Name: microtiter dish biofilm formation assay
Uploaded: 2011-01-30T18:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Microtiter Dish Biofilm Formation Assay at JoVE.com

Sherry Kuçma, Pete Newell ve Robert Shanks Şekil 1 görüntüleri sağlamak için teşekkür ederim. Bu çalışma GAO, Ulusal Sağlık Enstitüsü, hibe R01AI083256 tarafından desteklenen

1. Biyofilm Büyüyen <ol><li> Yabani tip Pseudomonas aeruginosa veya gece boyunca zengin bir ortamda mutant suş (yani LB) bir kültür büyütün </li><li> Biyofilm deneyleri için taze ortama aşırı gece kültür 1:100 sulandırınız. P. için standart bir biyofilm tahlil orta aeruginosa M63 minimal orta magnezyum sülfat, glukoz ve casamino asitleri (Tablo) ile desteklenmiş. Alternatif bir biyofilm teşvik etmek, daha az planktonik büyüme ve daha sağlam bir biyofilm, glikoz ve cas...

<ol>
	<li>O'Toole, G. A., Kolter, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Initiation+of+biofilm+formation+in+Pseudomonas+fluorescens+WCS365+proceeds+via+multiple,+convergent+signalling+pathways:+a+genetic+analysis.">Initiation of biofilm formation in Pseudomonas fluorescens WCS365 proceeds via multiple, convergent signalling pathways: a genetic analysis.</a> Mol. Microbiol. 28, 449-461 (1998).</li><li>O'Toole, G. A., Doyle, R. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Methods in Enzymology. , 91-109 (1999).</li><li>Mah, T. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+genetic+basis+for+Pseudomonas+aeruginosa+biofilm+antibiotic+resistance.">A genetic basis for Pseudomonas aeruginosa biofilm antibiotic resistance.</a> Nature. 426, 306-310 (2003).</li><li>Kuchma, S. L., Connolly, J. P., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+three-component+regulatory+system+regulates+biofilm+maturation+and+type+III+secretion+in+Pseudomonas+aeruginosa.">A three-component regulatory system regulates biofilm maturation and type III secretion in Pseudomonas aeruginosa.</a> J Bacteriol. 187, 1441-1454 (2005).</li><li>Caiazza, N. C., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SadB+is+required+for+the+transition+from+reversible+to+irreversible+attachment+during+biofilm+formation+by+Pseudomonas+aeruginosa+PA14.">SadB is required for the transition from reversible to irreversible attachment during biofilm formation by Pseudomonas aeruginosa PA14.</a> J Bacteriol. 186, 4476-4485 (2004).</li><li>Shanks, R. M., Sargent, J. L., Martinez, R. M., Graber, M. L., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Catheter+lock+solutions+influence+staphylococcal+biofilm+formation+on+abiotic+surfaces.">Catheter lock solutions influence staphylococcal biofilm formation on abiotic surfaces.</a> Nephrol Dial Transplant. 21, 2247-2255 (2006).</li><li>Caiazza, N. C., Merritt, J. H., Brothers, K. M., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Inverse+regulation+of+biofilm+formation+and+swarming+motility+by+Pseudomonas+aeruginosa+PA14.">Inverse regulation of biofilm formation and swarming motility by Pseudomonas aeruginosa PA14.</a> J. Bacteriol. 189, 3603-3612 (2007).</li><li>Hinsa, S. M., Espinosa-Urgel, M., Ramos, J. L., O'Toole, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transition+from+reversible+to+irreversible+attachment+during+biofilm+formation+by+Pseudomonas+fluorescens+WCS365+requires+an+ABC+transporter+and+a+large+secreted+protein.">Transition from reversible to irreversible attachment during biofilm formation by Pseudomonas fluorescens WCS365 requires an ABC transporter and a large secreted protein.</a> Mol Microbiol. 49, 905-918 (2003).</li><li>Mack, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+transposon+mutants+of+biofilm-producing+Staphylococcus+epidermidis+impaired+in+the+accumulative+phase+of+biofilm+production:+genetic+identification+of+a+hexosamine-containing+polysaccharide+intracellular+adhesin.">Characterization of transposon mutants of biofilm-producing Staphylococcus epidermidis impaired in the accumulative phase of biofilm production: genetic identification of a hexosamine-containing polysaccharide intracellular adhesin.</a> Infect. Immun. 62, 3244-3253 (1994).</li><li>Vidal, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+of+an+Escherichia+coli+K-12+mutant+strain+able+to+form+biofilms+on+inert+surfaces:+involvement+of+a+new+ompR+allele+that+increases+curli+expression.">Isolation of an Escherichia coli K-12 mutant strain able to form biofilms on inert surfaces: involvement of a new ompR allele that increases curli expression.</a> J. Bacteriol. 180, 2442-2449 (1998).</li><li>Junker, L. M., Clardy, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-throughput+screens+for+small-molecule+inhibitors+of+Pseudomonas+aeruginosa+biofilm+development.">High-throughput screens for small-molecule inhibitors of Pseudomonas aeruginosa biofilm development.</a> Antimicrob Agents Chemother. 51, 3582-3590 (2007).</li></ol>

Bu yöntem, çok çeşitli mikrobiyal türlerin kullanım için modifiye edilebilir. Non-motil mikropların genellikle kuyuların dibine bağlı hareketli mikropların genellikle, duvarlar ve / veya kuyuların dipleri bağlı. Biyofilm oluşumu (yani, büyüme ortamı, sıcaklığı, kuluçka süresi) için optimal koşulları her mikrop için ampirik olarak tespit edilmelidir. Ben her tür ya da durum (4-8) birden fazla performans için her bir plaka üzerinde bir negatif kontrol çoğaltır ve olumlu bir kontrolü de ...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>1 X M63</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Prepare as a 5X M63 stock by dissolving 15g KH2PO4, 35g K2HPO4 and 10g (NH4)2SO4 in 1 L of water. This stock does not need to be autoclaved and can be stored at room temperature. Dilute 5X stock 1:5, autoclave, cool, then add the desired components.</td>
</tr>
<tr>
<td>KH2PO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>P285-500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>K2HPO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>P288-500</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>(NH4)2SO4</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A5132</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Magnesium sulfate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>M63-500</td>
<td>Add to 1 mM final concentration. Prepare as a 1 M stock in water and autoclave.</td>
</tr>
<tr>
<td>Glucose</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher</td>
<td>D16-3</td>
<td>Add to 0.2% final concentration. Prepare as a 20% stock in water and autoclave.</td>
</tr>
<tr>
<td>Casamino acids</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Beckton-Dickinson</td>
<td>223050</td>
<td>Add to 0.5% final concentration. Prepare as a 20% stock in water and autoclave.</td>
</tr>
<tr>
<td>Arginine</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>A5131</td>
<td>Add to 0.4% final concentration. Prepare as a 20% stock in water and filter sterilize. This alternative carbon/energy source can replace glucose and casamino acids</td>
</tr>
<tr>
<td>Microtiter plates</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Beckton-Dickinson</td>
<td>353911</td>
<td>Falcon 3911, Microtest III, Flexible assay plates, 96 well, U-bottom, non-sterile, non-tissue-culture treated.</td>
</tr>
<tr>
<td>Microtiter plate lids</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Beckton-Dickinson</td>
<td>353913</td>
<td>The lids can be reused by cleaning with 95% ethanol in water.</td>
</tr>
<tr>
<td>Crystal violet</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>229641000</td>
<td>Prepare as a 0.1% solution in water.</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>

microtiter dish biofilm formation assay

Biyofilmler, tıbbi, endüstriyel ve doğal ortamlarda bulunabilir yüzeylere bağlı topluluklar, mikrop. Aslında, bir biyofilm yaşam muhtemelen çoğu ortamda mikropların büyüme baskın modu temsil eder. Olgun biyofilm birkaç farklı özellikleri var. Biyofilm mikropların genellikle toplum yapısı ve koruma sağlayan bir ekstrasellüler matriks ile çevrilidir. Bir biyofilm büyüyen Mikroplar genellikle sıvı dolu kanallar ile çevrili macrocolonies (binlerce hücre içeren) oluşan karakteristik bir mimariye sahip. Biyofilm yetiştirilen mikropların da, klinik olarak ilgili antibiyotik gibi antimikrobiyal ajanların bir dizi karşı direniş için kötü üne sahip. Mikrotiter çanak testi, biyofilm oluşumu erken aşamalarında çalışma için önemli bir araçtır ve bu testte de, mantar biyofilm oluşumunu incelemek için kullanılmış olmasına rağmen, bakteriyel biyofilm çalışma için öncelikle tatbik edilmiştir. Bu testte, statik, toplu büyüme koşulları kullanır, çünkü genellikle akış hücresi sistemleri ile ilişkili olgun biyofilm oluşumu için izin vermez. Ancak, tahlil ve ekstrasellüler polisakkarit üretimi genler gibi biyofilm oluşumu başlangıcında (yani, kamçı, pili, adhezinleri siklik-di-GMP bağlayıcı ve metabolizmasında yer alan enzimler) için gerekli birçok faktör tespit etkili olmuştur. Ayrıca, yayınlanan iş mikrotiter yemekleri yetiştirilen biyofilm, bağışıklık sistemi etkileyiciler böyle bir antibiyotik hoşgörü ve direnç olgun biyofilm bazı özelliklerini geliştirmek olduğunu gösterir. Bu basit mikrotiter çanak tahlil duvar ve / veya bir mikrotiter çanak alt bir biyofilm oluşumunu sağlar. Testin yüksek verim doğa genetik ekranlar için yararlı yanı sıra çeşitli büyüme koşulları altında birden fazla suşları tarafından test biyofilm oluşumu yapar. Bu testte Türevleri erken biyofilm oluşumu dahil olmak üzere, mikropların geniş bir yelpazede, değerlendirmek için kullanılan, ancak pseudomonads, Vibrio cholerae, Escherichia coli, stafilokoklar, enterokoklar, mikobakteriler ve mantarlar , sınırlı olmuştur. Burada açıklanan protokol, model organizma Pseudomonas aeruginosa tarafından biyofilm oluşumunu incelemek için bu testin kullanımı üzerinde durulacak. Bu testte, biyofilm oluşumu ölçüde boya kristal viyole (CV) kullanılarak ölçülür. Ancak, diğer kolorimetrik ve metabolik lekeleri sayısı ölçümü için mikrotiter plate assay kullanarak biyofilm oluşumu bildirilmiştir. Mikrotiter plate testinin kolaylığı, düşük maliyet ve esneklik biyofilm çalışma için kritik bir araç haline getirmiştir.

Watch this Scientific Journal Video about Microtiter Dish Biofilm Formation Assay at JoVE.com

Microtiter Dish Biofilm Formation Assay (Video) | JoVE

Tahlil, bakteri ve mantar erken biyofilm oluşumunu ölçmek için hızlı bir yöntem açıklanmıştır. Bu yöntem mikrotiter plate mikrobiyal biyofilm oluşumu için alt tabaka olarak kullanır ve biyofilm kristal viyole suşu kullanılarak görüntülenmiştir. Tahlil ya erken biyofilm oluşumu için bir kalitatif veya kantitatif sağlar.

Microtiter Bulaşık Biyofilm Oluşumu Testi

Biofilms are communities of microbes attached to surfaces, which can be found in medical, industrial and natural settings.  In fact, life in a biofilm ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Microtiter Dish Biofilm Formation Assay

A 96 Well Microtiter Plate-based Method for Monitoring Formation and Antifungal Susceptibility Testing of Candida albicans Biofilms

A 96 Well Microtiter Plate-based Method for Monitoring Formation and Antifungal Susceptibility Testing of Candida albicans Biofilms (Video) | JoVE

İzleme Oluşumu ve Antifungal Duyarlılık Testi için 96 Şey microtiter Levha tabanlı Yöntemi Candida albicans Biyofilmler

Candida albicans remains the most frequent cause of fungal infections in an expanding population of compromised patients and candidiasis is now the third ...

Pseudomonas aeruginosa and Saccharomyces cerevisiae Biofilm in Flow Cells

Pseudomonas aeruginosa and Saccharomyces cerevisiae Biofilm in Flow Cells (Video) | JoVE

Pseudomonas aeruginosa ve Saccharomyces cerevisiae Biyofilm Akış Hücreler

Many microbial cells have the ability to form sessile microbial communities defined as biofilms that have altered physiological and pathological ...

In vitro Biofilm Formation in an 8-well Chamber Slide

In vitro Biofilm Formation in an 8-well Chamber Slide (Video) | JoVE

8-iyi Odası Slayt in vitro Biyofilm Oluşumu

The chronic nature of many diseases is attributed to the formation of bacterial biofilms which are recalcitrant to traditional antibiotic therapy. ...

Deciphering and Imaging Pathogenesis and Cording of Mycobacterium abscessus in Zebrafish Embryos

Deciphering and Imaging Pathogenesis and Cording of Mycobacterium abscessus in Zebrafish Embryos (Video) | JoVE

Görüntüleme Patogenez ve Cording Deşifre ve<em&gt; Mycobacterium abscessus</em&gt; Zebra balığı Embriyolar

Zebrafish (Danio rerio) embryos are increasingly used as an infection model to study the function of the vertebrate innate immune system in host-pathogen ...

Targeting Biofilm Associated Staphylococcus aureus Using Resazurin Based Drug-susceptibility Assay

Targeting Biofilm Associated Staphylococcus aureus Using Resazurin Based Drug-susceptibility Assay (Video) | JoVE

Biyofilm İlişkili Hedefleme<em&gt; Staphylococcus aureus</emKullanma&gt; Resazurin Tabanlı İlaç-duyarlılık Deneyi

Most pathogenic bacteria are able to form biofilms during infection, but due to the difficulty of manipulating and assessing biofilms, the vast majority ...

"Phagosome Closure Assay" to Visualize Phagosome Formation in Three Dimensions Using Total Internal Reflection Fluorescent Microscopy (TIRFM)

"Phagosome Closure Assay" to Visualize Phagosome Formation in Three Dimensions Using Total Internal Reflection Fluorescent Microscopy TIRFM (Video) | JoVE

&quot;Fagozomun Kapatma Deneyi&quot; kullanma Üç Boyutta fagozomun Formasyonu Visualize&#39;a Toplam İç Yansıma Floresan Mikroskobu (TIRFM)

Phagocytosis is a mechanism used by specialized cells to internalize and eliminate microorganisms or cellular debris. It relies on profound rearrangements ...

Visualizing the Effects of Sputum on Biofilm Development Using a Chambered Coverglass Model

Visualizing the Effects of Sputum on Biofilm Development Using a Chambered Coverglass Model (Video) | JoVE

Bir odacıklı coverglass Modeli Kullanılarak Biyofilm Kalkınma Sputum Etkilerinin görselleştirme

Biofilms consist of groups of bacteria encased in a self-secreted matrix. They play an important role in industrial contamination as well as in the ...

Visualization of Biofilm Formation in Candida albicans Using an Automated Microfluidic Device

Visualization of Biofilm Formation in Candida albicans Using an Automated Microfluidic Device (Video) | JoVE

Görselleştirme bir otomatik mikrosıvısal aygıtı kullanarak Candida albicans biyofilm oluşumu

Candida albicans is the most common fungal pathogen of humans, causing about 15% of hospital-acquired sepsis cases. A major virulence attribute of C. ...

Bile Salt-induced Biofilm Formation in Enteric Pathogens: Techniques for Identification and Quantification

Bile Salt-induced Biofilm Formation in Enteric Pathogens: Techniques for Identification and Quantification (Video) | JoVE

Enterik patojenler safra tuzu kaynaklı biyofilm oluşumu: kimlik ve miktar teknikleri

Biofilm formation is a dynamic, multistage process that occurs in bacteria under harsh environmental conditions or times of stress. For enteric pathogens, ...

A High-throughput Assay to Assess and Quantify Neutrophil Extracellular Trap Formation

A High-throughput Assay to Assess and Quantify Neutrophil Extracellular Trap Formation (Video) | JoVE

Nötrofil hücre dışı tuzak oluşumu ölçmek ve değerlendirmek için bir yüksek-den geçerek tahlil

Neutrophil extracellular traps (NETs) are immunogenic extracellular DNA structures that can be released by neutrophils upon a wide variety of triggers. ...