Name: the production of c. elegans transgenes via recombineering with the galk selectable marker
Uploaded: 2011-01-11T23:58:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Production of C. elegans Transgenes via Recombineering with the galK Selectable Marker at JoVE.com

Авторы хотели бы поблагодарить Линдси Нэш за помощь в развитии техники. Эта работа финансировалась NIH грант AG028977 для ALF, грант пилотного проекта из Университета Питтсбурга OAIC (AG024827), а также семян средств из Университета Питтсбурга.

Обзор Многие трансгенов, используемые в поколение трансгенных C. Элеганс состоят из последовательности промоутер и, возможно, ген кДНК клонировали в один из векторов порожденных лаборатории доктора Энди Пожар 1. Хотя эти трансгенов часто успешно по отношению к...

<ol>
	<li>Mello, C., Fire, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+transformation.">DNA transformation.</a> Methods Cell Biol. 48, 451-482 (1995).</li><li>Zhang, Y., Nash, L., Fisher, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simplified,+robust,+and+streamlined+procedure+for+the+production+of+C.+elegans+transgenes+via+recombineering.">A simplified, robust, and streamlined procedure for the production of C. elegans transgenes via recombineering.</a> BMC Dev Biol. 8, 119-119 (2008).</li><li>Antebi, A., Yeh, W. H., Tait, D., Hedgecock, E. M., Riddle, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=daf-12+encodes+a+nuclear+receptor+that+regulates+the+dauer+diapause+and+developmental+age+in+C.+elegans.">daf-12 encodes a nuclear receptor that regulates the dauer diapause and developmental age in C. elegans.</a> Genes and Development. 14, 1512-1527 (2000).</li><li>Snow, M. I., Larsen, P. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+and+expression+of+daf-12:+a+nuclear+hormone+receptor+with+three+isoforms+that+are+involved+in+development+and+aging+in+Caenorhabditis+elegans.">Structure and expression of daf-12: a nuclear hormone receptor with three isoforms that are involved in development and aging in Caenorhabditis elegans.</a> Biochim. Biophys. Acta. 1494, 104-116 (2000).</li><li>Fisher, A. L., Page, K. E., Lithgow, G. J., Nash, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Caenorhabditis+elegans+K10C2.4+Gene+Encodes+a+Member+of+the+Fumarylacetoacetate+Hydrolase+Family.+A+CAENORHABDITIS+ELEGANS+MODEL+OF+TYPE+I+TYROSINEMIA.">The Caenorhabditis elegans K10C2.4 Gene Encodes a Member of the Fumarylacetoacetate Hydrolase Family. A CAENORHABDITIS ELEGANS MODEL OF TYPE I TYROSINEMIA.</a> J Biol.Chem. 283, 9127-9135 (2008).</li><li>Wightman, B., Ha, I., Ruvkun, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Posttranscriptional+regulation+of+the+heterochronic+gene+lin-14+by+lin-4+mediates+temporal+pattern+formation+in+C.+elegans.">Posttranscriptional regulation of the heterochronic gene lin-14 by lin-4 mediates temporal pattern formation in C. elegans.</a> Cell. 75, 855-862 (1993).</li><li>Lehrbach, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=LIN-28+and+the+poly(U)+polymerase+PUP-2+regulate+let-7+microRNA+processing+in+Caenorhabditis+elegans.">LIN-28 and the poly(U) polymerase PUP-2 regulate let-7 microRNA processing in Caenorhabditis elegans.</a> Nat Struct Mol Biol. 16, 1016-1020 (2009).</li><li>Tursun, B., Cochella, L., Carrera, I., Hobert, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+toolkit+and+robust+pipeline+for+the+generation+of+fosmid-based+reporter+genes+in+C.+elegans.">A toolkit and robust pipeline for the generation of fosmid-based reporter genes in C. elegans.</a> PLoS One. 4, e4625-e4625 (2009).</li><li>Bamps, S., Hope, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Large-scale+gene+expression+pattern+analysis,+in+situ,+in+Caenorhabditis+elegans.">Large-scale gene expression pattern analysis, in situ, in Caenorhabditis elegans.</a> Brief. Funct. Genomic. Proteomic. , (2008).</li><li>Dolphin, C. T., Hope, I. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Caenorhabditis+elegans+reporter+fusion+genes+generated+by+seamless+modification+of+large+genomic+DNA+clones.">Caenorhabditis elegans reporter fusion genes generated by seamless modification of large genomic DNA clones.</a> Nucleic Acids Res. 34, e72-e72 (2006).</li><li>Sarov, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+recombineering+pipeline+for+functional+genomics+applied+to+Caenorhabditis+elegans.">A recombineering pipeline for functional genomics applied to Caenorhabditis elegans.</a> Nat. Methods. 3, 839-844 (2006).</li><li>Yang, X. W., Model, P., Heintz, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Homologous+recombination+based+modification+in+Escherichia+coli+and+germline+transmission+in+transgenic+mice+of+a+bacterial+artificial+chromosome.">Homologous recombination based modification in Escherichia coli and germline transmission in transgenic mice of a bacterial artificial chromosome.</a> Nat Biotechnol. 15, 859-865 (1997).</li><li>Court, D. L., Sawitzke, J. A., Thomason, L. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genetic+engineering+using+homologous+recombination.">Genetic engineering using homologous recombination.</a> Annu.Rev.Genet. 36, 361-388 (2002).</li><li>Westenberg, M., Bamps, S., Soedling, H., Hope, I. A., Dolphin, C. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Escherichia+coli+MW005:+lambda+Red-mediated+recombineering+and+copy-number+induction+of+oriV-equipped+constructs+in+a+single+host.">Escherichia coli MW005: lambda Red-mediated recombineering and copy-number induction of oriV-equipped constructs in a single host.</a> BMC Biotechnol. 10, 27-27 (2010).</li><li>Warming, S., Costantino, N., Court, D. L., Jenkins, N. A., Copeland, N. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simple+and+highly+efficient+BAC+recombineering+using+galK+selection.">Simple and highly efficient BAC recombineering using galK selection.</a> Nucleic Acids Res. 33, e36-e36 (2005).</li><li>Penfold, R. J., Pemberton, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+suicide+vector+for+construction+of+chromosomal+insertion+mutations+in+bacteria.">An improved suicide vector for construction of chromosomal insertion mutations in bacteria.</a> Gene. 118, 145-146 (1992).</li><li>Praitis, V., Casey, E., Collar, D., Austin, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Creation+of+low-copy+integrated+transgenic+lines+in+Caenorhabditis+elegans.">Creation of low-copy integrated transgenic lines in Caenorhabditis elegans.</a> Genetics. 157, 1217-1226 (2001).</li><li>Puig, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+tandem+affinity+purification+(TAP)+method:+a+general+procedure+of+protein+complex+purification.">The tandem affinity purification (TAP) method: a general procedure of protein complex purification.</a> Methods. 24, 218-229 (2001).</li><li>Rigaut, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+generic+protein+purification+method+for+protein+complex+characterization+and+proteome+exploration.">A generic protein purification method for protein complex characterization and proteome exploration.</a> Nat.Biotechnol. 17, 1030-1032 (1999).</li><li>Achilleos, A., Wehman, A. M., Nance, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PAR-3+mediates+the+initial+clustering+and+apical+localization+of+junction+and+polarity+proteins+during+C.+elegans+intestinal+epithelial+cell+polarization.">PAR-3 mediates the initial clustering and apical localization of junction and polarity proteins during C. elegans intestinal epithelial cell polarization.</a> Development. 137, 1833-1842 (2010).</li><li>Maduro, M., Pilgrim, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+and+cloning+of+unc-119,+a+gene+expressed+in+the+Caenorhabditis+elegans+nervous+system.">Identification and cloning of unc-119, a gene expressed in the Caenorhabditis elegans nervous system.</a> Genetics. 141, 977-988 (1995).</li></ol>

Поколения трансгенов из fosmids предлагает благо сохраняя все родную стихию промоутер, сращивание вариантов, и 3 &#39;UTR регуляторных элементов. Это может привести к строительству трансгенов которая в большей степени соответствовали родной выражению, или строительство функциональных тран?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>FosmidMAX kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Epicentre</td>
<td>FMAX046</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GoTaq</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Promega</td>
<td>M7122</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MOPS Media</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Teknova</td>
<td>M2120</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>0.132 M Potassium phosphate solution</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Teknova</td>
<td>M2102</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>D-galactose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>G0750</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>2-deoxygalactose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>D4407</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Biotin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>B4639</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Leucine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>L8000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NH4Cl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A9434</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phusion DNA polymerase</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB</td>
<td>F-530S</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MacConkey agar base</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Becton Dickinson</td>
<td>281810</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Arabinose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A3131</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Chloramphenicol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>C1919</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium phosphate dibasic</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>S5136</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Potassium phosphate monobasic</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>P5655</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium chloride</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>S5886</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glycerol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>G2025</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Bacto Agar</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Becton Dickinson</td>
<td>214010</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

the production of c. elegans transgenes via recombineering with the galk selectable marker

Создание трансгенных животных широко применяется в C. Элеганс исследований, включая использование белков GFP слияния для изучения регуляции и экспрессии генов интересов или поколение очистки тандеме сродством (TAP) меткой версии специфических генов для облегчения их очистки. Как правило трансгенов создаются путем размещения промоутер перед геном GFP репортера или кДНК, представляющих интерес, и это часто приводит к представителю выражению. Тем не менее, критические элементы регуляции генов, таких как элементы управления в нетранслируемой области 3 &#39;или альтернативных промоторов, может не хватать такого подхода. Далее только один вариант сплайсинга могут быть изучены обычно это означает. В противоположность этому, использование червя геномной ДНК несет клонов ДНК fosmid вероятно, включает в себя большинство, если не все элементы, участвующие в регуляции генов в естественных условиях, которая позволяет более широкие возможности для захвата подлинной выражению и сроки. Для облегчения поколения трансгенов использованием fosmid ДНК, мы описываем Е. кишечной основан recombineering процедуры для вставки GFP, TAP-тег, или другие последовательности интереса в любом месте в геном. Процедура использует galK гена как выбор маркера для позитивной и негативной селекции шаги в recombineering что приводит к получению желаемого модификация с высокой эффективностью. Кроме того, плазмиды, содержащие ген galK окружении гомологии оружия обычно используются GFP и TAP слияние генов доступны, которые снижают стоимость олигонуклеотидов на 50% при генерации или белка GFP TAP синтеза. Эти плазмиды использовать происхождения R6K репликации что исключает необходимость широкого очистки продуктов ПЦР. Наконец, мы также продемонстрировать технику для интеграции UNC-119 маркеров на fosmid основу, которая позволяет fosmid напрямую вводили или бомбардировке в червей для получения трансгенных животных. Это видео демонстрирует процедур, необходимых для создания трансгенных через recombineering используя этот метод.

Watch this Scientific Journal Video about The Production of C. elegans Transgenes via Recombineering with the galK Selectable Marker at JoVE.com

The Production of C. elegans Transgenes via Recombineering with the galK Selectable Marker

Способность производить трансгенов для<em&gt; Caenorhabditis Элеганс</em&gt; Использование геномной ДНК несет fosmids особенно привлекателен, как и все родные регуляторные элементы сохраняются. Описывается простой и надежной процедуры для производства трансгенов через recombineering с<em&gt; GalK</em&gt; Селективного маркера.

Производство С. Элеганс Трансгенов через Recombineering с GalK Выбор маркера

The creation of transgenic animals is widely utilized in C. elegans research including the use of GFP fusion proteins to study the regulation and ...

Research

JoVE Journal

Biology

The Production of C. elegans Transgenes via Recombineering with the galK Selectable Marker

Generation of Stable Transgenic C. elegans Using Microinjection

Генерация Стабильный Трансгенные Элеганс C. Использование Микроинъекция

Transgenic Caenorhabditis elegans can be readily created via microinjection of a DNA plasmid solution into the gonad 1.  The plasmid DNA rearranges to ...

Application of a C. elegans Dopamine Neuron Degeneration Assay for the Validation of Potential Parkinson's Disease Genes

Применение допамина Элеганс C. Анализ дегенерация нейронов для проверки потенциальных болезни Паркинсона Гены

Improvements to the diagnosis and treatment of Parkinson's disease (PD) are dependent upon knowledge about susceptibility factors that render populations ...

Dissecting and Recording from The C. Elegans Neuromuscular Junction

Разбор и запись с Junction C. Elegans нервно-мышечной

Neurotransmission is the process by which neurons transfer information via chemical signals to their post-synaptic targets, on a rapid time scale.   This ...

A Protocol for the Production of KLRG1 Tetramer

Протокол Производство KLRG1 тетрамер

Killer cell lectin-like receptor G1 (KLRG1) is a type II transmembrane glycoprotein inhibitory receptor belonging to the C type lectin-like superfamily. ...

Measuring Caenorhabditis elegans Life Span in 96 Well Microtiter Plates

Measuring Caenorhabditis elegans Life Span in 96 Well Microtiter Plates

Измерительный Caenorhabditis Элеганс Продолжительность жизни в 96-луночных микротитровальных

Lifespan is a biological process regulated by several genetic pathways. One strategy to investigate the biology of aging is to study animals that harbor ...

High-throughput Screening and Biosensing with Fluorescent C. elegans Strains

High-throughput Screening and Biosensing with Fluorescent C. elegans Strains

Высокопроизводительный скрининг и биодатчиков с люминесцентными С. Элеганс Штаммы

High-throughput screening (HTS) is a powerful approach for identifying chemical modulators of biological processes.  However, many compounds identified in ...

Creating Defined Gaseous Environments to Study the Effects of Hypoxia on C. elegans

Creating Defined Gaseous Environments to Study the Effects of Hypoxia on C. elegans

Создание определяемых газообразных сред для изучения влияния гипоксии на<em&gt; С. Элеганс</em

Oxygen is essential for all metazoans to survive, with one known exception1. Decreased O2 availability (hypoxia) can arise during states of disease, ...

Using RNA-mediated Interference Feeding Strategy to Screen for Genes Involved in Body Size Regulation in the Nematode C. elegans

Using RNA-mediated Interference Feeding Strategy to Screen for Genes Involved in Body Size Regulation in the Nematode C. elegans

Использование РНК-опосредованного вмешательства стратегии кормления для выявления генов, участвующих в размерах тела регулированию в Нематода<em&gt; C. Элеганс</em

Double-strand RNA-mediated interference (RNAi) is an effective strategy to knock down target gene expression1-3. It has been applied to many model systems ...

C. elegans Chemotaxis Assay

C. elegans Chemotaxis Assay

C. Элеганс Анализ хемотаксиса

Many organisms use chemotaxis to seek out food sources, avoid noxious substances, and find mates.  Caenorhabditis elegans has impressive chemotaxis ...

A Rapid Protocol for Integrating Extrachromosomal Arrays With High Transmission Rate into the C. elegans Genome

A Rapid Protocol for Integrating Extrachromosomal Arrays With High Transmission Rate into the C. elegans Genome

Microinjecting DNA into the cytoplasm of the syncytial gonad of Caenorhabditis elegans is the main technique used to establish transgenic lines that ...