene expression pattern analysis, in situ, in Caenorhabditis elegans.</a> Brief. Funct. Genomic. Proteomic. , (2008).</li><li>Dolphin, C. T., Hope, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+reporter+fusion+genes+generated+by+seamless+modification+of+large+genomic+DNA+clones.">Caenorhabditis elegans reporter fusion genes generated by seamless modification of large genomic DNA clones.</a> Nucleic Acids Res. 34, e72-e72 (2006).</li><li>Sarov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+recombineering+pipeline+for+functional+genomics+applied+to+Caenorhabditis+elegans.">A recombineering pipeline for functional genomics applied to Caenorhabditis elegans.</a> Nat. Methods. 3, 839-844 (2006).</li><li>Yang, X. W., Model, P., Heintz, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homologous+recombination+based+modification+in+Escherichia+coli+and+germline+transmission+in+transgenic+mice+of+a+bacterial+artificial+chromosome.">Homologous recombination based modification in Escherichia coli and germline transmission in transgenic mice of a bacterial artificial chromosome.</a> Nat Biotechnol. 15, 859-865 (1997).</li><li>Court, D. L., Sawitzke, J. A., Thomason, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+engineering+using+homologous+recombination.">Genetic engineering using homologous recombination.</a> Annu.Rev.Genet. 36, 361-388 (2002).</li><li>Westenberg, M., Bamps, S., Soedling, H., Hope, I. A., Dolphin, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Escherichia+coli+MW005:+lambda+Red-mediated+recombineering+and+copy-number+induction+of+oriV-equipped+constructs+in+a+single+host.">Escherichia coli MW005: lambda Red-mediated recombineering and copy-number induction of oriV-equipped constructs in a single host.</a> BMC Biotechnol. 10, 27-27 (2010).</li><li>Warming, S., Costantino, N., Court, D. L., Jenkins, N. A., Copeland, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+and+highly+efficient+BAC+recombineering+using+galK+selection.">Simple and highly efficient BAC recombineering using galK selection.</a> Nucleic Acids Res. 33, e36-e36 (2005).</li><li>Penfold, R. J., Pemberton, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+suicide+vector+for+construction+of+chromosomal+insertion+mutations+in+bacteria.">An improved suicide vector for construction of chromosomal insertion mutations in bacteria.</a> Gene. 118, 145-146 (1992).</li><li>Praitis, V., Casey, E., Collar, D., Austin, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Creation+of+low-copy+integrated+transgenic+lines+in+Caenorhabditis+elegans.">Creation of low-copy integrated transgenic lines in Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 157, 1217-1226 (2001).</li><li>Puig, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+tandem+affinity+purification+(TAP)+method:+a+general+procedure+of+protein+complex+purification.">The tandem affinity purification (TAP) method: a general procedure of protein complex purification.</a> Methods. 24, 218-229 (2001).</li><li>Rigaut, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+generic+protein+purification+method+for+protein+complex+characterization+and+proteome+exploration.">A generic protein purification method for protein complex characterization and proteome exploration.</a> Nat.Biotechnol. 17, 1030-1032 (1999).</li><li>Achilleos, A., Wehman, A. M., Nance, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PAR-3+mediates+the+initial+clustering+and+apical+localization+of+junction+and+polarity+proteins+during+C.+elegans+intestinal+epithelial+cell+polarization.">PAR-3 mediates the initial clustering and apical localization of junction and polarity proteins during C. elegans intestinal epithelial cell polarization.</a> Development. 137, 1833-1842 (2010).</li><li>Maduro, M., Pilgrim, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+cloning+of+unc-119,+a+gene+expressed+in+the+Caenorhabditis+elegans+nervous+system.">Identification and cloning of unc-119, a gene expressed in the Caenorhabditis elegans nervous system.</a> Genetics. 141, 977-988 (1995).</li></ol>

Die Erzeugung von Transgenen aus Fosmide bietet den Vorteil der Beibehaltung aller von den nativen Promotor-Elemente, Splice-Varianten und 3 &#39;UTR regulatorische Elemente. Dies kann mit dem Bau eines Transgens, das eher auf den einheimischen Ausdruck Muster oder den Bau eines funktionalen Transgen, wenn andere Ansätze 5 alle fehlschlagen wird führen können. Die daraus resultierende Transgene tragen kann eine Vielzahl von Epitop-Tags einschließlich GFP oder ein TAP-Tag. Der ...

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		<div>
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		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>FosmidMAX kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Epicentre</td>
<td>FMAX046</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GoTaq</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Promega</td>
<td>M7122</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MOPS Media</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Teknova</td>
<td>M2120</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>0.132 M Potassium phosphate solution</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Teknova</td>
<td>M2102</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>D-galactose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>G0750</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>2-deoxygalactose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>D4407</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Biotin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>B4639</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Leucine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>L8000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NH4Cl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A9434</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phusion DNA polymerase</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB</td>
<td>F-530S</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MacConkey agar base</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Becton Dickinson</td>
<td>281810</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Arabinose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A3131</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Chloramphenicol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>C1919</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium phosphate dibasic</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>S5136</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Potassium phosphate monobasic</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>P5655</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium chloride</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>S5886</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glycerol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>G2025</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Bacto Agar</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Becton Dickinson</td>
<td>214010</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

the production of c. elegans transgenes via recombineering with the galk selectable marker

Die Erzeugung transgener Tiere ist weit verbreitet in C genutzt elegans Forschung einschließlich der Verwendung von GFP Fusionsproteine ​​auf die Regulation und Expression von Genen von Interesse oder die Erzeugung von Tandem-Affinitätsreinigung (TAP) markierten Versionen bestimmter Gene, um ihre Reinigung zu erleichtern studieren. Typischerweise Transgene werden durch einen Promotor stromaufwärts von einem GFP-Reportergen oder cDNA von Interesse erzeugt, und dies führt oft zu einer repräsentativen Expressionsmuster. Allerdings kritischen Elemente der Genregulation, wie Steuerelemente in der 3 &#39;untranslatierten Region oder alternative Promotoren, konnte durch diesen Ansatz fehlen. Weitere nur eine einzige Spleißvariante können in der Regel auf diese Weise untersucht werden. Im Gegensatz dazu die Verwendung von Wurm genomischer DNA von Fosmid DNA-Klone durchgeführt beinhaltet wahrscheinlich die meisten, wenn nicht alle Elemente in der Genregulation in vivo, die die größere Fähigkeit, die echten Ausdruck Muster und Timing zu erfassen erlaubt beteiligt. Zur Erleichterung der Erzeugung von Transgenen mit Fosmid DNA beschreiben wir ein E. coli basierten Recombineering Verfahren zur GFP, einem TAP-tag oder andere Sequenzen von Interesse in jeder beliebigen Stelle im Gen einzufügen. Das Verfahren nutzt die galK-Gen als Selektionsmarker für die positiven und negativen Selektion Schritte in die Rekombination in den Erhalt der gewünschten Modifikation mit hohem Wirkungsgrad zur Folge. Außerdem sind Plasmide, die die galK Gens durch Homologie Arme auf häufig verwendete GFP flankiert und TAP Fusionsgene zur Verfügung, die Reduzierung der Kosten für Oligos um 50% bei der Erzeugung eines GFP-oder TAP-Fusionsprotein. Diese Plasmide verwenden R6K Replikationsursprung, der die Notwendigkeit einer umfassenden PCR-Produkt Reinigung ausschließt. Schließlich haben wir auch zeigen, eine Technik, um die unc-119-Marker auf die Fosmid Rückgrat der die Fosmid direkt injiziert werden oder bombardiert zu Würmern, um transgene Tiere zu erzeugen erlaubt integrieren. Dieses Video zeigt die Verfahren bei der Erzeugung eines Transgens über Rekombination mit dieser Methode beteiligt.

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The Production of C. elegans Transgenes via Recombineering with the galK Selectable Marker

Die Fähigkeit, Transgene für produzieren<em&gt; Caenorhabditis elegans</em&gt; Verwendung von genomischer DNA von Fosmide durchgeführt Besonders attraktiv ist wie alle nativen regulatorischen Elemente beibehalten werden. Beschrieben wird eine einfache und robuste Verfahren zur Herstellung von Transgenen über Rekombination mit dem<em&gt; GalK</em&gt; Selektionsmarker.

Die Produktion von C. elegans Transgene via Recombineering mit dem GalK Selektionsmarker

The creation of transgenic animals is widely utilized in C. elegans research including the use of GFP fusion proteins to study the regulation and ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Production of C. elegans Transgenes via Recombineering with the galK Selectable Marker

Generation of Stable Transgenic C. elegans Using Microinjection

Generierung von stabilen transgenen C. elegans mit Mikroinjektion

Transgenic Caenorhabditis elegans can be readily created via microinjection of a DNA plasmid solution into the gonad 1.  The plasmid DNA rearranges to ...

Forschung

Biologie

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Die Anwendung eines C. elegans Dopamin Neuron Degeneration Assay für die Validierung von potenziellen Parkinson Genes

Improvements to the diagnosis and treatment of Parkinson's disease (PD) are dependent upon knowledge about susceptibility factors that render populations ...

Dissecting and Recording from The C. Elegans Neuromuscular Junction

Dissecting und Aufnahme von C. elegans neuromuskulären Synapse

Neurotransmission is the process by which neurons transfer information via chemical signals to their post-synaptic targets, on a rapid time scale.   This ...

A Protocol for the Production of KLRG1 Tetramer

Ein Protokoll für die Produktion von KLRG1 Tetramer

Killer cell lectin-like receptor G1 (KLRG1) is a type II transmembrane glycoprotein inhibitory receptor belonging to the C type lectin-like superfamily. ...

Measuring Caenorhabditis elegans Life Span in 96 Well Microtiter Plates

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Lifespan is a biological process regulated by several genetic pathways. One strategy to investigate the biology of aging is to study animals that harbor ...

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High-Throughput-Screening und Biosensorik mit Fluorescent C. elegans Die Stämme

High-throughput screening (HTS) is a powerful approach for identifying chemical modulators of biological processes.  However, many compounds identified in ...

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Erstellen Definierte gasförmigen Umgebungen, um die Auswirkungen von Hypoxie auf Studieren<em&gt; C elegans</em

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Mit RNA-Interferenz Feeding Strategy to Screen for Genes in Body Größe der Rechtsetzung in der Nematode Beteiligte<em&gt; C. elegans</em

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