Name: in vitro trna methylation assay with the entamoeba histolytica dna and trna methyltransferase dnmt2 (ehmeth) enzyme
Uploaded: 2010-10-19T17:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about In vitro tRNA Methylation Assay with the Entamoeba histolytica DNA and tRNA Methyltransferase Dnmt2 Ehmeth Enzyme at JoVE.com

Это исследование было поддержано грантами от Израиля научного фонда и института семьи Раппапорт по исследованиям в области медицинских наук и Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG).

Предпосылки Перед началом эксперимента: <ul><li> РНКазы без воды используется в обработке РНК в лаборатории, чтобы уменьшить риск РНК деградирует от РНКазы. Для этого воду обычно лечится с 0,1% об. / diethylpyrocarbonate (DEPC) не менее 1 часа при температуре 37 ° С и затем автоклавного (по крайней мере 15 ми?...

<ol>
	<li>Banerjee, S., Fisher, O., Lohia, A., Ankri, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Entamoeba+histolytica+DNA+methyltransferase+(Ehmeth)+is+a+nuclear+matrix+protein+that+binds+EhMRS2,+a+DNA+that+includes+a+scaffold/matrix+attachment+region+(S/MAR).">Entamoeba histolytica DNA methyltransferase (Ehmeth) is a nuclear matrix protein that binds EhMRS2, a DNA that includes a scaffold/matrix attachment region (S/MAR).</a> Mol Biochem Parasitol. 139, 91-97 (2005).</li><li>Fisher, O., Siman-Tov, R., Ankri, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+cytosine+methylated+regions+and+5-cytosine+DNA+methyltransferase+(Ehmeth)+in+the+protozoan+parasite+Entamoeba+histolytica.">Characterization of cytosine methylated regions and 5-cytosine DNA methyltransferase (Ehmeth) in the protozoan parasite Entamoeba histolytica.</a> Nucleic Acids Res. 32, 287-297 (2004).</li><li>Harony, H., Bernes, S., Siman-Tov, R., Ankri, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+methylation+and+targeting+of+LINE+retrotransposons+in+Entamoeba+histolytica+and+Entamoeba+invadens.">DNA methylation and targeting of LINE retrotransposons in Entamoeba histolytica and Entamoeba invadens.</a> Mol Biochem Parasitol. 147, 55-63 (2006).</li><li>Kuhlmann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Silencing+of+retrotransposons+in+Dictyostelium+by+DNA+methylation+and+RNAi.">Silencing of retrotransposons in Dictyostelium by DNA methylation and RNAi.</a> Nucleic Acids Res. 33, 6405-6417 (2005).</li><li>Katoh, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Developmentally+regulated+DNA+methylation+in+Dictyostelium+discoideum.">Developmentally regulated DNA methylation in Dictyostelium discoideum.</a> Eukaryot Cell. 5, 18-25 (2006).</li><li>Phalke, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Retrotransposon+silencing+and+telomere+integrity+in+somatic+cells+of+Drosophila+depends+on+the+cytosine-5+methyltransferase+DNMT2.">Retrotransposon silencing and telomere integrity in somatic cells of Drosophila depends on the cytosine-5 methyltransferase DNMT2.</a> Nat Genet. 41, 696-702 (2009).</li><li>Tovy, A., Siman Tov, R., Gaentzsch, R., Helm, M., Ankri, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+nuclear+function+of+the+Entamoeba+histolytica+glycolytic+enzyme+enolase:+the+metabolic+regulation+of+cytosine-5+methyltransferase+2+(Dnmt2)+activity.">A new nuclear function of the Entamoeba histolytica glycolytic enzyme enolase: the metabolic regulation of cytosine-5 methyltransferase 2 (Dnmt2) activity.</a> PLoS Pathog. 6, e1000775-e1000775 (2010).</li><li>Jeltsch, A., Nellen, W., Lyko, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two+substrates+are+better+than+one:+dual+specificities+for+Dnmt2+methyltransferases.">Two substrates are better than one: dual specificities for Dnmt2 methyltransferases.</a> Trends Biochem Sci. 31, 306-308 (2006).</li><li>Fechter, P., Rudinger, J., Giege, R., Theobald-Dietrich, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribozyme+processed+tRNA+transcripts+with+unfriendly+internal+promoter+for+T7+RNA+polymerase:+production+and+activity.">Ribozyme processed tRNA transcripts with unfriendly internal promoter for T7 RNA polymerase: production and activity.</a> FEBS Lett. 436, 99-103 (1998).</li><li>Hermann, A., Schmitt, S., Jeltsch, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+human+Dnmt2+has+residual+DNA-(Cytosine-C5)-methyltransferase+activity.">The human Dnmt2 has residual DNA-(Cytosine-C5)-methyltransferase activity.</a> J Biol Chem. 278, 31717-31721 (2003).</li><li>Narsa Reddy, M., Tang, L. Y., Lee, T. L., &amp;amp, T. L., James Shen, C. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+candidate+gene+for+Drosophila+genome+methylation.">A candidate gene for Drosophila genome methylation.</a> Oncogene. 22, 6301-6303 (2003).</li></ol>

В этой презентации мы показали, как подготовить активных компонентов для меры тРНК метилтрансферазы деятельность Е. histolytica Ehmeth фермента. Эта процедура может служить отправной точкой и быть легко адаптированы для других меру метилтрансферазы тРНК. Важно следовать процедурам, кото...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Taq Polymerase (5 U/&mu;l)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Rapidozym, Berlin</td>
<td>GEN-003-1000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>10X Gentherm PCR Buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Rapidozym, Berlin</td>
<td>With GEN-003-1000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MgCl2 (50 mM)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Rapidozym, Berlin</td>
<td>With GEN-003-1000</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>dNTP mix (10 mM)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fermentas, St. Leon-Rot</td>
<td>R0191</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Oligo nucleotides</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>IBA, G&ouml;ttingen</td>
<td>Customized</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NTP mix (25mM)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fermentas, St. Leon-Rot</td>
<td>R0481</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GelRed Nucleic Acid Stain 3X in water</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Biotium</td>
<td>41001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Dithiotreitol</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fermentas, St. Leon-Rot</td>
<td>R0861</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Spermidine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma, Germany</td>
<td>S0266</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Pall Nanosep 0.45 &mu;m</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma, Germany</td>
<td>Z722014</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Dichlorodimethylsilane</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma, Germany</td>
<td>40140</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ethanol (Ph. Eur.)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth, Karlsruhe</td>
<td>5054.3</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tris HCl</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth, Karlsruhe</td>
<td>9090.3</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tris</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth, Karlsruhe</td>
<td>AE15.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BSA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fermentas, St. Leon-Rot</td>
<td>B14</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Triton X-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma, Germany</td>
<td>T8787</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>TEMED</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth, Karlsruhe</td>
<td>2367.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ammonium Peroxodisulfate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth, Karlsruhe</td>
<td>9592.2</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Rotiphorese Sequencing gel concentrate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth, Karlsruhe</td>
<td>3043.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Rotiphorese Sequencing gel diluent</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth, Karlsruhe</td>
<td>3047.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Rotiphorese Sequencing gel buffer concentrate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth, Karlsruhe</td>
<td>3050.1</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Rotiphorese 10X TBE-buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roth, Karlsruhe</td>
<td>3061.2</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DEPC</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>D5758</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNAse ExTERMINATOR</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Biological Industry Beit Haemek</td>
<td>01-895-1B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ampicillin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A0166</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>IPTG</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>I6758</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>PMSF</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>P7626</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Lysozyme</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>L7651</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Leupeptine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>L2884</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Benzonase Nuclease</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Novagen</td>
<td>70746-3</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>BugBuster protein extraction reagent</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Novagen</td>
<td>70921-3</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glutathione-agarose resin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>G4510</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>L-glutathione reduced</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>G4251</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>AdoMet</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>New England Biolabs</td>
<td>B9003</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>AdoMet 3H</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>PerkinElmer</td>
<td>NET155250UC</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Scintillation Cocktail</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>CytoScint</td>
<td>882453</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

in vitro trna methylation assay with the entamoeba histolytica dna and trna methyltransferase dnmt2 (ehmeth) enzyme

Простейшие паразиты являются одними из самых разрушительных инфекционных агентов человека ответственным за различных заболеваний, включая амебиаз, который является одним из трех наиболее распространенных причин смерти от паразитарных заболеваний. Агент амебиаза является амеба Entamoeba histolytica паразит, который существует в рамках двух этапов: инфекционного кисты содержатся в пище или воде и инвазивных жизни трофозоит в кишечнике. Клинические проявления амебиаза диапазоне от бессимптомных до колит, дизентерия, или абсцессы печени. E. histolytica является одним из редких одноклеточного паразита с 5-метилцитозин (5mC) в своем геноме. 1, 2 содержит один ДНК-метилтрансферазы, Ehmeth, который принадлежит Dnmt2 семьи. 2 Dnmt2 роль в контроле за повторяющихся элементов имеет была создана в E. histolytica, 3 Dictyostelium discoideum 4,5 и дрозофилы. 6 Наши последние исследования показали, что Ehmeth метилирует тРНК Asp, и эти данные показывают, что этот фермент имеет двойную ДНК / тРНК Asp метилтрансферазы деятельности. 7 Это наблюдение согласуется с двойной активностью , которые были сообщены для D. discoideum и D. MELANOGASTER 8. функциональное значение ДНК / специфичность тРНК Dnmt2 ферменты, пока неизвестно. Для решения этого вопроса, метод определения тРНК метилтрансферазы деятельности Dnmt2 белков была создана. В этом видео мы опишем простой подход для подготовки адекватного субстрата тРНК для Dnmt2 и метод измерения его тРНК метилтрансферазы деятельности.

Watch this Scientific Journal Video about In vitro tRNA Methylation Assay with the Entamoeba histolytica DNA and tRNA Methyltransferase Dnmt2 Ehmeth Enzyme at JoVE.com

In vitro tRNA Methylation Assay with the Entamoeba histolytica DNA and tRNA Methyltransferase Dnmt2 Ehmeth Enzyme

Этот протокол описывает подготовку синтетический субстрат для тРНК<em&gt; Entamoeba histolytica</em&gt; ДНК / тРНК метилтрансферазы 2 (Dnmt2) Ehmeth гомолога и мера ее метилтрансферазы деятельности. Этот экспериментальный подход может быть использован для исследования деятельности других Dnmt2 белков.

В пробирке тРНК метилирования Пробирной с Entamoeba histolytica ДНК и тРНК метилтрансферазы Dnmt2 (Ehmeth) Фермент

Protozoan parasites are among the most devastating infectious agents of humans responsible for a variety of diseases including amebiasis, which is one of ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

In vitro tRNA Methylation Assay with the Entamoeba histolytica DNA and tRNA Methyltransferase Dnmt2 (Ehmeth) Enzyme

Development of a Negative Selectable Marker for Entamoeba histolytica

Development of a Negative Selectable Marker for Entamoeba histolytica

Развитие Отрицательные Маркер для выбора Entamoeba histolytica</em

Entamoeba histolytica is the causative agent of amebiasis and infects up to 10% of the world's population. The molecular techniques that have enabled the ...

Establishment of an In vitro System to Study Intracellular Behavior of Candida glabrata in Human THP-1 Macrophages

Establishment of an In vitro System to Study Intracellular Behavior of Candida glabrata in Human THP-1 Macrophages

Создание<em&gt; В пробирке</em&gt; Система по изучению внутриклеточных Поведение<em&gt; Candida glabrata</em&gt; В человека ТНР-1 макрофагов

A cell culture model system, if a close mimic of host environmental conditions, can serve as an inexpensive, reproducible and easily manipulatable ...

Quantitative In vitro Assay to Measure Neutrophil Adhesion to Activated Primary Human Microvascular Endothelial Cells under Static Conditions

Quantitative In vitro Assay to Measure Neutrophil Adhesion to Activated Primary Human Microvascular Endothelial Cells under Static Conditions

Количественный<em&gt; В пробирке</em&gt; Анализе на определение адгезию нейтрофилов к активированным Первичные человеческие эндотелиальные клетки микрососудов в статических условиях

The vascular  endothelium plays an integral part in the inflammatory response. During the  acute phase of inflammation, endothelial cells (ECs) are ...

In Vitro Assay to Evaluate the Impact of Immunoregulatory Pathways on HIV-specific CD4 T Cell Effector Function

In Vitro Assay to Evaluate the Impact of Immunoregulatory Pathways on HIV-specific CD4 T Cell Effector Function

Анализ in vitro для оценки влияния иммунорегуляторных Пути на ВИЧ-специфических CD4 Т-клеток эффекторной функцией

T cell exhaustion is a major factor in failed pathogen clearance during chronic viral infections. Immunoregulatory pathways, such as PD-1 and IL-10, are ...

Investigating the Effects of Probiotics on Pneumococcal Colonization Using an In Vitro Adherence Assay

Investigating the Effects of Probiotics on Pneumococcal Colonization Using an In Vitro Adherence Assay

Исследование действия пробиотиков на пневмококковой колонизации Использование<em&gt; Экстракорпоральное</em&gt; Соблюдение Анализ

Adherence of Streptococcus pneumoniae (the pneumococcus) to the epithelial lining of the nasopharynx can result in colonization and is considered a ...

A Restriction Enzyme Based Cloning Method to Assess the In vitro Replication Capacity of HIV-1 Subtype C Gag-MJ4 Chimeric Viruses

A Restriction Enzyme Based Cloning Method to Assess the In vitro Replication Capacity of HIV-1 Subtype C Gag-MJ4 Chimeric Viruses

Рестриктазой основе Клонирование метод оценки<em&gt; В пробирке</em&gt; Репликация Емкость ВИЧ-1 подтипа С Gag-MJ4 химерных вирусов

The protective effect of many HLA class I alleles on HIV-1 pathogenesis and disease progression is, in part, attributed to their ability to target ...

Analysis of the Epithelial Damage Produced by Entamoeba histolytica Infection

Analysis of the Epithelial Damage Produced by Entamoeba histolytica Infection

Анализ ущерба эпителиальных Продюсеры<em&gt; Entamoeba гистолитика</em&gt; Инфекция

Entamoeba histolytica is the causative agent of human amoebiasis, a major cause of diarrhea and hepatic abscess in tropical countries. Infection is ...

Development of an in vitro model system for studying the interaction of Equus caballus IgE with its high-affinity receptor Fc&#949;RI

Development of an in vitro model system for studying the interaction of Equus caballus IgE with its high-affinity receptor FcÃƒÅ½Ã‚ÂµRI

Разработка<em&gt; В пробирке</em&gt; Модельной системой для изучения взаимодействия<em&gt; Equus</em&gt;<em&gt; Caballus</em&gt; IgE с рецептором с высоким сродством FcεRI

The interaction of IgE with its high-affinity Fc receptor (Fc&#949;RI) followed by an antigenic challenge is the principal pathway in IgE mediated ...

Measuring Influenza Neuraminidase Inhibition Antibody Titers by Enzyme-linked Lectin Assay

Измерение гриппа нейраминидазы ингибирования Титры антител методом ферментативного лектина Пробирной

Antibodies to neuraminidase (NA), the second most abundant surface protein on influenza virus, contribute toward protection against influenza. Traditional ...

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Analysis of Lymphocyte Extravasation Using an In Vitro Model of the Human Blood-brain Barrier

Анализ лимфоцитов экстравазации спользование<em&gt; In Vitro</em&gt; Модель человеческого гематоэнцефалический барьер

Lymphocyte extravasation into the central nervous system (CNS) is critical for immune surveillance. Disease-related alterations of lymphocyte ...