Name: computer-assisted large-scale visualization and quantification of pancreatic islet mass, size distribution and architecture
Uploaded: 2011-03-04T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture at JoVE.com

<p class="jove_content"> De studie wordt ondersteund door US Public Health Service Grant DK-081527, DK-072473 en DK-20595 aan de Universiteit van Chicago Diabetes Research and Training Center (Animal Models Core), en een geschenk van de Kovler Family Foundation. </p>

<p class="jove_title"> 1. Het creëren van virtuele Slices van immunohistochemisch Stained Images </p><ol><li> Open StereoInvestigator. Leg de schoon objectglas houden het monster in de microscoop houder en visualiseren in Stereo Investigator door te klikken op &quot;Acquisition&quot; en daarna &quot;Live Image&quot; (Acquisition → Live Image). Bepaal de niveaus van blootstelling voor elk kanaal, in onze specifieke voorbeeld, Kanaal 2 wordt gebruikt voor DAPI, Kanaal 3 voor GFP, Channel 4 voor RFP, Channel 5 voor Cy5, en Channel 6 voor Cy7. G...

<ol>
	<li>Steiner, D. J., Kim, A., Miller, K., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pancreatic+islet+plasticity+-+Interspecies+comparison+of+islet+architecture+and+composition.">Pancreatic islet plasticity - Interspecies comparison of islet architecture and composition.</a> <em style='font-style: italic'>ISLETS</em>. <b>2</b>, 135-145 (2010).</li><li>Kim, A., Miller, K., Jo, J., Wojcik, P. l., Kilimnik, G., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Islet+architecture+-+a+comparative+study.">Islet architecture - a comparative study.</a> <em style='font-style: italic'>ISLETS</em>. <b>1</b>, 129-136 (2009).</li><li>Kilimnik, G., Kim, A., Jo, J., Miller, K., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+pancreatic+islet+distribution+in+situ+in+mice.">Quantification of pancreatic islet distribution in situ in mice.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>297</b>, E1331-E1338 (2009).</li><li>Hara, M., Dizon, R. F., Glick, B. S., Lee, C. S., Kaestner, K. H., Piston, D. W., Bindokas, V. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+pancreatic+beta-cells+in+the+intact+pancreas.">Imaging pancreatic beta-cells in the intact pancreas.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>290</b>, E1041-E1047 (2006).</li><li>Hara, M., Wang, X., Kawamura, T., Bindokas, V. P., Dizon, R. F., Alcoser, S. Y., Magnuson, M. A., Bell, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transgenic+mice+with+green+fluorescent+protein-labeled+pancreatic+beta+-cells.">Transgenic mice with green fluorescent protein-labeled pancreatic beta -cells.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>284</b>, E177-E183 (2003).</li></ol>

<p class="jove_content"> De computer-assisted grootschalige visualisatie en kwantificatie hier gepresenteerde veroorloven vier belangrijke punten in eilandjes van Langerhans studies: (1) Een grootschalige analyse van de alvleesklier exemplaren biedt een uitgebreid overzicht van de totale omvang eilandje distributie en eilandje architectuur. (2) De 3D reconstructie en wiskundige analyse van de cellulaire samenstelling en architectuur verder vergemakkelijken het onderzoek naar de ruimtelijke rangschikking van de endocriene cellen binnen een eilan...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Fluorescent microscope</td>
<td>Microscope</td>
<td>Olympus </td>
<td>IX-81
</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Stereo Investigator</td>
<td>Program</td>
<td>MicroBrightField</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MIP-GFP mice</td>
<td>Mice</td>
<td>Jackson Laboratory</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Mathematica</td>
<td>Program</td>
<td>Wolfram</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Image J</td>
<td>Program</td>
<td>NIH</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Slidebook</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Program</td>
<td>Olympus</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

computer-assisted large-scale visualization and quantification of pancreatic islet mass, size distribution and architecture

<p class="jove_content"> De eilandjes van Langerhans is een unieke micro-orgaan bestaat uit verschillende hormonen uitscheiden endocriene cellen, zoals beta-cellen (insuline), alfa-cellen (glucagon), en de delta-cellen (somatostatine) die zijn ingebed in de exocriene weefsel en omvatten 1 - 2% van de gehele alvleesklier. Er bestaat een nauwe samenhang tussen lichaam en alvleesklier gewicht. Totaal aantal beta-celmassa neemt ook evenredig te compenseren voor de vraag naar insuline in het lichaam. Wat ontsnapt dit in verhouding uitbreiding is de grootteverdeling van de eilandjes. Grote dieren zoals mensen delen dezelfde eilandje grootteverdelingen met muizen, wat suggereert dat deze micro-organismen een bepaalde omvang te beperken tot functioneel is. Het onvermogen van grote dieren pancreata om proportioneel grotere eilandjes te genereren wordt gecompenseerd door een toename van het aantal eilandjes en door een toename van het aandeel van de grotere eilandjes in hun algemene eilandje grootteverdeling. Bovendien, eilandjes vertonen een opvallende plasticiteit in cellulaire samenstelling en de architectuur tussen de verschillende soorten en ook binnen dezelfde soort onder verschillende pathofysiologische omstandigheden. In de huidige studie beschrijven we nieuwe benaderingen voor het analyseren van biologische beeldgegevens om de automatisering van analytische processen, die zorgen voor de analyse van grote en heterogene data collecties in de studie van dergelijke dynamische biologische processen en complexe structuren te vergemakkelijken. Dergelijke studies werden gehinderd te wijten aan technische problemen van de onpartijdige bemonstering en het genereren van grootschalige datasets om precies vast te leggen met de complexiteit van biologische processen van eilandje biologie. Hier laten we methoden om onpartijdige &quot;vertegenwoordiger&quot; gegevens te verzamelen binnen de beperkte beschikbaarheid van de monsters (of om de monstername te minimaliseren) en de standaard experimentele instellingen en om precies te analyseren van de complexe driedimensionale structuur van het eilandje. Computer-assisted automatisering zorgt voor het verzamelen en analyseren van grootschalige datasets en ook zorgt voor onpartijdige interpretatie van de gegevens. Bovendien is de precieze kwantificering van eilandje grootte-verdeling en ruimtelijke coördinaten (dat wil zeggen X, Y, Z-posities) leidt niet alleen tot een nauwkeurige visualisatie van eilandjes van Langerhans structuur en samenstelling, maar ook stelt ons in staat om patronen tijdens de ontwikkeling en aanpassing te identificeren op een wijziging van omstandigheden door middel van wiskundige modellering. De ontwikkelde methoden in dit onderzoek zijn van toepassing op studies van vele andere systemen en organismen ook. </p>

Watch this Scientific Journal Video about Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture at JoVE.com

Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture

<p class="jove_content">Nieuwe computer-ondersteunde methoden van grootschalige inkoop en de analyse van immunohistochemisch gekleurde alvleesklier exemplaren zijn beschreven: (1) Virtual Snijd verovering van de hele afdeling, (2) massa-analyse van grootschalige data, (3) Reconstructie van 2D Virtual Slices , (4) 3D eilandje in kaart brengen, en (5) Wiskundige analyse.</p>

Computer-assisted Grootschalige visualisatie en kwantificering van eilandjes van Langerhans massa, afmetingen Distributie en Architectuur

The pancreatic islet is a unique micro-organ composed of several hormone secreting endocrine cells such as beta-cells (insulin), alpha-cells (glucagon), ...

Research

JoVE Journal

Biology

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Grootschalige Schermen van Metagenomic Bibliotheken

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

Murine Pancreatic Islet Isolation

Murine eilandjes van Langerhans Isolatie

Human Pancreatic Islet Isolation: Part I: Digestion and Collection of Pancreatic Tissue

Human eilandjes van Langerhans Isolatie: Deel I: Spijsvertering en verzameling van alvleesklierweefsel

Management of Type 1 diabetes is burdensome, both to the individual and society, costing over 100 billion dollars annually. Despite the widespread use of ...

Human Pancreatic Islet Isolation: Part II: Purification and Culture of Human Islets

Human eilandjes van Langerhans Isolatie: Deel II: Zuivering en cultuur van de mens Eilandjes

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

Isolatie en grootschalige expansie van volwassen humane endotheelcellen kolonievormende Progenitor Cellen

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

<em>In situ</em> Quantification of Pancreatic Beta-cell Mass in Mice

In situ Quantification of Pancreatic Beta-cell Mass in Mice

<em>In situ</em> kwantificering van beta-celmassa in Muizen

Tracing changes of specific cell populations in health and disease is an important goal of biomedical research. The process of monitoring pancreatic ...

A Method for Mouse Pancreatic Islet Isolation and Intracellular cAMP Determination

Een methode voor muis eilandjes van Langerhans Isolatie en intracellulaire cAMP Bepaling

Uncontrolled glycemia is a hallmark of diabetes mellitus and promotes morbidities like neuropathy, nephropathy, and retinopathy. With the increasing ...

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Infinium Assay voor grootschalige SNP genotypering Toepassingen

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

An Innovative Method for Exosome Quantification and Size Measurement

Een innovatieve methode voor exosome kwantificering en Size Measurement

Although the biological importance of exosomes has recently gained an increasing amount of scientific and clinical attention, much is still unknown about ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

Een strategie voor de gevoelige, Large Scale Quantitative Metabolomics

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...