Name: microtiter dish biofilm formation assay
Uploaded: 2011-01-30T18:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Microtiter Dish Biofilm Formation Assay at JoVE.com

תודתי שרי קוצ&#39;מה, פיט ניואל ורוברט שאנקס למתן את התמונות באיור 1. עבודה זו נתמכה על ידי NIH כדי להעניק R01AI083256 GAO

1. גידול biofilm <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לגדול תרבות של Pseudomonas aeruginosa wild-type או זן מוטנטי על הלילה בינוני עשיר (LB כלומר) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> לדלל את 1:100 על תרבות הלילה לתוך מדיום חדש עבור מבחני biofilm. Biofilm תקן assay בינונית פ aeruginosa M63 הוא מ?...

<ol>
	<li>O'Toole, G. A., Kolter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Initiation+of+biofilm+formation+in+Pseudomonas+fluorescens+WCS365+proceeds+via+multiple,+convergent+signalling+pathways:+a+genetic+analysis.">Initiation of biofilm formation in Pseudomonas fluorescens WCS365 proceeds via multiple, convergent signalling pathways: a genetic analysis.</a> Mol. Microbiol. 28, 449-461 (1998).</li><li>O'Toole, G. A., Doyle, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Methods in Enzymology. , 91-109 (1999).</li><li>Mah, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genetic+basis+for+Pseudomonas+aeruginosa+biofilm+antibiotic+resistance.">A genetic basis for Pseudomonas aeruginosa biofilm antibiotic resistance.</a> Nature. 426, 306-310 (2003).</li><li>Kuchma, S. L., Connolly, J. P., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+three-component+regulatory+system+regulates+biofilm+maturation+and+type+III+secretion+in+Pseudomonas+aeruginosa.">A three-component regulatory system regulates biofilm maturation and type III secretion in Pseudomonas aeruginosa.</a> J Bacteriol. 187, 1441-1454 (2005).</li><li>Caiazza, N. C., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SadB+is+required+for+the+transition+from+reversible+to+irreversible+attachment+during+biofilm+formation+by+Pseudomonas+aeruginosa+PA14.">SadB is required for the transition from reversible to irreversible attachment during biofilm formation by Pseudomonas aeruginosa PA14.</a> J Bacteriol. 186, 4476-4485 (2004).</li><li>Shanks, R. M., Sargent, J. L., Martinez, R. M., Graber, M. L., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Catheter+lock+solutions+influence+staphylococcal+biofilm+formation+on+abiotic+surfaces.">Catheter lock solutions influence staphylococcal biofilm formation on abiotic surfaces.</a> Nephrol Dial Transplant. 21, 2247-2255 (2006).</li><li>Caiazza, N. C., Merritt, J. H., Brothers, K. M., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inverse+regulation+of+biofilm+formation+and+swarming+motility+by+Pseudomonas+aeruginosa+PA14.">Inverse regulation of biofilm formation and swarming motility by Pseudomonas aeruginosa PA14.</a> J. Bacteriol. 189, 3603-3612 (2007).</li><li>Hinsa, S. M., Espinosa-Urgel, M., Ramos, J. L., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transition+from+reversible+to+irreversible+attachment+during+biofilm+formation+by+Pseudomonas+fluorescens+WCS365+requires+an+ABC+transporter+and+a+large+secreted+protein.">Transition from reversible to irreversible attachment during biofilm formation by Pseudomonas fluorescens WCS365 requires an ABC transporter and a large secreted protein.</a> Mol Microbiol. 49, 905-918 (2003).</li><li>Mack, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+transposon+mutants+of+biofilm-producing+Staphylococcus+epidermidis+impaired+in+the+accumulative+phase+of+biofilm+production:+genetic+identification+of+a+hexosamine-containing+polysaccharide+intracellular+adhesin.">Characterization of transposon mutants of biofilm-producing Staphylococcus epidermidis impaired in the accumulative phase of biofilm production: genetic identification of a hexosamine-containing polysaccharide intracellular adhesin.</a> Infect. Immun. 62, 3244-3253 (1994).</li><li>Vidal, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+an+Escherichia+coli+K-12+mutant+strain+able+to+form+biofilms+on+inert+surfaces:+involvement+of+a+new+ompR+allele+that+increases+curli+expression.">Isolation of an Escherichia coli K-12 mutant strain able to form biofilms on inert surfaces: involvement of a new ompR allele that increases curli expression.</a> J. Bacteriol. 180, 2442-2449 (1998).</li><li>Junker, L. M., Clardy, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+screens+for+small-molecule+inhibitors+of+Pseudomonas+aeruginosa+biofilm+development.">High-throughput screens for small-molecule inhibitors of Pseudomonas aeruginosa biofilm development.</a> Antimicrob Agents Chemother. 51, 3582-3590 (2007).</li></ol>

שיטה זו יכולה להיות שונה לשימוש עם מגוון רחב של מינים של חיידקים. חיידקים ניעתי בדרך כלל לדבוק קירות ו / או תחתית של בארות, בעוד שאינם ניעתי חיידקים בדרך כלל לדבוק התחתון של בארות. תנאים אופטימליים ליצירת biofilm (כלומר, מדיום גידול, טמפרטורה, זמן הדגירה) צריכה להיקבע באופן...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>1 X M63</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Prepare as a 5X M63 stock by dissolving 15g KH2PO4, 35g K2HPO4 and 10g (NH4)2SO4 in 1 L of water. This stock does not need to be autoclaved and can be stored at room temperature. Dilute 5X stock 1:5, autoclave, cool, then add the desired components.</td>
</tr>
<tr>
<td>KH2PO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>P285-500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>K2HPO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>P288-500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>(NH4)2SO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A5132</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Magnesium sulfate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>M63-500</td>
<td>Add to 1 mM final concentration. Prepare as a 1 M stock in water and autoclave.</td>
</tr>
<tr>
<td>Glucose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>D16-3</td>
<td>Add to 0.2% final concentration. Prepare as a 20% stock in water and autoclave.</td>
</tr>
<tr>
<td>Casamino acids</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Beckton-Dickinson</td>
<td>223050</td>
<td>Add to 0.5% final concentration. Prepare as a 20% stock in water and autoclave.</td>
</tr>
<tr>
<td>Arginine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A5131</td>
<td>Add to 0.4% final concentration. Prepare as a 20% stock in water and filter sterilize. This alternative carbon/energy source can replace glucose and casamino acids</td>
</tr>
<tr>
<td>Microtiter plates</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Beckton-Dickinson</td>
<td>353911</td>
<td>Falcon 3911, Microtest III, Flexible assay plates, 96 well, U-bottom, non-sterile, non-tissue-culture treated.</td>
</tr>
<tr>
<td>Microtiter plate lids</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Beckton-Dickinson</td>
<td>353913</td>
<td>The lids can be reused by cleaning with 95% ethanol in water.</td>
</tr>
<tr>
<td>Crystal violet</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>229641000</td>
<td>Prepare as a 0.1% solution in water.</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>

microtiter dish biofilm formation assay

Biofilms הן הקהילות של חיידקים המצורפת משטחים, אשר ניתן למצוא הגדרות רפואה, תעשייה טבעי. למעשה, החיים biofilm כנראה מייצג את הרוב במצב של צמיחה עבור חיידקים ברוב הסביבות. Biofilms בוגר יש כמה מאפיינים ברורים. חיידקים biofilm מוקפים בדרך כלל על ידי מטריצה ​​תאיים המספק מבנה והגנה לקהילה. חיידקים הגדלים biofilm גם ארכיטקטורה מורכבת בדרך כלל מאפיין של macrocolonies (המכיל אלפי תאים) מוקפת תעלות מלאות נוזל. Biofilm מבוגר חיידקים גם ידוע לשמצה בשל התנגדותם מגוון של סוכני מיקרוביאלית כולל אנטיביוטיקה רלוונטיות קלינית. Assay צלחת microtiter הוא כלי חשוב ללימוד בשלבים המוקדמים של היווצרות biofilm, וכן הוחל בעיקר ללימוד biofilms חיידקי, אם כי זה assay שימש גם ללמוד היווצרות biofilm פטרייתי. מכיוון assay זה משתמש סטטי, אצווה צמיחה התנאים, זה לא לאפשר היווצרות של biofilms בוגרת הקשורות בדרך כלל עם מערכות התא זרימה. עם זאת, assay כבר יעילה בזיהוי גורמים רבים נדרש ייזום של היווצרות biofilm (כלומר, שוטונים, פילי, adhesins, אנזימים המעורבים מחייב מחזורית-di-GMP ו מטבוליזם) ו גם גנים המעורבים בייצור פוליסכריד תאיים. יתר על כן, העבודה שפורסם עולה כי biofilms גדל מנות microtiter לעשות לפתח כמה מאפיינים של biofilms בוגרים, כגון סובלנות עמידות לאנטיביוטיקה כדי effectors המערכת החיסונית. זו מנה פשוטה assay microtiter מאפשר היווצרות של biofilm על קיר / או התחתון של צלחת microtiter. אופי תפוקה גבוהה של assay עושה את זה שימושי עבור מסכי גנטי, כמו גם בדיקות biofilm היווצרות של זנים רבים בתנאים צמיחה שונים. גרסאות של assay זה שימשו כדי להעריך היווצרות biofilm מוקדם עבור מגוון רחב של חיידקים, כולל אך לא מוגבל, pseudomonads, Vibrio cholerae, Escherichia coli, staphylocci, enterococci, mycobacteria ופטריות. בפרוטוקול המתואר כאן, נתמקד השימוש assay זה ללמוד היווצרות biofilm על ידי Pseudomonas aeruginosa אורגניזם מודל. ב assay זה, בהיקף של היווצרות biofilm נמדדת באמצעות גביש צבע סגול (CV). עם זאת, מספר כתמי colorimetric ו מטבוליות אחרות דווחו על כימות של היווצרות biofilm באמצעות assay צלחת microtiter. , להקל על העלות הנמוכה והגמישות של assay צלחת microtiter עשה את זה כלי חיוני ללימוד biofilms.

Watch this Scientific Journal Video about Microtiter Dish Biofilm Formation Assay at JoVE.com

Microtiter Dish Biofilm Formation Assay

Assay מתאר אמצעי מהיר למדוד היווצרות biofilm מוקדם חיידקים ופטריות. שיטה זו משתמשת צלחת microtiter כמו לתשתית להיווצרות חיידקים biofilm ו biofilm היא דמיינו באמצעות סגול זן קריסטל. Assay מספק גם assay איכותי או כמותי ליצירת biofilm מוקדם.

Biofilm microtiter תבשיל גיבוש Assay

Biofilms are communities of microbes attached to surfaces, which can be found in medical, industrial and natural settings.  In fact, life in a biofilm ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

A 96 Well Microtiter Plate-based Method for Monitoring Formation and Antifungal Susceptibility Testing of Candida albicans Biofilms

A 96 Well Microtiter Plate-based Method for Monitoring Formation and Antifungal Susceptibility Testing of Candida albicans Biofilms

96 microtiter ובכן פלייט מבוססי שיטה ליצירת ניטור ובדיקה של רגישות נגד פטריות קנדידה אלביקנס Biofilms

Candida albicans remains the most frequent cause of fungal infections in an expanding population of compromised patients and candidiasis is now the third ...

Pseudomonas aeruginosa and Saccharomyces cerevisiae Biofilm in Flow Cells

Pseudomonas aeruginosa and Saccharomyces cerevisiae Biofilm in Flow Cells

Pseudomonas aeruginosa ו biofilm Saccharomyces cerevisiae בתוך תאים Flow

Many microbial cells have the ability to form sessile microbial communities defined as biofilms that have altered physiological and pathological ...

In vitro Biofilm Formation in an 8-well Chamber Slide

In vitro Biofilm Formation in an 8-well Chamber Slide

ב גיבוש biofilm חוץ גופית ב 8-Slide גם לשכת

The chronic nature of many diseases is attributed to the formation of bacterial biofilms which are recalcitrant to traditional antibiotic therapy. ...

Deciphering and Imaging Pathogenesis and Cording of Mycobacterium abscessus in Zebrafish Embryos

Deciphering and Imaging Pathogenesis and Cording of Mycobacterium abscessus in Zebrafish Embryos

פענוח ופתוגנזה הדמיה והשתרגות<em&gt; Abscessus Mycobacterium</em&gt; בעוברי דג הזברה

Zebrafish (Danio rerio) embryos are increasingly used as an infection model to study the function of the vertebrate innate immune system in host-pathogen ...

Targeting Biofilm Associated Staphylococcus aureus Using Resazurin Based Drug-susceptibility Assay

Targeting Biofilm Associated Staphylococcus aureus Using Resazurin Based Drug-susceptibility Assay

מיקוד Associated Biofilm<em&gt; Staphylococcus aureus</em&gt; Assay רגישות בסמים בהתבסס Resazurin שימוש

Most pathogenic bacteria are able to form biofilms during infection, but due to the difficulty of manipulating and assessing biofilms, the vast majority ...

"Phagosome Closure Assay" to Visualize Phagosome Formation in Three Dimensions Using Total Internal Reflection Fluorescent Microscopy (TIRFM)

"Phagosome Closure Assay" to Visualize Phagosome Formation in Three Dimensions Using Total Internal Reflection Fluorescent Microscopy TIRFM

&quot;Assay סגירת Phagosome&quot; לדמיין גיבוש Phagosome בשלושה ממדים באמצעות סך פנימית השתקפות מיקרוסקופ פלואורסצנטי (TIRFM)

Phagocytosis is a mechanism used by specialized cells to internalize and eliminate microorganisms or cellular debris. It relies on profound rearrangements ...

Visualizing the Effects of Sputum on Biofilm Development Using a Chambered Coverglass Model

לדמיין את ההשפעות של כיח על פיתוח biofilm באמצעות מודל תאיים coverglass

Biofilms consist of groups of bacteria encased in a self-secreted matrix. They play an important role in industrial contamination as well as in the ...

Visualization of Biofilm Formation in Candida albicans Using an Automated Microfluidic Device

Visualization of Biofilm Formation in Candida albicans Using an Automated Microfluidic Device

ויזואליזציה של ביופילמים ב קנדידה אלביקנס שימוש בהתקן Microfluidic אוטומטי

Candida albicans is the most common fungal pathogen of humans, causing about 15% of hospital-acquired sepsis cases. A major virulence attribute of C. ...

Bile Salt-induced Biofilm Formation in Enteric Pathogens: Techniques for Identification and Quantification

מלח מרה-induced ביופילמים בתוך המעית פתוגנים: טכניקות וכימות

Biofilm formation is a dynamic, multistage process that occurs in bacteria under harsh environmental conditions or times of stress. For enteric pathogens, ...

A High-throughput Assay to Assess and Quantify Neutrophil Extracellular Trap Formation

תפוקה גבוהה הנועד להעריך ולכמת את היווצרות נויטרופילים מלכודת חוץ-תאית

Neutrophil extracellular traps (NETs) are immunogenic extracellular DNA structures that can be released by neutrophils upon a wide variety of triggers. ...